- De 1987 à 1989, la mission d’aménagement des rythmes scolaires est rattachée directement au Secrétaire d'État chargé de la Jeunesse et des sports placé auprès du ministère de l’Éducation nationale.
- En 1990, la mission devient mission des rythmes scolaires, sans changement de rattachement.
- Entre 1991 à 1993, suite à la création du ministère de la Jeunesse et des sports, le rattachement de la mission est inchangé.
- De 1994 à 1999, la mission devient mission aménagement des rythmes de vie de l’enfant et du jeune. Elle est rattachée à la Direction de la jeunesse et de la vie associative, département enfants et jeunes dans la cité.
La mission a compétence pour toutes les questions relatives à l'aménagement du temps de l'enfant :
- l'étude et la prospective : documentation et recherche ;
- l'information : diffusion de documentation et fiches techniques ; sensibilisation et formation des agents des services extérieurs aux problèmes de l’aménagement du temps.
- des actions interministérielles, nationales et régionales.
À ce titre, elle est chargée d'élaborer, suivre et évaluer le programme des contrats d'aménagement du temps de l'enfant et les contrats ville-enfant et ville-enfant-jeune. Par la suite, elle se trouve chargée également des sites d'aménagement des rythmes scolaires (1999) puis des contrats éducatifs locaux et des contrats d'aménagement des rythmes de vie (2000).
Lors de la réorganisation de l'administration centrale du ministère de la Jeunesse et des sports, suite à l'arrêté du 21 septembre 1999, une partie des compétences de la mission est reprise par le bureau des politiques éducatives territoriales de la direction de la Jeunesse et de l'éducation populaire, nouvellement créée (bureau DJEP/3).