La Mission du pilotage des examens (MPE) a été créée en 2011 dans le cadre de la réorganisation de la Direction générale de l'enseignement scolaire (DGESCO) du 20 juillet 2010. Elle apparaît officiellement dans les organigrammes de l'administration centrale du ministère de l’Éducation nationale à partir de 2011 ; elle est néanmoins citée dans les textes officiels régissant le fonctionnement du ministère dès 2006 (arrêté du 17 mai 2006). Elle est directement rattachée au chef du service de l'instruction publique et de l'action pédagogique (DGESCO A), adjoint au directeur général de l'enseignement scolaire.
La Mission du pilotage des examens (MPE) assure le pilotage pédagogique et administratif des sessions d'examens de niveaux V et IV. Elle est également chargée du suivi de l'élaboration et de la diffusion des sujets, ainsi que de l'organisation des sessions, de la sécurisation et l'évaluation des sessions. Elle assure la maîtrise d'ouvrage des applications de gestion des examens et notamment le projet Cyclades. Enfin, elle organise le concours général des lycées et des métiers.
Elle s'appuie sur les structures académiques et travaille en lien étroit avec l'Inspection générale de l'éducation nationale (IGEN), les recteurs, les secrétaires généraux et les responsables des services académiques.