Le père Jean-Baptiste Rauzan (1757-1847) fonde en 1808, à la demande du cardinal Fesch, une congrégation de prêtres consacrés à l'étude et à la prédication des missions intérieures, qui s'installe dans l'ancien couvent des Chartreux à Lyon : les Missionnaires de la Miséricorde. Le but est avant tout de permettre la rechristianisation de la population française. L'échec du concile de Paris en 1811 mené par le cardinal Fesch et auquel a participé le père Rauzan pousse Napoléon à prononcer la dispersion des Missionnaires de la Miséricorde. Le retour au pouvoir des Bourbons permet au père Rauzan de reformer sa communauté. En 1815, il sollicite l'approbation de l'archevêque de Paris et la congrégation est officiellement reconnue par le ministre de l'Intérieur de Louis XVIII. De nouveaux membres rejoignent l'association, parmi lesquels Denis Frayssinous, fondateur du collège Stanislas, Charles de Forbin-Janson, vicaire-général de Chambéry et futur évêque de Nancy... Depuis Paris, les missions les conduisent à prêcher à Marseille, Orléans, Poitiers, Tours... En 1816, ses missionnaires se voient confier le service de l'ancien pélerinage du Calvaire au Mont-Valérien, à charge d'en entretenir les bâtiments abandonnés depuis 1814. En 1825, les Pères s'installent rue des Fossés-Saint-Jacques, puis dans l'ancien hôtel de Montmorency-Laval, rue de Varenne, où la Révolution de Juillet les disperse. Uniquement orientés vers les missions intérieures et possédant des maisons à Bordeaux, Orléans et Paris, les Pères de la Miséricorde, indemnisés de leur expulsion du Calvaire par Louis-Philippe, ne se sont jamais remis de la suppression légale du 25 décembre 1830.
De Rome, où il s'était réfugié de 1831 à 1833, le Père Rauzan reforme sa congrégation sous le nom de Pères de la Miséricorde et la dote de nouveaux statuts. En mars 1834, le pape Grégoire XIV reconnaît la congrégation des Prêtres de la Miséricorde et l'affilie à la congrégation Propaganda fide. La loi d'expulsion des congrégations entraîne l'installation de l'association en Belgique.
Peu nombreux et éprouvant des difficultés de recrutement, les Pères de la Miséricorde fondent cependant une chapelle française à New-York (1839-1946) à la demande de Mgr Hugues, évêque de New-York, pour prêcher aux immigrants francophones et créent une province d'Amérique. Le déclin de la congrégation (le statut de congrégation lui est accordé en 1961) se ressent au milieu du XXe siècle. Il ne reste plus que 6 prêtres en 1980.
En 1990, un vent de renouveau souffle sur les Prêtres de la Miséricorde qui ne sont actuellement plus que des Américains et comptent une quarantaine de membres, installés dans le Kentucky.
Le père Rauzan est le fondateur de la Compagnie des Missionnaires de France devenue en 1834 la Congrégation de la Miséricorde.
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