Le premier Secrétaire général du Conseil d'État fut Jean-Guillaume Locré, nommé par l'arrêté du 4 nivôse an VIII.
Le Secrétaire général est choisi parmi les membres ayant le grade de conseiller d’État ou de maître des requêtes.
Si le Vice-président dirige le Conseil d’État et prend un certain nombre d’arrêtés, c’est le Secrétaire général qui en assure le fonctionnement.
Le Secrétariat général supervise l’ensemble des services du Conseil d’État, et assure la gestion administrative et financière tant des membres du Conseil d’État que de ses agents. Il a la charge de tous les dossiers n’incombant pas directement aux sections administratives (auxquelles il transmet les affaires après les avoir enregistrées), ni à la section du Contentieux.
- Secrétaires généraux du Conseil d’État depuis 1799 :
Le Secrétariat général existe depuis l’origine du Conseil d’État en 1799.
En 1873, le Secrétaire général bénéficie pour assurer ses fonctions de deux « bureaux », mais il a également la charge d’un service des « procès verbaux annexes », de celui de la bibliothèque et des archives, et de celui du matériel, soit un total de cinq services.
Le terme de « bureau central » apparaît en 1895 avec une nouvelle organisation en trois services. L’appellation devient « service central » en 1900 en même temps que sont désignés comme « services spécialisés » les bibliothèque et archives, le « matériel » et la « sténographie », puis simplement « secrétariat général » en 1915. Le « matériel » devient « service intérieur » en 1915, et reste un service autonome jusqu’en 1972 où il devient partie intégrante du Secrétariat général.
Après la Seconde Guerre mondiale est créé avec elle le secrétariat de la Commission permanente (formation restreinte chargée d’étudier les dossiers en urgence, elle est composée de membres déjà affectés à une section administrative). Le Centre de documentation est érigé en service à part entière en 1961 peu après sa création, tandis que le « bureau d’information » n’existe que depuis 1971. Outre des services éphémères, comme « informatique juridique » créé en 1972 pour seulement une année, la position organique des services varie, la comptabilité et gestion étant autonome durant les années 1970 avant de devenir service du Secrétariat général, de manière comparable au service Intérieur.
Depuis le décret n° 63-766 du 30 juillet 1963 un Secrétaire général adjoint, nommé par arrêté du Vice-président, assiste le Secrétaire général dans ses fonctions. Depuis 1990, ils sont deux à remplir cette fonction.
En 2004, le Secrétaire général du Conseil d'État dirige sept services. Ce sont quatre directions (services du Secrétariat général, services généraux, services financiers, systèmes d’information), le service des affaires immobilières, le service des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel, et le service de la bibliothèque et des archives. Dans la Direction des services du Secrétariat général, le « bureau central » est subdivisé en deux pour la gestion des membres d’une part et du personnel d’autre part, et le « bureau du cabinet » assure le secrétariat des Assemblées générales. Lui sont également rattachés trois autres services qui font l’objet de versements autonomes : le Centre de documentation, la Mission permanente d’inspection des juridictions administratives (MIJA) créée en 1945, et le Secrétariat général des Tribunaux administratifs et Cours administratives d’appel (ces dernières ayant été créées en 1989).
Les services du Secrétariat général sont réorganisés en octobre 2008. Est alors créé le Cabinet qui coordonne toute l'organisation matérielle des colloques, séminaires, conférences, réceptions et visites du Conseil d'État. Son rôle s'étend à toutes les prestations de fonctionnement courant du Conseil d'État : entretien des locaux, restauration, courrier, standard, reprographie, réservation des salles de réunion, fournitures de bureau. Les autres services du Secrétariat général sont répartis en cinq Directions (ressources humaines, prospective et finances, systèmes d’information, équipement, information et communication) et un Département (bibliothèque et archives). Ce dernier devient une Direction en 2011. Le Secrétaire général a également sous sa responsabilité le Centre de formation de la juridiction administrative et la Mission d'appui aux parcours professionnels [Vice-président du Conseil d’État, arrêté n° 2017-343 (2017)]. Le Secrétaire général est accompagné de deux Secrétaires généraux adjoints, l’un chargé du Conseil d'État, l’autre des juridictions administratives.
Après 2003, le service des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel est rattaché à l’ensemble du secrétariat général comme les autres directions avant de disparaître définitivement en 2008 dans le cadre de la réorganisation de l’ensemble des services.
Le secrétaire général du Conseil d'État est assisté d'un secrétaire général adjoint chargé du suivi des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel.