Le Conseil d'administration de la SNPN est composé de 24 membres. La mise en oeuvre des décisions et la gestion de la SNPN sont le fait d'une équipe salariée.
La SNPN compte trois établissements situés à Paris (siège), Camargue et Grand-Lieu.
La SNPN accueille des bénévoles.
La Société nationale de protection de la nature est une association loi de 1901. Elle trouve ses origines en 1854, sous le nom de Société impériale zoologique d’acclimatation ; elle est fondée par Isidore Geoffroy Saint-Hilaire, professeur au Muséum national d’Histoire naturelle, alors titulaire de la chaire de zoologie des mammifères et des oiseaux. Elle se donne pour objectif de « peupler nos champs, nos forêts, nos rivières d’hôtes nouveaux ; d’augmenter le nombre de nos animaux domestiques […] ; d’accroître et de varier les ressources alimentaires » (Isidore Geoffroy Saint-Hilaire, Bull. SZA, 20 janvier 1854). En 1855, elle est reconnue d'utilité publique.
La Société impériale zoologique inaugure en 1860 le Jardin d’acclimatation du Bois de Boulogne.
Dès l’origine, cette société savante s’inquiète également des destructions causées par l’homme. Progressivement, au début du XXe siècle, elle délaisse son projet initial pour se consacrer à la cause de la protection de la nature qu’elle envisage d’un point de vue scientifique. Ses réalisations sont nombreuses, parmi elles la création de la Ligue pour la protection des oiseaux (1912), la création de réserves naturelles, le repeuplement des cours d’eau ou encore le soutien aux projets de parcs nationaux.
La Société est cofondatrice de l'UICN (Union internationale pour la conservation de la nature) en 1948.
En 1960, elle décide de changer son nom en Société nationale de protection de la nature.
Les actions que la SNPN effectue pour la sauvegarde de la biodiversité s’inscrivent dans la durée : participation à des campagnes pour la protection des grands mammifères, préservation d’habitats menacés et restauration des milieux dégradés, ou encore sensibilisation des citoyens à la nature de proximité.
Elle est l’initiatrice de la Fédération française des sociétés de protection de la nature (FFSPN) créée en 1968, qui devient en 1990 France Nature Environnement.
Tout au long de son histoire, elle publie un bulletin qui reprend les bilans des réunions et les avancées de la Société. À partir de 1931, elle publie le trimestriel La Terre et la Vie et en 1961, elle crée Le Courrier de la Nature, davantage destiné au grand public. En 1993 débute la publication spécialisée Zones Humides Infos.
La SNPN est l’initiatrice de la Fédération française des sociétés de protection de la nature créée en 1968, qui devient en 1990 France Nature Environnement.
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