La date de début correspond à la date de déclaration en préfecture.
Le MRJC est organisé selon une structure à plusieurs échelles : internationale (International Movement of Catholic Agricultural Rural Youth), nationale, régionale, départementale et locale. Les assemblées générales nationales valident les grandes orientations de l'association pour les années à venir en fonction des réalités des différentes sections MRJC. En amont, les assemblées générales régionales et départementales définissent leurs priorités de section et les projets à mener. Le conseil d'administration national définit les axes stratégiques de l'association selon les orientations votées en assemblée générale. Les conseils d’administrations régionaux et départementaux définissent les axes stratégiques de leurs territoires et les mettent en œuvre.
Entre 1961 et 1965, la jeunesse agricole Catholique (JAC) et la jeunesse agricole Catholique féminine (JACF) se transforment respectivement en Mouvement Rural de Jeunesse catholique (MRJC) et en Mouvement Rural de Jeunesse catholique Féminine (MRJCF). Le 20 juin 1963, le MRJC, la jeunesse Commerçante et Artisanale Catholique (JCAC) et la Jeunesse Rurale Ouvrière Catholique (JROC), toutes trois sises 42, rue La Bruyère, à Paris, sont déclarées à la préfecture de la Seine sous la forme d’associations loi 1901. L’objet de la première est de réunir des associations groupant des jeunes appartenant au milieu rural afin d’assurer entre elles une liaison et une coordination. Au début de l’année 1966, le MRJC et le MRJCF fusionnent en un seul mouvement mixte qui, le 16 mai 1966, devient officiellement le Mouvement Rural de Jeunesse Chrétienne (MRJC). Le même jour, le MRJC accueille dans les locaux de son siège social les associations : Jeunesse Chrétienne des Services sociaux (JCSS, anciennement Jeunesse Chrétienne des Services sociaux et Familiaux) et Jeunesse Commerçante et Artisanale Chrétienne (JCAC, anciennement Jeunesse Commerçante et Artisanale Catholique).
Dans la continuité de mai 1968, le MRJC s’engage dans les luttes des années 1970, notamment l’opposition à l’extension d’un camp militaire sur le causse du Larzac. Le slogan « Vivre et travailler au pays », l’idéologie marxiste et la notion de lutte des classes infusent en son sein : l’autogestion, la prise en main par les travailleuses et travailleurs de leur outil de production deviennent des enjeux premiers pour les jeunes. Cette politisation du MRJC, source de différends avec les autorités ecclésiastiques, conduit l'association à connaître deux crises : en 1965 et 1972. En novembre 1972, l'équipe nationale maoïste du mouvement prône l'action révolutionnaire directe des militants. Mais le rejet de cette stratégie par une majorité de militants, qui optent pour un engagement dans les organisations syndicales existantes (CGT, CFDT, etc.) et au sein de l'Union de la gauche, provoque la démission de l’équipe nationale et des scissions dans les sections locales. Le 28 juillet 1975, l’association modifie son objet : il concerne désormais l’éducation de tous les jeunes du monde rural, pour la recherche des formes et des moyens d’action pour assurer un lien entre eux et étudier ensemble des problèmes qui les concerne.
Au cours des années 1980-1990, en pleine politique de décentralisation, l’aménagement du territoire évolue en France autour de la logique du développement local, dont témoigne le développement des intercommunalités. Le MRJC reconstruit la cohérence de son action et le cœur de sa base militante sur l’enjeu de répondre aux « besoins du territoire ». En ce sens, le 16 octobre 1996, l’association déclare à la préfecture de Paris son nouvel objet : « éducation de jeunes ruraux ; pour ce faire, organiser toutes réunions, stages, manifestations, colloques, centres de vacances et loisirs, séjours et voyages d’études à l’étranger, éditer tout document correspondant à ses formations et informations et gérer tous locaux nécessaires à ses diverses activités ». Bien qu’ayant abandonné les références au marxisme, le MRJC continue de participer aux luttes sociales : en 2004, il organise un rassemblement national intitulé « On change le monde ? » à Vannes, dans le Morbihan, durant lequel des milliers de participants peuvent débattre sur l'emploi, l'agriculture et l'école, et participer à des conférences sur la construction européenne, la crise du politique, les alternatives économiques et le développement durable, etc.
Le 28 octobre 2010, l’association déclare à la préfecture de Paris son nouvel objet, après que le projet associatif du MRJC fut défini au sein d’un rapport d’orientations voté lors d’une assemblée générale nationale. Association d’éducation populaire gérée et animée par des jeunes, elle veut offrir la possibilité aux jeunes ruraux, sans distinction de genre, d’origine et de religion, de vivre des expériences d’engagement, de citoyenneté et d’exercer des responsabilités associatives. Ses projets visent à favoriser l’intégration socio-économique des jeunes dans les territoires ruraux, dans une visée de transformation sociale qui passe par des actions collectives portant notamment sur l’éducation, l’emploi et l’agriculture. À cette fin, elle organise des formations et des séjours éducatifs ou toutes autres activités utiles. Par exemple, en 2016, le MRJC lance les fabriques du monde rural : lieux d’enseignement et de sociabilité, ces fabriquent regroupent des espaces d’activités (agriculture, artisanat, culture, entreprenariat social, etc.) et des formations dans le but de permettre aux jeunes de mûrir un projet professionnel et de conduire des actions collectives pour animer le territoire dans lequel ils s’inscrivent.
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