Le GIP-SEPO est constitué d'un conseil de direction dirigé soit par le directeur des Sports du ministère de la Jeunesse et des Sports, soit par le directeur du Comité national olympique et sportif français (CNOSF), soit par le directeur de l'Institut national du sport, de l'expertise et de la performance (INSEP).
Sont également membres de ce conseil : le chef de l'Inspection générale de la jeunesse et des sports - commissaire du gouvernement et le contrôleur financier du ministère de la Jeunesse et des Sports.
Entre 1990 et 2005, les directeurs successifs sont :
La volonté de mise en place d'une structure dédiée à la préparation olympique remonte aux années 1960 à la suite de la déroute de la France aux Jeux Olympiques de Rome. Ainsi en mars 1961, le général de Gaulle nomme un délégué général à la préparation olympique auprès du Haut-Commissaire à la jeunesse et aux sports.
Il faut cependant attendre 1986 pour qu'une structure dédiée soit créée par le gouvernement de cohabitation de Jacques Chirac : la Préparation olympique (PO). Constituée de trois anciens directeurs techniques nationaux (DTN), elle dépend directement du cabinet du ministre des Sports. Elle est néanmoins dotée de moyens propres et dispose d'un pouvoir d'affectation et de décision.
En 1990, la PO devient un groupement d'intérêt public (GIP). L'acte fondateur du GIP « Sport d'élite et préparation olympique » (SEPO) est signé le 5 juin 1990 par Roger Bambuck, ministre des Sports, Nelson Paillou, président du Comité national olympique et sportif français (CNOSF), et Michel Charasse, ministre du Budget.
Jusqu'en 1993, l'action du GIP-SEPO s'inscrit dans la continuité de celle de la PO. À cette date, deux départements distincts sont créés : le département des sports de haut niveau ; et le département des sports mécaniques
En effet, en 1992, la loi Evin prohibant la publicité en faveur de l'alcool et du tabac induit une perte financière importante, en particulier pour les sports automobiles fortement soutenus par les fabricants de cigarettes. Pour y faire face, la ministre des Sports, Frédérique Bredin, demande que 500 MF abondent son budget. Ils sont obtenus en décembre 1992 et le GIP-SEPO se voit ainsi doté de 450 MF supplémentaires, appelé « Fonds tabac ». Le département des sports mécaniques est alors mis en place pour en assurer la gestion.
Chargé de promouvoir le sport de haut niveau, le GIP-SEPO a en premier lieu pour mission d’instruire les demandes de subventions et d’en gérer les affectations.
Il mène également, en parallèle d'autres missions. Il met ainsi en place des actions d'information, de communication et de promotion. Il organise notamment des colloques nationaux pour tous les acteurs du sport de haut niveau.
Ce sont surtout ses missions de conseil et d'expertise qui se développent à partir de 1995 :
Le ministre des Sports, Jean-François Lamour, souhaitant en reconsidérer la structure, le GIP-SEPO est dissout le 31 décembre 2005. Il est remplacé, à compter d'avril 2006 par un service à compétence nationale (SCN), la Préparation olympique et paralympique (POP).
Collabore avec : membre du conseil de direction et participe aux travaux.
Ministère de tutelle, avec le ministère du Budget.