Le cabinet du ministre est composé de :
Directeurs de cabinet :
- Yvon Bourges (mai 1961-[1963])
- Jacques Aubert (à partir de 1963)
Directeurs-adjoints de cabinet :
- Jacques Bonis-Charancle (mai 1961-[juin 1964])
- Jean Bozzi (à partir de 1963)
Chefs de cabinet :
- Gérard Prioux (mai 1961-[juin 1964])
- Maurice Ligot (juin 1964-1966)
- Alain Ohrel (à partir de 1966)
Chef-adjoint de cabinet :
- Pierre Lasserre du Rozel (mai 1961-1966)
Chargés de mission auprès du ministre :
- Alexandre Sanguinetti (mai 1961-1962), chargé des affaires relevant de la direction générale de la Sûreté nationale et de la Préfecture de police en ce qui concerne leur organisation et leurs activités
- Jacques Patault (mai 1961-1962), chargé des relations avec les assemblées et le Conseil économique et social
- Guy Bégué (à partir de mai 1961), chargé des relations avec la presse
- Paul Granet (à partir de juin 1964), chargé de la gestion du personnel et de l’organisation administrative du ministère
- Jean-Jacques Garnier (à partir de juin 1964)
- Alex Prat (à partir de juin 1964)
- Pierre Chaubard (à partir de juin 1964), chargé de réformes de structures et des relations avec la région de Paris et de la Préfecture de Seine.
- Alain Ohrel (1965-1966)
- Jean Cabane (à partir de 1966)
- Roger Larroque (à partir de 1966)
Conseillers techniques :
- Pierre Chaubard (mai 1961-[juin 1964]), chargé des relations avec la Présidence de la République, les collectivités locales, la région de Paris et la Préfecture de la Seine
- Raymond Long (mai 1961-[juin 1964]), chargé des affaires financières et administratives, du Commissariat à l’aide et à l’orientation des Français rapatriés, de la défense et de la protection civile
- Gabriel Gilly (1962)
- Lucien Vochel (1964-[juin 1964])
- André Chadeau (à partir de juin 1964), chargé des collectivités locales et des affaires administratives et financières
- Marcel Blanc (à partir de 1965)
- Charles Schmitt (à partir de 1966)
- Pierre Lasserre du Rozel (à partir de 1966)
- Maurice Ligot (à partir de 1966)
Cheffe du secrétariat particulier :
- Huguette Renaud (à partir de mai 1961)
Roger Frey est ministre de l'Intérieur des gouvernements de la Ve République suivants :
- Michel Debré, du 6 mai 1961 au 14 avril 1962 ;
- Georges Pompidou (I), du 15 avril 1962 au 28 novembre 1962 ;
- Georges Pompidou (II), du 6 décembre 1962 au 8 janvier 1966 ;
- Georges Pompidou (III), du 8 janvier 1966 au 1er avril 1967.
En avril 1961, il assure l’intérim du ministre de l’Intérieur Pierre Chatelet, malade.
Son ministère est marqué par la guerre d’Algérie (activités de l’OAS, manifestation du 17 octobre 1961, signature des accords d’Évian, manifestation du 8 février 1962) et l’enlèvement du militant tiers-mondiste et panafricaniste Mehdi Ben Barka.