Le secrétaire général dirige le secrétariat général des ministères chargés des affaires sociales, constitué d'une équipe rapproché auprès du secrétaire général et de directions. Son organisation interne a évolué à plusieurs reprises depuis la création de la fonction en 2005.
La fonction de secrétaire général est créée en 2005. Le secrétaire général (SG) est chargé de coordonner l'action administrative et de préparer et mettre en œuvre la politique d'amélioration de la gestion publique. Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire général dispose, en tant que de besoin, des directions et services d'administration centrale ainsi que des services déconcentrés. Il est placé sous l'autorité conjointe des ministres en charge du travail et des affaires sociales.
En 2009, deux directions sont placées sous la tutelle directe du SG : la direction des ressources humaines (DRH) et celle des affaires financières, juridiques et des services (DAFJS). Elles héritent de l'ancienne direction d'administration générale du secteur santé (Direction de l'administration générale, du personnel et du budget, dite DAGPB) et d'une partie de celle du secteur travail (Direction de l'administration générale et de la modernisation des services, dite DAGEMO).
A la même date, le périmètre de compétence du secrétariat général et de ses directions est étendu au secteur jeunesse et sport. Les compétences de la Direction des ressources humaines, de l'administration et de la coordination générale (DRHACG) sont transférées aux directions du secrétariat général.
En 2011, le secrétariat général est réorganisé. La DAFJS devient Direction des affaires financières, informatiques, immobilières et des services (DAFIIS). Les affaires juridiques sont constituées en délégation rattachée directement au secrétaire général. De nouvelles entités sont également placées sous sa tutelle :
- la direction de l'administration générale et de la modernisation des services ;
- la délégation aux affaires européennes et internationales (DAEI) ;
- la délégation à l'information et à la communication (DICOM) ;
- la délégation à la stratégie des systèmes d'information de santé (DSSIS).
En 2013 est créé le secrétariat général chargé des affaires sociales. Les directions du secrétariat général sont réorganisées et de nouvelles directions lui sont rattachées :
- la direction des finances, des achats et des services succède (DFAS) à la DAFIIS ;
- la direction des systèmes d'information est créée par la fusion des sous-directions informatiques de la DAFIIS et de la DAGEMO ;
- la délégation aux affaires juridiques prend rang de direction ;
- la DAEI, la DICOM et la DSSIS restent inchangées.
En 2016, un délégué ministériel aux missions locales (DMML) est placé auprès du secrétaire général.
En 2017, le bureau de la communication de la jeunesse et des sports est placé sous l'autorité du secrétariat général.
Les secrétaires généraux des ministères sociaux depuis 2005 sont Jacques Rapoport (2005-2006), Marie-Caroline Bonnet-Galzy (2006-2008), Jean-Marie Bertrand (2008-2010), Emmanuelle Wargon (2010-2012), Denis Morin (2012-2013), Denis Piveteau (2013), Pierre-Louis Bras (2013-2014), Pierre Ricordeau (2016-2018) et Sabine Fourcade (2018-).
Le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales assiste, pour l'administration et la conduite des affaires de leur ministère, les ministres chargés de l'action sociale, de la sécurité sociale, de la santé, du travail, de l'emploi, de la formation professionnelle, des sports, de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative.
Le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales assiste, pour l'administration et la conduite des affaires de leur ministère, les ministres chargés de l'action sociale, de la sécurité sociale, de la santé, du travail, de l'emploi, de la formation professionnelle, des sports, de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative.
Le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales assiste, pour l'administration et la conduite des affaires de leur ministère, les ministres chargés de l'action sociale, de la sécurité sociale, de la santé, du travail, de l'emploi, de la formation professionnelle, des sports, de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative.
Le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales assiste, pour l'administration et la conduite des affaires de leur ministère, les ministres chargés de l'action sociale, de la sécurité sociale, de la santé, du travail, de l'emploi, de la formation professionnelle, des sports, de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative.