Décret n° 63-1034 du 15 octobre 1963 relatif aux attributions du secrétaire général du ministère de l’Éducation nationale (https://www.legifrance.gouv.fr/jo_pdf.do?id=JORFTEXT000000703816)
Décret n° 2006-572 du 17 mai 2006 fixant l’organisation de l’administration centrale du ministère de l’Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (NOR: MENA0601257D ; ELI: https://www.legifrance.gouv.fr/eli/decret/2006/5/17/MENA0601257D/jo/texte)
Décret n° 2014-133 du 17 février 2014 fixant l'organisation de l'administration centrale des ministères de l’Éducation nationale et de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (NOR: MENA1330827D ; ELI: https://www.legifrance.gouv.fr/eli/decret/2014/2/17/MENA1330827D/jo/texte)
Ont, depuis 2006, successivement occupé le poste de secrétaire général :
- mai 2006-mai 2007 : Dominique Antoine
- juin 2007-avril 2011 : Pierre-Yves Duwoye
- mai 2011-janvier 2013 : Jean Marimbert
-mars 2013-octobre 2017 : Frédéric Guin
- octobre 2017– : Marie-Anne Lévêque
La fonction de secrétaire général est créée une première fois par le décret du 13 octobre 1963 sous le ministère de Christian Fouchet. Son titulaire, Pierre Laurent, dispose alors directement des services les plus importants pour le pilotage du système éducatif et détient les plus larges pouvoirs de direction et de coordination sur l'ensemble de l'administration centrale, y compris les inspections générales. Les trois directions compétentes pour chaque ordre d'enseignement disparaissent et la direction de l'enseignement technique est transformée en un simple service. Les directions et services de gestion ne font qu'exécuter la politique conçue notamment par le secrétariat général. Cette structure disparaît dès juillet 1968, lorsque Pierre Laurent présente sa démission au nouveau ministre de l’Éducation nationale, Edgar Faure.
Le secrétariat général réapparaît ensuite par décret du 17 mai 2006. Entité commune au ministère de l'Éducation nationale et au ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, elle comprend les huit directions et services à compétences partagées : la direction générale des ressources humaines (DGRH) ; la direction des affaires financières (DAF) ; la direction des affaires juridiques (DAJ) ; la direction de l’évaluation, de la prospective et de la performance (DEPP) ; la direction des relations européennes et internationales (DREIC) ; la délégation à la communication (DELCOM) ; le service de l’action administrative et de la modernisation (SAAM) ; le service des technologies et des systèmes d’informations (STSI).
Le secrétariat général dispose de compétences étendues. Il définit et met en œuvre les politiques de modernisation administrative. Il s'assure de la prise en compte des objectifs de performance des programmes budgétaires. Il veille à la cohérence de l'action ministérielle en assurant la coordination administrative entre les directions générales. Il organise l'exercice de la tutelle des établissements publics nationaux relevant de l'enseignement scolaire. Il assure également la coordination des travaux du Conseil supérieur de l'éducation, du conseil territorial de l'éducation nationale et des comités techniques paritaires ministériels. Enfin le secrétariat général est chargé du programme budgétaire de soutien de la politique de l'Éducation nationale arrêté dans les lois de finances et relevant du ministère de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et la Recherche.
Le secrétaire général exerce également les fonctions de Haut fonctionnaire de défense et de sécurité et dispose à ce titre du service spécialisé de défense et de sécurité.
Le secrétariat général exerce une tutelle conjointe sur la DNE avec la direction générale de l’enseignement scolaire (DGESCO).
La Mission de coordination stratégique fait partie du Secrétariat général