############################################################### BOX 1 - PEDIGREE PedigreeStatus ,Internal NumberGenerationsBurnIn ,1 NumberGenerationsSelection ,10 NumberOfIndividualsInEachGeneration ,Constant,100 ############################################################### BOX 2 - ANIMAL BREEDING OPTIONS AnimalBreedingOnOff ,Off NumberOfSiresInEachGeneration ,Constant,50 NumberOfDamsInEachGeneration ,Constant,50 ############################################################### BOX 3 - PLANT BREEDING OPTIONS PlantBreedingOnOff ,On PerformMatingsConsideringTheGenderYesNo ,No NumberOfMaleParentsInEachGeneration ,Constant,5 NumberOfFemaleParentsInEachGeneration ,Constant,5 NumberOfParentsRegardlessTheGenderInEachGen ,Constant,10 PerformSelfingInAtLeastOneGenerationYesNo ,No NumberOfSelfedParentsInEachGeneration ,Constant,0 NumberOfGenerationsIncludingDoubledHaploids ,1 CreateDoubledHaploidsInTheseGenerations ,2 ############################################################### BOX 4 - FLEXIBILITY GenerationFlexibilityOnOff ,Off StartStopGeneration ,0,0 SelectionFlexibilityOnOff ,Off ImportAnExternalPedigreeForThisGeneration ,0 ImportStagePut1ToComputeBV2ToContinue ,0 MergeTypes ,None NumberOfMergeRuns ,0 MergeFiles ,None ############################################################### BOX 5 - CHROMOSOMES PopulationHistoryMaCS ,InternalMaize EffectivePopulationSizeBaseMaCs ,Internal,0 MutationRateMaCS ,Internal,0 ChromosomeLengthBasesMaCS ,Internal,0 ChromosomeLengthMorgansMaCS ,Internal,0 ChromosomeLengthMorgansAlphaSim ,Internal,0 NumberOfChromosomes ,2 NumberOfHaplotypes ,1000 RecombinationHotspotsOnOff ,Off ############################################################### BOX 6 - SNP CHIPS UseSnpChipOnOff ,On NumberOfSnpChips ,1 nSnpPerChipPerChromosme ,50000 MinMaxAlleleFreqForSnp ,0.05,0.95 SnpChipIncludesQtnYesNoRandom ,No SnpChipsAreNestedYesNo ,No IdOfChipUsedForSelection ,1 ############################################################### BOX 7 - QTN NumberOfQtnPerChromosomeNormalDist ,1000 NumberOfQtnPerChromosomeGammaDist ,0 NumberOfMutationsPerChr ,0 MutationalVarianceProportion ,0 MinMaxAlleleFreqForModel2And4 ,0.0,0.30 ShapeAndScaleOfGammaDistForModel3And4 ,0.30,0.40 IncludeDominanceEffectsOnOff ,Off DominanceDegreeMeanAndVariance ,0.5,0.10 QtnClustersOnOff ,Off ############################################################## BOX 8 - RECOMBINATION SELECTION RecombinationOnOff ,Off HeritabilityOfRecombination ,0 NumberOfQtnPerChromForRecombination ,0 InitialRecombinationIndexWeight ,0 NumberGenerationsSelectionOnRecombination ,0 LaterGenRecombinationIndexWeight ,0 DistributionOfQtnForRecombination ,Normal ShapeAndScaleOfGammaDist ,0,0 ############################################################### BOX 9 - GENE EDITING GeneEditingOnOff ,Off EditTopOrBottom ,Top NumberOfEditedIndividuals ,0 NumberOfGeneEditsPerIndividual ,0 PerformGEOnUserQtnSelectionYesNo ,No ############################################################### BOX 10 - SELECTION SelectionBasedOnRestrictedOrUnrestrictedQtn ,Unrestricted DistributionOfQtnOfSelectionTraits ,Normal SelectionMethod ,GBLUP AddQtnToTheSnpChipYesNo ,No UseExternalSnpSolutionsYesNo ,No SelectionPhenotypingStrategy ,RandomPhenotypes FirstAndLastTrainingGenForRandomPhenotypesStrat ,1,1 TrainingSetSizeForRandomPhenotypesStrat ,10 FixTheTrainingDataAcrossGenerationsOnOff ,Off UseTrainingDataFromGeneration ,2 ComputeAverageCoancestryYesNo ,No GenerationsOfPedigreePriorToTraining ,0 ############################################################### BOX 11 - OPTIMAL CONTRIBUTION SELECTION OptimalContributionSelectionOnOff ,Off SizeOfXvectPopulationAndMaxNbOfGenerations ,0,0 PercentageDifferenceInbreeding ,0 ############################################################### BOX 12 - TRAITS NumberOfTraits ,1 IndexWeights ,1.0 TraitHeritability ,0.5 TraitGeneticVariance ,1.0 ############################################################### BOX 13 - TRAIT CORRELATIONS Genetic Correlation Matrix 1.0 Residual Correlation Matrix 1.0 ############################################################### BOX 14 - OUTPUTS KeepChromosomesFolderYesNo ,Yes WriteFullSequenceOutOnOff ,Off ZipSequenceOutputFilesYesNo ,No ############################################################### BOX 15 - GENOME COMPRESSION GenomeCompressionOnOff ,Off GenomeCompression ,50.00 ###############################################################