Après avoir fusionné avec le ministère de l’Industrie en 1947, le Commerce retrouve une certaine autonomie sous le gouvernement Michel Debré en 1959 avec la création d’un secrétariat d’État au Commerce placé sous la responsabilité du ministère des Finances et des Affaires économiques. C’est Joseph Fontanet, secrétaire d’État à l’Industrie et au Commerce avant cette date, qui devient secrétaire d’État au Commerce puis en 1960, secrétaire d’État au Commerce intérieur placé sous la tutelle du même ministère ; le ministère des Finances et des Affaires économiques. François Missoffe occupe ce poste de 1961 à fin 1962.
Sous le deuxième, le troisième et le quatrième gouvernement Georges Pompidou (1962-1968), tout comme sous le gouvernement de Maurice de Couve de Murville (1968-1969), le secrétariat d’État au Commerce se fond dans la direction des Affaires économiques du ministère de Finances et des Affaires économiques.
Ce n’est qu’en juin 1969, dans le gouvernement Jacques Chaban-Delmas qu’un poste de secrétariat d’État au Commerce est à nouveau créé et occupé par Jean Bailly avant d’être remplacé en juillet 1972 par un ministère entièrement dédié au Commerce et à l’Artisanat.
Durant ces douze années, les secrétaires d’État sont chargés des mêmes missions ; gérer les questions relatives au commerce et aux prestations de services mais aussi les relations avec les chambres de commerce et d'industrie ou encore avec les organisations professionnelles du commerce.
Secrétaires d’État :
- Joseph Fontanet, secrétaire d’État au Commerce et à l’Industrie, janvier 1959-janvier 1960
- Joseph Fontanet, secrétaire d’État au Commerce intérieur, janvier 1960-septembre 1961
- François Missoffe, secrétaire d’État au Commerce intérieur,septembre 1961-1962
- Jean Bailly, secrétaire d’État au Commerce, juillet 1969-juillet 1972
Antoine Veil est directeur de cabinet du secrétaire d'État à l'industrie et au commerce.