Les conseillers généraux participent à des missions de contrôle et de conseil sur le fonctionnement des établissements de santé. L'organisation interne de la fonction a évolué à plusieurs reprises depuis sa création en 2005.
Les conseillers généraux ont été créés dans le cadre de la simplification du régime juridique et de la modernisation des établissements hospitaliers publics et privés.
L'ordonnance du 2 du mai 2005 sur la simplification du régime juridique des établissements de santé, prévoit l’intervention dans certains hôpitaux de conseillers généraux des établissements de santé qui doivent contribuer à l'amélioration de la gestion interne des hôpitaux et constituer, une étape vers la création d’une véritable inspection générale des hôpitaux.
Le statut d’emploi des conseillers généraux des établissements de santé est créé par le décret n° 2006-720 du 21 juin 2006. Ils sont placés auprès du ministre de la Santé et leur activité s'exerce en lien avec la direction de l'hospitalisation et de l'organisation des soins.
Compte tenu de leurs corps d'origine (praticiens hospitaliers, directeurs d'hôpitaux ou personnes ayant occupé des fonctions en relation avec l'hôpital), leur gestion administrative est confiée au centre national de gestion (CNG).
Les missions de conseiller général des établissements de santé sont définies aux articles L. 6143-3-1 et L. 6161-3-1 du Code de la santé publique :
• administration provisoire d’un établissement de santé en cas de manquement grave portant atteinte à la sécurité des patients ou en l’absence de redressement de la situation de l’établissement pour une durée maximale de 12 mois
• administration provisoire d’un établissement faisant apparaître un déséquilibre financier ou des dysfonctionnements dans la gestion de l’établissement pour une durée maximale de 6 mois.
Ils se voient également confier une mission de coordination, de contrôle et de conseil auprès du ministre en charge de la santé afin de proposer des mesures de correction, d’amélioration du fonctionnement des établissements de santé.
Ils peuvent entreprendre des enquêtes, des études sur la gestion administrative et financière des établissements hospitaliers.
Enfin, ils peuvent se voir confier des missions d’appui technique, d’audit ou de contrôle de gestion sur la demande des chefs d’établissement.
Les conseillers généraux des établissements de santé sont des experts en audit et doivent se montrer facilement mobilisables pour des missions confiées par la DHOS dans un souci d’efficience de l’exercice hospitalier.
L'arrêté du 18 janvier 2010 modifiant l'arrêté du 12 mars 2003 portant organisation de l'inspection générale des affaires sociales, rattache les conseillers généraux des établissements de santé (CGES) à l’Inspection générale des affaires sociales (IGAS).
Cette décision vise à créer un pôle d’inspection, de contrôle, d’évaluation et d’appui en matière de santé et d’organisation des soins. Il s’agit de mieux coordonner les interventions de l’IGAS et des CGES par le rapprochement de leurs méthodes et de leurs programmes de travail.
La fin du statut de conseiller général des établissements de santé est prévue par l'ordonnance n° 2017-46 du 19 janvier 2017 relative à la prise en charge de la rémunération des personnels des établissements de santé mis à disposition des inspections générales interministérielles et abrogeant les dispositions relatives aux conseillers généraux des établissements de santé.
A sa nomination le conseiller est placé sous l’autorité de la direction de la fonction publique hospitalière (DGOS)
A partir de 2010 les conseillers sont rattachés directement à l'inspection générale des affaires sociales (IGAS)