Les ministres et secrétaires d’État chargés de la Mer successifs jusqu’à la disparition de l’entité ministérielle de plein exercice sont :
Il a été choisi de regrouper dans cette notice l'ensemble de la période d'existence de l'entité chargée de la Mer au gouvernement, que celle-ci soit un ministère, un secrétariat d'Etat ou un ministère délégué.
Le ministère de la Mer est créé lors de l’arrivée de François Mitterrand à la Présidence de la République en mai 1981. Si l’appellation est nouvelle dans le gouvernement, le périmètre des attributions du ministre défini par le décret n° 81-649 du 5 juin 1981 reste celui qui était auparavant dévolu à la direction générale de la Marine marchande, rattachée au ministère des Transports, et lointaine héritière du ministère de la Marine marchande.
Le ministère de la Mer est confié à Louis Le Pensec, député breton proche de Michel Rocard, qui occupe cette fonction du 22 mai 1981 au 22 mars 1983.
Le décret n° 81-1040 du 20 novembre 1981 précise l’organisation de ce nouveau ministère, composé de cinq directions, sensiblement étoffées par-rapport à celles qui composaient l’administration de la Marine marchande.
Ces directions sont adjointes de plusieurs services rattachés directement au ministre :
En parallèle de ses attributions propres, le ministre de la Mer préside la Mission interministérielle de la mer (MISMER), créée en 1978 et placée sous l’autorité du Premier Ministre, dont la mission est de coordonner, à l’échelon central, les actions de l’Etat en mer et la politique du gouvernement en matière maritime.
Par ailleurs une mission de la recherche est créée au sein du ministère de la mer par arrêté du 22 mars 1982. Elle est chargée de préparer les orientations de recherche-développement en océanologie, en liaison avec le ministère de la Recherche. Elle a cependant une existence éphémère sous cette forme, puisqu’elle est intégrée à la MISMER à partir de mai 1987.
Une mission Information et communication existe de 1990 à 1995 au sein de la direction des gens de mer et de l’administration générale, dont la mission principale est de faire connaître l'action menée par le ministère.
Le ministère devenu secrétariat d’État à la Mer en 1983 perd de sa consistance durant les années suivantes, au gré du démantèlement de ses services, confiés à d’autres ministères.
En effet en 1984, le service de l'équipement naval et l'aide à la construction navale rejoignent le ministère du Redéploiement industriel et du Commerce extérieur, qui acte la fermeture de nombreux chantiers navals.
A son tour, la direction des pêches et des cultures marines quitte l’administration centrale de la Mer pour rejoindre le ministère de l’Agriculture le 8 avril 1993.
A partir de 1993, il n’existe plus de ministère ou de secrétariat d’Etat chargé spécifiquement de la mer au gouvernement, même si les services qui le composaient perdurent, intégrés dans d’autres ministères.
Les directions de « l’administration centrale chargée de la mer », nommée désormais par cette appellation générique dans les organigrammes, sont intégrées au ministère de l’Équipement, du Logement et des Transports, tout en conservant les locaux de la place Fontenoy à Paris.
Dans les années 2000 plusieurs mouvements de fusion sont opérés dans les directions du ministère de l'Équipement devenu ministère de l'Écologie, du Développement et de l'Aménagement durable. Les services chargés de la mer sont impactés. Symbole de cette concentration administrative, l'administration centrale chargée des questions maritimes quitte le bâtiment de la place Fontenoy en 2013 pour rejoindre les locaux du ministère de l'Écologie.
Le ministère se scinde en deux entités, la plupart des compétences sont reprises par le ministère de l'Equipement, à l'exception des pêches.
Le ministère se scinde en deux entités, la direction chargée des pêches et des cultures marines est confiée au ministère de l'Agriculture jusqu'en 2013.