La date de début correspond à la date de déclaration en préfecture.
La présidence de l’association est assurée successivement par Bernard Blumenkranz (1963-1989) et Jean-Claude Kuperminc.
Dès le début du XXe siècle, la question de la protection des archives des institutions juives en France est posée, notamment par Moïse Ginsburger, érudit alsacien. Après la deuxième guerre mondiale, en réponse à la destruction des communautés juives et de leur histoire due à la perte de leurs archives, l’intérêt pour la sauvegarde de ces dernières relève d’un enjeu mémoriel essentiel. Par exemple, en Israël, une équipe d’archivistes entreprend la reconstitution des archives du judaïsme allemand et se propose d’étendre ce rassemblement à toutes les communautés et organisations juives d’Europe.
En 1962, la Commission française des archives juives (CFAJ) est fondée par Bernard Blumenkranz (1913-1989), Gilbert Cahen, Roger Berg (1910-1994), Gérard Nahon (1931-2018), Léon Poliakov (1910-1997) et Georges Weil. Son objet est la sauvegarde des archives communautaires juives, la constitution d’un dépôt central de ces archives et l’étude des problèmes concernant l’histoire des Juifs.
Après l’échec du sauvetage des archives des communautés juives d’Algérie en 1962, les archives de la communauté juive de Versailles sont choisies pour êtres les premières sur lesquelles l’effort de classement est porté. L’inventaire des documents offre un exemple de cadre de classement des archives communautaires, comme celui déjà adopté pour les archives de l’Alliance israélite universelle qui disposait du seul inventaire existant jusqu’alors en France. L’expérience est reproduite ensuite avec les archives de l’association cultuelle israélite de Paris et du Consistoire central israélite de France. Ainsi, au début des années 1970, l’histoire de trois importantes institutions juives de France peut être écrite à partir de leurs archives.
Si la constitution d’un dépôt central des archives communautaires juives reste à l'état de projet, la CFAJ concentre son action sur les travaux de recherche scientifique. Il s’agit par exemple de la publication du périodique Archives juives, dont le premier numéro paraît en 1965, devenu revue scientifique et biannuel, ou de la publication des Cahiers de la Commission française des archives juives. Il s’agit également de la diffusion d’ouvrages de la collection Franco-Judaica, amorcée à partir de 1968 avec l’ Histoire des juifs de France, écrit sous la direction de Bernard Blumenkranz. Ce dernier est le fondateur en 1972 de l’Unité propre de recherche (UPR 208) « Nouvelle Gallia judaica », dont l’objectif scientifique initial est de dresser une géographie historique des Juifs de France, tout en privilégiant le Moyen Âge, afin de prolonger, à partir de sources écrites hébraïques, latines, françaises, manuscrites et imprimées, ainsi que des vestiges archéologiques (inscriptions, synagogues, quartiers), le travail d’Henri Gross, publié à la fin du XIXe siècle, Gallia judaica, Dictionnaire géographique de la France d’après les sources rabbiniques. Il s’agit aussi de la coréalisation avec les Archives nationales du Dictionnaire biographique des rabbins et autres ministres du culte israélite, qui présente plus de 2 800 notices individuelles de rabbins et autres ministres du culte israélite en exercice au XIXe siècle en France (Alsace-Lorraine comprise) et Algérie.
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