Héritant des services de la direction de la répression des fraudes, la direction de l’enseignement est d’abord organisée en quatre bureaux qui s’occupent d’enseignement, de répression des fraudes, et des services vétérinaires. Ces deux dernières fonctions lui sont détachées, et l’enseignement et les recherches deviennent le cœur des missions de la direction, qui se compose toujours entre 1945 et 1956 de trois bureaux dont les attributions évoluent au fur et à mesure des réorganisations. C’est à partir de 1956 et 1957 que ce qui est alors la direction de l’enseignement voit ses services étoffés : elle est organisée en deux sous-directions, l’une des études et affaires générales, l’autre de l’enseignement de l’apprentissage, avec de nombreux bureaux dédiés soit aux missions elles-mêmes soit au support de celles-ci (affaires financières, gestion des personnels). En décembre 1959, la Direction générale de l’enseignement et de la vulgarisation se compose de quatre sous-directions :
et d’un service de la coopération technique outre-mer.
Les débuts de l’enseignement agricole sont antérieurs à la création d'un ministère de l'Agriculture indépendant : le décret Tourret de 1848 a ainsi instauré des écoles départementales et régionales ainsi que l’Institut national agronomique. En 1881, la première division de la direction de l’Agriculture du nouveau ministère est dédiée aux encouragements agricoles et services vétérinaires, divisée entre un bureau de l’enseignement agricole et un bureau des écoles et services vétérinaires. En 1940, les services de l’enseignement deviennent la direction de l’enseignement et des services scientifiques de l’agriculture, au sein de la direction de l’enseignement agricole et vétérinaire, des recherches, des services sanitaires et de la répression des fraudes. En décembre 1940, elle est renommée direction de l’enseignement et des services scientifiques de l’agriculture. La direction de l’enseignement en est détachée en mai 1942 lors de la réorganisation des services du ministère par l’État français. Elle est alors rattachée au Secrétariat général aux questions paysannes et à l’équipement rural, nouvellement créé. En décembre 1956, elle devient la direction de l'enseignement et de la formation professionnelle agricoles puis en 1959 la direction générale de l'enseignement et de la vulgarisation. Elle a pour fonction l’enseignement et la formation professionnelle agricole, mais aussi vétérinaire et ménagère. Elle gère les établissements qui sont placés sous sa tutelle, notamment les grandes écoles agronomiques. Elle contrôle enfin les établissements d’enseignement privé reconnus par l’administration. À partir de 1959, cette direction apporte également son concours au fonctionnement des organismes d’éducation populaire en milieu rural et assure le secrétariat de la commission de la jeunesse du ministère de l’Agriculture. Enfin, en accord avec son changement de nom, elle élabore le programme de vulgarisation en liaison avec le Conseil national de la vulgarisation. On lui rattache aussi l’Institut national de la recherche agronomique, le service de la coopération technique outre-mer et l’Ecole supérieure d’application de l’agriculture tropicale. Le 2 août 1960, c’est dans le cadre de cette administration qu’est votée la loi de modernisation de l’enseignement agricole, qui a pour but d’accompagner les évolutions de l’agriculture. La structure de l’enseignement agricole se rapproche ainsi de celle de l’Éducation nationale. L’année suivante, la loi du 24 novembre 1961 réorganise le ministère. La direction de l’enseignement intègre en 1961 la direction générale de l’enseignement et des affaires professionnelles et sociales, qui gère tout ce qui concerne le statut personnel et professionnel de l’agriculteur, que ce soit la formation, l’emploi, la main-d’œuvre, la mutualité agricole. En 1970, elle devient la direction générale de l'enseignement et de la recherche.
La Direction de l'Enseignement reprend les fonctions du Secrétariat général à l'Agriculture
Bureau au sein de la direction
Direction au sein du Secrétariat général aux Questions paysannes et à l'Équipement rural
Direction au sein du SGA
Direction au sein de la Direction générale