Inauguré le 10 janvier 1934, l'Institut de Psychanalyse de Paris (IP) est alors un organe de formation rattaché à la Société Psychanalytique de Paris (SPP), fondée en 1926. Marie Bonaparte en est la première directrice. Dans cette première phase de son existence, les locaux de l'Institut, qui comprennent une bibliothèque, sont situés 137, boulevard Saint-Germain. En avril 1936, une Polyclinique est également fondée sous l'égide de l'Institut par John Leuba et Michel Cénac. En 1940, l'Institut est fermé et ses archives sont soit détruites, soit éparpillées.
En 1945, la SPP se réorganise et le mouvement psychanalytique prend son essor. La nécessité de fonder à nouveau un Institut de formation s'impose face à la demande croissante de candidats voulant s'initier à la nouvelle discipline. En septembre 1949, Sacha Nacht et Jacques Lacan rédigent les « Règlement et doctrine de la Commission de l'Enseignement déléguée par la SPP » qui répondent au besoin d'établir des critères et des normes concernant la formation et la transmission et réaffirment l'appartenance des psychanalystes français à l'Association internationale de psychanalyse (API).
Le 20 janvier 1953, les statuts de l'IP sont adoptés à l'assemblée générale de la SPP, l'assemblée de fondation de l'Institut se tient le 24 mars suivant. Dès mars 1953, l'IP est ouvert et débute ses enseignements. La déclaration en préfecture du 28 mai 1953 le déclare comme une association autonome régie par la loi 1901. L'établissement est officiellement inauguré le 1er juin 1954 au 187, rue Saint-Jacques.
Très rapidement après sa création, des divergences statutaires aboutissent à la première scission. Le 16 juin 1953, un groupe d'analystes formateurs (Daniel Lagache, Françoise Dolto, Juliette Favez-Boutonnier, Blanche Reverchon-Jouve et Jacques Lacan) démissionne de l'IP et fonde la Société française de psychanalyse (SFP).
À partir de 1953-1954, l’Institut de Psychanalyse, que S. Nacht va diriger jusqu’en 1962, prend de l’ampleur : il devient un lieu d’enseignement, de formation pratique, ainsi qu’un centre de recherches. Ce qui deviendra ultérieurement le Centre de consultations et de traitements psychanalytiques Jean-Favreau (C.C.T.P.) sera créé en 1954 par l’Institut de psychanalyse à l’initiative de S. Nacht et de R. Diatkine.
Dès 1974, André Green, directeur de l'IP, préconise la fusion de la SPP et de l'IP en une seule association prenant en charge la totalité des aspects de la vie psychanalytique dans les trois secteurs institutionnels qui la concernent : le secteur scientifique, le secteur de formation et le secteur thérapeutique. Le processus n'arrive à son terme qu'une dizaine d'années plus tard. Le 21 mai 1984, le président de l'API annonce que la SPP doit être placée sous surveillance et que l'Institut doit transférer à la Société l'ensemble de ses activités de formation. Le 6 mai 1986, la SPP vote le nouveau projet de fusion et, enfin, l'Institut l'entérine à son tour à l'Assemblée générale extraordinaire du 3 juin 1986.
Marie Bonaparte est la première directrice de l'Institut de psychanalyse de Paris.