Au sommet de la structure interne de l’entreprise se trouve le président-directeur général puis le directeur général. La compagnie comprend des instances centrales (conseil d’administration, comité exécutif ou comité de direction générale.)
L’entreprise a toujours été caractérisée par la complexité de sa structure. Par conséquent, plusieurs réorganisations se sont succédé notamment dans le cadre des plans de restructurations, dès l’arrivée de la dérégulation du transport aérien en Europe à la fin des années 1980.
Présidence de Bernard Attali
Les structures sont réorganisées dans le cadre du plan stratégique « Cap 93 » dès 1991 : effort de recentrage et allègement du réseau avec la création d’un centre de décision stratégique du Groupe faisant du client sa priorité et la réorganisation de la fonction commerciale.
Présidence de Christian Blanc
Une révolution organisationnelle est opérée, à partir du 1er septembre 1994, avec la création de onze entités organisationnelles responsables de leurs ressources, de leurs dépenses et relativement autonomes sur le domaine d’activité.
Au début des années 1980, la compagnie affiche une position au quatrième rang mondial pour le transport de passagers et au deuxième rang mondial pour celui du fret. Cependant, à partir du mois de juillet 1988, la libéralisation progressive du transport aérien bouleverse la compagnie. C’est pourquoi, le 12 janvier 1990, le Groupe Air France est fondé regroupant Air France, Air Inter et UTA. La Société Nationale Air France disparaît. En 1993, la compagnie évite de peu la faillite, sauvée par plusieurs années de redressement. Le nouveau PDG, M. Christian Blanc, élabore le "Projet pour l'Entreprise 1994-1996" approuvé par référendum par les salariés. Ce plan stratégique de redressement assure à nouveau des bénéfices en 1996-1997. Le siège social est transféré sur le site de l’aéroport de Roissy-Charles de Gaulle en 1995, mais l’événement principal est la création, en 1996, d’une plate-forme de correspondances entre les vols courts, moyens et long-courriers d'Air France et d'une trentaine de compagnies partenaires. Ce « hub » est le plus performant d’Europe non seulement par les nouveaux services et produits tels que l’Airbus A340 assurant les lignes long-courriers sans escale ou encore la Navette au départ d’Orly pour Marseille, Nice, Toulouse et Bordeaux. Le 1er avril 1997, Air Inter fusionne définitivement avec Air France.
Présidents de la Compagnie