Créée par le décret n° 87-86 du 10 février 1987, la Direction générale de l’alimentation est l’héritière de la Direction générale des industries agricoles et alimentaires, de la Direction de la qualité et de la Direction des services vétérinaires.
Son rôle en 1987 s’articule autour de deux volets que sont le développement et le soutien des industries de transformation des produits agricoles en produits destinés à l’alimentation et la garantie et la promotion de la salubrité et la qualité des produits agricoles et alimentaires ; elle participe à l’élaboration de la législation applicable dans ce secteur.
Elle est également chargée de la politique de défense sanitaire des végétaux et des animaux, y compris par la surveillance du territoire et l’homologation de produits pesticides et fertilisants. Elle est en outre responsable des questions relatives aux activités et à la pharmacie vétérinaire. Elle élabore la législation relative à ces thématiques.
La Direction générale de l’alimentation travaille en collaboration étroite avec les ministères chargés de l’économie et de l’industrie et le ministère chargé de la santé, elle exerce ses prérogatives sur l’ensemble de la chaîne de production des aliments, du champ (intrants, semences, alimentation du bétail) jusqu’à l’assiette des consommateurs (lieux de consommation collective par exemple), en passant par toutes les phases de transformation (traçabilité, contrôle des abattoirs) et de distribution des denrées alimentaires (respect de la chaîne du froid).
Le décret n°99-555 du 2 juillet 1999 fixant l’organisation de l’administration centrale du ministère chargé de l’Agriculture, de l’Alimentation et de la Pêche recentre ses missions autour des enjeux sanitaires, le développement et la promotion des industries de transformation des produits agricoles ainsi que le contrôle des signes de qualité étant transférés dans la Direction générale des politiques économique, européenne et internationale.
Ce décret lui adjoint la responsabilité de l’établissement de la réglementation relative à l’utilisation du génie génétique alors que l’utilisation d'organismes génétiquement modifiés s’est accru dans les années 1990.
La Direction générale de l’alimentation est également chargée de l’animation du réseau des laboratoires réalisant des analyses dans le cadre des contrôles officiels de conformité ou d’auto-contrôle.
La tutelle de l’Agence nationale pour la sécurité sanitaire des aliments, créée par la loi n° 98-535 du 1er juillet 1998 à la suite du scandale dit de « la vache folle » lui est également confiée.
Dans le même esprit, en 2000, la Direction générale de l’alimentation est dotée d’une mission de coordination sanitaire internationale chargée des négociations communautaires et bilatérales relatives aux conditions sanitaires des mouvements des animaux et de leurs produits.
Le décret n° 2008-636 du 30 juin 2008 fixant l’organisation de l’administration centrale du ministère chargé de l’agriculture, de l’alimentation et de la pêche réaffirme ses fonctions liées à la sécurité sanitaire des aliments et y ajoute les produits issus de la pêche et de l’aquaculture. La direction réorganisée se dote d’un bureau dédié à la protection animale alors que la société devient de plus en plus sensible à la question du bien-être animal.
Le décret n° 2015-369 du 30 mars 2015 modifiant le décret n° 2008-636 du 30 juin 2008 fixant l’organisation de l’administration centrale du ministère chargé de l’agriculture, de l’alimentation, de l’agroalimentaire et de la forêt ajoute la notion de promotion de l’utilisation durable des produits phytopharmaceutiques et des médicaments vétérinaires.