Parties intégrantes de l'Institut universitaire européen (IUE), les AHUE sont un centre de recherche dédié à la conservation des documents d’archives et à l'étude de l’histoire de l'intégration européenne.
Les Archives historiques de l’Union européenne (AHUE) sont créées à la suite de la décision prise par la Commission des Communautés européennes, en 1977, de rendre accessibles au public les archives des organes exécutifs qui lui ont donné naissance. Un règlement du Conseil des communautés européennes et une décision de la Commission des Communautés européennes officialisent, en février 1983, l'ouverture des archives historiques des institutions de la Communauté économique européenne et de la Communauté européenne de l'énergie atomique, ainsi que de la Communauté européenne du charbon et de l'acier, comme de la plupart des institutions communautaires existant alors.
Le 17 décembre 1984, un accord acte l'établissement des Archives à Florence, à travers un contrat de dépôt conclu entre les institutions des Communautés européennes, représentées par la Commission et l'Institut universitaire européen (IUE). Les institutions s'engagent à déposer à l'IUE les originaux de leurs archives historiques communicables. Les AHUE ouvrent leurs portes au public en décembre 1985, dans les murs de la villa "Il Poggiolo", mise à disposition de l'IUE par l'Etat italien en vertu du contrat de dépôt.
Depuis lors, un accord-cadre de partenariat conclu en 2011 entre l'Institut universitaire européen et la Commission européenne renforce le rôle des Archives historiques dans la préservation et l'accès aux fonds d'archives des institutions de l'UE.
En 2012, les AHUE s'installent installées dans la villa Salviati.
En mars 2015, le Conseil de l’Union européenne adopte un nouveau règlement modifiant le règlement de 1983. Il établit notamment que « les archives historiques de l’Union sont conservées et rendues accessibles au public, dans toute la mesure du possible, à l’expiration d’un délai de trente ans ». Il mentionne également l’adhésion de la Cour des comptes européenne au contrat de dépôt à l’IUE ainsi que les cas particuliers de la Banque européenne d’investissement, de la Cour de justice de l'Union européenne et de la Banque centrale européenne (BCE), le dépôt d'archives se faisant uniquement de manière volontaire pour ces deux dernières. Un nouvel accord-cadre de partenariat entre l'IUE et la Commission européenne est ensuite signé, le 15 avril 2015.
Un troisième accord-cadre de partenariat est signé entre l'IUE et la Commission européenne en 2019.
En 2019, l'établissement conserve un volume d'archives de presque 9000 mètres linéaires.
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