Après avoir été éducateur de rue et instructeur dans l'armée durant la guerre d'Algérie, Louis Joinet sort major de l'École nationale de la magistrature en 1966. Au cours de sa carrière, il intervient à titre de conseiller juridique dans divers domaines. Il apporte en effet son soutien aux militants contre l'extension du camp militaire du plateau du Larzac. Il s'intéresse également très tôt aux questions ayant traits au développement des traitements de données par l'informatique et au numérique. Louis Joinet participe ainsi à la rédaction de la loi du 6 janvier 1978 dite "Informatique et libertés" puis devient le premier directeur de la Commission nationale informatique et libertés (CNIL) jusqu'en 1980.
Après l'arrivée de la gauche au pouvoir en 1981, il est conseiller en charge des droits de l'Homme à Matignon et à l'Élysée où il traite des questions aussi variées que le terrorisme basque, la suppression des tribunaux d'exception et la situation des objecteurs de conscience. Il poursuit en parallèle son engagement en faveur des Droits de l'homme au sein de l'ONU où il intervient en tant qu'expert indépendant à la sous-commission des Droits de l'homme de 1978 à 2006. Dans le cadre de cette fonction, il se rend en Bosnie-Herzégovine en 1993 alors que ce pays est en guerre puis élabore en 1997 les principes contre l'impunité du Haut-commissariat des Nations-Unies aux Droits de l'homme connus sous le nom de « principes Joinet ». Il est enfin l'un des principaux artisans de la Convention internationale contre les disparitions forcées en 2006.
Il devient entretemps premier avocat général à la Cour de Cassation.
Louis Joinet, qui est l'époux de la psychiatre Germaine Joinet, est mort en 2019 à Paris.
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