La direction de l’eau comprend les services suivants :
- sous-direction du milieu aquatique et de la pêche,
- sous-direction de la programmation et de l’action régionale,
- sous-direction de la coordination interministérielle des affaires juridiques et internationales,
- mission eau-nitrate.
A partir de 1994, la composition de la direction de l’eau s’étoffe avec :
- une sous-direction de la gestion des eaux,
- une sous-direction de la coordination et de la réglementation de l’eau,
- et le secrétariat du CORPEN (Comité d’orientation pour la réduction de la pollution des eaux par les nitrates et les phosphates d’origine agricole ; lié à la mission eau-nitrate),
- un Comité national de l’eau,
- un Centre de documentation, de recherche et d’expérimentations sur les pollutions accidentelles des eaux (CEDRE),
- une sous-direction de la programmation et des agences de l’eau, qui remplace la sous-direction de la programmation et de l’action régionale.
Les dénominations des sous-directions évoluent peu de 1992 à 2005.
A partir de 2005 puis 2007, cinq nouvelles entités sont mises en place au sein de la direction de l’eau :
- mission des affaires internationales et communautaires,
- sous-direction du droit de l’eau et des affaires financières et générales,
- sous-direction de l’action territoriale, de la directive cadre et de la pêche,
- service central d’hydrométéorologie et d’appui à la prévision des inondations (SCHAPI) déconcentré à Toulouse,
- mission du système d’information sur l’eau.
La direction de l’eau est créée par décret le 12 mai 1992, qui érige en diection, avec toutes ses attributions, le service de l’eau rattaché jusqu’alors à la direction de l’eau et de la prévention des pollutions et des risques.
Elle est chargée d’élaborer et mettre en application les règles relatives :
- à la protection, la gestion et la mise en valeur des milieux aquatiques et de l’eau, dans le respect des équilibres naturels,
- à la gestion des bassins fluviaux,
- à la protection, la police et la gestion des eaux superficielles et souterraines et des eaux marines,
- à la prévention des inondations, l’annonce des crues et l’assainissement des eaux,
- aux activités de pêche en eau douce, dans le respect de la limitation des nuisances pouvant être générées,
- à l’identification, la prévention et la réduction des pollutions de l’eau de toutes origines, sous réserve des attributions de la direction de la prévention des pollutions et des risques,
- à la collecte et l’exploitation des données concernant les milieux aquatiques.
Elle assure également la coordination des ministères concernés par ces questions et assure le secrétariat de la Mission interministérielle de l’eau et du Comité national de l’eau.
Elle est chargée des questions relatives à la tutelle des agences de l’eau et du Conseil supérieur de la pêche et gère le fonds national de solidarité pour l’eau.
A partir de 2002, les attributions de la direction de l’eau sont complétées par :
- la cotutelle confirmée avec le ministère chargé de l’Agriculture du Comité d’orientation pour la réduction de la pollution des eaux par les nitrates, les phosphates et les produits phytosanitaires (CORPEN) devenu fin 2004 Comité d’orientation pour des pratiques agricoles respectueuses de l’environnement, assisté par un secrétariat spécifique rattaché au directeur de l’eau (SCORPEN),
- de la sous-direction de l’environnement aquatique et de la pêche,
- de la sous-direction de la protection et de la gestion des eaux,
- de la sous-direction de la programmation et des agences de l’eau,
- et de la sous-direction de la coordination et de la réglementation.
En 2008, la direction générale de l’aménagement, du logement et de la nature hérite des attributions de la direction de l’eau. Cette dernière devient la direction de l’eau et de la biodiversité.