La direction du Commerce intérieur naît au XIXe siècle avec la création en 1811 du ministère du Commerce et des Manufactures. Elle se trouve en 1830 intégrée à la division agricole, commerciale et industrielle jusqu’en 1837. Elle comprend jusqu’à cette dernière date plusieurs bureaux comme celui des manufactures et des statistiques industrielles, celui des subsistances, des poids et mesures et bien entendu le bureau du Commerce (qui englobait le commerce intérieur et extérieur). En 1837, cette importante direction est éclatée. Une division du Commerce extérieur et une division du Commerce intérieur différenciées prennent forme. Cette dernière rassemble tout ce qui concerne les manufactures et les établissements sanitaires.
De 1854 à 1869, une direction du Commerce (plus globale) est associée à l'agriculture, même si dans sa structure le Commerce intérieur, le Commerce extérieur et l'Agriculture restent des divisions autonomes. Celle du Commerce intérieur regroupe durant cette période les bureaux de l'industrie et de la police sanitaire.
Par la suite, cette division du Commerce intérieur se trouve également chargée du bureau de l'enseignement professionnel et du travail des enfants dans les manufactures (1882-1883) ainsi que de celui de la propriété industrielle (1883-1896). Elle devient même « direction du Commerce intérieur et de l'enseignement technique » en 1895.
À partir de 1900, la direction du Commerce intérieur est associée pour près de quarante ans aux affaires industrielles et devient « direction du Commerce et de l'Industrie » puis « direction des Affaires commerciales et industrielles » jusqu’en 1939. Cette fusion semble logique puisque le ministère du Commerce et de l'Industrie ne font plus qu’un.
À partir de 1940, lorsque le secrétariat d’État à la production industrielle est créé, c’est un secrétariat général à l’Industrie et au Commerce intérieur qui gère les questions commerciales durant le conflit. Il s’occupe de tout ce qui concerne le rationnement, les foires et expositions et coordonne toutes les activités commerciales. La direction du Commerce intérieur demeure indépendante jusqu’en 1959, durant toute l'existence du ministère du Commerce et de l'Industrie.
Cette direction est rattachée à cette date au ministère des Finances et devient la direction des Affaires commerciales. En 1969, elle fusionne avec la direction générale des Prix et des Enquêtes économiques pour former la direction générale du Commerce intérieur et des Prix. Cette nouvelle direction a des compétences étendues pour assurer l'équilibre des prix, animer la concurrence et exercer la tutelle du commerce. Elle participe à l'expansion régionale par l'étude et la liquidation des dossiers de primes d'équipement ainsi qu’à l'action touristique par le classement des hôtels, restaurants de tourisme, terrains de camping et villages de vacances.
En 1974, la direction du Commerce intérieur redevient indépendante avec la création d’une direction spécifique au sein du ministère du Commerce et de l’Artisanat. Celle-ci gère jusqu’en 1997 l’ensemble des activités et réglementations commerciales ainsi que l’action économique et sociale. Une direction du Commerce intérieur est alors maintenue mais au sein d’un secrétariat d’État aux Petites et Moyenne Entreprises, au Commerce et à l’Artisanat rattaché au ministère de l’Économie, des Finances et de l’Industrie.