##fileformat=VCFv4.1
##ALT=<ID=*:DEL,Description="Represents any possible spanning deletion allele at this location">
##ALT=<ID=NON_REF,Description="Represents any possible alternative allele at this location">
##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum DP observed within the GVCF block">
##FORMAT=<ID=PGT,Number=1,Type=String,Description="Physical phasing haplotype information, describing how the alternate alleles are phased in relation to one another">
##FORMAT=<ID=PID,Number=1,Type=String,Description="Physical phasing ID information, where each unique ID within a given sample (but not across samples) connects records within a phasing group">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
##FORMAT=<ID=RGQ,Number=1,Type=Integer,Description="Unconditional reference genotype confidence, encoded as a phred quality -10*log10 p(genotype call is wrong)">
##FORMAT=<ID=SB,Number=4,Type=Integer,Description="Per-sample component statistics which comprise the Fisher's Exact Test to detect strand bias.">
##GATKCommandLine.GenotypeGVCFs=<ID=GenotypeGVCFs,Version=3.4-0-g7e26428,Date="Thu Sep 24 18:45:19 CEST 2015",Epoch=1443113119598,CommandLineOptions="analysis_type=GenotypeGVCFs input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/lustre/scratch/users/rahul.pisupati/whole_genome_TAIR10/TAIR10_ARTH.fa nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false 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##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth; some reads may have been filtered">
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##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval">
##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with at most two segregating haplotypes">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
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##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
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Chr1	909031	.	C	G	2875.24	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5994;MQ=60.00;QD=32.33;SOR=1.148	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr1	1028593	.	T	G	6185.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6573;MQ=60.00;QD=29.74;SOR=0.742	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	1055423	.	T	C	75.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1107;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:18:0,18,270
Chr1	1099324	.	T	A	1145.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=3.802;InbreedingCoeff=0.4533;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=31.08;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.643	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	1114531	.	G	A	988.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5164;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.902	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,163
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Chr1	1331382	.	G	T	179.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1472;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr1	1333709	.	G	T	46.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0095;MQ=60.00;QD=23.19;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	1377134	.	G	A	1411.66	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6368;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.342	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:146,18,0
Chr1	1404785	.	G	A	891.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5142;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.308	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	1456010	.	A	G	45.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0145;MQ=60.00;QD=22.65;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr1	1473288	.	A	G	148.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1157;MQ=60.00;QD=34.08;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	1493908	.	C	G	408.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2645;MQ=60.00;QD=22.71;SOR=1.493	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	1573269	.	A	C	279.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1588;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	1589621	.	A	G	124.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1264;MQ=60.00;QD=31.13;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	1590666	.	A	G	207.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2416;MQ=60.00;QD=20.77;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,125
Chr1	1598333	.	A	T	356.25	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2124;MQ=60.00;QD=28.64;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr1	1738190	.	T	A	1051.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5054;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=24.46;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.741	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	1739201	.	G	T	207.31	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1446;MQ=60.00;QD=34.55;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,60
Chr1	1744688	.	A	G	453.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2386;MQ=60.00;QD=28.34;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	1775282	.	T	A	443.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2000;MQ=60.00;QD=34.27;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
Chr1	1775407	.	C	T	416.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3159;MQ=57.08;QD=24.63;SOR=2.494	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:18:0,18,270
Chr1	1797931	.	T	A	320.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1872;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=0.859	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	1901712	.	A	G	696.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.230e-01;ClippingRankSum=0.333;DP=3;FS=4.246;InbreedingCoeff=-0.0476;MQ=53.71;MQRankSum=-1.754e+00;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.925	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr1	1930733	.	T	C	9032.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2253;MQ=60.00;QD=29.72;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,3:3:9:1|1:1930715_A_C:94,9,0
Chr1	1948200	.	C	G	46.60	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1344;MQ=60.00;QD=11.65;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,190
Chr1	2005674	.	T	G	389.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2346;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr1	2013588	.	G	T	90.77	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0017;MQ=60.00;QD=30.26;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	2057556	.	T	C	41.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0779;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	2085727	.	A	C	8302.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7746;MQ=60.00;QD=31.69;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,56
Chr1	2147897	.	G	C	45.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0055;MQ=60.00;QD=22.83;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	2154135	.	T	C	239.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0815;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=3.056	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	2175285	.	A	G	131.74	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0025;MQ=60.00;QD=32.94;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	2175440	.	T	A	87.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=60.00;QD=29.13;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	2260682	.	T	G	1723.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=1.75;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4200;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=26.11;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=0.428	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	2282541	.	T	A	7991.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7155;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=28.95;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.808	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,6:6:18:1|1:2282540_A_T:270,18,0
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Chr1	2340146	.	T	C	449.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3409;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:42,3,0
Chr1	2424320	.	A	T	2938.96	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6509;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:3:0,3,45
Chr1	2436756	.	G	A	284.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3685;MQ=60.00;QD=23.71;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,131
Chr1	2439630	.	A	T	114.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1128;MQ=60.00;QD=32.48;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	2488055	.	T	C	415.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1205;MQ=61.53;QD=30.67;SOR=2.494	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,4:4:12:1|1:2488055_T_C:180,12,0
Chr1	2494049	.	A	G	457.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3315;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=0.941	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	2548316	.	G	A	407.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2030;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=0.914	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:220,21,0
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Chr1	2572634	.	A	C	155.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1560;MQ=60.00;QD=31.09;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,113
Chr1	2657543	.	A	G	93.86	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=43.04;QD=23.47;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	2665557	.	A	G	74.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0335;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.67;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	2706216	.	G	A	12746.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6672;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=29.03;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:21:0,21,315
Chr1	2758773	.	A	G	985.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4334;MQ=60.00;QD=27.86;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	2827341	.	G	C	478.12	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1522;MQ=60.00;QD=29.88;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	2852634	.	C	T	1320.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5924;MQ=60.00;QD=28.70;SOR=0.823	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	2866556	.	A	C	253.71	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=8;FS=3.233;InbreedingCoeff=0.0927;MQ=59.03;MQRankSum=0.747;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.105	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:0:0,0,65
Chr1	2951338	.	G	T	39.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0394;MQ=60.00;QD=13.05;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	2976824	.	A	G	677.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2816;MQ=60.00;QD=31.42;SOR=1.371	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,99
Chr1	2992897	.	C	T	350.85	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2100;MQ=60.00;QD=23.39;SOR=1.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	3077936	.	G	C	2666.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5496;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=0.957	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr1	3083285	.	A	T	256.88	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2271;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.54;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	3088542	.	A	T	961.35	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5016;MQ=60.00;QD=34.33;SOR=0.760	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:133,12,0
Chr1	3103430	.	G	A	128.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2000;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=32.19;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.707	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,110
Chr1	3130864	.	A	G	12966.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=8;FS=3.075;InbreedingCoeff=0.2689;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=31.07;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.304	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:266,24,0
Chr1	3177279	.	C	T	1568.17	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=3;FS=3.324;InbreedingCoeff=0.5166;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=29.67;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.525	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,68
Chr1	3178288	.	T	A	492.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4024;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	3216132	.	C	T	2065.15	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=6;FS=3.337;InbreedingCoeff=0.6995;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=28.29;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.400	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:213,18,0
Chr1	3240004	.	T	C	1507.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5227;MQ=60.00;QD=33.90;SOR=0.746	GT:AD:DP	./.:1,0:1
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Chr1	3857371	.	G	A	455.44	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3616;MQ=60.00;QD=27.94;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
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Chr1	3909013	.	G	A	89.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1852;MQ=60.00;QD=17.81;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,152
Chr1	3925171	.	G	C	105.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0866;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:3:0,3,45
Chr1	3961217	.	C	A	5003.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6825;MQ=60.00;QD=34.99;SOR=0.749	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr1	3981148	.	T	C	210.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1640;MQ=60.00;QD=30.13;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
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Chr1	4068921	.	C	T	439.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2805;MQ=60.00;QD=27.46;SOR=2.049	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,98
Chr1	4076516	.	C	T	2491.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6081;MQ=60.00;QD=28.64;SOR=0.997	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	4089415	.	G	T	252.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2191;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr1	4113091	.	G	A	106.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2352;MQ=60.00;QD=21.32;SOR=1.863	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	4126370	.	G	A	13725.77	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5223;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.772	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	4135639	.	T	G	223.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1398;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	4144563	.	T	C	194.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1932;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=0.892	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	4147782	.	C	A	87.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0401;MQ=63.51;QD=29.26;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	4166023	.	A	C	280.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2599;MQ=60.00;QD=21.54;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:18:0,18,270
Chr1	4211050	.	C	T	67.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0088;MQ=60.00;QD=33.60;SOR=0.446	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
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Chr1	4233229	.	G	A	388.18	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2882;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:6:0,6,90
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Chr1	4366160	.	G	T	1065.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4679;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
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Chr1	4379802	.	G	C	87.74	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0186;MQ=60.00;QD=29.25;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,256
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Chr1	4582017	.	A	G	51.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0908;MQ=60.00;QD=10.28;SOR=1.981	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	4853429	.	G	A	38.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0578;MQ=60.00;QD=19.05;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
Chr1	4863112	.	T	C	86.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0542;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
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Chr1	4956561	.	C	T	120.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1185;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,76
Chr1	4958468	.	A	C	44.85	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0458;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,286
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Chr1	4982048	.	G	A	544.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3842;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,161
Chr1	5040712	.	A	G	88.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0170;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
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Chr1	5150973	.	A	G	679.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3680;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=29.55;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.257	GT:AD:DP	./.:1,0:1
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Chr1	5168943	.	C	T	252.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1447;MQ=60.00;QD=31.61;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	5178614	.	C	T	7986.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5827;MQ=60.00;QD=31.57;SOR=0.783	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:91,9,0
Chr1	5202878	.	C	G	106.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1390;MQ=60.00;QD=15.15;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,248
Chr1	5235276	.	G	A	75.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1125;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	5262250	.	G	C	149.20	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0580;MQ=60.00;QD=21.31;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	5286648	.	C	T	2099.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=9;FS=1.384;InbreedingCoeff=0.4876;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.706	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,294
Chr1	5303631	.	G	C	128.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1379;MQ=60.00;QD=18.38;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:18:0,18,270
Chr1	5318833	.	C	A	219.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1383;MQ=60.00;QD=21.90;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	5324515	.	A	G	158.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1749;MQ=60.00;QD=19.82;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,102
Chr1	5376350	.	T	G	169.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0534;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,37
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Chr1	5386694	.	T	G	302.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	5394828	.	G	A	852.26	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4083;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=32.09;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.446	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:18:0,18,270
Chr1	5396045	.	T	C	738.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4252;MQ=59.26;QD=29.55;SOR=0.914	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
Chr1	5406512	.	A	G	13884.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2709;MQ=60.00;QD=29.94;SOR=0.842	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,4:4:12:1|1:5406511_C_T:180,12,0
Chr1	5439107	.	A	C	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6291;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=31.28;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.307	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:5439107_A_C:90,6,0
Chr1	5451718	.	T	G	144.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0483;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,93
Chr1	5462378	.	C	G	4537.34	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=3.147;InbreedingCoeff=0.3930;MQ=53.92;QD=27.54;SOR=0.312	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,3:3:9:1|1:5462378_C_G:135,9,0
Chr1	5464784	.	C	A	91.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0779;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:4,0:4
Chr1	5486078	.	A	G	88.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0405;MQ=58.38;QD=29.40;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	5531315	.	C	T	49.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0174;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	5542207	.	A	T	76.86	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2910;MQ=60.00;QD=19.22;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,260
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Chr1	6112031	.	A	G	64.23	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0875;MQ=60.00;QD=16.06;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
Chr1	6150310	.	G	A	59	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0916;MQ=60.00;QD=29.50;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	6160390	.	G	A	206.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5079;MQ=60.00;QD=35.65;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:3,0:3
Chr1	6172451	.	C	T	39.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0009;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	6236668	.	A	G	607.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3754;MQ=53.89;MQRankSum=0.804;QD=25.32;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.776	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	6309548	.	G	A	241.13	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2364;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=17.22;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.473	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,131
Chr1	6339107	.	C	T	74.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1446;MQ=60.00;QD=18.69;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,182
Chr1	6347975	.	G	A	231.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1720;MQ=60.00;QD=33.08;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,27
Chr1	6380767	.	G	A	418.31	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2519;MQ=60.00;QD=34.86;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,102
Chr1	6402334	.	A	T	200.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1047;MQ=60.00;QD=33.41;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,119
Chr1	6454247	.	T	C	103.58	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2061;MQ=60.00;QD=17.26;SOR=1.329	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	6480591	.	C	T	55.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0356;MQ=60.00;QD=11.15;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	6532381	.	G	T	242	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1715;MQ=60.00;QD=22.00;SOR=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	6572414	.	G	C	388.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4674;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,137
Chr1	6575473	.	T	A	84.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0105;MQ=60.00;QD=21.04;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr1	6581350	.	T	G	44.70	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0562;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,152
Chr1	6620821	.	G	A	122.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0835;MQ=60.00;QD=30.75;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
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Chr1	6720472	.	C	A	532.92	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.820e-01;ClippingRankSum=-7.700e-01;DP=10;FS=1.768;InbreedingCoeff=-0.0641;MQ=60.00;MQRankSum=-2.700e-02;QD=19.74;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.283	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:30:0,30,336
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Chr1	8024498	.	T	G	1736.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5751;MQ=60.00;QD=32.02;SOR=1.251	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,60
Chr1	8038654	.	G	T	4048.65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5014;MQ=60.00;QD=32.39;SOR=1.536	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
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Chr1	8542510	.	G	A	510.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2084;MQ=60.00;QD=34.04;SOR=2.448	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
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Chr1	8547431	.	C	T	706.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3235;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=0.770	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr1	8560880	.	C	A	2454.31	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5959;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=1.316	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr1	8572560	.	G	A	8947.63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=3.222;InbreedingCoeff=0.6626;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=35.94;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.382	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:8572560_G_A:90,6,0
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Chr1	8645303	.	A	G	36.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0812;MQ=53.49;MQRankSum=-3.580e-01;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
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Chr1	8710837	.	T	G	6787.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=0.198;DP=0;FS=6.991;InbreedingCoeff=0.2162;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=31.28;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.408	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	8738965	.	T	C	122.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0253;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,111
Chr1	8741527	.	G	A	542.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2702;MQ=60.00;QD=28.96;SOR=0.976	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr1	8756479	.	C	A	36.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0239;MQ=60.00;QD=18.15;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	8831486	.	A	G	752.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6031;MQ=49.69;QD=33.93;SOR=1.981	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	8831496	.	T	A	916.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6535;MQ=51.26;QD=26.52;SOR=1.445	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	8849882	.	G	A	44.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0686;MQ=60.00;QD=14.93;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	8869740	.	G	A	43.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0070;MQ=60.00;QD=21.54;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	8871373	.	A	T	316.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3486;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	8880426	.	T	C	568.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2835;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=24.74;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.483	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,175
Chr1	8909736	.	A	T	862.52	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3514;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=34.50;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	8914018	.	C	A	44.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0481;MQ=60.00;QD=14.77;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr1	8921398	.	C	G	77.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0435;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,163
Chr1	8921492	.	A	T	626.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3096;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=0.874	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	8964050	.	T	A	311	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2711;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
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Chr1	8978380	.	G	C	3552.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6641;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=30.11;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.379	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	9492644	.	A	G	577.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3592;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr1	9506181	.	C	T	110.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1753;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.329	GT:AD:DP	./.:1,0:1
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Chr1	9532486	.	C	G	1678.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4781;MQ=60.00;QD=31.67;SOR=0.730	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
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Chr1	9571466	.	G	C	1484.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=11.266;InbreedingCoeff=0.3616;MQ=59.28;MQRankSum=0.358;QD=19.80;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.163	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	9668904	.	A	T	44.20	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1209;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	9710559	.	G	T	81.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0623;MQ=60.00;QD=20.42;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,178
Chr1	9712875	.	T	C	229.98	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2285;MQ=60.00;QD=19.17;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	9727094	.	A	G	536.52	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=2.597;InbreedingCoeff=0.0178;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=17.88;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	9731545	.	C	G	73.33	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0036;MQ=60.00;QD=18.33;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	9746308	.	C	T	678.82	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4845;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.255	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	9758565	.	C	T	118.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0189;MQ=60.00;QD=16.96;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	9768670	.	T	G	255.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1999;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:12,0:12:36:0,36,355
Chr1	9769698	.	A	G	140.04	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1887;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:49,6,0
Chr1	9787232	.	T	C	1392.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4286;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.287	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	9792765	.	A	T	2812.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6694;MQ=60.00;QD=32.70;SOR=0.997	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	9844405	.	C	T	7498.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7763;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.075	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr1	9850176	.	G	A	109.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0459;MQ=60.00;QD=18.28;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr1	9854346	.	A	G	125.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=43.21;QD=32.21;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	9922266	.	A	T	4602.83	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7391;MQ=60.00;QD=30.08;SOR=0.733	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:51,6,0
Chr1	9938631	.	C	T	2197.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5645;MQ=60.00;QD=34.68;SOR=0.853	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	9950592	.	C	A	37.56	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0448;MQ=60.00;QD=18.78;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	9960710	.	T	C	941.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4237;MQ=60.00;QD=33.69;SOR=1.220	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr1	9975327	.	T	C	262.51	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=1.07;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0332;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.59;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:0:0,0,182
Chr1	9978455	.	A	G	1302.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5171;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=25.05;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.423	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:234,24,0
Chr1	9985461	.	G	A	1017.85	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.465;InbreedingCoeff=0.3901;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=32.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	10008509	.	G	A	432.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3556;MQ=55.68;QD=32.03;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	10019720	.	A	T	201.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1173;MQ=54.78;QD=30.71;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	10027901	.	T	G	447.96	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2516;MQ=60.00;QD=23.58;SOR=1.292	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr1	10032219	.	G	A	145.33	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1421;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,131
Chr1	10041470	.	A	G	172.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0049;MQ=60.00;QD=34.54;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,76
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Chr1	10970587	.	T	C	84.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0223;MQ=60.00;QD=21.09;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	10971261	.	G	A	103.17	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1085;MQ=60.00;QD=20.63;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	10982125	.	G	T	1318.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5689;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.051	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
Chr1	10984821	.	A	G	85.18	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.580e+00;ClippingRankSum=-1.214e+00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0863;MQ=60.00;MQRankSum=-1.818e+00;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.697	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,203
Chr1	10986176	.	C	T	1756.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6409;MQ=60.00;QD=30.09;SOR=1.312	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	10992985	.	G	C	39.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0034;MQ=60.00;QD=13.21;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,175
Chr1	10993343	.	G	C	92.82	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1558;MQ=60.00;QD=15.47;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
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Chr1	11010225	.	G	C	873.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1540;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=21.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:2:0,2,198
Chr1	11017834	.	T	C	42.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0545;MQ=60.00;QD=14.25;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr1	11026367	.	G	A	1634.85	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.590e-01;ClippingRankSum=0.448;DP=2;FS=19.456;InbreedingCoeff=0.3706;MQ=60.00;MQRankSum=3.02;QD=23.03;ReadPosRankSum=3.13;SOR=0.433	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	11027968	.	A	T	224.24	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1629;MQ=60.00;QD=33.03;SOR=1.329	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	11072039	.	A	G	145.23	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1677;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	11089787	.	C	A	123.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2359;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	11091878	.	T	C	3070.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.365;DP=8;FS=3.371;InbreedingCoeff=0.0032;MQ=60.00;MQRankSum=-2.590e-01;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.580	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:21:0,21,315
Chr1	11094446	.	C	G	593.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.742;DP=4;FS=1.226;InbreedingCoeff=-0.1154;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.481	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,163
Chr1	11111273	.	T	A	48.44	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0026;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	11111497	.	G	A	90.25	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=60.00;QD=15.04;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,178
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Chr1	11125956	.	C	T	129.58	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=60.00;QD=21.60;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	11126993	.	G	A	841.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3282;MQ=60.00;QD=32.98;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr1	11128820	.	A	T	50.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0017;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:6:0,6,90
Chr1	11135235	.	A	T	273.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1527;MQ=60.00;QD=34.22;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	11144954	.	C	T	752.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3536;MQ=60.00;QD=33.12;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,81
Chr1	11159593	.	G	A	7516.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6949;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=29.90;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.370	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	11198381	.	T	C	1377.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5063;MQ=60.00;QD=30.80;SOR=1.121	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	11225811	.	T	C	486.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2051;MQ=60.00;QD=29.66;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,207
Chr1	11240034	.	A	C	633.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5015;MQ=60.00;QD=28.79;SOR=1.739	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,241
Chr1	11255623	.	C	T	38.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=60.00;QD=19.22;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:30:0,30,305
Chr1	11261024	.	G	T	1739.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6105;MQ=60.00;QD=37.74;SOR=1.105	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	11261111	.	T	A	793.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=5;FS=1.786;InbreedingCoeff=0.5657;MQ=60.00;MQRankSum=1.59;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.486	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr1	11264067	.	A	T	9116.35	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7076;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=32.17;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.495	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,5:5:15:1|1:11264055_T_G:225,15,0
Chr1	11264726	.	A	T	145.70	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1249;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,110
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Chr1	11285455	.	G	A	3884.40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6690;MQ=60.00;QD=30.42;SOR=0.806	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,4:4:12:1|1:11285423_ATCTAGAATC_A:180,12,0
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Chr1	11296291	.	A	C	8027.39	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7143;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=24.64;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.275	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
Chr1	11312437	.	C	A	271.37	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;MQ=60.00;QD=31.32;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	11317483	.	A	G	756.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5761;MQ=60.00;QD=31.75;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
Chr1	11318267	.	T	C	321.42	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1775;MQ=60.00;QD=30.47;SOR=0.892	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	11333661	.	A	G	80.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0284;MQ=60.00;QD=32.90;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr1	11365820	.	G	A	127.28	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.1151;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=25.46;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=1.447	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,193
Chr1	11381182	.	G	A	346.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3766;MQ=60.00;QD=20.39;SOR=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	11400154	.	T	A	35.33	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0212;MQ=60.00;QD=17.66;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	11402678	.	C	A	45.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0361;MQ=60.00;QD=22.66;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	11441413	.	A	C	604.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3657;MQ=60.00;QD=31.54;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
Chr1	11458747	.	T	C	7126.66	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=7.159;InbreedingCoeff=0.4488;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=30.59;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.277	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:190,21,0
Chr1	11465311	.	C	G	1035.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=1.770;InbreedingCoeff=0.4167;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=34.63;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.261	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,60
Chr1	11467513	.	G	T	8922.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7558;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=31.81;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.312	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,8:8:24:1|1:11467499_T_G:360,24,0
Chr1	11481926	.	T	G	3836.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6621;MQ=60.00;QD=36.34;SOR=1.416	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	11484585	.	C	G	12358.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7173;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=0.961	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	11494017	.	T	C	1909.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1108;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=28.08;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.735	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	11495538	.	T	C	4358.20	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.110e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=3;FS=3.057;InbreedingCoeff=-0.1077;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=19.63;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.923	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr1	11501624	.	C	T	2039.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5923;MQ=60.00;QD=30.00;SOR=0.910	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	11528933	.	A	G	5240.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7043;MQ=60.00;QD=33.48;SOR=0.791	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr1	11542438	.	A	C	2065.82	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6800;MQ=60.00;QD=28.30;SOR=1.103	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr1	11561273	.	C	A	454.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3145;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	11564370	.	A	G	41.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=60.00;QD=20.70;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	11586132	.	C	G	5237.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6120;MQ=60.00;QD=33.34;SOR=1.225	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	11591016	.	A	T	95.51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2000;MQ=60.00;QD=11.94;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:99,12,0
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Chr1	12355055	.	C	T	163.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2174;MQ=60.00;QD=29.95;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
Chr1	12355876	.	G	A	4513.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6312;MQ=60.00;QD=30.91;SOR=0.830	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
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Chr1	12397255	.	A	G	1290.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4979;MQ=58.33;MQRankSum=-1.026e+00;QD=29.32;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.105	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr1	12403387	.	T	C	1947.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7011;MQ=60.00;QD=33.21;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	12410290	.	A	C	670.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5841;MQ=60.00;QD=30.49;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
Chr1	12410298	.	A	G	83.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2068;MQ=56.28;QD=27.93;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr1	12416550	.	T	A	541.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1788;MQ=61.53;QD=25.87;SOR=0.976	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr1	12416756	.	A	T	1153.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3795;MQ=60.00;QD=29.99;SOR=0.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
Chr1	12423946	.	G	A	35.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0123;MQ=60.00;QD=11.74;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	12425103	.	T	C	50.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0592;MQ=60.00;QD=12.73;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,201
Chr1	12425631	.	A	T	134.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0252;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	12445978	.	G	A	87.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0244;MQ=60.00;QD=29.19;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	12450024	.	A	G	189.23	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0835;MQ=60.00;QD=31.54;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:21:0,21,315
Chr1	12458387	.	T	C	1148.23	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4502;MQ=60.00;QD=32.44;SOR=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	12463342	.	C	T	2456.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5059;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=30.35;ReadPosRankSum=-9.370e-01;SOR=0.509	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr1	12468067	.	C	T	154.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=2.515;InbreedingCoeff=-0.0203;MQ=53.46;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.619	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	12495275	.	G	A	903.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3325;MQ=60.00;QD=34.71;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
Chr1	12507361	.	A	C	42.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1373;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	12514025	.	C	T	83.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0526;MQ=60.00;QD=13.96;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:8,0:8
Chr1	12515937	.	G	A	76.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0595;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,240
Chr1	12523218	.	T	C	204.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0947;MQ=60.00;QD=34.15;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	12530365	.	T	A	47.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0283;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	12531235	.	T	A	1030	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1669;MQ=60.00;MQRankSum=-4.060e-01;QD=27.11;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.551	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,182
Chr1	12542871	.	C	T	122.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0497;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	12561599	.	T	G	158.26	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1057;MQ=60.00;QD=31.65;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	12566526	.	C	T	76.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0846;MQ=46.39;MQRankSum=1.50;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.180	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,155
Chr1	12589604	.	C	G	340.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1992;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=28.73;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:12:0,12,180
Chr1	12617637	.	G	A	2653.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5840;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=0.787	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	12620055	.	C	T	43.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1300;MQ=60.00;QD=21.71;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,256
Chr1	12620539	.	T	C	69.77	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0109;MQ=57.80;MQRankSum=1.06;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr1	12626369	.	C	T	287.11	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4382;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=0.976	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,1:1:3:25,3,0
Chr1	12628155	.	G	A	33.51	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0688;MQ=60.00;QD=16.75;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr1	12636488	.	A	C	82.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1063;MQ=60.00;QD=20.71;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	12638054	.	G	A	844.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4794;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.112	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:51,6,0
Chr1	12649377	.	C	T	4538.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7271;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=32.58;SOR=0.272	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,135
Chr1	12653846	.	G	T	738.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4402;MQ=60.00;QD=30.02;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,106
Chr1	12654647	.	T	A	391.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2394;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:9:0,9,135
Chr1	12661707	.	C	T	3542.07	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6988;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=30.40;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.335	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,7:7:21:1|1:12661692_C_G:314,21,0
Chr1	12664336	.	C	T	477.42	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3631;MQ=60.00;QD=31.56;SOR=0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	12664858	.	A	G	119.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0174;MQ=50.29;MQRankSum=0.731;QD=9.19;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	12669242	.	C	T	449.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.180e+00;ClippingRankSum=0.289;DP=3;FS=2.350;InbreedingCoeff=0.0638;MQ=60.00;MQRankSum=1.47;QD=23.64;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.416	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	12671768	.	T	C	1295.42	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=3.261;InbreedingCoeff=0.1345;MQ=50.62;MQRankSum=-7.310e-01;QD=31.28;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.058	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
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Chr1	12697095	.	C	T	468.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=4.771;InbreedingCoeff=0.3564;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.577	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
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Chr1	13038668	.	A	T	7185.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.529;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.3726;MQ=60.00;MQRankSum=-3.800e-01;QD=23.71;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.677	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	13047352	.	T	C	239.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0889;MQ=59.89;MQRankSum=-7.310e-01;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.919	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	13053698	.	T	C	81.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0863;MQ=60.00;QD=20.45;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr1	13076790	.	T	G	211.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0777;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	13081468	.	G	A	37.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1148;MQ=54.09;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.44;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	13083000	.	C	T	87.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0574;MQ=60.00;QD=29.20;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	13398236	.	A	G	45.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0371;MQ=53.46;QD=22.72;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,214
Chr1	13417561	.	G	A	309.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1976;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	13429165	.	G	A	1295.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4348;MQ=60.00;QD=32.34;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
Chr1	13432890	.	T	G	45.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0247;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr1	13446690	.	G	A	278.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.361;DP=1;FS=3.682;InbreedingCoeff=0.0731;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=12.66;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.936	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	13450104	.	T	C	1319.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5288;MQ=60.00;QD=31.79;SOR=0.880	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	13989995	.	T	A	131.88	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0419;MQ=62.65;QD=32.97;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,175
Chr1	13996475	.	C	G	149.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2215;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr1	14006418	.	G	T	75.61	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0549;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,3:3:9:1|1:14006402_T_C:124,9,0
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Chr1	14280569	.	G	A	45.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0243;MQ=41.53;QD=22.75;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:24:0,24,360
Chr1	14280959	.	A	G	36.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0996;MQ=48.80;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,167
Chr1	14280999	.	A	G	2192.99	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.950;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6109;MQ=59.67;MQRankSum=2.19;QD=23.58;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:137,15,0
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Chr1	15008809	.	A	C	622.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5014;MQ=45.96;QD=28.85;SOR=4.174	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,3:3:9:1|1:15008805_A_G:134,9,0
Chr1	15016302	.	A	G	58.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1246;MQ=32.28;QD=29.09;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	15207034	.	C	A	256.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.199;DP=36;FS=3.953;InbreedingCoeff=-0.2633;MQ=46.84;MQRankSum=1.23;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.318	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:36,0:36:0:0,0,685
Chr1	15207305	.	A	T	33.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.537e+00;ClippingRankSum=0.406;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0925;MQ=33.65;MQRankSum=0.988;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.537e+00;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:21:0,21,315
Chr1	15216712	.	G	A	783.12	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5000;MQ=53.14;QD=31.32;SOR=0.770	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:21:0,21,315
Chr1	15415083	.	A	G	985.82	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=2.299;InbreedingCoeff=-0.1018;MQ=60.00;MQRankSum=-3.700e-01;QD=20.12;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.051	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,50
Chr1	15416355	.	T	A	160.20	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1518;MQ=60.00;QD=32.04;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,131
Chr1	15416378	.	C	T	352.71	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1035;MQ=57.01;MQRankSum=1.38;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.970	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:12:0,12,180
Chr1	15421750	.	C	T	902.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=0.467;DP=1;FS=1.010;InbreedingCoeff=-0.0315;MQ=54.16;MQRankSum=-5.730e-01;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.611	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
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Chr1	15445384	.	G	T	481.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=2.158;InbreedingCoeff=0.0258;MQ=32.63;MQRankSum=0.736;QD=23.46;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	15445851	.	C	T	934.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1342;MQ=36.77;MQRankSum=0.922;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.756	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	15455281	.	A	G	48.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3668;MQ=42.11;QD=24.42;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	15459229	.	C	T	171.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2962;MQ=46.00;QD=34.23;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	15484826	.	T	C	86.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0967;MQ=24.04;QD=28.70;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	15489082	.	G	A	206.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1798;MQ=42.00;MQRankSum=0.804;QD=25.79;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.631	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	15498583	.	G	T	134.51	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0407;MQ=42.05;MQRankSum=0.354;QD=8.41;ReadPosRankSum=-4.950e-01;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	15498855	.	A	G	104.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=0;FS=3.979;InbreedingCoeff=0.0788;MQ=46.46;MQRankSum=0.358;QD=20.80;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=3.258	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	15506916	.	G	A	193.44	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1545;MQ=46.37;QD=32.24;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
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Chr1	15731344	.	T	G	11292.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.278;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0745;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=28.52;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.684	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,7:7:21:1|1:15731344_T_G:295,21,0
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Chr1	16019286	.	A	G	54.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2926;MQ=47.50;QD=27.37;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	16033970	.	A	G	683.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.248;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1330;MQ=60.00;MQRankSum=-5.730e-01;QD=24.42;ReadPosRankSum=-5.730e-01;SOR=0.859	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16038348	.	G	A	10196.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.322;DP=3;FS=0.445;InbreedingCoeff=-0.0383;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=33.99;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.735	GT:AD:DP	./.:3,0:3
Chr1	16048948	.	G	T	100.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0451;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=33.46;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16053661	.	C	T	1545.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=8;FS=4.535;InbreedingCoeff=0.0807;MQ=50.99;MQRankSum=-7.510e-01;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.961	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:0:0,0,213
Chr1	16054115	.	G	A	83.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0685;MQ=55.68;MQRankSum=0.727;QD=20.83;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.446	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	16058548	.	T	A	1890.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=0;FS=1.478;InbreedingCoeff=0.3437;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=32.60;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.392	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16060611	.	T	A	2556.92	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6818;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=31.18;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.821	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16067027	.	C	T	531.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2713;MQ=60.00;QD=31.56;SOR=1.112	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	16085657	.	C	G	167.61	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1359;MQ=49.01;QD=23.94;SOR=0.941	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16089429	.	C	G	238.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1433;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
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Chr1	16096387	.	C	T	2316.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7054;MQ=60.00;QD=30.89;SOR=1.240	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16102563	.	T	C	630.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-2.670e-01;DP=1;FS=1.134;InbreedingCoeff=-0.0827;MQ=43.08;MQRankSum=-7.420e-01;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.960	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	16103724	.	G	A	346.98	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=3.282;InbreedingCoeff=0.2088;MQ=52.23;MQRankSum=-1.026e+00;QD=37.41;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.105	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16109535	.	G	A	48.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1063;MQ=60.00;QD=33.45;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16111185	.	G	A	1384.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5975;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=26.12;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.994	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16111378	.	C	T	204.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2476;MQ=60.00;QD=30.00;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16112645	.	C	T	505.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1018;MQ=51.56;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.61;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.446	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:0:0,0,174
Chr1	16113653	.	A	G	445.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.800e-01;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=57.64;MQRankSum=-1.380e+00;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.850	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
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Chr1	16125273	.	C	T	106.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1311;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
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Chr1	16194696	.	G	A	1515.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1532;MQ=56.67;QD=30.06;SOR=0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
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Chr1	16200020	.	C	T	521.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.680;DP=5;FS=5.839;InbreedingCoeff=0.0579;MQ=54.48;MQRankSum=-1.231e+00;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.871	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:9:0,9,135
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Chr1	16244024	.	A	G	1239.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.322;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0024;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=20.00;ReadPosRankSum=-6.840e-01;SOR=0.446	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,118
Chr1	16245651	.	T	C	243.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1906;MQ=50.92;QD=28.15;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,131
Chr1	16252870	.	G	A	47.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0242;MQ=30.00;QD=23.51;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:12:0,12,180
Chr1	16256580	.	C	T	42.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0890;MQ=38.65;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.03;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
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Chr1	16268328	.	G	A	1732.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=87.601;InbreedingCoeff=-0.2917;MQ=60.00;MQRankSum=0.196;QD=12.03;ReadPosRankSum=-7.610e-01;SOR=5.924	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:0:0,0,49
Chr1	16272919	.	G	A	924.82	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4407;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:12:0,12,180
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Chr1	16307686	.	T	C	659.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3690;MQ=60.00;QD=30.86;SOR=0.836	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	16315195	.	C	T	1021.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=2;FS=5.170;InbreedingCoeff=0.5891;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=32.97;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.687	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	16321616	.	T	C	412.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.365;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0069;MQ=57.45;MQRankSum=-6.330e-01;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.850	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	16325393	.	C	T	149.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1252;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
Chr1	16331492	.	T	A	1322.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.731;DP=8;FS=0.766;InbreedingCoeff=-0.0451;MQ=53.88;MQRankSum=-1.754e+00;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.548	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,256
Chr1	16332844	.	T	G	62.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0369;MQ=56.57;MQRankSum=-7.310e-01;QD=31.10;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
Chr1	16337317	.	A	C	395.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2876;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr1	16338452	.	A	G	7153.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=4.520;InbreedingCoeff=0.6457;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=32.97;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.305	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	16345032	.	T	G	463.56	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4673;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	16348928	.	G	A	94.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0743;MQ=60.00;QD=31.38;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	16349289	.	A	G	759.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=2;FS=3.823;InbreedingCoeff=0.2421;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=26.18;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.828	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	16357333	.	A	C	963.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1211;MQ=60.00;QD=28.36;SOR=0.963	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	16359492	.	T	A	37.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0812;MQ=60.00;QD=18.99;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
Chr1	16371374	.	C	T	255.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2765;MQ=60.00;QD=34.30;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,254
Chr1	16378220	.	A	T	112.85	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0777;MQ=43.00;QD=28.02;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr1	16378498	.	A	G	214.77	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2266;MQ=50.47;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.99;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,220
Chr1	16379279	.	T	A	196.20	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0829;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16380541	.	A	C	412.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3851;MQ=33.00;QD=34.40;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	16388995	.	G	A	72.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0496;MQ=60.00;QD=18.04;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	16390295	.	C	T	106.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=2.112;InbreedingCoeff=-0.1217;MQ=60.00;MQRankSum=1.07;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:9:0,9,135
Chr1	16393274	.	C	T	1628.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.762;DP=7;FS=5.933;InbreedingCoeff=0.0739;MQ=59.40;MQRankSum=0.466;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.335	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:12:0,12,180
Chr1	16395905	.	C	T	351.44	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0736;MQ=50.99;MQRankSum=-7.360e-01;QD=27.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.091	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	16407214	.	T	A	87.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1392;MQ=53.46;QD=34.75;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,202
Chr1	16413901	.	G	A	202.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=2.158;InbreedingCoeff=0.1571;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=15.56;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
Chr1	16420153	.	C	T	735.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6294;MQ=42.08;QD=28.28;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,76
Chr1	16423060	.	T	C	730.24	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2436;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
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Chr1	16708170	.	A	C	85.33	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0376;MQ=60.00;QD=28.44;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,175
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Chr1	16733213	.	G	A	75.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=3.680;InbreedingCoeff=-0.0914;MQ=55.03;MQRankSum=-1.754e+00;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.550;SOR=2.833	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	16740848	.	T	C	121.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1498;MQ=60.00;QD=20.18;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
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Chr1	16746440	.	A	G	7999.36	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=1.011;InbreedingCoeff=-0.0192;MQ=58.20;MQRankSum=-3.360e-01;QD=28.27;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.796	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,6:6:18:1|1:16746398_T_C:229,18,0
Chr1	16746589	.	T	A	8691.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=2.738;InbreedingCoeff=0.1467;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=30.43;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.933	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,6:6:21:1|1:16746588_T_C:306,21,0
Chr1	16749308	.	A	T	34.70	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=20;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0597;MQ=54.06;MQRankSum=-1.231e+00;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:20,0:20:48:0,48,720
Chr1	16749860	.	C	T	506.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.580e-01;DP=11;FS=2.124;InbreedingCoeff=-0.0517;MQ=37.47;MQRankSum=-7.270e-01;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.844	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:11,0:11:33:0,33,394
Chr1	16750495	.	A	G	161.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1117;MQ=54.79;MQRankSum=1.23;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,213
Chr1	16756637	.	G	A	92.56	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0029;MQ=60.00;QD=29.67;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	16780254	.	T	C	371.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3965;MQ=60.00;QD=23.19;SOR=0.804	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16783017	.	C	G	678.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2595;MQ=60.00;QD=30.83;SOR=0.874	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
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Chr1	16822570	.	G	A	45.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0700;MQ=60.00;QD=15.23;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
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Chr1	16842370	.	C	T	308.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1589;MQ=60.00;QD=34.32;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,207
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Chr1	16854533	.	T	C	47.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1800;MQ=60.00;QD=11.94;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:99,12,0
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Chr1	16880266	.	G	A	89.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=5;FS=3.680;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=12.84;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=1.108	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr1	16885643	.	T	G	85.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0043;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	16917858	.	C	T	2121.61	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=7.533;InbreedingCoeff=0.5125;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.42;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.515	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	16924639	.	G	A	847.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=-2.100e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2801;MQ=60.00;MQRankSum=1.00;QD=28.66;ReadPosRankSum=-2.740e-01;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	16926827	.	T	C	143.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.060e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=2.808;InbreedingCoeff=-0.1046;MQ=56.00;MQRankSum=0.736;QD=15.99;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.707	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,178
Chr1	16944412	.	C	G	331.12	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.490e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0769;MQ=40.00;MQRankSum=0.00;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,209
Chr1	16951687	.	C	A	91.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1433;MQ=47.05;QD=30.55;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:18:0,18,270
Chr1	16952112	.	G	A	2039.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.107;DP=3;FS=43.791;InbreedingCoeff=-0.0603;MQ=51.41;MQRankSum=1.03;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.406;SOR=1.338	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:91,9,0
Chr1	16956795	.	G	A	1018.39	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5739;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=0.770	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:16956773_T_A:90,6,0
Chr1	16958582	.	T	G	1954.29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6379;MQ=54.33;QD=31.02;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:49,6,0
Chr1	16959291	.	A	C	92.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1084;MQ=48.44;MQRankSum=-7.270e-01;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:27:0,27,405
Chr1	16961042	.	C	T	49.49	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1181;MQ=27.00;QD=24.74;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	16968754	.	T	A	74.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1619;MQ=56.43;QD=26.42;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	16984474	.	T	A	1089.24	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4507;MQ=60.00;QD=38.27;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	16987190	.	A	C	51.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0715;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	16988736	.	T	C	2121.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3376;MQ=55.56;MQRankSum=0.736;QD=25.87;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.738	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:0:0,0,198
Chr1	16996486	.	G	A	270.17	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2623;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=1.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	17005006	.	A	T	102.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1120;MQ=60.00;QD=14.67;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,155
Chr1	17017435	.	A	G	2661.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6812;MQ=48.00;QD=29.28;SOR=0.934	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	17030646	.	C	T	46.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0389;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	17039994	.	T	C	84.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.589e+00;ClippingRankSum=-1.067e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0622;MQ=43.98;MQRankSum=1.59;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.589e+00;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	17056499	.	T	A	2739.49	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.500e-01;ClippingRankSum=-6.500e-01;DP=12;FS=3.156;InbreedingCoeff=0.6862;MQ=60.00;MQRankSum=1.63;QD=30.10;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:12,0:12:36:0,36,365
Chr1	17069848	.	A	G	905.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5553;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	17074188	.	G	A	199.98	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1139;MQ=60.00;QD=33.33;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	17078564	.	A	C	622.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3766;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.252	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr1	17084526	.	A	G	3683.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=2.237;InbreedingCoeff=0.6766;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=29.01;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.620	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:167,18,0
Chr1	17091830	.	C	T	4256.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=1;FS=2.596;InbreedingCoeff=0.4782;MQ=60.00;MQRankSum=-3.480e-01;QD=32.99;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.148	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	17092760	.	T	C	114.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1080;MQ=60.00;QD=22.92;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	17106750	.	G	A	419.71	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2487;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr1	17122961	.	C	G	148.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1530;MQ=60.00;QD=21.20;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,175
Chr1	17124543	.	G	A	2209.26	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4532;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.770	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	17136650	.	T	A	37.61	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1379;MQ=43.00;QD=9.40;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	17148584	.	G	A	553.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3203;MQ=60.00;QD=23.07;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	17158696	.	G	C	2197.12	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6386;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=1.012	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:20:228,20,0
Chr1	17164344	.	C	T	41.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0333;MQ=60.00;QD=20.57;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:3:0,3,45
Chr1	17178678	.	T	C	68.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0970;MQ=60.00;QD=17.22;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	17196267	.	C	A	104.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,190
Chr1	17212328	.	A	C	130.61	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.65;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	17214778	.	T	C	130.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0218;MQ=60.00;QD=32.61;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
Chr1	17226217	.	T	A	77.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0112;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	17232339	.	C	T	51.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0964;MQ=60.00;QD=12.80;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	17247710	.	A	C	44.96	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0296;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
Chr1	17248186	.	G	A	323.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2393;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:18:0,18,270
Chr1	17249341	.	G	A	294.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2535;MQ=60.00;QD=21.02;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,201
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Chr1	17260298	.	C	T	433.44	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=21.206;InbreedingCoeff=0.0993;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=24.71;ReadPosRankSum=0.358;SOR=4.398	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	17629722	.	T	G	1624.70	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.100;InbreedingCoeff=0.5133;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=29.54;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,125
Chr1	17636900	.	C	T	542.33	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3260;MQ=60.00;QD=31.23;SOR=1.473	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,193
Chr1	17641383	.	C	T	1475.48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5287;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=25.01;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.877	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:49,6,0
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Chr1	17658398	.	T	G	251.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.274e+00;ClippingRankSum=0.934;DP=2;FS=4.359;InbreedingCoeff=0.0595;MQ=60.00;MQRankSum=0.085;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.425;SOR=1.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	17659160	.	G	A	1245.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.950e-01;ClippingRankSum=0.480;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2107;MQ=57.31;MQRankSum=-7.310e-01;QD=27.68;ReadPosRankSum=-4.800e-01;SOR=0.682	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
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Chr1	17664737	.	G	A	638.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.550;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1748;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=31.93;ReadPosRankSum=0.937;SOR=1.127	GT:AD:DP	./.:1,0:1
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Chr1	18130288	.	A	G	136.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1228;MQ=60.00;QD=19.49;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,87
Chr1	18134951	.	C	T	573.85	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.754e+00;ClippingRankSum=0.550;DP=0;FS=6.576;InbreedingCoeff=0.2211;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=22.95;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.378	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	18156180	.	G	A	3359.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.034;DP=20;FS=2.538;InbreedingCoeff=-0.2479;MQ=43.90;MQRankSum=-1.040e+00;QD=4.91;ReadPosRankSum=-5.500e-02;SOR=0.985	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:20,0:20:48:0,48,720
Chr1	18156670	.	G	A	20395.32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.00;DP=15;FS=1.758;InbreedingCoeff=-0.6674;MQ=36.04;MQRankSum=-3.580e-01;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:46:46,0,392
Chr1	18156789	.	C	T	162.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.680e-01;ClippingRankSum=-6.010e-01;DP=22;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0112;MQ=46.63;MQRankSum=0.801;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.758;SOR=0.868	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:22,0:22:63:0,63,945
Chr1	18163938	.	G	A	205.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0136;MQ=60.00;QD=31.35;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr1	18196075	.	G	A	6061.13	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5391;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=0.864	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:133,12,0
Chr1	18221732	.	G	T	87.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0799;MQ=60.00;QD=17.40;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:0:0,0,199
Chr1	18223907	.	G	T	130.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0452;MQ=60.00;QD=32.50;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr1	18223980	.	C	T	2421.28	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5760;MQ=60.00;QD=35.93;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	18224444	.	C	T	87.70	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0499;MQ=60.00;QD=17.54;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr1	18269619	.	T	G	749.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=29.84;SOR=0.941	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	18271326	.	G	A	286.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2268;MQ=60.00;QD=31.79;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	18308993	.	A	T	42.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0431;MQ=60.00;QD=21.29;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	18320749	.	G	C	84.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1328;MQ=31.00;QD=30.53;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
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Chr1	18970475	.	G	A	92.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.780e-01;ClippingRankSum=0.896;DP=3;FS=2.632;InbreedingCoeff=-0.0497;MQ=57.31;MQRankSum=0.278;QD=8.39;ReadPosRankSum=-5.970e-01;SOR=1.535	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
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Chr1	19005642	.	A	T	545.77	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3637;MQ=54.33;QD=30.12;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
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Chr1	19703608	.	G	A	48.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0155;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	19719978	.	C	T	848.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4170;MQ=60.00;QD=32.85;SOR=1.802	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	20687402	.	G	T	42.74	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0661;MQ=60.00;QD=14.25;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,264
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Chr1	20797685	.	C	G	158.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0845;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	20816236	.	G	A	7266.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1500;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=1.236	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	20830595	.	T	C	16059.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4798;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=0.727	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:20830587_CAT_C:90,6,0
Chr1	20873319	.	A	T	30.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0475;MQ=60.00;QD=15.02;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
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Chr1	21441018	.	T	C	128.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0737;MQ=60.00;QD=32.25;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	21463051	.	A	T	88.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0456;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
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Chr1	21596242	.	T	A	154.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1906;MQ=60.00;QD=19.36;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr1	21603523	.	T	C	85.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1036;MQ=60.00;QD=14.18;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	21621515	.	G	A	392.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5658;MQ=60.00;QD=28.03;SOR=0.976	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	21636051	.	T	A	50.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0039;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,66
Chr1	21644522	.	G	C	125.23	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0215;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	21647137	.	A	G	727.12	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4954;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	21664968	.	T	G	2467.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6949;MQ=60.00;QD=29.03;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr1	21671922	.	T	A	90.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0105;MQ=60.00;QD=30.29;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
Chr1	21673225	.	T	C	44.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0414;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,171
Chr1	21675142	.	G	T	150.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2224;MQ=40.00;QD=31.85;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,110
Chr1	21681519	.	G	T	41.61	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1432;MQ=60.00;QD=20.81;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:7,0:7
Chr1	21683976	.	G	A	125.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0792;MQ=60.00;QD=17.97;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
Chr1	21689929	.	G	A	12024.83	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4658;MQ=60.00;QD=33.04;SOR=1.020	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,10:10:30:328,30,0
Chr1	21713809	.	T	C	47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0638;MQ=60.00;QD=23.50;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	21731447	.	C	T	305.92	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0410;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	21734964	.	C	T	213.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:21:0,21,315
Chr1	21739334	.	A	G	120.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2505;MQ=50.40;QD=30.10;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	21756249	.	C	T	736.86	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0150;MQ=50.07;MQRankSum=-1.026e+00;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.365;SOR=1.024	GT:AD:DP	./.:2,0:2
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Chr1	21882416	.	C	T	754.85	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4610;MQ=60.00;QD=30.19;SOR=0.770	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
Chr1	21885284	.	C	T	38.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0730;MQ=60.00;QD=19.14;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,153
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Chr1	21903407	.	A	G	1831.02	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.00;DP=7;FS=1.455;InbreedingCoeff=-0.1250;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=21.54;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.678	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	0/1:2,5:7:69:0|1:21903404_C_A:204,0,69
Chr1	21919314	.	T	A	306.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0945;MQ=60.00;QD=32.10;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:2,0:2
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Chr1	21936443	.	A	T	171.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0864;MQ=61.78;QD=34.25;SOR=1.981	GT:AD:DP	./.:8,0:8
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Chr1	21990309	.	G	C	221.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2626;MQ=60.00;QD=22.17;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,37
Chr1	21993154	.	T	C	1501.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=1.571;InbreedingCoeff=0.3497;MQ=60.00;MQRankSum=0.067;QD=29.58;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:40,0,33
Chr1	22017473	.	T	C	189.31	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1362;MQ=60.00;QD=23.66;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,193
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Chr1	22025802	.	A	T	44.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0061;MQ=60.00;QD=14.69;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr1	22027341	.	A	G	3493.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6699;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=0.987	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,19
Chr1	22035824	.	T	C	817.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3592;MQ=60.00;QD=30.45;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	22043218	.	T	A	1821.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2079;MQ=60.00;QD=29.87;SOR=0.899	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
Chr1	22062753	.	T	C	4450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5953;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=34.24;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.907	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
Chr1	22063892	.	G	A	182	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1376;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,75
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Chr1	22095152	.	A	T	47.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0258;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,125
Chr1	22098457	.	A	T	217.71	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0910;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=24.19;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
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Chr1	22211052	.	C	T	541.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4591;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=0.963	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr1	22221029	.	G	A	227.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1939;MQ=60.00;QD=32.56;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr1	22235927	.	G	A	429.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1826;MQ=60.00;QD=33.04;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	22285284	.	C	T	6053.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=3.340;InbreedingCoeff=0.6820;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=27.21;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.359	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	22290433	.	T	A	280.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2187;MQ=60.00;QD=29.03;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	22334551	.	T	C	740.42	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-3.540e-01;DP=1;FS=1.768;InbreedingCoeff=0.4075;MQ=60.00;MQRankSum=0.589;QD=24.68;ReadPosRankSum=-1.180e-01;SOR=1.136	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
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Chr1	22843410	.	G	C	141.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.358;DP=8;FS=7.404;InbreedingCoeff=-0.1015;MQ=52.92;MQRankSum=0.00;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.358;SOR=3.611	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:21:0,21,315
Chr1	22844122	.	T	C	1080.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=8;FS=3.329;InbreedingCoeff=0.4564;MQ=54.82;MQRankSum=0.00;QD=27.82;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.719	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:18:0,18,270
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Chr1	23543718	.	A	T	145.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3231;MQ=60.00;QD=14.52;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
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Chr1	24035373	.	T	G	130.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0940;MQ=60.00;QD=32.52;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,243
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Chr1	24041442	.	C	T	272.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3114;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:9:0,9,135
Chr1	24060081	.	C	T	360.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4016;MQ=60.00;QD=18.98;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,81
Chr1	24060115	.	A	C	241.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2365;MQ=60.00;QD=18.60;SOR=0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr1	24066885	.	G	A	1748.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6673;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=1.498	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	24080390	.	C	A	83.96	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0407;MQ=60.00;QD=20.99;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,178
Chr1	24099501	.	T	C	48.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0050;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:3:0,3,45
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Chr1	24102928	.	C	T	122.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0522;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	24147820	.	G	T	837.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4259;MQ=60.00;QD=29.62;SOR=0.874	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	24156885	.	A	G	63.26	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1003;MQ=60.00;QD=10.54;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,166
Chr1	24157445	.	T	A	196.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0097;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.00;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,111
Chr1	24160875	.	A	T	257.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0610;MQ=57.35;QD=29.97;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	24169975	.	A	G	48.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0102;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,125
Chr1	24201863	.	T	C	8645.04	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6466;MQ=60.00;QD=30.26;SOR=1.162	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,1:1:3:1|1:24201863_T_C:45,3,0
Chr1	24202330	.	T	C	156.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0640;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	24226478	.	T	C	351.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2729;MQ=60.00;QD=23.46;SOR=1.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	24236014	.	G	A	204.13	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1481;MQ=60.00;QD=34.02;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:0:0,0,133
Chr1	24240993	.	A	G	5610.33	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7244;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=0.726	GT:AD:DP	./.:1,0:1
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Chr1	24258323	.	C	A	5155.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=7;FS=18.740;InbreedingCoeff=0.7250;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=27.57;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.709	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:248,21,0
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Chr1	24744551	.	T	C	362.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2023;MQ=60.00;QD=32.94;SOR=1.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:6:0,6,90
Chr1	24746107	.	A	C	570.23	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4248;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=0.990	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,171
Chr1	24748967	.	C	G	881.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2557;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=0.963	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,110
Chr1	24749150	.	C	G	69.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1088;MQ=60.00;QD=17.44;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	24750860	.	G	A	46.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0268;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
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Chr1	24816508	.	T	A	46.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0209;MQ=49.00;QD=23.19;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,256
Chr1	24836721	.	C	G	824.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.466;DP=3;FS=0.993;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=56.22;MQRankSum=-1.231e+00;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	24838053	.	T	A	54.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0700;MQ=60.00;QD=13.73;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	24859218	.	T	A	155.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=6.021;InbreedingCoeff=0.0890;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=25.90;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.707	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:18:0,18,270
Chr1	24881057	.	T	A	78.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0230;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:0:0,0,141
Chr1	24884260	.	G	A	544.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4019;MQ=60.00;QD=33.55;SOR=2.049	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr1	24885637	.	G	A	5507.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.406;DP=4;FS=1.634;InbreedingCoeff=0.1715;MQ=60.00;MQRankSum=-2.590e-01;QD=24.26;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.612	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,110
Chr1	24927965	.	A	C	561.51	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3331;MQ=60.00;QD=35.47;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:4,0:4
Chr1	24957061	.	G	A	151.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0924;MQ=60.00;QD=21.67;SOR=0.941	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	24969538	.	A	G	403.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3169;MQ=60.00;QD=31.64;SOR=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	24972049	.	T	C	2899.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=8;FS=0.931;InbreedingCoeff=0.5554;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.572	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,6:8:60:170,0,60
Chr1	24981533	.	C	T	731.29	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4083;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.976	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,171
Chr1	24994860	.	G	C	1056.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.937;DP=5;FS=0.834;InbreedingCoeff=0.0267;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.617	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr1	25008345	.	G	A	248.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1735;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr1	25052224	.	C	T	45.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0501;MQ=60.00;QD=22.71;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	25061736	.	C	T	48.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0032;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25096841	.	C	T	566.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3675;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.963	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:6:0,6,90
Chr1	25119331	.	C	A	2177.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4204;MQ=60.00;QD=30.96;SOR=1.112	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25120794	.	G	A	5257.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7112;MQ=60.00;QD=37.17;SOR=1.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr1	25124331	.	A	G	7864.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.27;ClippingRankSum=0.898;DP=1;FS=1.394;InbreedingCoeff=0.7232;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=32.63;ReadPosRankSum=-8.980e-01;SOR=1.044	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	25124455	.	C	T	94.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=2.769;InbreedingCoeff=-0.0827;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr1	25138304	.	G	T	2070.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6126;MQ=60.00;QD=31.12;SOR=0.725	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,178
Chr1	25210643	.	G	A	228.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1777;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr1	25215926	.	G	C	767.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6521;MQ=60.00;QD=31.14;SOR=2.419	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25218603	.	T	A	257.74	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0681;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,182
Chr1	25236571	.	G	A	4084.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5674;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.558	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	25238698	.	T	A	1121.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2870;MQ=60.00;QD=30.34;SOR=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr1	25246072	.	G	A	127.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1326;MQ=60.00;QD=31.88;SOR=3.258	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,178
Chr1	25259803	.	T	C	457.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2837;MQ=60.00;QD=30.85;SOR=0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:3:0,3,45
Chr1	25279624	.	A	C	753.71	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4436;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.818	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	25283566	.	A	T	5705.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5872;MQ=60.00;QD=31.18;SOR=1.058	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	25293138	.	A	C	722.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5064;MQ=60.00;QD=22.58;SOR=0.818	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25302451	.	A	G	216.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1468;MQ=60.00;QD=31.00;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr1	25318522	.	T	C	383.24	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5600;MQ=60.00;QD=37.39;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,3:3:9:1|1:25318499_A_T:135,9,0
Chr1	25322997	.	A	C	10536.26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7555;MQ=60.00;QD=30.45;SOR=0.995	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:25322952_C_A:90,6,0
Chr1	25323287	.	T	A	129.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=60.00;QD=29.23;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	25324625	.	A	G	2833.02	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6589;MQ=60.00;QD=33.65;SOR=0.854	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,3:3:9:1|1:25324585_A_T:135,9,0
Chr1	25374503	.	C	T	117.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0860;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,144
Chr1	25375514	.	A	G	1830.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6330;MQ=60.00;QD=34.85;SOR=0.780	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	25376680	.	T	A	200.24	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2387;MQ=46.71;QD=31.34;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	25379850	.	G	A	157.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0113;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,110
Chr1	25397842	.	T	C	1234.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4702;MQ=60.00;QD=29.60;SOR=1.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	25400244	.	T	C	40.17	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0173;MQ=60.00;QD=13.39;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
Chr1	25433788	.	C	T	50.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1262;MQ=70.00;QD=25.03;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25560343	.	T	G	1628.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=-1.589e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4522;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=28.07;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.528	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,163
Chr1	25570446	.	T	C	240.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1009;MQ=60.00;QD=34.42;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,152
Chr1	25633926	.	T	A	594.74	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4772;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,319
Chr1	25644675	.	C	T	251.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1830;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr1	25739192	.	C	G	1042.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5124;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=0.883	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr1	25743405	.	T	G	122.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	25748331	.	A	G	161.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0404;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	25761246	.	A	C	850.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4057;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:24:0,24,360
Chr1	25762839	.	A	T	599.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3237;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.63;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.761	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	25777243	.	T	A	150.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0102;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.527	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25794850	.	C	T	261.26	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2084;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.270	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25826130	.	A	T	873.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=1.507;InbreedingCoeff=0.3826;MQ=60.00;QD=30.11;SOR=0.733	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,93
Chr1	25853171	.	A	C	125.18	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.981	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25867190	.	T	C	38.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0640;MQ=60.00;QD=19.01;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,207
Chr1	25867234	.	G	T	264.82	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1891;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr1	25903785	.	G	A	210.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0844;MQ=60.00;QD=21.07;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:9:0,9,135
Chr1	25912653	.	G	T	133.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0334;MQ=60.00;QD=19.13;SOR=0.941	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	25913805	.	G	C	160.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1466;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,111
Chr1	25929300	.	A	T	45.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0398;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	25936333	.	C	T	3067.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6356;MQ=60.00;QD=30.07;SOR=1.168	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:131,15,0
Chr1	25947269	.	A	G	122.61	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0173;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr1	25955237	.	T	C	5205.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=4;FS=2.543;InbreedingCoeff=0.6659;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=23.22;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.435	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
Chr1	25959051	.	T	C	1719.44	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5980;MQ=60.00;QD=28.66;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:18:0,18,270
Chr1	25959687	.	C	T	280.61	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2815;MQ=60.00;QD=35.29;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,290
Chr1	25993604	.	G	A	38.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0419;MQ=60.00;QD=19.14;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:11,0:11:18:0,18,270
Chr1	26011434	.	A	G	723.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4044;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.127	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	26027125	.	G	A	485.77	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2580;MQ=60.00;QD=32.38;SOR=1.112	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,118
Chr1	26059086	.	G	A	591.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4196;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=0.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	26069381	.	T	C	119.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=60.00;QD=19.84;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,159
Chr1	26076732	.	A	C	191.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3211;MQ=60.00;QD=30.22;SOR=2.584	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	26106930	.	T	C	87.42	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0473;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr1	26136453	.	T	G	521.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2976;MQ=57.39;QD=31.68;SOR=0.976	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,70
Chr1	26138602	.	C	T	48.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0918;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:3,0:3
Chr1	26152157	.	G	A	5426.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7301;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=0.791	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,4:4:12:1|1:26152154_A_T:180,12,0
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Chr1	26156690	.	G	A	123.33	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0224;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	27270545	.	C	T	37.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0799;MQ=60.00;QD=18.92;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:1,0:1
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Chr1	27297640	.	C	A	171.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0606;MQ=60.00;QD=34.36;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
Chr1	27310903	.	A	T	2745.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=2;FS=1.654;InbreedingCoeff=0.6389;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=28.59;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.737	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:27310902_A_T:90,6,0
Chr1	27324999	.	T	C	826.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3581;MQ=60.00;QD=29.76;SOR=0.990	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr1	27341016	.	T	A	446.56	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3532;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.371	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	27397534	.	C	T	1305.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4527;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=27.78;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.737	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,19
Chr1	27430577	.	A	T	187.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1894;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	27436665	.	T	C	370.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=1.287;InbreedingCoeff=0.0163;MQ=55.44;MQRankSum=-3.580e-01;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	27995747	.	A	G	44.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1066;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	28033443	.	T	C	595.51	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4643;MQ=60.00;QD=21.27;SOR=0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:9:0,9,135
Chr1	28050336	.	A	G	155.18	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1913;MQ=60.00;QD=22.17;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
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Chr1	28101262	.	A	G	7161.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=4;FS=2.480;InbreedingCoeff=0.7342;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=24.54;ReadPosRankSum=-3.220e-01;SOR=0.947	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
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Chr1	28115109	.	C	G	291.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3445;MQ=60.00;QD=19.44;SOR=0.818	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
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Chr1	28159373	.	A	G	65.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0462;MQ=60.00;QD=16.42;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr1	28192478	.	C	T	3094.77	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6203;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.832	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:3:0,3,45
Chr1	28197040	.	C	T	44	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0894;MQ=60.00;QD=22.00;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,308
Chr1	28206233	.	G	A	42.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0405;MQ=60.00;QD=14.17;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,110
Chr1	28227136	.	C	T	230.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2282;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr1	28240306	.	A	C	67.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1201;MQ=60.00;QD=13.41;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr1	28288850	.	G	A	126.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1012;MQ=60.00;QD=15.81;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	28293312	.	G	C	50.51	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0213;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	28297681	.	G	A	2101	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7359;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.01;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.336	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:11,0:11:33:0,33,347
Chr1	28335419	.	T	C	668.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4764;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.143	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	28346035	.	A	T	34.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0287;MQ=60.00;QD=17.38;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,76
Chr1	28351424	.	T	A	45.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0297;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=2.303	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	28364063	.	A	C	121.58	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0451;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,266
Chr1	28367435	.	G	C	1413.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3783;MQ=60.00;MQRankSum=0.762;QD=28.45;ReadPosRankSum=-6.700e-02;SOR=0.892	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr1	28370610	.	G	C	1745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=4;FS=2.833;InbreedingCoeff=0.5519;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.28;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.261	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
Chr1	28386488	.	A	G	217.12	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0276;MQ=60.00;QD=32.05;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr1	28398088	.	G	A	2427.63	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.551;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1061;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.636	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:159,12,0
Chr1	28406984	.	T	G	3795.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5967;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=32.14;ReadPosRankSum=-5.720e-01;SOR=0.786	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,199
Chr1	28423060	.	T	C	1283.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5013;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=33.78;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:0:0,0,49
Chr1	28459898	.	T	C	279.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2530;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,205
Chr1	28523084	.	G	T	144.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0937;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr1	28525110	.	A	T	736.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=3.224;InbreedingCoeff=-0.2019;MQ=60.00;MQRankSum=-1.580e-01;QD=17.97;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.690	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,169
Chr1	28549064	.	G	A	7192.20	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6881;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=36.16;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.944	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr1	28581994	.	C	T	2383.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6223;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=1.031	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	28670898	.	T	G	2413.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6586;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.776	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr1	28995493	.	C	A	134.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1812;MQ=60.00;QD=22.45;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,163
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Chr1	29035349	.	A	C	40.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0200;MQ=60.00;QD=20.39;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
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Chr1	29171089	.	A	C	1527.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=2;FS=3.039;InbreedingCoeff=0.5251;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=25.45;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.127	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
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Chr1	29696210	.	A	T	128.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0649;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.330	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
Chr1	29699760	.	T	C	38.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1031;MQ=60.00;QD=19.04;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr1	29702765	.	A	T	51.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0037;MQ=60.00;QD=12.77;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr1	29705053	.	T	G	10303	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5339;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.753	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr1	29759837	.	T	C	9496.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=3.438;InbreedingCoeff=0.3684;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=34.04;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.656	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:175,15,0
Chr1	29760966	.	C	T	40.28	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0122;MQ=60.00;QD=20.14;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
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Chr2	400092	.	T	C	3192.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6323;MQ=60.00;QD=31.86;SOR=1.134	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,4:4:12:1|1:400070_T_C:179,12,0
Chr2	402833	.	C	T	318.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3751;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
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Chr2	420543	.	T	C	131.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1946;MQ=60.00;QD=18.73;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr2	421669	.	G	T	47.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0074;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	427907	.	C	T	64.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0785;MQ=60.00;QD=16.16;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,256
Chr2	430267	.	A	G	216.44	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1482;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr2	445507	.	A	T	161.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0760;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
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Chr2	971526	.	G	A	83.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0400;MQ=60.00;QD=16.75;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,70
Chr2	993576	.	C	A	31.18	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0027;MQ=60.00;QD=10.39;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,85
Chr2	1024389	.	C	G	191.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1130;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	1028243	.	T	G	748.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3822;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,203
Chr2	1038340	.	A	T	43.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1272;MQ=47.43;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	1039676	.	G	T	87.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0117;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	1064885	.	G	C	130.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0053;MQ=60.00;QD=32.67;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:0:0,0,87
Chr2	1076450	.	G	A	77.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0691;MQ=60.00;QD=19.30;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr2	1088754	.	C	T	128.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0269;MQ=60.00;QD=32.10;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
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Chr2	1603221	.	A	G	220.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3068;MQ=60.00;QD=15.72;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr2	1607417	.	T	A	1271.88	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=1.38;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2083;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=31.72;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.818	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	1611009	.	T	C	38.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0788;MQ=60.00;QD=12.74;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr2	1615001	.	G	A	46.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.78;ClippingRankSum=-1.099e+00;DP=2;FS=7.160;InbreedingCoeff=-0.0697;MQ=53.21;MQRankSum=-9.300e-01;QD=3.55;ReadPosRankSum=-8.500e-02;SOR=2.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
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Chr2	2202622	.	C	T	1512.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.552e+00;ClippingRankSum=0.529;DP=9;FS=6.200;InbreedingCoeff=0.2142;MQ=60.00;MQRankSum=-3.780e-01;QD=25.63;ReadPosRankSum=-8.220e-01;SOR=0.295	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,274
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Chr2	2229882	.	A	G	187.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1997;MQ=60.00;QD=31.24;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,87
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Chr2	2387272	.	G	C	119.28	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0548;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
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Chr2	2390079	.	C	T	34.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=3;FS=6.435;InbreedingCoeff=-0.1241;MQ=56.01;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=2.252	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr2	2391270	.	G	T	1101.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2508;MQ=49.00;MQRankSum=1.13;QD=22.48;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.582	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr2	2402091	.	G	A	536.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=2.785;InbreedingCoeff=-0.0584;MQ=41.79;MQRankSum=0.00;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.239	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr2	2404376	.	A	T	147.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1331;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr2	2406260	.	A	T	196.70	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1390;MQ=34.94;QD=32.78;SOR=3.912	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	2407324	.	C	T	74.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0281;MQ=47.00;QD=29.12;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,62
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Chr2	2621120	.	C	T	261.42	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=5.021;InbreedingCoeff=-0.0375;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=23.77;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.525	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	2623609	.	C	T	357.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2532;MQ=58.33;QD=29.16;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:12,0:12:27:0,27,405
Chr2	2630725	.	A	C	83.18	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0060;MQ=53.99;MQRankSum=-1.495e+00;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.50;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	2648364	.	T	C	270.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1196;MQ=54.33;MQRankSum=-7.200e-01;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.473	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	3004192	.	C	T	1666.13	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.727;DP=8;FS=0.743;InbreedingCoeff=-0.1054;MQ=58.30;MQRankSum=-3.610e-01;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.897	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	0/1:6,2:8:66:0|1:3004168_G_T:66,0,246
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Chr2	3011865	.	C	T	333.37	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1892;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,81
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Chr2	3842561	.	G	A	262.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1337;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=26.21;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,37
Chr2	3842843	.	C	T	2605.28	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.754e+00;ClippingRankSum=0.550;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6331;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=30.29;ReadPosRankSum=1.75;SOR=0.565	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	4080276	.	G	A	1164.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5687;MQ=60.00;QD=29.06;SOR=0.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
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Chr2	4288234	.	C	G	85.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0343;MQ=59.75;QD=21.42;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	4293095	.	C	T	182.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0632;MQ=60.00;QD=20.30;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr2	4296790	.	C	T	75.26	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0.937;DP=9;FS=5.798;InbreedingCoeff=-0.0888;MQ=59.35;MQRankSum=-1.734e+00;QD=10.75;ReadPosRankSum=-6.390e-01;SOR=2.621	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,260
Chr2	4296852	.	A	G	292.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1553;MQ=60.00;MQRankSum=-2.690e-01;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr2	4298297	.	G	A	1201.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4857;MQ=60.00;QD=28.60;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
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Chr2	4304861	.	G	A	1249.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5068;MQ=60.00;QD=31.29;SOR=0.976	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,8:8:24:1|1:4304859_G_C:360,24,0
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Chr2	5082605	.	T	C	2856.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6243;MQ=60.00;QD=31.59;SOR=0.840	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,99
Chr2	5090025	.	A	G	110.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.520e-01;ClippingRankSum=0.480;DP=1;FS=1.666;InbreedingCoeff=-0.1094;MQ=53.44;MQRankSum=-1.026e+00;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.799	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	5095217	.	G	A	187	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.620e-01;ClippingRankSum=-6.700e-02;DP=14;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0387;MQ=43.49;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:14,0:14:0:0,0,467
Chr2	5097387	.	C	A	71.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.220e-01;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0786;MQ=47.24;MQRankSum=-1.920e+00;QD=8.90;ReadPosRankSum=-3.220e-01;SOR=0.307	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,167
Chr2	5098938	.	A	G	116.71	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0896;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:11,0:11:30:0,30,450
Chr2	5107230	.	C	T	36.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0528;MQ=44.18;QD=18.50;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,202
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Chr2	5352041	.	A	G	5977.18	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6228;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=31.29;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.245	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr2	5353297	.	G	A	84.52	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1539;MQ=44.18;QD=26.82;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr2	5355079	.	C	T	339.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4030;MQ=60.00;QD=28.29;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr2	5360289	.	A	G	685.91	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-6.700e-02;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=1.423;InbreedingCoeff=0.1400;MQ=41.14;MQRankSum=0.736;QD=19.05;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.416	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	5630964	.	T	A	118.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=7.272;InbreedingCoeff=-0.0635;MQ=57.47;MQRankSum=-7.360e-01;QD=10.76;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=2.575	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr2	5632619	.	A	C	1313.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=2.161;InbreedingCoeff=0.6937;MQ=60.00;QD=34.57;SOR=1.493	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	5636092	.	A	C	606.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2153;MQ=60.00;MQRankSum=1.30;QD=21.65;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,118
Chr2	5638463	.	C	T	516.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2657;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr2	5642481	.	T	A	9279	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6460;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=30.52;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.747	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,9:9:27:237,27,0
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Chr2	5903018	.	G	A	3678.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.311;DP=4;FS=0.554;InbreedingCoeff=0.2223;MQ=60.00;MQRankSum=0.480;QD=21.51;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.628	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:0:0,0,49
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Chr2	5936767	.	C	A	49.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1321;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	5941018	.	T	G	168.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3222;MQ=60.00;QD=34.43;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr2	5942369	.	G	A	50.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0924;MQ=60.00;QD=16.70;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr2	5946927	.	A	G	119.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1223;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,85
Chr2	5947175	.	T	C	653.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.361;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3656;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.21;ReadPosRankSum=-8.760e-01;SOR=0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr2	5948762	.	T	C	3725.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.770e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=2;FS=1.395;InbreedingCoeff=0.4673;MQ=60.00;MQRankSum=-7.170e-01;QD=23.73;ReadPosRankSum=-3.400e-01;SOR=0.544	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,60
Chr2	5950646	.	C	T	1117.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.358;DP=7;FS=2.481;InbreedingCoeff=0.2854;MQ=59.00;MQRankSum=0.736;QD=31.84;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:7,0:7
Chr2	5962409	.	C	A	95.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589e+00;ClippingRankSum=-1.589e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1210;MQ=33.45;MQRankSum=1.59;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.589e+00;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	5975753	.	G	A	86	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3111;MQ=60.00;QD=21.50;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	6077132	.	A	G	261.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4502;MQ=60.00;QD=32.72;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	6250304	.	C	T	178.61	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5234;MQ=48.74;QD=27.89;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	6262168	.	T	C	1912.35	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.720;DP=2;FS=1.640;InbreedingCoeff=0.2732;MQ=45.57;MQRankSum=0.720;QD=33.55;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.272	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:6262168_T_C:90,6,0
Chr2	6264196	.	C	T	50.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0150;MQ=44.01;QD=25.41;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	6276786	.	A	G	75.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2389;MQ=60.00;QD=15.08;SOR=1.329	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr2	6290466	.	C	T	2234.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6755;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.800	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr2	6296822	.	G	A	2155.13	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=6.121;InbreedingCoeff=0.0618;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=20.14;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.386	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr2	6317826	.	G	A	37.58	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0929;MQ=54.66;MQRankSum=-1.380e+00;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	6325984	.	G	A	172.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1407;MQ=60.00;QD=21.56;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr2	6332009	.	C	T	76.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0874;MQ=23.19;QD=15.33;SOR=3.611	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	6349143	.	G	A	39.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0876;MQ=60.00;QD=13.28;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr2	6385444	.	G	A	711.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2187;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=1.136	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	6391644	.	G	A	333.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0837;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
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Chr2	7436331	.	T	C	385.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=2;FS=2.086;InbreedingCoeff=0.1880;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=19.25;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.330	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
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Chr2	8513091	.	T	A	88.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0290;MQ=60.00;QD=17.67;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	8513562	.	G	A	368.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2104;MQ=60.00;QD=29.23;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,140
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Chr2	9560164	.	T	G	7159.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.067e+00;ClippingRankSum=1.07;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7337;MQ=60.00;MQRankSum=-5.720e-01;QD=27.97;ReadPosRankSum=1.59;SOR=0.811	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:141,15,0
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Chr2	9676978	.	C	T	198.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1145;MQ=60.00;QD=33.15;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,118
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Chr2	9860447	.	A	G	56.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=42.00;QD=28.50;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	9922756	.	G	A	200.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1103;MQ=60.00;QD=33.40;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr2	9923318	.	G	A	184.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=3.680;InbreedingCoeff=0.0417;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=26.34;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.108	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,119
Chr2	9974312	.	C	T	86.58	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0433;MQ=60.00;QD=28.86;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,207
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Chr2	10006903	.	C	T	841.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.569;DP=0;FS=15.103;InbreedingCoeff=-0.2086;MQ=28.93;MQRankSum=0.633;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.773	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	10047756	.	A	G	852.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4317;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=0.957	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	10145276	.	G	A	495.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0386;MQ=55.86;MQRankSum=0.731;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.527	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	10152925	.	T	C	65.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1258;MQ=60.00;QD=16.41;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:11,0:11:27:0,27,405
Chr2	10167125	.	T	C	869.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5166;MQ=58.52;QD=30.48;SOR=1.445	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	10208856	.	T	C	1305.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5161;MQ=60.00;QD=28.70;SOR=1.244	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,142
Chr2	10214028	.	T	C	10045.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2598;MQ=60.00;QD=34.29;SOR=1.152	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:135,12,0
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Chr2	10240875	.	C	T	798.12	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=1;FS=3.183;InbreedingCoeff=0.2910;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=24.35;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.105	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
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Chr2	10267713	.	C	A	161.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0111;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
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Chr2	10280948	.	C	A	486.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2289;MQ=60.00;QD=33.42;SOR=0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr2	10311911	.	A	G	105.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0272;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	10311912	.	C	T	104.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0418;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=20.99;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	10313361	.	G	T	279.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1759;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,119
Chr2	10359046	.	T	A	42.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0104;MQ=60.00;QD=21.15;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr2	10369770	.	A	T	590.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2565;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,258
Chr2	10408026	.	G	A	48.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0392;MQ=60.00;QD=12.23;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	10410325	.	A	C	172.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0894;MQ=60.00;QD=21.61;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,262
Chr2	10425020	.	A	G	56.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0931;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=18.96;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.034	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	10425855	.	C	A	41.96	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0969;MQ=60.00;QD=13.99;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	10430210	.	C	T	86.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0193;MQ=60.00;QD=17.30;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,125
Chr2	10449300	.	G	A	48.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0083;MQ=60.00;QD=16.09;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	10471330	.	G	C	47.71	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0219;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	11038615	.	G	C	34.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0696;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:30:0,30,326
Chr2	11041041	.	T	C	846.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4973;MQ=60.00;QD=33.84;SOR=1.255	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	11056362	.	C	T	5374.42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6876;MQ=60.00;QD=29.02;SOR=0.912	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,6:6:18:1|1:11056348_G_A:270,18,0
Chr2	11069074	.	A	C	156	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0749;MQ=60.00;QD=22.29;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,175
Chr2	11112939	.	C	G	1806.67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=3.658;InbreedingCoeff=0.6319;MQ=60.00;MQRankSum=0.751;QD=25.45;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.249	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,8:9:15:265,0,15
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Chr2	11682623	.	A	G	218.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2904;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	11691881	.	G	A	2296.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5812;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=0.950	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
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Chr2	11808800	.	T	A	109.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0890;MQ=60.00;QD=21.82;SOR=1.981	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	11842929	.	A	G	1999.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.573;DP=3;FS=5.354;InbreedingCoeff=-0.0813;MQ=60.00;MQRankSum=0.376;QD=18.01;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.178	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	11914708	.	T	C	39.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0265;MQ=60.00;QD=13.18;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr2	11947862	.	C	T	3052.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6519;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.00;ReadPosRankSum=1.47;SOR=0.869	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr2	11968862	.	G	A	1333.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5920;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
Chr2	11987690	.	T	G	592.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4751;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.136	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,118
Chr2	11989210	.	G	A	72.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0587;MQ=60.00;QD=18.10;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	12016294	.	G	T	42.31	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0479;MQ=60.00;QD=14.10;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,254
Chr2	12030053	.	C	T	84.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1651;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=3.258	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	12043500	.	C	T	165.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0676;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	12062709	.	T	C	53.86	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0919;MQ=60.00;QD=10.77;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,153
Chr2	12122500	.	C	A	73.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0236;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
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Chr2	12961502	.	G	T	139.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0764;MQ=54.79;QD=34.76;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	12973846	.	A	G	2626.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7605;MQ=60.00;QD=28.55;SOR=0.829	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	12989398	.	G	T	261.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1034;MQ=60.00;QD=29.01;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr2	12990297	.	G	A	474.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2125;MQ=60.00;QD=33.21;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
Chr2	13011391	.	T	G	374.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2946;MQ=60.00;QD=30.80;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr2	13023955	.	G	A	152.24	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0931;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,70
Chr2	13032552	.	C	T	1814.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5493;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=1.464	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr2	13109102	.	C	A	1449.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6060;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=1.151	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,135
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Chr2	13728448	.	G	A	908.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=7;FS=3.912;InbreedingCoeff=0.4211;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=26.73;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,6:7:21:161,0,21
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Chr2	13797416	.	A	T	1906.12	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6450;MQ=60.00;QD=34.04;SOR=1.421	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
Chr2	13798285	.	C	T	333.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2170;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,178
Chr2	13844828	.	T	C	3368.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.579;DP=5;FS=3.066;InbreedingCoeff=0.5885;MQ=60.00;MQRankSum=-8.100e-01;QD=30.90;ReadPosRankSum=-1.736e+00;SOR=0.280	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:175,15,0
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Chr2	13902257	.	T	C	437.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3335;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
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Chr2	14010069	.	A	G	243.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1353;MQ=60.00;QD=34.73;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,175
Chr2	14012810	.	C	T	566.43	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3255;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=0.793	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,252
Chr2	14153671	.	T	C	40.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0610;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,207
Chr2	14296853	.	T	A	178.30	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1911;MQ=60.00;QD=34.49;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	14298437	.	G	C	174.26	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0478;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=34.85;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.595	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	14322457	.	C	T	38.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0458;MQ=60.00;QD=19.23;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	14378531	.	A	T	1347.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.406;DP=1;FS=3.989;InbreedingCoeff=0.0064;MQ=59.67;MQRankSum=-7.360e-01;QD=16.24;ReadPosRankSum=-8.670e-01;SOR=1.296	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr2	14390386	.	A	T	44.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=60.00;QD=11.23;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr2	14413646	.	A	T	395.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3955;MQ=60.00;QD=30.74;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr2	14445592	.	A	G	309.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2446;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.976	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr2	14452199	.	G	T	37.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0747;MQ=60.00;QD=18.88;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:11,0:11:24:0,24,360
Chr2	14471404	.	C	T	127.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0883;MQ=60.00;QD=18.23;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:30:0,30,311
Chr2	14544458	.	C	T	38.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0336;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr2	14574198	.	A	T	170.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0491;MQ=60.00;QD=34.17;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr2	14580209	.	G	C	109.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1616;MQ=60.00;QD=18.19;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr2	14597975	.	G	T	8318.40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6815;MQ=60.00;QD=27.64;SOR=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:129,12,0
Chr2	14670709	.	A	T	4152.56	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6575;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.713	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	14692032	.	T	A	1113.12	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5410;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
Chr2	14722273	.	G	A	1253.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.212;InbreedingCoeff=0.5023;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=25.07;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.416	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,157
Chr2	14738427	.	A	G	44.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0441;MQ=60.00;QD=22.27;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:27:0,27,405
Chr2	14755052	.	C	T	172.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0206;MQ=60.00;QD=34.52;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,85
Chr2	14756901	.	A	G	7814.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6207;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=32.88;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.558	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	14837337	.	T	A	160.73	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-7.470e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0803;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=20.09;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.595	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	14851831	.	C	T	41.86	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1119;MQ=60.00;QD=13.95;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	14860090	.	G	A	34.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=8;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.1040;MQ=57.66;MQRankSum=1.03;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.209	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,290
Chr2	14900954	.	C	T	2011.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6366;MQ=60.00;QD=28.33;SOR=0.898	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
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Chr2	15878937	.	T	C	70.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1492;MQ=60.00;QD=30.82;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr2	15882794	.	T	A	728.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4543;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.255	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	15900824	.	T	C	297.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2078;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	15925566	.	G	A	588.12	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3244;MQ=60.00;QD=34.60;SOR=1.739	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,110
Chr2	15926649	.	C	A	418.96	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2919;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:24:0,24,360
Chr2	15931345	.	T	A	47.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0340;MQ=60.00;QD=15.90;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,19
Chr2	15960441	.	T	A	215.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=4;FS=3.332;InbreedingCoeff=0.0289;MQ=60.00;MQRankSum=-5.720e-01;QD=21.57;ReadPosRankSum=1.59;SOR=1.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr2	15975321	.	T	A	450.26	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=3.310;InbreedingCoeff=0.1427;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=30.02;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.643	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,203
Chr2	15984252	.	C	T	163.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0867;MQ=60.00;QD=32.79;SOR=1.981	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:9:0,9,135
Chr2	15994689	.	A	G	576.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3846;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr2	16014034	.	T	G	3961.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=1.68;DP=0;FS=8.260;InbreedingCoeff=0.6211;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.59;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.304	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	16014478	.	T	C	223.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1851;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
Chr2	16016328	.	T	G	33.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1330;MQ=60.00;QD=16.55;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	16020779	.	T	C	112.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0344;MQ=51.79;MQRankSum=-1.026e+00;QD=18.82;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	16030243	.	G	A	276.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1048;MQ=60.00;QD=30.67;SOR=0.892	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	16120564	.	A	T	162.23	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0960;MQ=60.00;QD=32.45;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:4,0:4
Chr2	16321717	.	T	G	40.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0011;MQ=60.00;QD=13.40;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr2	16347340	.	G	A	130.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0180;MQ=57.45;QD=32.66;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
Chr2	16427991	.	G	T	132.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0896;MQ=60.00;QD=18.91;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,110
Chr2	16462922	.	G	A	119.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.30;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0893;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr2	16552740	.	C	A	65.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0374;MQ=60.00;QD=16.49;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,85
Chr2	16607279	.	G	A	108.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1168;MQ=60.00;QD=21.74;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr2	16641367	.	C	A	186.63	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0705;MQ=60.00;QD=23.33;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	16646117	.	A	T	1588.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5774;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=0.793	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr2	16677481	.	A	C	42.47	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0477;MQ=60.00;QD=14.16;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr2	16696554	.	C	A	859.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5972;MQ=60.00;QD=30.62;SOR=0.976	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	17723862	.	G	A	323.58	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0088;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
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Chr2	17790448	.	G	A	38.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0751;MQ=58.85;MQRankSum=0.00;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:21:0,21,315
Chr2	17901732	.	G	T	1198.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5265;MQ=60.00;QD=30.58;SOR=0.826	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr2	17956770	.	G	A	129.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2103;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,153
Chr2	17966572	.	G	T	441.83	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1956;MQ=60.00;QD=29.74;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr2	17985303	.	C	G	315.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2348;MQ=60.00;QD=31.64;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:6:0,6,90
Chr2	17985768	.	A	T	175.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2487;MQ=60.00;QD=33.93;SOR=2.584	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	17986854	.	C	A	398.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2453;MQ=60.00;QD=30.14;SOR=1.802	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,137
Chr2	17987795	.	T	G	122.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0441;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	18017055	.	C	A	108.42	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1415;MQ=60.00;QD=21.68;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr2	18044590	.	G	C	84.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0285;MQ=60.00;QD=21.19;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,37
Chr2	18045338	.	C	T	48.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0263;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	18046483	.	T	C	206.17	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1768;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	18070880	.	G	T	457.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3662;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:24:0,24,196
Chr2	18077849	.	A	G	291.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2434;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	18086717	.	G	C	641.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4282;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,220
Chr2	18093393	.	C	T	95.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1238;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	18154637	.	C	G	268.23	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0872;MQ=60.00;QD=29.80;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,171
Chr2	18200446	.	C	T	2078.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5434;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=31.49;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.290	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	18240121	.	G	A	82.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0935;MQ=60.00;QD=16.56;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr2	18253894	.	C	T	1898.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=3.358;InbreedingCoeff=0.5321;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=28.77;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.469	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr2	18262225	.	C	G	994.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4315;MQ=60.00;QD=31.06;SOR=0.941	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	18274033	.	T	A	2394.92	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7082;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.782	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr2	18277898	.	G	T	5473.23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=4;FS=3.036;InbreedingCoeff=0.7407;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=30.24;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.258	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:167,12,0
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Chr2	18300609	.	A	C	3875.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6602;MQ=60.00;QD=31.87;SOR=0.953	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	18306341	.	T	C	54.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0575;MQ=60.00;QD=18.04;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,264
Chr2	18350052	.	C	T	44.49	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0468;MQ=60.00;QD=14.83;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr2	18354857	.	G	T	109.92	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0303;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	18374328	.	T	C	616.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3744;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.770	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	18388706	.	A	G	87.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0237;MQ=60.00;QD=29.26;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr2	18443937	.	A	G	44.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0203;MQ=60.00;QD=14.84;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	18446658	.	A	C	2680.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5822;MQ=60.00;QD=33.17;SOR=1.112	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,3:3:12:1|1:18446658_A_C:177,12,0
Chr2	18488665	.	A	T	304.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2218;MQ=60.00;QD=23.41;SOR=0.836	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	18530782	.	G	T	146.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2212;MQ=60.00;QD=20.91;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	18551044	.	T	C	259.25	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1614;MQ=60.00;QD=21.60;SOR=1.445	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	18610706	.	G	T	5062.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5953;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=30.87;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.767	GT:AD:DP	./.:3,0:3
Chr2	18647078	.	G	A	225.37	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2372;MQ=60.00;QD=30.50;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr2	18720493	.	T	A	45.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0009;MQ=60.00;QD=22.95;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:6:0,6,90
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Chr2	18771633	.	G	A	555.96	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=4.093;InbreedingCoeff=-0.2062;MQ=60.00;MQRankSum=0.382;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.711	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	18817317	.	C	A	545.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2439;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
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Chr2	18897457	.	C	T	4247.97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7398;MQ=60.00;QD=30.78;SOR=0.814	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:205,15,0
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Chr2	18985617	.	G	A	43.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0302;MQ=60.00;QD=14.34;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,70
Chr2	19031971	.	A	G	846.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1533;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=0.859	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	19055024	.	T	C	351.52	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=3.424;InbreedingCoeff=0.2101;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=27.04;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.250	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr2	19061165	.	G	A	929.92	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.970e-01;DP=3;FS=6.240;InbreedingCoeff=0.1544;MQ=44.34;MQRankSum=-1.589e+00;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.032	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	19061277	.	T	G	69.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0222;MQ=55.23;QD=34.54;SOR=2.833	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	19061871	.	C	A	234.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.225;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0975;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.602	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:24:0,24,360
Chr2	19063451	.	T	C	2424.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6001;MQ=47.61;QD=30.70;SOR=1.058	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,84
Chr2	19066725	.	T	G	164.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0740;MQ=55.79;MQRankSum=-1.980e-01;QD=23.44;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:0:0,0,182
Chr2	19069298	.	T	G	1217.88	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.43;ClippingRankSum=0.445;DP=5;FS=0.984;InbreedingCoeff=0.1928;MQ=59.69;MQRankSum=0.445;QD=19.33;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.507	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,171
Chr2	19101103	.	G	T	344.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1016;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,178
Chr2	19101181	.	T	C	648.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2177;MQ=60.00;QD=34.14;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	19101487	.	A	C	2156.88	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6660;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.839	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr2	19102510	.	C	T	149.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1384;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,102
Chr2	19113947	.	A	T	36.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0248;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr2	19157028	.	C	G	60.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0099;MQ=60.00;QD=20.28;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	19181727	.	T	C	662.17	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4519;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=1.688	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr2	19204670	.	G	T	147.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1267;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr2	19207057	.	T	C	6895.27	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.8160;MQ=60.00;QD=29.85;SOR=0.728	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:10,0:10:27:0,27,405
Chr2	19221169	.	G	A	964.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5349;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.798	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr2	19257111	.	G	A	42.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0256;MQ=60.00;QD=14.31;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
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Chr2	19336715	.	G	A	173.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0115;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:5:0,5,196
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Chr3	1124053	.	C	A	395.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=6.117;InbreedingCoeff=-0.0868;MQ=57.64;MQRankSum=-7.310e-01;QD=31.02;ReadPosRankSum=0.736;SOR=2.437	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
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Chr3	3760148	.	A	T	211.20	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1685;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
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Chr3	4010410	.	A	G	1134.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4962;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=0.843	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr3	4073812	.	T	C	258.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1210;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=28.67;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
Chr3	4075080	.	C	A	90.56	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0162;MQ=60.00;QD=18.11;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	4077376	.	A	T	1481.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5556;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=32.92;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.582	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	4114573	.	G	C	6834.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6882;MQ=60.00;QD=33.34;SOR=1.212	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr3	4125752	.	A	T	71.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0350;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:3,0:3
Chr3	4277059	.	C	T	1657.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=1.283;InbreedingCoeff=0.4844;MQ=57.64;MQRankSum=0.727;QD=31.88;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	4278944	.	A	G	4869.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.480;DP=0;FS=2.324;InbreedingCoeff=0.3357;MQ=60.00;MQRankSum=-6.330e-01;QD=25.10;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.917	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	5553018	.	C	T	105.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1417;MQ=60.00;QD=21.16;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,227
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Chr3	5615503	.	T	A	469.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1983;MQ=60.00;QD=28.35;SOR=0.892	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	5643285	.	T	C	140.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0635;MQ=60.00;QD=20.01;SOR=0.941	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,43
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Chr3	6565977	.	G	T	4231.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.35;ClippingRankSum=-1.542e+00;DP=2;FS=3.239;InbreedingCoeff=0.6842;MQ=60.00;MQRankSum=0.964;QD=29.85;SOR=0.482	GT:AD:DP	./.:2,0:2
Chr3	6617042	.	G	T	215	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1921;MQ=60.00;QD=23.89;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:66,6,0
Chr3	6660837	.	C	T	5574.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7018;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=29.97;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.771	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:158,15,0
Chr3	6663235	.	T	C	239.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1958;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr3	6683794	.	A	C	265.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2575;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:6:0,6,90
Chr3	6710100	.	A	G	43.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0226;MQ=63.51;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,142
Chr3	6733846	.	C	A	41.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0708;MQ=60.00;QD=13.96;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,118
Chr3	6777915	.	G	T	352.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0738;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr3	6780545	.	A	G	40.10	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0199;MQ=60.00;QD=13.37;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr3	6784768	.	G	T	283.86	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3019;MQ=60.00;QD=28.39;SOR=1.085	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr3	6815283	.	T	C	411.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1737;MQ=60.00;QD=29.62;SOR=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,60
Chr3	6823877	.	T	G	76.81	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0434;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,209
Chr3	6929466	.	T	C	523.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4507;MQ=60.00;QD=22.77;SOR=0.776	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr3	6934417	.	G	A	46.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0300;MQ=60.00;QD=23.02;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr3	6942303	.	C	A	55.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1834;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	6952167	.	T	C	195.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1413;MQ=60.00;QD=21.73;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr3	6960959	.	G	A	1071.02	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4698;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=34.55;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.502	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:12,0:12:36:0,36,325
Chr3	6996062	.	T	C	39.41	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0584;MQ=60.00;QD=13.14;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
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Chr3	8061962	.	G	A	66.89	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0304;MQ=60.00;QD=22.30;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
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Chr3	8991517	.	A	T	173.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0237;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	11040100	.	T	C	10024.02	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5416;MQ=60.00;QD=30.39;SOR=0.896	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,5:5:15:1|1:11040084_ATAAT_A:225,15,0
Chr3	11047429	.	A	G	2815.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6209;MQ=60.00;QD=28.73;SOR=0.734	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr3	11054010	.	G	A	249.67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2333;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,182
Chr3	11064312	.	A	C	48.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0848;MQ=58.03;QD=24.23;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:1,0:1
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Chr3	11076180	.	T	C	1348.98	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5964;MQ=60.00;QD=28.70;SOR=0.919	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
Chr3	11082554	.	G	A	1000.08	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3142;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=31.95;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,135
Chr3	11104321	.	G	A	466.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1188;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.793	GT:AD:DP	./.:7,0:7
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Chr3	11452881	.	G	A	207.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.30;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0267;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=17.25;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
Chr3	11458572	.	C	T	426.11	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1686;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,5:5:15:1|1:11458572_C_T:205,15,0
Chr3	11459338	.	T	C	409.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4328;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=0.804	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	11476032	.	T	C	121.15	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1009;MQ=60.00;QD=30.29;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
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Chr3	12074463	.	C	A	2646.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=3;FS=6.891;InbreedingCoeff=-0.0568;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.595	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr3	12097849	.	C	A	65.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-8.510e-01;DP=3;FS=2.808;InbreedingCoeff=-0.0636;MQ=60.00;MQRankSum=1.95;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.268e+00;SOR=1.930	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
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Chr3	12106507	.	G	T	31.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0588;MQ=54.79;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:18:0,18,270
Chr3	12110131	.	A	G	232.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3444;MQ=54.33;QD=23.20;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,125
Chr3	12110977	.	G	T	92.17	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0637;MQ=49.04;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.68;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.760	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,182
Chr3	12129392	.	C	T	87.96	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0133;MQ=56.00;QD=29.32;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:18:0,18,270
Chr3	12131749	.	G	A	114.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1091;MQ=60.00;QD=22.90;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:7,0:7:21:0,21,214
Chr3	12135101	.	G	T	44.37	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=60.00;QD=22.18;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:18:0,18,270
Chr3	12138306	.	A	T	5951.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=3.057;InbreedingCoeff=0.4685;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.34;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.314	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	12339586	.	C	T	216.52	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.04;ClippingRankSum=0.804;DP=5;FS=3.090;InbreedingCoeff=-0.0111;MQ=46.18;MQRankSum=0.804;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.802	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr3	12344880	.	C	T	1068.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=13.470;InbreedingCoeff=0.0173;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=27.39;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.677	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
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Chr3	12382316	.	T	A	46.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1092;MQ=21.00;QD=23.10;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr3	12385199	.	A	T	1545.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6767;MQ=60.00;QD=31.54;SOR=1.270	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr3	12389246	.	A	C	3667.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4938;MQ=60.00;QD=31.91;SOR=0.782	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,93
Chr3	12392178	.	C	T	89.71	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=41.42;QD=29.90;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr3	12396449	.	G	A	40.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1532;MQ=45.01;QD=10.08;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr3	12399575	.	C	T	46.76	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0072;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,69
Chr3	12409518	.	C	G	87.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0352;MQ=50.32;QD=29.22;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr3	12412568	.	C	T	469.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.032e+00;ClippingRankSum=0.423;DP=4;FS=2.484;InbreedingCoeff=-0.0709;MQ=42.60;MQRankSum=0.406;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.406;SOR=1.147	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:9:0,9,135
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Chr3	12415669	.	G	A	190.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=1;FS=1.680;InbreedingCoeff=-0.1021;MQ=55.94;MQRankSum=-5.720e-01;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
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Chr3	12578013	.	G	A	270.84	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=6;FS=1.583;InbreedingCoeff=0.0936;MQ=57.69;MQRankSum=-7.470e-01;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,187
Chr3	12590460	.	C	T	199.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2087;MQ=60.00;QD=33.31;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,19
Chr3	12596366	.	T	C	6255.20	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6930;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=27.98;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.823	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,7:7:21:1|1:12596366_T_C:315,21,0
Chr3	12604379	.	A	T	294.07	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2553;MQ=31.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=26.73;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.892	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:0:0,0,26
Chr3	12608258	.	T	C	136.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0347;MQ=50.99;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.72;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,99
Chr3	12609583	.	A	G	549.48	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2582;MQ=60.00;QD=31.91;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
Chr3	12613220	.	T	C	94.24	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0492;MQ=60.00;QD=31.41;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:6:0,6,90
Chr3	12623495	.	T	C	138.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0181;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
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Chr3	12951717	.	A	G	4888.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=3.653;InbreedingCoeff=0.5511;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.62;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.575	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	13250548	.	C	T	67.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=6;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.1311;MQ=48.83;MQRankSum=-1.231e+00;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.358;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:15:0,15,225
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Chr3	13271702	.	C	A	346.20	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5869;MQ=41.73;QD=28.85;SOR=1.445	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	13557330	.	T	C	302.72	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0969;MQ=60.00;QD=32.26;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	13564314	.	G	A	320.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=6;FS=3.010;InbreedingCoeff=-0.1227;MQ=47.64;MQRankSum=0.922;QD=32.02;ReadPosRankSum=0.198;SOR=1.492	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,197
Chr3	13565523	.	G	A	109.14	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=2.398;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=54.16;MQRankSum=0.736;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,205
Chr3	13568924	.	C	G	139.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=5;FS=2.112;InbreedingCoeff=0.0517;MQ=57.57;MQRankSum=-7.420e-01;QD=34.84;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,152
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Chr3	14394268	.	A	C	913.54	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=3.862;InbreedingCoeff=0.2614;MQ=48.14;MQRankSum=2.49;QD=31.59;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.877	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:9:0,9,135
Chr3	14394598	.	C	T	67.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0675;MQ=31.11;MQRankSum=0.720;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
Chr3	14412841	.	C	A	2002.97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.421;DP=1;FS=5.137;InbreedingCoeff=0.4810;MQ=52.28;MQRankSum=0.358;QD=29.03;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.324	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,1:1:3:1|1:14412841_C_A:45,3,0
Chr3	14416896	.	A	T	339.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4429;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:6:0,6,90
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Chr3	14998662	.	T	C	156	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=1.03;DP=19;FS=1.386;InbreedingCoeff=-0.0217;MQ=57.88;MQRankSum=-8.980e-01;QD=7.43;ReadPosRankSum=-8.980e-01;SOR=0.460	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:19,0:19:48:0,48,720
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Chr3	15012161	.	C	T	46.17	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0027;MQ=46.00;QD=15.39;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr3	15013159	.	G	A	117.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.44;ClippingRankSum=0.085;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0948;MQ=46.81;MQRankSum=-1.231e+00;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.27;SOR=0.934	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr3	15027059	.	G	C	123.75	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=-1.380e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1112;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr3	15028116	.	T	C	615.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=5.488;InbreedingCoeff=-0.1219;MQ=54.90;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.26;ReadPosRankSum=-6.000e-01;SOR=0.413	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,209
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Chr3	15463106	.	G	C	666.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=4.260;InbreedingCoeff=0.2428;MQ=49.66;MQRankSum=0.804;QD=26.04;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.948	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr3	15463494	.	C	G	935.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.220e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=2;FS=5.465;InbreedingCoeff=0.3325;MQ=56.93;MQRankSum=1.22;QD=28.34;ReadPosRankSum=-3.220e-01;SOR=0.125	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,37
Chr3	15476940	.	G	T	46.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0416;MQ=46.00;QD=23.32;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	15496997	.	C	T	339.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=0;FS=8.195;InbreedingCoeff=0.2027;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=28.30;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.414	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	15497658	.	G	A	512.90	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5904;MQ=60.00;QD=28.49;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	15503381	.	T	C	1292.65	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=5.878;InbreedingCoeff=-0.1295;MQ=59.01;MQRankSum=-7.270e-01;QD=19.29;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.284	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,147
Chr3	15504463	.	A	G	108.39	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=60.00;QD=21.68;SOR=1.022	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	15506445	.	A	G	47.60	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0542;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr3	15524503	.	A	T	1525.33	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6201;MQ=60.00;QD=32.45;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	15525210	.	A	G	815.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6809;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.143	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	15533720	.	G	A	449.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5469;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	15553441	.	G	A	40.03	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1010;MQ=60.00;QD=20.02;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	15569904	.	A	T	3346.29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7591;MQ=60.00;QD=29.61;SOR=0.822	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:223,18,0
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Chr3	15798332	.	T	A	2395.59	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=2.387;InbreedingCoeff=0.6101;MQ=54.88;MQRankSum=-3.580e-01;QD=28.68;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.662	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:15798255_G_A:90,6,0
Chr3	15804060	.	T	G	310.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.067e+00;ClippingRankSum=0.572;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1016;MQ=54.98;MQRankSum=-5.720e-01;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.07;SOR=0.534	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
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Chr3	15824368	.	A	T	39.44	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0146;MQ=60.00;QD=13.15;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
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Chr3	15832900	.	C	A	273.21	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1923;MQ=60.00;QD=22.95;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,133
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Chr3	15907347	.	T	C	116.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1167;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	15921732	.	G	A	257.62	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=6;FS=1.952;InbreedingCoeff=0.0686;MQ=53.38;MQRankSum=-1.231e+00;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.048	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,182
Chr3	15926949	.	A	G	1159.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.406;DP=3;FS=2.534;InbreedingCoeff=0.0230;MQ=48.17;MQRankSum=-7.360e-01;QD=21.48;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.459	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
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Chr3	15964616	.	G	A	419.98	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2014;MQ=60.00;QD=35.00;SOR=1.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,111
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Chr3	15970869	.	T	A	46.37	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0451;MQ=52.61;QD=23.18;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr3	15975982	.	C	T	55.68	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0117;MQ=60.00;QD=18.56;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:0:0,0,39
Chr3	15979636	.	C	A	41.38	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0115;MQ=60.00;QD=13.79;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	15995568	.	C	G	734.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0968;MQ=60.00;QD=29.36;SOR=1.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,69
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Chr3	16044622	.	T	A	506.94	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0139;MQ=58.76;MQRankSum=0.731;QD=17.48;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr3	16048806	.	A	C	508.98	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.700e-02;ClippingRankSum=0.779;DP=6;FS=1.234;InbreedingCoeff=0.0548;MQ=59.75;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.397	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,172
Chr3	16051929	.	C	T	105.11	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1211;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	16057729	.	T	C	128.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1663;MQ=60.00;QD=21.47;SOR=0.693	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	16089616	.	C	T	163.74	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0287;MQ=57.15;MQRankSum=0.731;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.307	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	16093131	.	T	A	1361.80	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.118;DP=4;FS=6.074;InbreedingCoeff=0.1508;MQ=41.30;MQRankSum=0.118;QD=19.74;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.247	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:0:0,0,84
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Chr3	16134073	.	A	G	1145.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5564;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.836	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	16148812	.	G	T	171.18	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0440;MQ=60.00;QD=34.24;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr3	16159253	.	G	T	1683.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=0;FS=4.322;InbreedingCoeff=0.1502;MQ=55.45;MQRankSum=-5.720e-01;QD=22.45;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.354	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	16162292	.	C	T	2523.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.823;InbreedingCoeff=0.1212;MQ=55.50;MQRankSum=0.736;QD=27.43;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.749	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,2:2:6:1|1:16162292_C_T:90,6,0
Chr3	16164976	.	C	T	447.69	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1970;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,123
Chr3	16174838	.	G	T	4807.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3289;MQ=48.42;QD=34.83;SOR=0.812	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	16174882	.	G	T	2462.53	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=2.46;ClippingRankSum=0.441;DP=0;FS=3.433;InbreedingCoeff=0.6157;MQ=56.36;MQRankSum=0.063;QD=30.93;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=1.421	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	16175833	.	C	T	43.16	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1346;MQ=57.47;MQRankSum=-3.580e-01;QD=8.63;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	16178292	.	G	C	129.92	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1244;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.022	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
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Chr3	16443724	.	C	T	67	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0819;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr3	16444728	.	G	A	665.09	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2996;MQ=60.00;QD=30.71;SOR=0.804	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr3	16448375	.	T	A	204.05	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0974;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=29.15;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.527	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
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Chr3	16660078	.	C	A	426.25	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=9;FS=1.984;InbreedingCoeff=0.0674;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=22.43;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:27:0,27,264
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Chr3	16715921	.	T	A	35.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0535;MQ=28.04;QD=11.85;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	16766325	.	G	A	116.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0697;MQ=55.50;QD=29.08;SOR=3.258	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
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Chr3	16776877	.	G	A	375.46	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2985;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,111
Chr3	16793157	.	T	A	935.32	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3539;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=34.64;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:4,0:4:12:0,12,129
Chr3	16813517	.	C	G	1923.49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=7.171;InbreedingCoeff=-0.0201;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.978	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	0/1:1,3:4:33:0|1:16813492_G_A:123,0,33
Chr3	16813606	.	C	T	66.35	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0194;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.086	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:9,0:9:0:0,0,292
Chr3	16819485	.	C	G	121.13	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1680;MQ=60.00;QD=17.30;SOR=0.941	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	16838541	.	C	T	1149.45	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5287;MQ=60.00;QD=29.45;SOR=1.071	GT:AD:DP	./.:0,0:0
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Chr3	16869582	.	G	T	102.55	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1673;MQ=60.00;QD=31.87;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,74
Chr3	16874384	.	T	C	167.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2782;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr3	16882450	.	G	C	130.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0037;MQ=55.68;QD=32.66;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,91
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Chr3	18822401	.	A	G	90.66	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=60.00;QD=30.22;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,49
Chr3	18826252	.	G	A	207.36	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0787;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:6:0,6,80
Chr3	18828400	.	G	A	65.28	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0227;MQ=60.00;QD=16.32;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,182
Chr3	18835494	.	C	A	2581.24	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5913;MQ=60.00;QD=33.21;SOR=1.214	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,165
Chr3	18884282	.	G	A	166.16	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0956;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:224,21,0
Chr3	18885220	.	G	A	127.50	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0484;MQ=60.00;QD=21.25;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr3	18936177	.	C	T	278.04	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.18;ClippingRankSum=0.762;DP=3;FS=1.871;InbreedingCoeff=0.2570;MQ=60.00;MQRankSum=-1.179e+00;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.67;SOR=0.830	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr3	18983849	.	G	A	44.99	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0281;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,115
Chr3	18991673	.	T	A	3470.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7022;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=28.92;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.085	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,110
Chr3	18993653	.	G	A	154.95	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=32;FS=0.000;MQ=60.00;QD=28.61;SOR=1.609	GT:AD:DP	./.:32,0:32
Chr3	19008795	.	A	C	120.40	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0718;MQ=60.00;QD=30.10;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr3	19013656	.	G	A	396.93	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3267;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,38
Chr3	19016702	.	A	C	164.52	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0784;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=2.303	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,87
Chr3	19024077	.	A	G	43.79	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=60.00;QD=14.60;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	19058424	.	A	G	79.57	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0104;MQ=60.00;QD=23.15;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:2,0:2:3:0,3,45
Chr3	19059178	.	G	A	1028.88	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5724;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=1.209	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,111
Chr3	19059200	.	A	G	1017.59	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5652;MQ=60.00;QD=29.93;SOR=1.418	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:3,0:3:9:0,9,121
Chr3	19068353	.	G	A	5036.42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6842;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=31.09;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.754	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:49,6,0
Chr3	19088539	.	T	A	734.78	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4287;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.179	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	19114078	.	C	T	154.58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=16.221;InbreedingCoeff=-0.1285;MQ=56.43;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.08;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=4.172	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	0/1:6,1:7:21:0|1:19114056_G_C:21,0,291
Chr3	19120451	.	C	T	7704.92	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6061;MQ=60.00;QD=31.71;SOR=0.760	GT:AD:DP	./.:1,0:1
Chr3	19124705	.	C	T	8318.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5144;MQ=60.00;QD=33.41;SOR=0.958	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,8:8:24:217,24,0
Chr3	19131624	.	T	A	3170.52	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6805;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=1.392	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr3	19143027	.	G	A	181.19	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1295;MQ=60.00;QD=30.20;SOR=1.329	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,32
Chr3	19147053	.	T	G	6510.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.751;DP=6;FS=3.177;InbreedingCoeff=0.7399;MQ=60.00;MQRankSum=-7.510e-01;QD=29.60;ReadPosRankSum=-7.510e-01;SOR=0.414	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:182,18,0
Chr3	19173564	.	A	C	353.34	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2341;MQ=60.00;QD=32.12;SOR=1.270	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	19201318	.	G	A	77.22	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0280;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr3	19215538	.	C	T	41.64	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1799;MQ=60.00;QD=13.88;SOR=1.179	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:12:0,12,180
Chr3	19239062	.	T	G	122.85	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0818;MQ=60.00;QD=15.36;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:5,0:5:15:0,15,141
Chr3	19243065	.	C	T	47.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0326;MQ=45.83;QD=23.53;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:1,0:1:3:0,3,42
Chr3	19256802	.	C	T	3630.06	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7196;MQ=60.00;QD=31.29;SOR=0.896	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	19258586	.	A	T	6021.46	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3264;MQ=60.00;QD=32.40;SOR=0.723	GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL	1/1:0,1:1:3:1|1:19258585_A_T:45,3,0
Chr3	19262758	.	T	C	81.42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0306;MQ=60.00;QD=20.35;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:49,6,0
Chr3	19274830	.	A	T	35.01	.	AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0775;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=7.00;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.368	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:18:0,18,196
Chr3	19280978	.	C	G	104.87	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1615;MQ=60.00;QD=14.98;SOR=0.941	GT:AD:DP	./.:0,0:0
Chr3	19299080	.	T	C	48.97	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0089;MQ=60.00;QD=24