L'administration du département de la Marine se réduit à l'origine à trois principaux services, deux bureaux aux compétences très larges, Ponant et Levant regroupant en fait presque toutes les attributions du secrétariat d'État délimités géographiquement suivant les pratiques jusque-là en vigueur, et le bureau des fonds, auxquels s'ajoutent principalement une direction du commerce compétente pour l'Atlantique (Lagny), des embryons de service des classes (Husson de Bonrepaus) et de cartes et plans (Pesne).
Le XVIIIe siècle voit le démembrement des services du Ponant et du Levant et l'apparition de bureaux spécialisés, de contenu et délimitation variables, dont les modifications intervenaient en général à l'occasion des départs ou décès des premiers commis placés à leur tête :
- le bureau des consulats du Ponant (1709) ;
- le bureau des colonies (1710) ;
- le bureau des classes (1711) ;
- bureau des consulats de Levant et de Barbarie (1738) ;
- le bureau du commerce et des consulats qui réunit les anciens bureaux des consulats du Ponant et bureau des consulats de Levant et de Barbarie (1743) ;
- le bureau de police des ports en 1738 qui regroupe les restes des anciens bureaux du Ponant et du Levant.
Les bureaux comprenaient un ou plusieurs « détails » (services) à peu près stables, mais susceptibles d'être transférés d'un bureau à un autre, ou d'être érigés en bureaux à part entière. Ainsi, le détail des officiers militaires est une composante du bureau des Fonds jusqu'en 1747, et ce n'est qu'à partir de cette date que s'organise un grand bureau du personnel, etc. Chacun de ces bureaux ou de ces détails a produit de petits fonds d'archives comprenant « décisions », « lettres reçues », « mémoires et pièces diverses » et surtout des « ordres et dépêches » (correspondance au départ) dont les registres (avec tables) constitués anciennement pour les besoins du service permettent de reconstituer l'histoire des pratiques administratives.
Ces bureaux sont regroupés en quatre grandes divisions à la fin de l'Ancien régime (« directions » ou « intendances générales ») :
- direction générale de la Marine (dirigée en 1789 par Claret de Fleurieu, directeur des ports et arsenaux) ;
- colonies ;
- classes et consulats (et pêches) ;
- fonds de la Marine et des Colonies.
Le secrétariat d'État de la Marine comprenait en outre plusieurs services de nature particulière, chargés de la conservation des « titres » et de la documentation, d'abord exclusivement au service de l'administration puis également du public, apparus officiellement au cours du XVIIIe siècle : archives (1699 ou environ), dépôt des cartes, plans et journaux de la Marine (1720), dépôt des papiers publics des colonies (1776), dépôt des fortifications des colonies (1778).
Les affaires de la Marine, apparues en 1626 dans les attributions des secrétaires d'État, étaient alors réparties entre marine du Ponant (flotte de l'Atlantique) et marine du Levant (flotte de la Méditerranée) et dirigées au sommet par le grand-maître, chef et surintendant général de la navigation et du commerce de France dont le premier titulaire fut le cardinal de Richelieu. Réunies en 1642, elles sont dissociées à nouveau en 1661 entre la Guerre (marine du Levant) et les Affaires étrangères (marine du Ponant). En 1662, elles sont attribuées nominativement à Hugues de Lionne, secrétaire d'État des Affaires étrangères, mais c'est Colbert qui assure la charge des deux marines définitivement réunies tandis que Lionne se contente de signer les expéditions. Cette situation dure jusqu'au début de l'année 1669 : Colbert, qui était déjà contrôleur général des finances, acquiert le 18 février de Duplessis-Guénégaud une charge de secrétaire d'État, et un règlement du 7 mars suivant démembre la Marine du département de Lionne pour la joindre à celui de Colbert, entérinant ainsi la création du département de la Marine au profit de ce dernier.
La suppression de la charge de grand-maître de la navigation, consécutive à la mort du duc de Beaufort, tué au siège de Candie le 25 juin 1669, et les prérogatives bien amoindries attachées à celle d'amiral de France rétablie au profit du comte de Vermandois, alors âgé de quatre ans, laissèrent toute latitude à Colbert puis à son fils Seignelay (1683-1690) pour réorganiser la Marine.
Colbert se retrouve en effet en 1669 à la tête d'un vaste département, dont les attributions ne devaient guère varier jusqu'à la fin de l'Ancien Régime. Celui-ci comprenait en effet : marine de guerre (y compris les galères supprimées seulement en 1748) et de commerce, colonies (dont le secrétaire d'État nomme les intendants), commerce maritime et colonial, compagnies de commerce, pêches, consulats ; en dépendaient deux catégories de personnel, civil ("entretenus" aux fonctions variées) et militaire. Quelques conflits d'attributions surgissent avec le Contrôle général des finances à propos du commerce et avec la Guerre à propos des fortifications ; les troupes passent sous le contrôle de la Guerre à la fin de l'Ancien régime.
Le secrétaire d'Etat de la Marine rapportait au Conseil des dépêches des affaires de son département à l'instar des autres secrétaires d'Etat mais, à la différence de ces derniers, il intervenait également au Conseil royal des finances quand on y traitait des appels interjetés des décisions du Conseil des prises et il signait les minutes des arrêts pris en conséquence.
Entre 1669 et 1790, on compte vingt secrétaires d’État dont les principaux furent Colbert, son fils Seignelay, les Pontchartrain, Maurepas, Choiseul et Praslin, Sartine, Castries, La Luzerne. Plusieurs d'entre eux ont occupé en même temps d'autres postes ministériels, notamment le Contrôle général des finances, la Maison du roi, la Guerre ou les Affaires étrangères. Dernier secrétaire d'État de l'Ancien régime, La Luzerne est remplacé par Claret de Fleurieu, premier titulaire du nouveau ministère de la Marine et des Colonies, le 26 octobre 1790.
Un décret de 1899 ordonne le dépôt aux Archives nationales des archives de la Marine n'ayant plus qu'un caractère historique. Elles avaient reçu un cadre de classement spécifique entériné par décret du 24 juin 1887.
Lien vers la notice d'autorité de la BnF
Le ministère de la Marine succède au secrétariat d'État de la Marine en 1790.
L'administration des consulats consiste en bureau(x) du secrétariat d'Etat de la Marine
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