De 2001 à 2006, la Mission égalité Homme Femme est dirigée par Dominique Torsat.
De 2006 à 2008, la Mission parité homme et femme est dirigée par Marie-Martine Boissinot, à qui succède Anne Rebeyrol de 2008 à 2013.
De 2003 à 2007, la Cellule de prévention des dérives communautaristes à l’école est dirigée par Marie Lazaridis et Sophie Ernst.
En 2014, la Mission de prévention des discriminations et égalité filles garçons est dirigée par Judith Klein. Cette mission devient en 2022 un Bureau de l’égalité et de la lutte contre les discriminations, toujours dirigé par Judith Klein.
La prise de conscience des inégalités entre les femmes et les hommes, qui débutent dès l’école, a été progressive. La loi d'orientation sur l’éducation n° 89-486 du 10 juillet 1989 entend favoriser l'égalité entre les hommes et les femmes. La loi d'orientation et de programme pour l'avenir de l'école n° 2005-380 du 23 avril 2005 affirme les principes de mixité et d’égalité entre les sexes comme fondateurs du système éducatif.
La laïcité est réaffirmée par la loi n° 2004-228 du 15 mars 2004 encadrant, en application du principe de laïcité, le port de signes ou de tenues manifestant une appartenance religieuse dans les écoles, collèges et lycées publics.
Avant 2001, le bureau de l’action sanitaire et sociale et de la prévention (DESCO-B4) assurait notamment l’éducation sexuelle, la prévention du SIDA et des maladies sexuellement transmissibles, la prévention des dépendances, la prévention de la maltraitance et la prévention de la violence en milieu scolaire.
En 2001 est créée une Mission égalité homme et femme pour exercer une mission de veille sur les questions d'égalité entre femmes et hommes. Elle est rattachée au bureau DESCO-B4, ainsi que la Cellule de prévention des dérives communautaristes à l’école lors de sa création le 5 mai 2003 à la demande du ministre de l’Éducation nationale Luc Ferry. Composée de deux chargées de mission (Marie Lazaridis et Sophie Ernst), elle contribue à la mise en place d’un réseau académique de prévention des actes racistes et antisémites liés à des dérives communautaristes et à fournir des outils de prévention et d’analyse de ces phénomènes aux académies et particulièrement aux conseillers sécurité ou aux proviseurs vie scolaire (PVS) académiques, chargés de la formation des chefs d’établissement dans les académies. En 2007, cette cellule est supprimée et ses missions sont attribuées à la Mission égalité filles et garçons.
En 2022, la Mission de prévention des discriminations et égalité filles garçons devient un bureau de l’égalité et de la lutte contre les discriminations (DGESCO C2-1). Ce Bureau mène des actions de prévention et de lutte contre les différentes formes de discrimination en milieu scolaire, comme le racisme, l’antisémitisme, le sexisme et le LGBT-phobie et aussi les discriminations envers les gens du voyage et les personnes de condition sociale précaire. Le ministère a progressivement englobé ces différentes formes de discrimination dans sa politique de prévention, majoritairement à la suite d’actes de violence ciblés et/ou de décisions politiques.