La mission de codification est chargée de la codification des textes législatifs et réglementaires. Elle prépare le code de l'Éducation et le code de la Recherche. Elle apporte son expertise sur les modalités d'insertion des nouvelles dispositions dans les textes déjà codifiés.
Henri Peretti, inspecteur général de l'administration de l'Éducation nationale et de la Recherche, est responsable de la mission de codification de 1991 à 2015.
La circulaire du 30 mai 1996 relative à la codification des textes législatifs et réglementaires, rappelant la décision prise par le Gouvernement, lors d'un séminaire consacré à la réforme de l’État (14 septembre 1995), d'achever la codification de l'ensemble des lois et règlements dans un délai de cinq ans, prévoit la mise en place d'une mission de codification dans chaque ministère chef de file de l'opération de codification.
Une mission de codification pré-existe dès 1991 au sein du ministère de l’Éducation nationale ; elle est créée officiellement en 1996 et est rattachée à la Direction des affaires juridiques (DAJ). Elle a pour but de collaborer avec la Commission supérieure de codification pour l'élaboration du Code de l'Éducation, conformément à la circulaire du 30 mai 1996.