En 1964, la direction des services judiciaires se compose de deux sous-directions :
Une réforme vient modifier l’organisation interne de la DSJ en 1983 qui s’organise alors comme suit :
La sous-direction de l’organisation judiciaire et de la programmation (OJPRO) devient la sous-direction de l’organisation judiciaire (OJ) en 2001.
La sous-direction des ressources humaines de la magistrature et la sous-direction des ressources humaines des greffes remplacent la sous-direction de la magistrature et celle des greffes à partir de 2007.
En 2008, la DSJ est réorganisée en services :
- Service des ressources humaines :
- Service de l’organisation et du fonctionnement des juridictions
Cette structuration est de nouveau modifiée en 2010 de la façon suivante :
Depuis 2014, la DSJ est organisée en quatre sous-directions :
La direction des services judiciaires (DSJ) est créée par le décret n° 64-754 du 25 juillet 1964 relatif à l’organisation du ministère de la Justice. Il s'agit par cette création d'affirmer le rôle de la Chancellerie en matière de législation civile, en déchargeant la direction des affaires civiles et du Sceau (DACS) d'un certain nombre d'attributions (organisation judiciaire, statut du personnel et gestion des professions judiciaires) au profit de la DSJ. La DACS conserve cependant la réglementation et le contrôle des autres professions juridiques (commissaires-priseurs, notaires…). Selon l’article 2 du décret n° 64-754, la DSJ :
La DSJ connaît des changements dans son organisation en raison de réformes, en premier lieu celle de 1965 relative à la fonctionnarisation des greffes, faisant considérablement augmenter les effectifs de la direction. L’arrêté de 1983 acte la création d'une sous-direction des greffes dont les attributions sont la gestion administrative des personnels des services judiciaires, à l’exception des magistrats, et l'amélioration du fonctionnement des greffes, tant sur le plan des dispositifs juridiques, de l'implantation des matériels bureautiques et informatiques que de la formation du personnel.
Cette réforme de 1983 conduit à une nouvelle répartition des compétences. La sous-direction de la magistrature, anciennement du personnel, est dessaisie de toutes les attributions qui ne concernent pas les magistrats, mais conserve ses fonctions en matière de contentieux des services judiciaires. La sous-direction de l'organisation judiciaire et de la programmation cède ses compétences en matière de statut des personnels mais reprend la gestion financière.
Par arrêté du 30 juillet 2007, la DSJ se dote de deux nouvelles sous-directions des ressources humaines, l’une de la magistrature, l’autre des greffes. Cette organisation a pour objectif de permettre la gestion des carrières de manière personnalisée par la reconnaissance et la valorisation des compétences. Le service des ressources humaines qui les englobe à partir de 2008 a pour mission d’être à la disposition des magistrats et des greffiers en les accueillant, en les aidant dans leur orientation professionnelle, en leur proposant des bilans de compétences et des formations individualisées, tout en facilitant leur mobilité dans d'autres organismes ou institutions, en France ou à l'étranger.
En 2015, les anciennes sous-directions de l'organisation et du fonctionnement des juridictions (SDOFJ) et de la performance et des méthodes (SDPM) évoluent afin d'identifier plus clairement, d’une part une sous-direction d'appui aux juridictions (fonction budgétaire, de contrôle de gestion…) qui prend le nom de sous-direction des finances, de l'immobilier et de la performance (SDFIP), et, d’autre part une sous-direction "métier", la sous-direction de l'organisation judiciaire et de l'innovation (SDOJI), chargée de l’organisation judiciaire, des méthodes, de l’innovation et des applicatifs métiers des services judiciaires.
Le décret n° 2008-689 du 9 juillet 2008 relatif à l’organisation du ministère de la Justice est modifié par le décret n° 2017-634 du 25 avril 2017 qui redéfinit les missions de la DSJ, désormais chargée :
Directeur de projet, chargé du pilotage et du déploiement de la chaîne applicative supportant le système d’information orienté procédure pénale et enfants (CASSIOPÉE)
La sous-direction de l’organisation judiciaire et de l’innovation est l’une des quatre sous-directions de la direction des services judiciaires.