Depuis le règlement de Colbert du 7 mars 1669 sur l'organisation de son ministère, la correspondance était adressée au secrétaire d'État de la Marine par les titulaires des postes consulaires, et traitée par un bureau au sein du département de la Marine, dont la dénomination a varié au cours du temps : bureau du Ponant pour les consulats d'Espagne, du Portugal, d'Italie et du Nord, et bureau du Levant pour les consulats de Levant et Barbarie au XVIIe siècle ; bureau des consulats du Ponant pour les consulats d'Espagne, du Portugal, d'Italie et du Nord, et bureau du Levant pour les consulats de Levant et Barbarie (1709) ; bureau des consulats du Ponant et bureau du commerce et des consulats du Levant et de Barbarie (1er juillet 1738) ; bureau du commerce maritime et des consulats - ordinairement dénommé bureau des consulats, le 1er décembre 1743 ; administration des consulats et du Levant (1er juillet 1782) ; administration des consulats et des classes (1786) ; administration des consulats, du commerce maritime et des pêches (1790). Ainsi se distinguent deux grandes zones géographiques : l'Espagne, le Portugal, l'Italie et le Nord, ou pays de chrétienté, et Levant et Barbarie.
Selon le « Mémoire sur le nouveau Département de Monseigneur », rédigé en 1690 par un commis des bureaux de la Marine, Joseph de Latouche (mort en 1710) dirigeait alors le bureau du Ponant et avait dans ses attributions les consulats et le commerce de l’Espagne, du Portugal, d'Italie et du Nord ; en 1706, trois commis sont placés sous les ordres du premier commis (les sieurs Baudelin, Joseph Pellerin et François Maurice Laffilard) ; le 1er juillet 1709, Henry Besset de La Chapelle devient le premier commis de ce bureau, désormais nommé « bureau des consulats du Ponant pour les consulats d'Espagne, du Portugal, d'Italie et du Nord », et il conserve les mêmes commis. Le bureau du Levant était quant à lui dirigé par Charles de Salaberry (1659-1734) depuis 1688, avec l’aide de trois commis. Ces premiers commis sont à cette époque en relation avec le directeur du commerce Jean-Baptiste de Lagny (mort en 1701).
À partir de 1711, les bureaux en charge des consulats sont dirigés par un premier commis : François Ambroise Daubenton (1711-1734) et Jean-Baptiste Daubenton de Vauraoux (1734-1743) pour le bureau des consulats du Ponant, Joseph Pellerin (1728-1738) et Pierre Jean Pignon pour le bureau de Levant et Barbarie (1738-1741). Charles Cardin Le Guay, premier commis du bureau de Levant et Barbarie (1741-1743), prend la tête du bureau des consulats, résultant de la réunion des bureaux du Ponant et du Levant, jusqu’en 1773. Lui succèdent Jean Charles Nicolas Amé de Saint-Didier (1773-1781) ; Honoré Auguste Sabatier de Cabre (1782-1788) ; Charles François de La Neuville (1788-1792) et Joseph Barralier (1792-1793). Par le décret du 14 février 1793, la Convention rattache les consulats au ministère des Relations extérieures (Affaires étrangères).
Jusqu’à la fin du règne de Louis XIV, les services centraux des consulats sont administrés par deux premiers commis et six commis subalternes. Ensuite, leur nombre ne peut être déterminé, mais il suit sans doute la même courbe de croissance que celle du personnel du secrétariat d’État puis ministère de la Marine, passé des trois commis de Colbert en 1669, à trente-cinq en 1715, soixante-quinze en 1753, cent quinze en 1775 et deux cent quinze en 1793.
L'administration des consulats consiste en bureau(x) du secrétariat d'Etat de la Marine