Diplômé d’une licence de philosophie de l’université Paris 1 Panthéon-Sorbonne en 1972 et d’une maîtrise d’économie en 1978 dans la même université, André Loth a obtenu le CAPES de sciences économiques et sociales en 1978 et a commencé sa carrière comme professeur certifié de sciences économiques et sociales de 1978 à 1986 au ministère chargé de l’Éducation nationale.
Il est reçu au concours d’entrée de l’école nationale d’administration en 1987.
À l’issue de sa formation, il est nommé, en février 1989, chef de la mission Programme de médicalisation du système d’information (PMSI) à la direction des hôpitaux au ministère de la Solidarité, de la santé et de la protection sociale. À compter de septembre 1991, cette mission relève de la sous-direction des techniques hospitalières et des systèmes d’information.
Du 1er avril 1993 au 1er avril 1995, il est affecté au ministère de l’économie et du budget en tant que chargé d’étude sur l’économie de la santé au sein du bureau des transferts sociaux de la sous-direction des finances publiques à la direction de la prévision.
D’avril 1995 à fin 2003, André Loth se consacre à la mise en place du projet SESAM-Vitale (système électronique de saisie de l’assurance maladie-carte Vitale) jusqu’en mars 1999 en tant que chef de la division de l’informatique et des nouvelles technologies au sein de la direction de la sécurité sociale du ministère du Travail et des affaires sociales puis de mars 1999 à décembre 2003 au sein de la Caisse nationale d’assurance maladie des travailleurs salariés.
La division de l’informatique est chargée de la politique relative à l’utilisation des nouvelles technologies informatiques dans le domaine de la protection sociale, notamment des cartes à mémoire dans les secteurs sanitaires et sociaux, des échanges de données informatiques (EDI), du réseau télématique européen pour la protection sociale (TESS). Il assure le secrétariat du comité stratégique et a des fonctions de commissaire du gouvernement au sein du groupement d’intérêt économie Sésame-Vitale et au groupement d’intérêt public pour les cartes de professionnels de santé.
À la Caisse nationale d’assurance maladie des travailleurs salariés (CNAMTS), il est sous-directeur d’administration centrale, responsable de la maîtrise d’ouvrage du projet et directeur du projet SESAM-Vitale.
De janvier 2004 à décembre 2006, il est détaché en tant que directeur du système d’information au centre hospitalier régional universitaire de Lille où il est chargé de mission tarification à l’activité.
En 2006, il est nommé, par ailleurs, au comité d’orientation du groupement d’intérêt public du dossier médical personnel en tant que personnalité qualifiée au titre des établissements de santé.
En janvier 2007, il devient chef de la mission pour l’information du système de santé (MISS).
Cette mission existe depuis la nomination, par arrêté du 22 avril 1998, d’un chargé de mission pour l’informatisation du système de santé pour assister le ministère de la Santé, de la jeunesse et des sports dans la conduite d’une réflexion stratégique sur la cohérence des divers projets informatiques dans le domaine de la santé, au niveau national et international. Elle assure la représentation du ministère auprès des organismes publics qui ont les mêmes projets. Elle est l’interlocutrice des professionnels et des établissements de santé des industriels et des sociétés de service. Elle assure la mise en place d’outils de coordination permettant de définir des standards communs : identifiant national de santé (INS), répertoire partagé des professionnels de santé (RPPS) et répertoire mutualisé des entités sanitaires et sociales (RMESS).
D’avril 2010 à mai 2011, il est mis à disposition de l’Inspection générale des affaires sociales au sein du ministère de la Santé et des sports pour diverses missions dont celle d’appui à la conception du plan hôpital numérique.
Enfin, à partir de mai 2011, il devient directeur du projet « Ouverture et gouvernance des données de santé » à la direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques) du ministère des Affaires sociales et de la santé, du ministère du Travail et du ministère de l’économie jusqu’à ce qu’il fasse valoir ses droits à la retraite le 2 avril 2016.
André Loth est chef de la mission des programmes médicalisés des systèmes d’information de 1991 à 1993
André Loth est chef de la division de l’informatique et des nouvelles technologies de 1995 à 1999
André Loth est directeur du projet SESAM-Vitale de 1999 à 2003
André Loth est chef de la mission pour l’informatisation du système de santé (MISS) de 2007 à 2009
André Loth est inspecteur des affaires sociales de 2010 à 2011
André Loth est directeur du projet « Ouverture et gouvernance des données de santé » de 2011 à 2016
André Loth est élève de l’école nationale d’administration, de la promotion 1987-1989 « Liberté-égalité-fraternité ».