# Changelog

## Beta 2 — 2026-10-10

安装包：`dsh-strawberry-data-hub@0.1.0-beta.8`。本版整合首发后所有新增功能与修复；公开展示名与 npm 包技术版本分别管理。

- BerryLocus 改用结构化参考目录与 SNV 草稿接口，移除插件对网站聊天接口和试用额度的依赖；继续校验参考版本、REF/ALT、会话归属及独立提交确认。
- BerryPlot 改为结构化目录与草稿接口，由服务器校验数据；不调用网站模型、不消耗网站试用额度，保留会话授权和独立提交确认。
- 目录和下载的网络读取失败明确区分于提交结果不明，避免将只读失败误报成可能已创建任务。
- 明确拒绝后的请求允许用户手动重试；网络结果不明仍禁止重复提交，重复提示不再暗示服务器已存在草稿。
- 补充代谢物与基因组证据操作的必填参数校验、区间范围和游标配对检查。
- 大目录和代谢物矩阵支持20 MiB以内完整JSON下载，保留原始字节校验和来源摘要。
- 提供37项工具：29项只读服务接口、2项本地工具、6项任务流程工具。
- 文献检索保留人工整理证据、摘要及可用全文的来源与范围，支持结构化证据检查。
- 基因解析、多组学上下文、批量注释、蛋白/CDS获取与经过字节校验的 FASTA 导出；保留歧义、未解析及未注释记录。
- 基因组目录、泛基因组、图变异、单细胞、转录组、表观组、共表达、代谢物和下载资源查询。
- 基因家族、转录因子、miRNA、共线性、GO/KEGG富集、GWAS性状和研究查询。
- 序列工具箱、ORF、批量序列与引物设计；CRISPR数据及现有任务状态、引物特异性服务状态查询。
- BerryLocus 参考目录、基因定位、区间、序列与变异证据；明确参考和SNV参数后可准备预测、确认提交、查询状态及获取结果。
- BerryPlot 绘图草稿、独立授权提交、状态查询和图件／数据下载；下载前校验SHA-256，提供15分钟本机链接。
- 24 KB以内的绘图JSON直接提供内容预览，避免抓取环回下载地址。
- 程序计算基因组半开区间长度、代谢物原始名称分组计数和参考目录统计，保留来源摘要与目录范围。
- 会话隔离、确认凭据隐藏、重复任务限制和不明确网络结果不自动重试；支持草莓专用 researchOnly 工具范围设置。

验证：51项自动测试通过。真实DSH页面已完成目录与定位查询、2313 bp区间长度核对、绘图授权提交、JSON预览和下载校验。完整目录与1.53 MB代谢物矩阵已完成真实下载校验。已有 SNV 验收用例通过新的授权路径完成确认与结果读取（复用计算缓存，本次未重跑模型推理）；引物特异性服务和历史预测缓存仍未启用。

任务取消、改图、跨重启恢复，以及BLAST和CRISPR新任务提交暂不在本插件的执行范围。数据和文献遵循各自来源的许可。

## Beta 1 — 首发版本

安装包：`dsh-strawberry-data-hub@0.1.0-beta.1`。

- 文献检索、基因解析、多组学上下文与资源目录。
- 按物种和组装版本获取蛋白及CDS，导出经过校验的FASTA文件。
- 会话证据检查、研究专用工具范围设置、超时取消与响应大小限制。

代码采用MIT许可证；发行包不包含服务器模型、核心计算实现或数据库。