L'Agence faisait la jonction entre l'État, ordonnateur et payeur des travaux, l'architecte en charge des travaux et les entrepreneurs qui les exécutaient.
Les agences publiques d'architecture, installées dans les bâtiments dont elles avaient la charge, étaient des administrations publiques dépendant de la Direction des bâtiments civils ou de la Maison du Souverain au XIXe s. Elles ont été définitivement supprimées à partir des années 1990 quand la loi MOP et ses décrets d'application ont éteint le corps des architectes des bâtiments civils et palais nationaux.
L'agence des travaux de la Sorbonne a été placée sous la direction de l'architecte Henri-Paul Nénot de1885 à 1903. Ce dernier est resté l'architecte de l'Université jusqu'à la fin des années 1920.
Les archives de l'agence n'ont pas été retrouvées, seuls les plans (cotés en 85 AJ) ont été abandonnés puis retrouvés (par hasard semble-t-il) dans une cave de la Sorbonne attenante à la chaufferie.