La fonction de secrétaire général du CNC a été créée en février 1982. Le poste a été occupé jusqu’en juin 1983 par Alain Auclaire. Les successeurs d’Alain Auclaire à cette fonction ont été Yves Marmion (1983-1985) puis Isabelle Vaulont (1985-1986).
En 1982, les fonctions du secrétaire général étaient les suivantes :
- La préparation et le suivi de l’exécution des budgets du ministère de la Culture dans le domaine du cinéma, du compte de soutien à l’industrie cinématographique et de fonctionnement du Centre, ainsi que les affaires relatives au fonctionnement des services de l’établissement.
- Les relations avec les administrations civiles et les organismes publics en ce qui concerne leurs actions cinématographiques.
- Les actions et les manifestations culturelles de promotion du cinéma, notamment les actions de décentralisation et celles concernant les secteurs de l’art et essai et de la diffusion non commerciale.
- Les affaires intéressant la conservation du patrimoine cinématographique, la recherche et la mise en œuvre des nouvelles techniques (entre autres : télédistribution, vidéotransmission, satellites).
En avril 1986, le secrétariat général est dissout et laisse place à la direction de l’administration et des affaires financières dirigée par Isabelle Vaulont, jusqu’alors secrétaire générale.
La direction de l’administration et des affaires financières était chargée de l’administration et de la gestion de l’établissement et de ses agents, de l’exercice de ses compétences réglementaires et de ses missions de conception juridique, des tâches de prévision et d’exécution budgétaire et comptable ayant trait aux moyens des services et aux interventions financières du Centre. Elle comprenait la sous-direction des affaires financières, le service juridique, le service de la diffusion vidéo et télévisuelle, le service des professions ainsi que les services de l’informatique, du personnel et des ressources humaines et le service du matériel et de la logistique.
Au début de l’année 1996, le directeur général du CNC a procédé à une refonte de l’organisation du CNC. Cette modernisation a pour objectif de renforcer la cohérence de l’intervention du CNC et de l’adapter à l’évolution des secteurs du cinéma et de l’audiovisuel. Le secrétariat général est de nouveau créé. Dominique Barillé est alors nommée secrétaire générale par la décision n° 7-565 du 12 juin 1996.
Les successeurs de Dominique Barillé ont été Emmanuelle Nedey, nommée par la décision portant délégation de signature du directeur général n° 7-700 du 28 avril 2000, Christiane Vulvert nommée par la décision n° 7-707 du 21 septembre 2000, Thierry Peyrard nommé par la décision n° 7-786 du 21 décembre 2003, Alain Abécassis nommé par la décision n° 7-863 du 28 mai 2007 et Maylis Roques nommée par la décision n° 7-983 du 1er avril 2010.
Actuellement, le secrétariat général élabore et met en œuvre la politique relative aux ressources humaines, à la modernisation du fonctionnement administratif de l'établissement et au développement des systèmes d'organisation et d'information du CNC.
Il assure la gestion des crédits de fonctionnement et d'équipement de l'établissement et conduit les opérations immobilières.
Le secrétariat général a sous sa responsabilité :
- Le service de l’organisation et des systèmes d’information (SOSI) qui est chargé du développement, de l'exploitation et de la maintenance d'applications informatiques et bureautiques de gestion ou étendue aux professions du cinéma et de l'audiovisuel, du développement des nouvelles technologies de l'information et de la communication, de l'acquisition et du suivi des équipements nécessaires à ces développements.
- Le service du personnel et des ressources humaines qui est chargé de la gestion des emplois, carrières et formation, de la gestion administrative et du traitement des personnels, des questions statutaires, du fonctionnement des instances paritaires et des relations sociales
- Le service de l’inspection qui est chargé du contrôle du respect de la réglementation cinématographique et audiovisuelle, du contrôle des recettes et de la remontée des recettes des salles de cinéma, du contrôle de l'application des dispositions relatives à l'organisation du marché de la diffusion des œuvres cinématographiques en vidéo-cassettes à l'usage privé du public et de la régularité des séances organisées dans le secteur non commercial de la cinématographie. Il est également chargé de contrôler l'exécution et l'achèvement des travaux subventionnés au titre du soutien financier de l’état à l’industrie cinématographique (SFEIC).
- Les services généraux, chargés de la gestion des biens immobiliers et mobiliers, de l'approvisionnement et des stocks, des archives, du fonctionnement du Comité d'hygiène et de sécurité, et de l'ensemble des fonctions logistiques accueil, courrier, télécommunication, reprographie, maintenance. Ils sont également chargés du fonctionnement des salles de projection du CNC.