Le secrétaire général est nommé par décret du premier ministre sur proposition du bureau.
Sous l’autorité du président du Conseil, il veille à la préparation et à la bonne exécution des décisions du bureau, à l’organisation des travaux des différentes formations de travail et au respect des dispositions législatives et réglementaires. Il participe aux délibérations du bureau et en tient le procès-verbal. Il garantit la promotion des travaux du Conseil en assurant la publicité des avis vers les milieux économiques et sociaux ou de l’information. Il est l’interlocuteur privilégié du secrétariat général du gouvernement, des ministres, des assemblées parlementaires, des administrations, et des organisations syndicales. Enfin, il organise et dirige les services administratifs, et assure la gestion des moyens matériels et financiers du Conseil.
Son secrétariat est chargé d’organiser les séances de l’assemblée plénière (élaboration de la convocation, des annonces faites par le président en séance plénière, mise à jour de l’émargement et des feuilles de scrutins, mise en forme des amendements et des suites données, invitations en séance plénière). Il transmet les avis votés au président de la République, au Premier ministre, et aux cabinets ministériels concernés, ainsi que l’in-extenso des séances plénières au Premier ministre. Il entretient des relations permanentes avec tous les interlocuteurs externes et internes. Enfin, il assure l’organisation des réunions du bureau (convocation et préparation de l’ordre du jour, envoi du dossier aux membres du bureau et du cabinet) et la transmission au gouvernement des saisines adoptées par celui-ci.
Plusieurs services sont d’abord rattachés au secrétariat général avant d’être intégrés à la direction des services législatifs et économiques : la mission INSEE (de 1983 à 2002), un attaché de presse (de 2000 à 2005), le service des relations internationales (de 2002 à 2005), et le service de la communication et de la presse (de 2002 à 2005). Depuis les années 2000, le secrétaire général est assisté d’un chargé des relations avec le Parlement (à partir de 2002), d’un délégué auprès du Comité social européen (à partir de 2008) et d’un inspecteur hygiène et sécurité (à partir de 2009). Après la réorganisation du Conseil de 2021, son équipe se compose de deux directeurs délégués, d’une directrice déléguée à l’innovation et la communication interne, et d’une directrice de projet – audit interne.
Le secrétaire général organise et dirige les services administratifs du Conseil. Entre 1960 et 2014, ceux-ci sont constitués de la direction des services législatifs et économiques (secrétariat puis administration des formations de travail, compte-rendu des assemblées plénières, centre de ressources documentaires…), de la direction des services administratifs (service du personnel, du budget, de la comptabilité et de la trésorerie…), et, à partir de 1990, du secrétariat des groupes et des services communs (buvette, restauration, bureau de poste et télécommunications…). Ces services sont réorganisés en 2014 et 2021. Le Conseil compte ainsi huit directions en 2024 : direction des services consultatifs, direction de la participation citoyenne, direction de la communication, direction administrative et financière, direction des ressources humaines, direction de l’accueil des publics et du patrimoine (ancienne direction du patrimoine immobilier et logistique), direction des systèmes d’information et usages numériques, et direction des relations européennes et internationales.
Le Conseil économique, social et environnemental a connu neuf secrétaires généraux depuis 1959 :