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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5142;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 1456010 . A G 45.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0145;MQ=60.00;QD=22.65;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 1473288 . A G 148.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1157;MQ=60.00;QD=34.08;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 1493908 . C G 408.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2645;MQ=60.00;QD=22.71;SOR=1.493 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 1573269 . A C 279.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1588;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 1589621 . A G 124.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1264;MQ=60.00;QD=31.13;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 1590666 . A G 207.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2416;MQ=60.00;QD=20.77;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr1 1598333 . A T 356.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2124;MQ=60.00;QD=28.64;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 1738190 . T A 1051.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5054;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=24.46;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 1739201 . G T 207.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1446;MQ=60.00;QD=34.55;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr1 1744688 . A G 453.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2386;MQ=60.00;QD=28.34;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 1775282 . T A 443.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2000;MQ=60.00;QD=34.27;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 1775407 . C T 416.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3159;MQ=57.08;QD=24.63;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 1797931 . T A 320.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1872;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 1901712 . A G 696.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.230e-01;ClippingRankSum=0.333;DP=3;FS=4.246;InbreedingCoeff=-0.0476;MQ=53.71;MQRankSum=-1.754e+00;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.690;SOR=0.925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 1930733 . T C 9032.22 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2253;MQ=60.00;QD=29.72;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:1930715_A_C:94,9,0 Chr1 1948200 . C G 46.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1344;MQ=60.00;QD=11.65;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,190 Chr1 2005674 . T G 389.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2346;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 2013588 . G T 90.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0017;MQ=60.00;QD=30.26;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 2024936 . T C 37.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0936;MQ=60.00;QD=9.38;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 2036183 . C A 88.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0407;MQ=60.00;QD=17.72;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr1 2057556 . T C 41.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0779;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 2085727 . A C 8302.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7746;MQ=60.00;QD=31.69;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,56 Chr1 2147897 . G C 45.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0055;MQ=60.00;QD=22.83;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 2154135 . T C 239.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0815;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=3.056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 2175285 . A G 131.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0025;MQ=60.00;QD=32.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 2175440 . T A 87.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=60.00;QD=29.13;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 2260668 . G A 120.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0643;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 2260682 . T G 1723.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=1.75;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4200;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=26.11;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=0.428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 2282541 . T A 7991.10 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7155;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=28.95;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.808 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:2282540_A_T:270,18,0 Chr1 2335177 . G A 205.96 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=60.00;QD=34.33;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 2340146 . T C 449.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3409;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:42,3,0 Chr1 2424320 . A T 2938.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6509;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=0.736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 2436756 . G A 284.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3685;MQ=60.00;QD=23.71;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr1 2439630 . A T 114.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1128;MQ=60.00;QD=32.48;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 2488055 . T C 415.76 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1205;MQ=61.53;QD=30.67;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:2488055_T_C:180,12,0 Chr1 2494049 . A G 457.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3315;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 2548316 . G A 407.98 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2030;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:220,21,0 Chr1 2561296 . C G 44.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0301;MQ=60.00;QD=14.80;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 2572634 . A C 155.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1560;MQ=60.00;QD=31.09;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,113 Chr1 2657543 . A G 93.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=43.04;QD=23.47;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 2665557 . A G 74.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0335;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.67;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 2706216 . G A 12746.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6672;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=29.03;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr1 2758773 . A G 985.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4334;MQ=60.00;QD=27.86;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 2827341 . G C 478.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1522;MQ=60.00;QD=29.88;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 2852634 . C T 1320.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5924;MQ=60.00;QD=28.70;SOR=0.823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 2866556 . A C 253.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=8;FS=3.233;InbreedingCoeff=0.0927;MQ=59.03;MQRankSum=0.747;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:0:0,0,65 Chr1 2951338 . G T 39.15 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2000;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=32.19;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr1 3130864 . A G 12966.70 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=8;FS=3.075;InbreedingCoeff=0.2689;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=31.07;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.304 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:266,24,0 Chr1 3177279 . C T 1568.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=3;FS=3.324;InbreedingCoeff=0.5166;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=29.67;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr1 3178288 . T A 492.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4024;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 3216132 . C T 2065.15 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-7.290e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5594;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=24.47;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.779 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr1 3293565 . T A 128.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0643;MQ=60.00;QD=32.22;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,129 Chr1 3330353 . C G 125.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2108;MQ=62.13;QD=25.06;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 3330654 . T A 599.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=2.688;InbreedingCoeff=0.4742;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.407 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 3332962 . C T 1441.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.406;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4529;MQ=60.00;MQRankSum=0.988;QD=32.04;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.481 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 3373979 . G T 9733.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4000;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=27.77;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.807 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:3373978_C_T:135,9,0 Chr1 3378063 . T C 1431.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4280;MQ=60.00;MQRankSum=-7.470e-01;QD=29.21;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.257 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 3398877 . T C 3548.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=1;FS=5.293;InbreedingCoeff=0.6263;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=27.72;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 3413952 . C T 33.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1257;MQ=49.74;MQRankSum=0.937;QD=4.81;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 3422895 . G T 246.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2750;MQ=60.00;QD=22.38;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 Chr1 3426595 . T C 38.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0413;MQ=60.00;QD=19.38;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 3440821 . A C 385.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2371;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 3443575 . T G 2411.16 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6249;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=0.762 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:3443555_T_TG:90,6,0 Chr1 3445314 . A T 1071.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5548;MQ=60.00;QD=28.95;SOR=0.954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 3457275 . A G 589.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2482;MQ=60.00;QD=23.58;SOR=1.136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 3504399 . A T 41.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0872;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 3546432 . T G 90.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0749;MQ=60.00;QD=18.03;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr1 3561666 . C A 141.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1181;MQ=60.00;QD=20.18;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 3570115 . G A 38.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0544;MQ=60.00;QD=19.47;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 3610351 . C T 1031.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=3.358;InbreedingCoeff=0.1892;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=25.16;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,156 Chr1 3628131 . T C 302.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2567;MQ=60.00;QD=29.52;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 Chr1 3632724 . A C 82.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0837;MQ=60.00;QD=20.56;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr1 3636601 . A T 49.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0091;MQ=60.00;QD=12.30;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 3644045 . G A 113.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0494;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 3646528 . A T 33.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0981;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 3683433 . G T 195.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2760;MQ=60.00;QD=21.70;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 3687870 . C G 116.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0656;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,167 Chr1 3712286 . A T 88.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0872;MQ=60.00;QD=17.70;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,144 Chr1 3718916 . G C 42.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0657;MQ=60.00;QD=14.28;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr1 3778892 . C T 484.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4657;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 3793665 . T C 1502.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5267;MQ=60.00;QD=30.18;SOR=1.236 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 3794579 . C T 240.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1171;MQ=60.00;QD=34.35;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 3794808 . G A 3089.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6211;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=31.89;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.255 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:3794808_G_A:90,6,0 Chr1 3831414 . T C 105.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1102;MQ=60.00;QD=30.89;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr1 3857371 . G A 455.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3616;MQ=60.00;QD=27.94;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 3871337 . C G 292.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2556;MQ=60.00;QD=29.27;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 3872253 . T C 87.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=0.720;DP=1;FS=11.553;InbreedingCoeff=-0.0978;MQ=57.57;MQRankSum=-1.980e-01;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.38;SOR=3.232 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 3879282 . G T 284.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1496;MQ=62.65;QD=28.25;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 3889017 . G C 209.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2366;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=2.093 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 3891098 . G A 70.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0630;MQ=60.00;QD=14.11;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 3909013 . G A 89.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1852;MQ=60.00;QD=17.81;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr1 3925171 . G C 105.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0866;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 3961217 . C A 5003.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6825;MQ=60.00;QD=34.99;SOR=0.749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 3981148 . T C 210.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1640;MQ=60.00;QD=30.13;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 4017934 . G A 625.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3899;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:175,15,0 Chr1 4058237 . G T 2292.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6182;MQ=60.00;QD=30.66;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,56 Chr1 4061418 . C T 244.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1025;MQ=57.66;QD=34.96;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 4068921 . C T 439.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2805;MQ=60.00;QD=27.46;SOR=2.049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,98 Chr1 4076516 . C T 2491.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6081;MQ=60.00;QD=28.64;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 4089415 . G T 252.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2191;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr1 4113091 . G A 106.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2352;MQ=60.00;QD=21.32;SOR=1.863 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 4126370 . G A 13725.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5223;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.772 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 4135639 . T G 223.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1398;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 4144563 . T C 194.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1932;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 4147782 . C A 87.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0401;MQ=63.51;QD=29.26;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 4166023 . A C 280.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2599;MQ=60.00;QD=21.54;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr1 4211050 . C T 67.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0088;MQ=60.00;QD=33.60;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 4232385 . T G 43.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0731;MQ=60.00;QD=14.48;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr1 4233229 . G A 388.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2882;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr1 4243786 . A C 1749.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6359;MQ=60.00;QD=33.02;SOR=1.280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 4279285 . T A 3170.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6461;MQ=60.00;QD=27.93;SOR=0.927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:5:0,5,213 Chr1 4290892 . T A 938.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5576;MQ=60.00;QD=29.33;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 4307710 . T C 12514.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7009;MQ=60.00;QD=32.61;SOR=0.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,186 Chr1 4316272 . T C 1848.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6218;MQ=60.00;QD=29.82;SOR=1.536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 4326098 . G T 2789.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6848;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr1 4350862 . A G 2104.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=4.702;InbreedingCoeff=0.6119;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=29.23;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.605 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr1 4360982 . T C 302.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0390;MQ=60.00;QD=32.54;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,98 Chr1 4361546 . T G 74.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=3.680;InbreedingCoeff=0.0079;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=24.68;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 4366160 . G T 1065.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4679;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 4372190 . T G 91.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0134;MQ=60.00;QD=18.31;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,136 Chr1 4379802 . G C 87.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0186;MQ=60.00;QD=29.25;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr1 4425535 . C T 255.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1561;MQ=60.00;QD=28.34;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 Chr1 4427879 . T A 54.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0507;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 4456462 . G A 58.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;MQ=60.00;QD=29.17;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 4511863 . T G 647.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3866;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.358 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 4541280 . C T 2695.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5885;MQ=60.00;QD=31.19;SOR=0.933 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:4541262_T_G:180,12,0 Chr1 4553962 . T C 216.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0524;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 4582017 . A G 51.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0908;MQ=60.00;QD=10.28;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 4606663 . A T 6317.33 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7628;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:4606663_A_T:135,9,0 Chr1 4655482 . A G 35.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0054;MQ=60.00;QD=17.88;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 4703985 . G T 38.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0435;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 4709832 . C T 184.91 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2064;MQ=60.00;QD=20.55;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 4761257 . G T 42.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1118;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 4785854 . T C 49.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0171;MQ=23.00;QD=24.96;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 4829770 . C A 1125.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5995;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.298 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 4851341 . T G 1208.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=4.559;InbreedingCoeff=0.4801;MQ=58.52;MQRankSum=-7.360e-01;QD=32.29;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.531 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 4851348 . C G 1557.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=4.046;InbreedingCoeff=0.5098;MQ=59.01;MQRankSum=-7.360e-01;QD=27.75;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 4853429 . G A 38.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0578;MQ=60.00;QD=19.05;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 4863112 . T C 86.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0542;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 4879597 . C A 80.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1088;MQ=60.00;QD=20.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr1 4956561 . C T 120.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1185;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,76 Chr1 4958468 . A C 44.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0458;MQ=60.00;QD=22.42;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,286 Chr1 4962702 . A T 43.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0056;MQ=60.00;QD=14.53;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 4974902 . T C 99.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0993;MQ=60.00;QD=19.81;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 4982048 . G A 544.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3842;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,161 Chr1 5040712 . A G 88.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0170;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 5128176 . A G 143.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1669;MQ=60.00;QD=28.72;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 5148815 . G A 184.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2346;MQ=60.00;QD=30.77;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 5150973 . A G 679.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3680;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=29.55;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.257 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 5159244 . C T 248.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0586;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr1 5168943 . C T 252.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1447;MQ=60.00;QD=31.61;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 5178614 . C T 7986.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5827;MQ=60.00;QD=31.57;SOR=0.783 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 5202878 . C G 106.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1390;MQ=60.00;QD=15.15;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,248 Chr1 5235276 . G A 75.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1125;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 5262250 . G C 149.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0580;MQ=60.00;QD=21.31;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 5286648 . C T 2099.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=9;FS=1.384;InbreedingCoeff=0.4876;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.706 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,294 Chr1 5303631 . G C 128.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1379;MQ=60.00;QD=18.38;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 5318833 . C A 219.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1383;MQ=60.00;QD=21.90;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 5324515 . A G 158.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1749;MQ=60.00;QD=19.82;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr1 5376350 . T G 169.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0534;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr1 5379599 . C T 460.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.700e-02;ClippingRankSum=0.358;DP=1;FS=1.941;InbreedingCoeff=-0.0640;MQ=58.80;MQRankSum=-7.360e-01;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.479 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 5386694 . T G 302.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 5394828 . G A 852.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4083;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=32.09;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr1 5396045 . T C 738.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4252;MQ=59.26;QD=29.55;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 Chr1 5406512 . A G 13884.22 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2709;MQ=60.00;QD=29.94;SOR=0.842 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:5406511_C_T:180,12,0 Chr1 5439107 . A C 2965.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6291;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=31.28;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:5439107_A_C:90,6,0 Chr1 5451718 . T G 144.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0483;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 5462378 . C G 4537.34 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=3.147;InbreedingCoeff=0.3930;MQ=53.92;QD=27.54;SOR=0.312 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:5462378_C_G:135,9,0 Chr1 5464784 . C A 91.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0779;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 5486078 . A G 88.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0405;MQ=58.38;QD=29.40;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 5531315 . C T 49.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0174;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 5542207 . A T 76.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2910;MQ=60.00;QD=19.22;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,260 Chr1 5559187 . A T 108.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1092;MQ=60.00;QD=28.37;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 5560617 . C T 616.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4291;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 5579150 . T A 888.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.729;DP=0;FS=3.664;InbreedingCoeff=-0.1206;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.410 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 5579362 . G A 1586.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=9.755;InbreedingCoeff=0.0351;MQ=59.56;MQRankSum=0.198;QD=29.38;ReadPosRankSum=0.387;SOR=1.343 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:6:0,6,90 Chr1 5581115 . G C 348.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3770;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=2.147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 5625647 . T G 927.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4176;MQ=60.00;QD=30.29;SOR=1.051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:24:0,24,360 Chr1 5632281 . G A 257.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0865;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,159 Chr1 5644110 . T C 533.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1271;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 5676403 . A G 355.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=16.192;InbreedingCoeff=-0.1124;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=15.47;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.868 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 5685838 . A T 394.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2365;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 5692909 . C T 222 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1825;MQ=60.00;QD=20.18;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 5693377 . G C 208.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1845;MQ=60.00;QD=34.69;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr1 5702053 . G A 171.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0393;MQ=57.80;QD=34.39;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 5755962 . G A 465.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=1;FS=3.245;InbreedingCoeff=0.1738;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=24.50;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 5764864 . A C 1413.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.751;DP=8;FS=2.653;InbreedingCoeff=0.3742;MQ=60.00;MQRankSum=0.751;QD=31.30;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,232 Chr1 5781493 . G T 31.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0738;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr1 5811965 . G C 64.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0781;MQ=60.00;QD=16.17;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 5825854 . T C 10220.33 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4694;MQ=60.00;QD=32.97;SOR=0.773 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr1 5861674 . A T 792.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4283;MQ=60.00;QD=29.73;SOR=1.230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr1 5865514 . G A 1541.91 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=4;FS=1.618;InbreedingCoeff=0.5600;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=25.70;ReadPosRankSum=-1.589e+00;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:92,12,0 Chr1 5908983 . T C 257.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0793;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr1 5910722 . C G 388.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1312;MQ=60.00;QD=31.72;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr1 5914834 . C T 58.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0014;MQ=31.93;QD=19.37;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 5923495 . G A 1216.86 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5290;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=27.66;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.352 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr1 5924435 . C T 339.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3289;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,144 Chr1 5926411 . A T 74.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0599;MQ=53.03;QD=31.12;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 5933747 . A T 2452.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6525;MQ=60.00;QD=31.61;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 5944815 . C A 528.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3966;MQ=60.00;QD=22.04;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 5966816 . T C 965.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5304;MQ=59.50;QD=33.74;SOR=0.963 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 5970872 . A G 5264.86 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4029;MQ=60.00;QD=36.58;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:47,6,0 Chr1 6010665 . T G 13122.68 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=-4.210e-01;DP=7;FS=3.961;InbreedingCoeff=0.1605;MQ=60.00;MQRankSum=-3.900e-02;QD=32.48;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.024 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:6010645_T_A:315,21,0 Chr1 6012872 . C A 4730.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.406;DP=0;FS=3.057;InbreedingCoeff=0.1339;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=22.00;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.643 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 6015483 . T A 44.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0098;MQ=60.00;QD=14.92;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 6038066 . T C 772.18 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4827;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=22.71;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.598 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:87,9,0 Chr1 6072790 . C A 4500.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=0.747;DP=1;FS=3.206;InbreedingCoeff=0.7259;MQ=60.00;MQRankSum=-7.470e-01;QD=29.22;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=0.348 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 6093295 . G T 169.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0885;MQ=60.00;QD=33.83;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 6096554 . A G 183.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1125;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 6106503 . G A 221.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1981;MQ=60.00;QD=22.13;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 6112031 . A G 64.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0875;MQ=60.00;QD=16.06;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 6150310 . G A 59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0916;MQ=60.00;QD=29.50;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 6160390 . G A 206.14 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5079;MQ=60.00;QD=35.65;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 6172451 . C T 39.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0009;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 6198329 . A G 764.96 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4443;MQ=60.00;QD=30.60;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 6236668 . A G 607.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3754;MQ=53.89;MQRankSum=0.804;QD=25.32;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.776 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 6237930 . C T 115.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1007;MQ=60.00;QD=19.31;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr1 6303326 . C T 377.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0934;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr1 6309548 . G A 241.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2364;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=17.22;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr1 6339107 . C T 74.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1446;MQ=60.00;QD=18.69;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,182 Chr1 6347975 . G A 231.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1720;MQ=60.00;QD=33.08;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr1 6380767 . G A 418.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2519;MQ=60.00;QD=34.86;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr1 6402334 . A T 200.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1047;MQ=60.00;QD=33.41;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr1 6454247 . T C 103.58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2061;MQ=60.00;QD=17.26;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 6480591 . C T 55.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0356;MQ=60.00;QD=11.15;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 6532381 . G T 242 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1715;MQ=60.00;QD=22.00;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 6572414 . G C 388.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4674;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr1 6575473 . T A 84.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0105;MQ=60.00;QD=21.04;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 6581350 . T G 44.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0562;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr1 6620821 . G A 122.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0835;MQ=60.00;QD=30.75;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 6707992 . C T 330.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0550;MQ=48.00;MQRankSum=0.736;QD=7.52;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.551 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 6720472 . C A 532.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.820e-01;ClippingRankSum=-7.700e-01;DP=10;FS=1.768;InbreedingCoeff=-0.0641;MQ=60.00;MQRankSum=-2.700e-02;QD=19.74;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,336 Chr1 6721497 . C T 267.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=9;FS=4.415;InbreedingCoeff=0.0615;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.988;SOR=1.750 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr1 6738152 . A T 1790.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5123;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:6738133_T_G:180,12,0 Chr1 6770838 . C A 88.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0845;MQ=60.00;QD=17.70;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 6847492 . A T 6056.11 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7363;MQ=60.00;MQRankSum=-5.720e-01;QD=31.61;ReadPosRankSum=1.59;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:6847489_T_C:315,21,0 Chr1 6872506 . G A 43.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0446;MQ=60.00;QD=14.58;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 6883604 . T A 1206.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4180;MQ=60.00;QD=32.41;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 6978348 . C T 44.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0246;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 7010101 . T C 268.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2723;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 7015964 . A T 91.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0170;MQ=60.00;QD=30.60;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 7069154 . C T 283.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1869;MQ=60.00;QD=31.70;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 7071113 . C A 43.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0650;MQ=60.00;QD=21.90;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 7074337 . G A 1136.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4478;MQ=60.00;QD=30.67;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,254 Chr1 7087246 . G C 84.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0272;MQ=60.00;QD=21.15;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 7134829 . C T 1270.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5681;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.03;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.874 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 7166143 . T A 3969.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6937;MQ=60.00;QD=30.85;SOR=1.143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 7167336 . G A 1425.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4723;MQ=60.00;QD=30.07;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 7171499 . C T 49.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0215;MQ=40.00;QD=24.96;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 7186893 . G A 288.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1985;MQ=60.00;QD=22.16;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 7206464 . A G 167.51 . 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A G 370.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2226;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,161 Chr1 7395958 . C G 49.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0353;MQ=34.12;QD=24.65;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 7411331 . A T 457.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1837;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.445 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 7415942 . T G 42.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0654;MQ=60.00;QD=14.18;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 7467404 . A G 172.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0412;MQ=60.00;QD=34.48;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 7479777 . A T 472.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3824;MQ=60.00;QD=31.47;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 7499237 . G A 673.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2686;MQ=60.00;QD=33.67;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 7529222 . G A 3442.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6686;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=1.075 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 7533008 . T C 70.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0267;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 7538685 . T A 1802.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5499;MQ=60.00;QD=31.52;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 7591944 . G A 287.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1971;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=16.92;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 7599770 . C T 217.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0739;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 7622123 . G T 31.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0906;MQ=60.00;QD=10.58;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 7629975 . A C 2200.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6751;MQ=60.00;QD=27.86;SOR=0.718 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 7652954 . T A 1179.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.980e-01;ClippingRankSum=1.50;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3719;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=32.10;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 7654819 . A G 813.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4567;MQ=60.00;QD=29.04;SOR=1.382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 7665795 . G A 141.62 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1704;MQ=60.00;QD=17.70;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr1 7674892 . A G 46.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0135;MQ=60.00;QD=15.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 7712522 . T G 206.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1203;MQ=54.33;QD=34.41;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 7724618 . G A 377.71 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4237;MQ=60.00;QD=32.66;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:7724598_T_C:45,3,0 Chr1 7748139 . T C 115.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2336;MQ=60.00;QD=16.52;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 7766200 . C T 38.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0544;MQ=60.00;QD=12.89;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 7784119 . G A 201.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1014;MQ=60.00;QD=33.63;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 7799238 . C T 2856.30 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5953;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=29.31;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.270 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:7799228_C_T:270,18,0 Chr1 7901401 . T G 566.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2280;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 7901505 . T A 232.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1461;MQ=60.00;QD=21.13;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 7909800 . G A 2987.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.180e-01;DP=1;FS=1.007;InbreedingCoeff=0.4915;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=24.49;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 7924850 . C T 947.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3307;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=1.214 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 7964179 . T A 3891.05 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3984;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr1 7972068 . A T 667.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8009237 . T C 94.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1890;MQ=60.00;QD=13.54;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 8021336 . A G 3130.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.221e+00;ClippingRankSum=0.322;DP=1;FS=2.219;InbreedingCoeff=0.6942;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=28.46;ReadPosRankSum=1.92;SOR=0.553 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr1 8021416 . A G 2598.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6174;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.52;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 8023435 . C T 2457.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6317;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=28.11;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr1 8024498 . T G 1736.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5751;MQ=60.00;QD=32.02;SOR=1.251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr1 8038654 . G T 4048.65 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5014;MQ=60.00;QD=32.39;SOR=1.536 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 Chr1 8102053 . G T 610.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2780;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 8104729 . A G 358.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1647;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 8113869 . C T 317.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2796;MQ=60.00;QD=31.75;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 8118504 . T A 168.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0860;MQ=60.00;QD=33.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 8135511 . T C 4666.26 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5266;MQ=60.00;QD=30.70;SOR=0.816 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:148,18,0 Chr1 8140349 . A G 123.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1410;MQ=60.00;QD=15.50;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 8146727 . A C 196.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0206;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=28.13;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,32 Chr1 8164976 . G A 4236.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7397;MQ=60.00;QD=32.67;SOR=1.134 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr1 8171240 . A G 1590.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.620e-01;ClippingRankSum=-7.620e-01;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5299;MQ=60.00;MQRankSum=-7.620e-01;QD=34.58;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,290 Chr1 8175547 . T C 419.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2662;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 8190102 . C T 190.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2793;MQ=42.57;QD=31.76;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8205540 . G A 1673.98 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1260;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=29.64;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.527 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8286399 . T G 3189.71 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6713;MQ=60.00;QD=28.82;SOR=1.121 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:6:1|1:8286382_T_C:90,6,0 Chr1 8319668 . C T 49.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0216;MQ=55.68;QD=24.92;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8329304 . G T 4112.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6459;MQ=60.00;QD=29.64;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:8329303_T_C:225,15,0 Chr1 8342753 . C T 1121.79 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5485;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:47,6,0 Chr1 8361897 . C T 695.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2428;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=26.76;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 8362372 . C T 815.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3982;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.756 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8374516 . A T 130.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0353;MQ=60.00;QD=21.68;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr1 8380361 . T C 3873.41 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6821;MQ=60.00;QD=31.75;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr1 8383395 . T A 396.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2035;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=26.45;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr1 8409147 . C T 1682.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6899;MQ=60.00;QD=33.00;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8420362 . G A 396.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2054;MQ=60.00;QD=28.10;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,220 Chr1 8440969 . C T 1657.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5555;MQ=60.00;QD=22.73;SOR=0.843 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8458637 . T A 909.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=2.134;InbreedingCoeff=0.0198;MQ=51.07;MQRankSum=1.07;QD=14.66;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 8476061 . T C 294.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2026;MQ=44.02;MQRankSum=-1.026e+00;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 8485735 . A T 81.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0548;MQ=60.00;QD=20.45;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 8495730 . C T 295.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0599;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8513310 . A G 4304.50 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6994;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=0.955 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 8518515 . T A 648.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5133;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=2.584 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8523068 . A G 1399.76 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5661;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr1 8538302 . G A 5759.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6537;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=27.39;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.738 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 8542510 . G A 510.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2084;MQ=60.00;QD=34.04;SOR=2.448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 8542852 . T A 3642.35 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6090;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=0.900 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 8547431 . C T 706.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3235;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 8560880 . C A 2454.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5959;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=1.316 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 8572560 . G A 8947.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=3.222;InbreedingCoeff=0.6626;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=35.94;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.382 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:8572560_G_A:90,6,0 Chr1 8572675 . A T 168.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0420;MQ=60.00;QD=28.16;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8645303 . A G 36.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0812;MQ=53.49;MQRankSum=-3.580e-01;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 8690623 . T A 50.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1204;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 8710837 . T G 6787.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=0.198;DP=0;FS=6.991;InbreedingCoeff=0.2162;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=31.28;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.408 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8735103 . G C 337.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2619;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:24:0,24,360 Chr1 8738965 . T C 122.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0253;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr1 8741527 . G A 542.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2702;MQ=60.00;QD=28.96;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 8756479 . C A 36.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0239;MQ=60.00;QD=18.15;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 8831486 . A G 752.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6031;MQ=49.69;QD=33.93;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8831496 . T A 916.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6535;MQ=51.26;QD=26.52;SOR=1.445 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 8849882 . G A 44.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0686;MQ=60.00;QD=14.93;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 8869740 . G A 43.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0070;MQ=60.00;QD=21.54;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 8871373 . A T 316.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3486;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 8880426 . T C 568.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2835;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=24.74;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 8909736 . A T 862.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3514;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=34.50;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 8914018 . C A 44.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0481;MQ=60.00;QD=14.77;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 8921398 . C G 77.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0435;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 8921492 . A T 626.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3096;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 8964050 . T A 311 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2711;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 8973156 . C A 35.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0285;MQ=60.00;QD=17.77;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,193 Chr1 8978380 . G C 3552.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6641;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=30.11;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.379 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9028103 . A T 2506.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6684;MQ=60.00;QD=34.03;SOR=1.316 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9081944 . G A 594.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.57;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2562;MQ=46.50;MQRankSum=0.804;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 9085450 . G A 143.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1948;MQ=60.00;QD=17.88;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 9099878 . A T 302.78 . 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A T 323.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2831;MQ=60.00;QD=32.32;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 9363145 . T G 251.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2438;MQ=60.00;QD=20.96;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr1 9368708 . T C 539.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4256;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 9399920 . G T 2968.66 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6714;MQ=60.00;QD=34.95;SOR=1.352 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:9399848_T_C:45,3,0 Chr1 9414070 . G C 587.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2071;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=29.55;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,201 Chr1 9422378 . A G 2628.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7181;MQ=50.99;MQRankSum=0.736;QD=30.21;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr1 9425107 . T G 1301.47 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3930;MQ=60.00;QD=31.44;SOR=1.352 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:9425078_C_G:135,9,0 Chr1 9444623 . G A 287.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3271;MQ=32.39;QD=29.60;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9461350 . A G 123.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.700e-02;ClippingRankSum=-7.620e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0793;MQ=60.00;MQRankSum=-7.620e-01;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 9478665 . A G 33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0681;MQ=60.00;QD=16.50;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 9480081 . T G 146.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1066;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=20.98;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr1 9488968 . C T 217.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2151;MQ=59.26;QD=29.20;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 9492644 . A G 577.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3592;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 9506181 . C T 110.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1753;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 9508441 . T A 48.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0486;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 9532486 . C G 1678.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4781;MQ=60.00;QD=31.67;SOR=0.730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 9538149 . T C 2398.66 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6957;MQ=60.00;QD=27.89;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:119,9,0 Chr1 9563117 . G T 375.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4099;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 9571466 . G C 1484.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=11.266;InbreedingCoeff=0.3616;MQ=59.28;MQRankSum=0.358;QD=19.80;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.163 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9585631 . C T 171.19 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.330e-01;ClippingRankSum=-6.960e-01;DP=0;FS=5.756;InbreedingCoeff=-0.0711;MQ=60.00;MQRankSum=-5.330e-01;QD=13.17;ReadPosRankSum=-2.120e-01;SOR=0.880 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9600844 . A G 38.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0642;MQ=60.00;QD=19.41;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 9668904 . A T 44.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1209;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9707505 . C T 102.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1435;MQ=60.00;QD=20.45;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 9710559 . G T 81.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0623;MQ=60.00;QD=20.42;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 9712875 . T C 229.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2285;MQ=60.00;QD=19.17;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 9727094 . A G 536.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=2.597;InbreedingCoeff=0.0178;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=17.88;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 9731545 . C G 73.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0036;MQ=60.00;QD=18.33;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 9746308 . C T 678.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4845;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.255 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9758565 . C T 118.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0189;MQ=60.00;QD=16.96;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 9768670 . T G 255.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1999;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:36:0,36,355 Chr1 9769698 . A G 140.04 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1887;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr1 9787232 . T C 1392.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4286;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.287 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 9792765 . A T 2812.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6694;MQ=60.00;QD=32.70;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 9844405 . C T 7498.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7763;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 9850176 . G A 109.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0459;MQ=60.00;QD=18.28;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 9854346 . A G 125.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=43.21;QD=32.21;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9856469 . A G 264.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1899;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 9922266 . A T 4602.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7391;MQ=60.00;QD=30.08;SOR=0.733 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:51,6,0 Chr1 9938631 . C T 2197.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5645;MQ=60.00;QD=34.68;SOR=0.853 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 9950592 . C A 37.56 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0448;MQ=60.00;QD=18.78;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 9959958 . A T 45.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0118;MQ=60.00;QD=15.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 9960710 . T C 941.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4237;MQ=60.00;QD=33.69;SOR=1.220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 9975327 . T C 262.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=1.07;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0332;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.59;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:0:0,0,182 Chr1 9978455 . A G 1302.50 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5171;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=25.05;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.423 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:234,24,0 Chr1 9985461 . G A 1017.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.465;InbreedingCoeff=0.3901;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=32.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 10008509 . G A 432.75 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4895;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.14;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.009 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,11:11:33:1|1:10056648_A_C:495,33,0 Chr1 10062316 . A G 65.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1118;MQ=60.00;QD=21.90;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10067007 . C A 763.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3137;MQ=60.00;QD=34.79;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 10115296 . C A 273.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1792;MQ=60.00;QD=34.19;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 10115826 . T G 738.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4454;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 10151579 . T A 1633.13 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6054;MQ=60.00;QD=32.69;SOR=1.127 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10152591 . G T 133.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1868;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=19.11;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr1 10154033 . T C 201.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0048;MQ=26.02;MQRankSum=-3.580e-01;QD=18.36;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.330 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10161099 . C T 282.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2381;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=18.85;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10179940 . A C 2480.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6056;MQ=60.00;QD=33.39;SOR=1.316 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:10179940_A_C:90,6,0 Chr1 10206800 . A G 1025.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5681;MQ=60.00;QD=33.09;SOR=0.957 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10207353 . A T 40.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0001;MQ=60.00;QD=20.16;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10208114 . G A 1101.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5541;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=0.902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 10231457 . T C 98.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2406;MQ=60.00;QD=14.04;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 10305286 . A G 11823.12 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5642;MQ=52.48;MQRankSum=-1.026e+00;QD=30.16;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.719 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:21:1|1:10305286_A_G:312,21,0 Chr1 10306051 . C G 140.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=13.222;InbreedingCoeff=-0.0800;MQ=56.93;MQRankSum=-7.270e-01;QD=14.02;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.837 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 10318900 . C G 241.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0191;MQ=60.00;QD=30.20;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 10336149 . A T 214.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1178;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=23.79;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 10357507 . T C 1902.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5134;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=28.07;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.510 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 10358926 . T A 162.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.62;ClippingRankSum=1.23;DP=1;FS=2.077;InbreedingCoeff=-0.1139;MQ=59.61;MQRankSum=-3.580e-01;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=1.206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 10372587 . T G 1983.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.720;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5511;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=34.80;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr1 10435727 . T C 151.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0928;MQ=60.00;QD=21.59;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10439858 . T C 8117.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7477;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=28.15;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.304 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:94,9,0 Chr1 10473414 . A T 6411.68 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4628;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=31.43;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.512 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 10491045 . A G 38.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0045;MQ=39.00;QD=19.36;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 10497531 . C A 170.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2154;MQ=60.00;QD=36.20;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 10528803 . C G 67.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1319;MQ=54.33;MQRankSum=0.727;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.446 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10545128 . C T 590.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1335;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 10563293 . C A 179.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2435;MQ=60.00;QD=17.97;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 10576536 . A C 41.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1136;MQ=60.00;QD=13.96;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr1 10592635 . G A 656.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.480;DP=7;FS=1.227;InbreedingCoeff=-0.0722;MQ=37.47;MQRankSum=-5.500e-01;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,171 Chr1 10598936 . G A 203.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1169;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 10599699 . A C 464.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2316;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 10615325 . T A 49.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1006;MQ=60.00;QD=12.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 10660164 . G A 59.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0661;MQ=60.00;QD=19.85;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 10671436 . A G 1370.08 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=3;FS=3.424;InbreedingCoeff=0.6590;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=26.35;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.537 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:81,9,0 Chr1 10692582 . G C 295.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1614;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr1 10701201 . C T 86.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1018;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,338 Chr1 10720424 . T C 57.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0197;MQ=60.00;QD=19.11;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10761970 . C A 896.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2575;MQ=60.00;QD=29.87;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 10762488 . A C 41.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0213;MQ=60.00;QD=13.97;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 10798461 . G C 125.72 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0852;MQ=60.00;QD=20.95;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:182,18,0 Chr1 10830036 . G T 6118.95 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4508;MQ=60.00;QD=32.20;SOR=0.791 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:175,15,0 Chr1 10847640 . C T 165.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1176;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,189 Chr1 10859659 . A C 43.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0240;MQ=60.00;QD=14.49;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 10883183 . C T 260.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1778;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 10884922 . T C 1790.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=3.340;InbreedingCoeff=0.5935;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=32.59;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.626 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,203 Chr1 10889234 . G C 45.13 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.580e+00;ClippingRankSum=-1.214e+00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0863;MQ=60.00;MQRankSum=-1.818e+00;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,203 Chr1 10986176 . C T 1756.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6409;MQ=60.00;QD=30.09;SOR=1.312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 10992985 . G C 39.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0034;MQ=60.00;QD=13.21;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 10993343 . G C 92.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1558;MQ=60.00;QD=15.47;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 11006346 . G A 469.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2598;MQ=60.00;QD=30.62;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 11010225 . G C 873.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1540;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=21.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:2:0,2,198 Chr1 11017834 . T C 42.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0545;MQ=60.00;QD=14.25;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 11026367 . G A 1634.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.590e-01;ClippingRankSum=0.448;DP=2;FS=19.456;InbreedingCoeff=0.3706;MQ=60.00;MQRankSum=3.02;QD=23.03;ReadPosRankSum=3.13;SOR=0.433 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 11027968 . A T 224.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1629;MQ=60.00;QD=33.03;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11072039 . A G 145.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1677;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 11089787 . C A 123.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2359;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11091878 . T C 3070.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.365;DP=8;FS=3.371;InbreedingCoeff=0.0032;MQ=60.00;MQRankSum=-2.590e-01;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr1 11094446 . C G 593.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.742;DP=4;FS=1.226;InbreedingCoeff=-0.1154;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 11111273 . T A 48.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0026;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 11111497 . G A 90.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=60.00;QD=15.04;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 11113762 . A T 127.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2776;MQ=60.00;QD=14.21;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11114614 . G T 209.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2250;MQ=60.00;QD=20.95;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 11125956 . C T 129.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=60.00;QD=21.60;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 11126993 . G A 841.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3282;MQ=60.00;QD=32.98;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 11128820 . A T 50.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0017;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr1 11135235 . A T 273.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1527;MQ=60.00;QD=34.22;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 11144954 . C T 752.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3536;MQ=60.00;QD=33.12;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,81 Chr1 11159593 . G A 7516.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6949;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=29.90;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.370 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11165200 . T G 114.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0291;MQ=60.00;QD=28.73;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11182756 . T G 124.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=-1.589e+00;DP=2;FS=2.276;InbreedingCoeff=0.1165;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=24.81;ReadPosRankSum=1.07;SOR=0.654 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 11198381 . T C 1377.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5063;MQ=60.00;QD=30.80;SOR=1.121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 11225811 . T C 486.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2051;MQ=60.00;QD=29.66;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr1 11240034 . A C 633.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5015;MQ=60.00;QD=28.79;SOR=1.739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,241 Chr1 11255623 . C T 38.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=60.00;QD=19.22;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,305 Chr1 11261024 . G T 1739.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6105;MQ=60.00;QD=37.74;SOR=1.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 11261111 . T A 793.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=5;FS=1.786;InbreedingCoeff=0.5657;MQ=60.00;MQRankSum=1.59;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.486 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 11264067 . A T 9116.35 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7076;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=32.17;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:11264055_T_G:225,15,0 Chr1 11264726 . A T 145.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1249;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,110 Chr1 11267865 . T C 87.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0204;MQ=60.00;QD=29.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 11269077 . A G 931.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5431;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11282370 . G A 84.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=3.332;InbreedingCoeff=0.0397;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 11285455 . G A 3884.40 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6690;MQ=60.00;QD=30.42;SOR=0.806 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:11285423_ATCTAGAATC_A:180,12,0 Chr1 11288746 . C T 267.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1626;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=14.06;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 11288821 . C T 270.53 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2499;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr1 11295544 . T C 1492 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5442;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11296291 . A C 8027.39 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7143;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=24.64;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.275 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:74,6,0 Chr1 11312437 . C A 271.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;MQ=60.00;QD=31.32;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 11317483 . A G 756.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5761;MQ=60.00;QD=31.75;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 11318267 . T C 321.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1775;MQ=60.00;QD=30.47;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11333661 . A G 80.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0284;MQ=60.00;QD=32.90;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 11365820 . G A 127.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.1151;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=25.46;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,193 Chr1 11381182 . G A 346.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3766;MQ=60.00;QD=20.39;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 11400154 . T A 35.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0212;MQ=60.00;QD=17.66;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 11402678 . C A 45.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0361;MQ=60.00;QD=22.66;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11441413 . A C 604.11 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7173;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=0.961 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11494017 . T C 1909.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1108;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=28.08;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.735 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 11495538 . T C 4358.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.110e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=3;FS=3.057;InbreedingCoeff=-0.1077;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=19.63;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 11501624 . C T 2039.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5923;MQ=60.00;QD=30.00;SOR=0.910 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 11528933 . A G 5240.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7043;MQ=60.00;QD=33.48;SOR=0.791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 11542438 . A C 2065.82 . 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C T 194.07 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0238;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=19.41;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,2:5:34:0|1:11637307_A_G:34,0,76 Chr1 11661854 . A G 49.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0717;MQ=47.44;QD=12.40;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 11675168 . C T 6179.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7445;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.171 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,9:9:27:1|1:11675163_T_A:405,27,0 Chr1 11676149 . C G 5066.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7782;MQ=60.00;QD=39.60;SOR=0.993 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:11676149_C_G:180,12,0 Chr1 11716468 . T G 337.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2296;MQ=60.00;QD=21.06;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr1 11723758 . T G 45.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0491;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 11727058 . G C 73.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1357;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 11732331 . C T 46.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0011;MQ=60.00;QD=15.57;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 11740726 . G C 181.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=4;FS=2.027;InbreedingCoeff=-0.1036;MQ=53.03;MQRankSum=-1.026e+00;QD=33.74;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.307 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 11762900 . T A 170.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1014;MQ=60.00;QD=28.46;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11779871 . T A 2033.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=6;FS=3.565;InbreedingCoeff=0.5818;MQ=57.97;MQRankSum=-7.420e-01;QD=30.89;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,174 Chr1 11780636 . C T 2671.54 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=1.50;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5607;MQ=60.00;MQRankSum=-2.480e-01;QD=29.19;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:11780618_T_TGGTCA:45,3,0 Chr1 11783383 . G A 49.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0181;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 11787675 . G A 781.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4313;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 11794778 . A C 1244.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4699;MQ=60.00;QD=33.92;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 11802076 . C T 47.49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0063;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11806788 . G T 396.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2407;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 11821248 . T C 79.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0161;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11833795 . A T 491.72 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3844;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:77,6,0 Chr1 11846586 . T A 38.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0248;MQ=60.00;QD=19.32;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,262 Chr1 11859630 . A C 1544.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6397;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=1.287 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11863130 . A G 45.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1574;MQ=60.00;QD=11.44;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 11869245 . T G 321.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3558;MQ=60.00;QD=29.21;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11932602 . C T 4799.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=3.206;InbreedingCoeff=0.7092;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=31.16;SOR=0.411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 11935411 . T A 142.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0677;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 11942956 . G A 579.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3883;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 11954869 . A G 5102.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7259;MQ=60.00;QD=31.67;SOR=0.838 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 11961205 . C T 129.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0428;MQ=60.00;QD=32.48;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 11963638 . C T 3725.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.239e+00;ClippingRankSum=0.083;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6922;MQ=60.00;MQRankSum=0.083;QD=29.43;ReadPosRankSum=1.07;SOR=0.396 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 11978623 . C T 201.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0954;MQ=60.00;QD=33.59;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,81 Chr1 11985838 . G A 2789.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7295;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.946 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,128 Chr1 11992305 . C T 270.49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2974;MQ=60.00;QD=19.32;SOR=0.976 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12003228 . C T 526.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=2.236;InbreedingCoeff=0.0543;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 12014326 . C A 105.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0769;MQ=60.00;QD=21.13;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 12025084 . C A 668.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3533;MQ=60.00;QD=31.61;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 12032275 . G A 231.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3243;MQ=60.00;QD=23.15;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 12034987 . T C 368.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1209;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.649 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 12035304 . T C 1529.37 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0014;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=31.86;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29:81,0,29 Chr1 12048040 . G A 66.14 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=6;FS=2.430;InbreedingCoeff=-0.0817;MQ=59.01;MQRankSum=-1.754e+00;QD=26.40;ReadPosRankSum=1.75;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr1 12173865 . A T 47.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0051;MQ=42.85;QD=23.57;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 12175270 . C G 204.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2121;MQ=42.56;MQRankSum=0.736;QD=15.70;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 12175436 . G A 145.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.730e-01;ClippingRankSum=-3.970e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1798;MQ=46.67;MQRankSum=0.572;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:2:3:0,3,45 Chr1 12177094 . C T 173.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0376;MQ=49.84;QD=34.69;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 12185911 . G A 415.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3052;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=1.911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 12187720 . A T 1003.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4578;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=24.48;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 12220331 . T C 1557.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7080;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=1.077 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12232351 . G T 812.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4971;MQ=60.00;QD=29.01;SOR=1.382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 12233417 . A C 222.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=1.778;InbreedingCoeff=-0.0491;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=26.78;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr1 12246619 . G T 49.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0178;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12248128 . T C 45.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0104;MQ=60.00;QD=22.61;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12248554 . A T 1550 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5483;MQ=60.00;QD=30.59;SOR=0.760 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12252617 . A G 1815.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3904;MQ=60.00;QD=28.05;SOR=1.280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 12254231 . A G 2910.91 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6593;MQ=60.00;QD=28.63;SOR=0.814 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:12254169_T_C:315,21,0 Chr1 12261461 . G A 483.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5085;MQ=60.00;QD=23.01;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,199 Chr1 12282617 . A G 362.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=3.332;InbreedingCoeff=0.1458;MQ=46.20;MQRankSum=0.736;QD=31.22;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 12283554 . C A 85.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1548;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 12290107 . C T 292.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1224;MQ=60.00;QD=32.55;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 12291844 . G T 664.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=34.012;InbreedingCoeff=-0.1555;MQ=51.24;MQRankSum=-7.360e-01;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.727;SOR=3.902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 12295105 . G A 2136.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6183;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 12303751 . T G 1617.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5989;MQ=60.00;QD=36.53;SOR=1.280 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr1 12304095 . G T 2024 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5253;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.99;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr1 12320056 . T C 407 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2868;MQ=60.00;QD=29.32;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 12341616 . G T 301.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0954;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=27.41;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 12346163 . T A 85.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1468;MQ=60.00;QD=29.28;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 12346938 . T C 1058.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5888;MQ=60.00;QD=32.39;SOR=0.922 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 12348704 . T A 339.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3013;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 12354641 . A C 192.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0923;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr1 12355055 . C T 163.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2174;MQ=60.00;QD=29.95;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 12355876 . G A 4513.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6312;MQ=60.00;QD=30.91;SOR=0.830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 12375146 . G A 524.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2702;MQ=60.00;QD=31.50;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 12391375 . A T 152.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0867;MQ=60.00;QD=34.57;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 12397255 . A G 1290.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4979;MQ=58.33;MQRankSum=-1.026e+00;QD=29.32;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 12403387 . T C 1947.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7011;MQ=60.00;QD=33.21;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 12410290 . A C 670.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5841;MQ=60.00;QD=30.49;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 12410298 . A G 83.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2068;MQ=56.28;QD=27.93;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 12416550 . T A 541.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1788;MQ=61.53;QD=25.87;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 12416756 . A T 1153.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3795;MQ=60.00;QD=29.99;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 12423946 . G A 35.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0123;MQ=60.00;QD=11.74;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 12425103 . T C 50.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0592;MQ=60.00;QD=12.73;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,201 Chr1 12425631 . A T 134.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0252;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 12445978 . G A 87.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0244;MQ=60.00;QD=29.19;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 12450024 . A G 189.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0835;MQ=60.00;QD=31.54;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:21:0,21,315 Chr1 12458387 . T C 1148.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4502;MQ=60.00;QD=32.44;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 12463342 . C T 2456.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5059;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=30.35;ReadPosRankSum=-9.370e-01;SOR=0.509 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 12468067 . C T 154.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=2.515;InbreedingCoeff=-0.0203;MQ=53.46;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.619 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 12495275 . G A 903.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3325;MQ=60.00;QD=34.71;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr1 12507361 . A C 42.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1373;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12510686 . G A 84.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0060;MQ=60.00;QD=21.10;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 12514025 . C T 83.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0526;MQ=60.00;QD=13.96;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:8,0:8 Chr1 12515937 . G A 76.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0595;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,240 Chr1 12523218 . T C 204.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0947;MQ=60.00;QD=34.15;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 12530365 . T A 47.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0283;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 12531235 . T A 1030 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1669;MQ=60.00;MQRankSum=-4.060e-01;QD=27.11;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr1 12542871 . C T 122.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0497;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 12561599 . T G 158.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1057;MQ=60.00;QD=31.65;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 12566526 . C T 76.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0846;MQ=46.39;MQRankSum=1.50;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,155 Chr1 12589604 . C G 340.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1992;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=28.73;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 12617637 . G A 2653.39 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5840;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=0.787 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 12620055 . C T 43.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1300;MQ=60.00;QD=21.71;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr1 12620539 . T C 69.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0109;MQ=57.80;MQRankSum=1.06;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 12626369 . C T 287.11 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4382;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:25,3,0 Chr1 12628155 . G A 33.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0688;MQ=60.00;QD=16.75;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 12636488 . A C 82.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1063;MQ=60.00;QD=20.71;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12638054 . G A 844.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4794;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:51,6,0 Chr1 12649377 . C T 4538.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7271;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=32.58;SOR=0.272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr1 12653846 . G T 738.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4402;MQ=60.00;QD=30.02;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,106 Chr1 12654647 . T A 391.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2394;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 12661707 . C T 3542.07 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6988;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=30.40;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.335 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:12661692_C_G:314,21,0 Chr1 12664336 . C T 477.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3631;MQ=60.00;QD=31.56;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 12664858 . A G 119.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0174;MQ=50.29;MQRankSum=0.731;QD=9.19;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12669242 . C T 449.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.180e+00;ClippingRankSum=0.289;DP=3;FS=2.350;InbreedingCoeff=0.0638;MQ=60.00;MQRankSum=1.47;QD=23.64;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 12671768 . T C 1295.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=3.261;InbreedingCoeff=0.1345;MQ=50.62;MQRankSum=-7.310e-01;QD=31.28;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 12687571 . C G 8603.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7443;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=1.387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 12697095 . C T 468.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=4.771;InbreedingCoeff=0.3564;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=22.29;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 12699251 . C T 35.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0872;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 12710786 . G A 314.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1926;MQ=60.00;QD=32.06;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 12719983 . G A 96.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0055;MQ=40.60;MQRankSum=0.736;QD=13.79;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 12734101 . A C 129.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0581;MQ=51.19;QD=32.36;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr1 12741938 . C T 4290.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6848;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.81;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.397 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12755606 . T C 246.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.700e-02;ClippingRankSum=-1.179e+00;DP=2;FS=7.782;InbreedingCoeff=-0.0290;MQ=43.27;MQRankSum=1.67;QD=27.42;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 12757621 . A G 82.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.582e+00;ClippingRankSum=0.484;DP=7;FS=2.592;InbreedingCoeff=0.1753;MQ=41.83;MQRankSum=0.491;QD=1.75;ReadPosRankSum=-2.019e+00;SOR=1.132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr1 12767189 . T A 62.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-4.060e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0751;MQ=47.56;MQRankSum=0.406;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.988;SOR=2.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 12804340 . A T 163.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0857;MQ=48.09;MQRankSum=1.22;QD=11.68;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,232 Chr1 12808024 . A C 125.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4625;MQ=43.00;QD=15.74;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12810476 . T C 43.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1306;MQ=50.99;MQRankSum=1.03;QD=10.88;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 12815299 . G A 98.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=4.771;InbreedingCoeff=0.0791;MQ=47.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=19.77;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=3.590 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 12847330 . C T 71.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0610;MQ=60.00;QD=14.37;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 12859526 . A G 6209.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5687;MQ=60.00;QD=30.89;SOR=0.863 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 12861034 . C A 95.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=2.398;InbreedingCoeff=0.0222;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 12867410 . A G 191.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.90;ClippingRankSum=-2.710e-01;DP=2;FS=18.291;InbreedingCoeff=-0.0807;MQ=56.92;MQRankSum=-7.310e-01;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.731;SOR=4.287 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/0:2,0:2:6:0|1:12867410_A_G:0,6,600 Chr1 12872592 . G T 2423 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.240e+00;ClippingRankSum=0.496;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6994;MQ=60.00;MQRankSum=0.992;QD=26.63;ReadPosRankSum=1.24;SOR=0.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr1 12894586 . A G 362.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3271;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 12902416 . G A 758.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3408;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=2.200 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 12902718 . T C 1799.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6250;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=1.646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 12913752 . T G 2873.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=3.216;InbreedingCoeff=0.6204;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=32.09;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 12914193 . A G 76.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1182;MQ=60.00;QD=31.03;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 12920487 . T G 35.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0006;MQ=60.00;QD=8.83;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 12920921 . C T 1237.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=5.105;InbreedingCoeff=0.5184;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 12922238 . C T 854.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5008;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 12923740 . G A 122.25 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.361;DP=9;FS=3.048;InbreedingCoeff=0.2363;MQ=60.00;MQRankSum=1.07;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=1.236 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,281 Chr1 12952816 . A G 84.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0865;MQ=48.76;MQRankSum=-7.270e-01;QD=21.03;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr1 12958062 . C T 1579.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5960;MQ=60.00;QD=33.24;SOR=0.743 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr1 12966058 . A G 1544.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6380;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.123 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 12968400 . T C 1242.51 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6946;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=0.741 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:12968400_T_C:135,9,0 Chr1 12970821 . G A 2401.11 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0892;MQ=60.00;QD=12.47;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,161 Chr1 13003278 . G A 216.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3967;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 13009826 . C T 476.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=3;FS=1.906;InbreedingCoeff=0.2392;MQ=59.41;MQRankSum=1.23;QD=16.45;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 13014856 . T C 1067.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.00;DP=13;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1848;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=20.14;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:0:0,0,42 Chr1 13016387 . A G 71.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0210;MQ=48.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.38;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 13024773 . G A 122.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0569;MQ=66.18;QD=24.47;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 13037696 . G A 6213.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.3281;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.674 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 13038668 . A T 7185.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.529;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.3726;MQ=60.00;MQRankSum=-3.800e-01;QD=23.71;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.677 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13047352 . T C 239.08 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0889;MQ=59.89;MQRankSum=-7.310e-01;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.919 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13053698 . T C 81.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0863;MQ=60.00;QD=20.45;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 13076790 . T G 211.84 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.666e+00;ClippingRankSum=0.067;DP=1;FS=3.716;InbreedingCoeff=0.3537;MQ=60.00;MQRankSum=1.67;QD=28.47;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.254 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 13158838 . C T 35.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0884;MQ=55.17;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 13170829 . T C 243.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1754;MQ=60.00;QD=34.80;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13177441 . T C 89.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=42.71;QD=29.81;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13178426 . G A 42.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0989;MQ=55.68;MQRankSum=0.00;QD=10.71;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13178973 . T A 41.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=4;FS=2.632;InbreedingCoeff=-0.0582;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr1 13202815 . T G 174.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0244;MQ=60.00;QD=34.95;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 13207078 . T G 400.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1717;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 13212604 . C A 136.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0526;MQ=55.86;QD=34.19;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,117 Chr1 13218989 . C A 3922.61 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.550;DP=14;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4767;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=30.08;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.607 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,14:14:42:1|1:13218958_C_T:630,42,0 Chr1 13232542 . G T 1945.36 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=1.395;InbreedingCoeff=-0.0818;MQ=50.93;MQRankSum=-6.000e-01;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.855 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,4:6:72:0|1:13232524_C_T:162,0,72 Chr1 13233438 . C T 353.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.358;DP=1;FS=10.285;InbreedingCoeff=-0.0971;MQ=49.34;MQRankSum=-7.620e-01;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.928 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 13233792 . C T 374.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=4.675;InbreedingCoeff=0.1557;MQ=52.69;MQRankSum=0.727;QD=22.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.047 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 13235727 . G A 96.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=5.756;InbreedingCoeff=-0.0899;MQ=53.31;MQRankSum=1.59;QD=7.39;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 13235755 . G C 119.46 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0061;MQ=44.55;MQRankSum=-9.560e-01;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.745 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,73 Chr1 13251609 . C T 2651.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6849;MQ=60.00;QD=30.38;SOR=0.818 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13261496 . C T 718.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4750;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.793 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13266883 . C G 227.47 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3091;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=32.50;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.634 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13273476 . T C 8177.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.278;DP=0;FS=8.737;InbreedingCoeff=-0.0245;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=24.27;ReadPosRankSum=-4.210e-01;SOR=0.679 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13276787 . C T 130.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0996;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 13279552 . T G 4307.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1316;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=0.713 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 13289992 . T A 110.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0149;MQ=60.00;QD=27.64;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr1 13291259 . A C 33.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1002;MQ=57.90;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.65;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 13292439 . G A 1126.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=1.18;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5329;MQ=60.00;MQRankSum=-1.179e+00;QD=23.46;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 13302885 . G A 42.43 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0479;MQ=60.00;QD=21.21;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13304614 . G A 1142.81 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=-6.500e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3530;MQ=60.00;MQRankSum=0.350;QD=34.63;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:13304608_C_T:135,9,0 Chr1 13315402 . C T 160.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0721;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,201 Chr1 13317446 . T C 36.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0005;MQ=60.00;QD=18.40;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 13325078 . C G 115.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0746;MQ=60.00;QD=23.12;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 13333975 . C T 4122.75 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.18;ClippingRankSum=-1.179e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5781;MQ=60.00;MQRankSum=-1.666e+00;QD=33.26;ReadPosRankSum=-1.179e+00;SOR=0.754 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:45,3,0 Chr1 13337310 . T C 75.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0.550;DP=0;FS=3.680;InbreedingCoeff=-0.0934;MQ=60.00;MQRankSum=-1.754e+00;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.30;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13338705 . G T 42.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1118;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=2.225 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13344897 . T G 78.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1420;MQ=60.00;QD=19.68;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 13345257 . G A 48.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0075;MQ=33.00;QD=24.34;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13376329 . C T 2036.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=1.03;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4587;MQ=48.58;MQRankSum=1.07;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr1 13376628 . A G 1979.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.198;DP=4;FS=6.355;InbreedingCoeff=0.0144;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.648 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 13381880 . G A 58.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1227;MQ=60.00;QD=19.61;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 13390608 . T A 146.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1701;MQ=60.00;QD=34.28;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 13398236 . A G 45.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0371;MQ=53.46;QD=22.72;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr1 13417561 . G A 309.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1976;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 13429165 . G A 1295.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4348;MQ=60.00;QD=32.34;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 13432890 . T G 45.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0247;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 13446690 . G A 278.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.361;DP=1;FS=3.682;InbreedingCoeff=0.0731;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=12.66;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.936 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 13450104 . T C 1319.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5288;MQ=60.00;QD=31.79;SOR=0.880 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13452692 . T C 5404.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=2.208;InbreedingCoeff=0.7738;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.75;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.601 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 13455524 . G A 1553.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4947;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.121 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13463572 . A G 305.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1955;MQ=54.41;MQRankSum=0.804;QD=33.79;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.743 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:13463552_AAAAAT_A:90,6,0 Chr1 13476615 . G A 258.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3576;MQ=60.00;QD=18.45;SOR=0.976 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13490449 . A G 869.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4418;MQ=57.08;QD=27.87;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13490770 . T G 3779.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=0;FS=1.954;InbreedingCoeff=0.6033;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=33.75;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.355 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13493038 . C T 40.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0478;MQ=60.00;QD=20.13;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13496493 . G A 74.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1150;MQ=60.00;QD=18.69;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13504962 . C T 611.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3820;MQ=60.00;QD=33.70;SOR=1.911 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13504969 . C T 47.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0215;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13506898 . C T 46.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0287;MQ=32.66;QD=23.13;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13510307 . C T 436.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=0;FS=2.104;InbreedingCoeff=0.3131;MQ=52.26;MQRankSum=-7.420e-01;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.586 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13516020 . C T 118.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0797;MQ=54.86;QD=23.78;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13518539 . C A 647.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=-1.268e+00;DP=9;FS=2.629;InbreedingCoeff=0.2205;MQ=56.14;MQRankSum=2.45;QD=30.85;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,223 Chr1 13519688 . A G 3821.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.067e+00;ClippingRankSum=1.07;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5239;MQ=44.18;MQRankSum=-1.589e+00;QD=29.77;ReadPosRankSum=-5.720e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13519751 . A G 35.39 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=3.716;InbreedingCoeff=0.5734;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=39.52;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 13569137 . C T 429.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2781;MQ=60.00;QD=33.71;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr1 13579351 . C T 41.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0523;MQ=59.80;QD=8.37;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,168 Chr1 13582284 . G C 222.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3738;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 13583343 . T C 343.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3742;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 13594979 . A G 1041.64 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=58.07;QD=34.07;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13677839 . A T 107.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1752;MQ=60.00;QD=21.49;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 13687884 . C A 427.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2464;MQ=60.00;QD=32.90;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 13689880 . C T 919.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=13.056;InbreedingCoeff=-0.0648;MQ=60.00;MQRankSum=0.573;QD=26.29;ReadPosRankSum=0.198;SOR=2.355 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13693081 . C T 129.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0838;MQ=60.00;QD=32.39;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13693716 . G T 85.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0924;MQ=60.00;QD=21.44;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13700328 . C T 50.05 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=5;FS=10.000;InbreedingCoeff=0.0101;MQ=49.63;MQRankSum=1.23;QD=12.84;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,201 Chr1 13740008 . A G 1380.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4423;MQ=37.03;MQRankSum=0.736;QD=27.23;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.236 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13744459 . T C 17313.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=-3.610e-01;DP=6;FS=1.149;InbreedingCoeff=-0.1264;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=26.72;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.732 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:13744459_T_C:202,18,0 Chr1 13756656 . T A 2848.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=1.694;InbreedingCoeff=0.1360;MQ=57.83;MQRankSum=-7.270e-01;QD=28.05;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13766429 . T C 296 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1874;MQ=60.00;QD=32.89;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13774665 . G C 170.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2136;MQ=60.00;QD=28.36;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13777707 . T C 4884.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2296;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=32.14;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.528 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13781014 . C T 194.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1777;MQ=57.80;QD=24.31;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13783746 . T C 370.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0949;MQ=43.00;MQRankSum=1.23;QD=26.50;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13788968 . G A 104.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.572;DP=2;FS=2.480;InbreedingCoeff=-0.1180;MQ=36.49;MQRankSum=-1.067e+00;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 13789056 . G A 118.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=2;FS=1.354;InbreedingCoeff=0.0301;MQ=36.51;MQRankSum=0.039;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.966 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 13803324 . G A 275.58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1179;MQ=59.88;MQRankSum=0.406;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.002 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13809828 . A G 2018.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5646;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=28.88;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.633 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:13809828_A_G:270,18,0 Chr1 13824392 . G A 120.15 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.898;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6276;MQ=45.62;MQRankSum=-1.733e+00;QD=28.41;ReadPosRankSum=1.73;SOR=0.781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,246 Chr1 13833687 . C T 1301.26 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=2.939;InbreedingCoeff=0.1459;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=14.62;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.101 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:217,18,0 Chr1 13843751 . C T 205.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1349;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 13844072 . G A 559.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2969;MQ=56.57;MQRankSum=-7.310e-01;QD=30.34;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.330 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 13845232 . A T 135.03 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-6.100e-01;ClippingRankSum=0.203;DP=0;FS=3.829;InbreedingCoeff=-0.0753;MQ=60.00;MQRankSum=-2.101e+00;QD=3.77;ReadPosRankSum=-4.270e-01;SOR=1.256 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13880386 . T A 212.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1713;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13881179 . C A 130.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1185;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 13881181 . G A 66.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.710e-01;ClippingRankSum=-9.710e-01;DP=1;FS=1.906;InbreedingCoeff=0.1061;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=22.16;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr1 13896407 . A T 122.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1117;MQ=60.00;QD=30.63;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 13898299 . A T 277.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2102;MQ=60.00;QD=19.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,290 Chr1 13909278 . C A 87.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0220;MQ=60.00;QD=29.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,174 Chr1 13911402 . G A 347.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.38;ClippingRankSum=-2.500e-02;DP=9;FS=3.304;InbreedingCoeff=-0.0932;MQ=59.46;MQRankSum=-5.750e-01;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.365;SOR=1.514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:0:0,0,100 Chr1 13912472 . T A 45.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0305;MQ=60.00;QD=15.05;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr1 13920118 . C T 88.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0356;MQ=60.00;QD=29.65;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 13934549 . G C 46.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0348;MQ=27.00;QD=11.63;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 13941894 . G A 114.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0883;MQ=42.90;MQRankSum=0.736;QD=19.12;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 13941936 . T A 34.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.0452;MQ=48.85;MQRankSum=-1.231e+00;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=2.245 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13942978 . G A 396.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.410e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=1.177;InbreedingCoeff=0.0493;MQ=48.54;MQRankSum=0.925;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,247 Chr1 13944250 . A G 46.17 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0319;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 13949743 . G A 1469.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=-5.460e-01;DP=9;FS=4.576;InbreedingCoeff=0.0224;MQ=60.00;MQRankSum=0.678;QD=15.15;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.177 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr1 13950100 . C T 98.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.100e-02;ClippingRankSum=0.573;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0364;MQ=60.00;MQRankSum=0.573;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.639;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 13950230 . G T 6096.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.010e-01;ClippingRankSum=0.289;DP=1;FS=0.528;InbreedingCoeff=-0.2297;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 13951548 . C T 87.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0416;MQ=43.21;QD=29.18;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13952600 . G A 50.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0070;MQ=46.02;QD=16.97;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 13952653 . G T 147.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=2.098;InbreedingCoeff=-0.1251;MQ=56.05;MQRankSum=-1.589e+00;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.07;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,128 Chr1 13953005 . C A 383.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1314;MQ=49.26;MQRankSum=1.23;QD=29.46;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=1.270 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 13953210 . G A 70.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=1.946;InbreedingCoeff=-0.1073;MQ=58.04;MQRankSum=-1.026e+00;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.873 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 13962653 . A G 2973.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.717;DP=4;FS=2.782;InbreedingCoeff=-0.0250;MQ=50.99;MQRankSum=-1.026e+00;QD=24.18;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.884 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 13967559 . C T 259.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0102;MQ=60.00;QD=29.72;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:0:0,0,155 Chr1 13969412 . T G 155.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0883;MQ=60.00;QD=31.10;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,117 Chr1 13969736 . T A 215.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0701;MQ=60.00;QD=30.60;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 13974900 . C T 134.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 13979635 . A G 543.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=-1.067e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3540;MQ=54.38;MQRankSum=-1.067e+00;QD=31.98;ReadPosRankSum=1.07;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 13989995 . T A 131.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0419;MQ=62.65;QD=32.97;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 13996475 . C G 149.06 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2163;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr1 14034149 . G C 376.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3674;MQ=60.00;QD=17.94;SOR=0.784 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14035641 . T C 2233.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6979;MQ=60.00;QD=33.85;SOR=0.917 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 14038774 . A T 40.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0157;MQ=60.00;QD=20.29;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 14039116 . A T 172.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0213;MQ=60.00;QD=34.57;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14046955 . G C 237.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0928;MQ=60.00;QD=29.70;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,195 Chr1 14047378 . G T 195.57 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1280;MQ=49.00;QD=31.64;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14062990 . T C 294.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=1.569;InbreedingCoeff=-0.1643;MQ=53.57;MQRankSum=-1.026e+00;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,42 Chr1 14067789 . T A 415.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0745;MQ=60.00;QD=33.07;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 14068661 . G A 398.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2356;MQ=60.00;QD=29.98;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 14075184 . A G 63.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0775;MQ=60.00;QD=31.96;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 Chr1 14086085 . G A 46.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0032;MQ=45.00;QD=23.45;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14086095 . C G 481.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0582;MQ=53.03;MQRankSum=1.03;QD=17.19;ReadPosRankSum=1.20;SOR=0.188 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14086288 . C T 33.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0616;MQ=29.26;MQRankSum=-7.360e-01;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 14090840 . C T 80.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-6.840e-01;ClippingRankSum=-6.840e-01;DP=0;FS=3.332;InbreedingCoeff=-0.1461;MQ=48.90;MQRankSum=0.322;QD=10.02;ReadPosRankSum=-3.220e-01;SOR=0.105 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14100865 . G A 589.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3782;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr1 14105701 . C T 249.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=1.462;InbreedingCoeff=-0.0445;MQ=54.90;MQRankSum=-7.360e-01;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 14129431 . G A 131.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1341;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 14132103 . C T 1551.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5343;MQ=60.00;QD=31.03;SOR=0.813 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 14137425 . T A 909.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=2.623;InbreedingCoeff=0.0010;MQ=55.45;MQRankSum=-7.270e-01;QD=29.34;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.673 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr1 14137866 . C G 594.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=9.260;InbreedingCoeff=-0.0196;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=23.78;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=2.129 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,130 Chr1 14142032 . C T 157.61 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0027;MQ=53.89;MQRankSum=0.804;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 14187988 . C T 971.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=7;FS=4.031;InbreedingCoeff=0.2569;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=18.00;ReadPosRankSum=-4.210e-01;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,235 Chr1 14189478 . C T 114.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0551;MQ=36.69;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.96;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,130 Chr1 14199285 . G A 58.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.495e+00;ClippingRankSum=0.922;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0203;MQ=59.58;MQRankSum=-9.220e-01;QD=6.45;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr1 14204843 . C T 310.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1601;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14212852 . T C 250.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=3.315;InbreedingCoeff=-0.0481;MQ=52.09;MQRankSum=-7.310e-01;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 14213329 . T C 895 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=14.222;InbreedingCoeff=-0.1873;MQ=54.93;MQRankSum=-7.360e-01;QD=16.57;ReadPosRankSum=0.727;SOR=2.315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 14225230 . G A 282.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0038;MQ=47.13;QD=36.39;SOR=1.863 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14226913 . C G 39.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1026;MQ=42.34;MQRankSum=0.00;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 14230846 . T C 3321.19 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.00;DP=10;FS=17.399;InbreedingCoeff=-0.1033;MQ=43.67;MQRankSum=1.03;QD=14.01;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=0.243 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:120,0,240 Chr1 14235695 . G A 306.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=2.363;InbreedingCoeff=0.0260;MQ=52.93;MQRankSum=-3.580e-01;QD=21.92;ReadPosRankSum=1.38;SOR=1.802 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14238681 . A G 671.84 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.700e-01;ClippingRankSum=-5.550e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0958;MQ=37.67;MQRankSum=0.736;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.711 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,3:5:64:0|1:14238663_G_A:102,0,64 Chr1 14241069 . C T 57.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=1.38;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0048;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 14242744 . C A 35.26 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0243;MQ=41.53;QD=22.75;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:24:0,24,360 Chr1 14280959 . A G 36.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0996;MQ=48.80;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.20;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,167 Chr1 14280999 . A G 2192.99 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.950;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6109;MQ=59.67;MQRankSum=2.19;QD=23.58;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:137,15,0 Chr1 14286597 . A G 1693.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.890e-01;ClippingRankSum=0.354;DP=7;FS=4.907;InbreedingCoeff=-0.1077;MQ=49.63;MQRankSum=-1.231e+00;QD=19.46;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.137 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr1 14314078 . C T 614.06 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=0.118;DP=6;FS=1.596;InbreedingCoeff=-0.1009;MQ=56.46;MQRankSum=0.118;QD=6.29;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.115 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 14446165 . G A 427.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3345;MQ=34.12;QD=34.09;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 14450955 . T C 124.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=0.720;DP=10;FS=5.021;InbreedingCoeff=-0.0855;MQ=34.31;MQRankSum=1.38;QD=20.78;ReadPosRankSum=1.38;SOR=1.133 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,360 Chr1 14464543 . C T 1161.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.210e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1032;MQ=51.41;MQRankSum=0.791;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 14470844 . G A 63.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1189;MQ=47.03;QD=12.76;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14472072 . C T 72.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0323;MQ=38.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14476641 . A C 2192.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6460;MQ=54.47;MQRankSum=1.23;QD=28.04;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.767 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14481269 . G T 449.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1350;MQ=46.67;MQRankSum=0.00;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 14481325 . G A 189.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=-5.290e-01;DP=6;FS=1.822;InbreedingCoeff=0.1779;MQ=51.86;MQRankSum=0.135;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr1 14485624 . T A 111.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14493671 . C T 73.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0795;MQ=56.61;QD=29.29;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 14502655 . G A 3398.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5641;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=1.497 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14508049 . A G 177.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1778;MQ=60.00;QD=29.58;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14584196 . T C 330.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.762;DP=0;FS=1.721;InbreedingCoeff=0.4184;MQ=56.86;MQRankSum=0.736;QD=22.03;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.967 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14584740 . C T 47.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1216;MQ=45.50;QD=23.77;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14590506 . C G 47.71 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1017;MQ=33.00;QD=23.85;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14597667 . T A 133.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3624;MQ=60.00;QD=22.30;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14657978 . C G 46.96 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0376;MQ=21.00;QD=23.48;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14659306 . T G 268.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0357;MQ=47.00;QD=36.39;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14671634 . C T 54.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0044;MQ=54.50;MQRankSum=-1.231e+00;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.495 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14681468 . A T 70.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1325;MQ=40.00;QD=30.35;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,217 Chr1 14697765 . A C 45.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0350;MQ=51.16;QD=22.98;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14708390 . G A 607.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=4.363;InbreedingCoeff=0.2940;MQ=40.00;MQRankSum=1.23;QD=27.63;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14713887 . C T 59.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=40.00;QD=29.83;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14886412 . A G 140.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1081;MQ=22.00;QD=32.23;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14886658 . G A 238.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1041;MQ=44.75;MQRankSum=0.731;QD=26.83;SOR=0.105 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14890185 . A T 469.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.180e-01;ClippingRankSum=1.19;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0065;MQ=41.65;MQRankSum=-4.740e-01;QD=33.97;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.871 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14894382 . G T 67.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.495e+00;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0923;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.148 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14895612 . G C 697 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-4.210e-01;ClippingRankSum=0.421;DP=0;FS=16.443;InbreedingCoeff=0.3228;MQ=47.41;MQRankSum=1.52;QD=24.89;ReadPosRankSum=1.92;SOR=0.187 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14917948 . G A 138.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1525;MQ=59.01;QD=34.53;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14919230 . A T 81.39 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2494;MQ=60.00;QD=20.35;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14919665 . T C 2848.56 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2707;MQ=60.00;QD=29.24;SOR=0.718 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14922637 . G A 41.93 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0524;MQ=51.04;MQRankSum=0.727;QD=21.65;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14974603 . T G 249.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.07;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1758;MQ=39.03;MQRankSum=1.07;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.412 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14977034 . T C 38.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1225;MQ=40.00;QD=19.06;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 14998737 . T C 289.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.198;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0291;MQ=48.42;MQRankSum=-7.470e-01;QD=12.06;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.848 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15002702 . A G 593.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;MQ=60.00;QD=29.70;SOR=1.127 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 15004598 . C G 92.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=2;FS=9.276;InbreedingCoeff=-0.0948;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.039 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 15008809 . A C 622.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5014;MQ=45.96;QD=28.85;SOR=4.174 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:15008805_A_G:134,9,0 Chr1 15016302 . A G 58.19 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1246;MQ=32.28;QD=29.09;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15019399 . T A 33.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=4;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.0233;MQ=34.44;MQRankSum=1.23;QD=6.68;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 15035977 . T G 413.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2011;MQ=42.00;QD=27.50;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15036051 . A G 1033.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4680;MQ=58.56;QD=24.21;SOR=0.269 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15036060 . A T 398.02 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3037;MQ=58.56;QD=30.94;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15053766 . T C 607.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7270;MQ=60.00;QD=31.96;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15058610 . G A 54.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1668;MQ=31.95;QD=27.10;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15067491 . T G 1017.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3593;MQ=46.86;MQRankSum=0.00;QD=24.23;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.484 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15068836 . G A 48.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1430;MQ=60.00;QD=16.08;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15071723 . C T 564.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-4.060e-01;ClippingRankSum=0.572;DP=0;FS=1.737;InbreedingCoeff=0.0140;MQ=37.26;MQRankSum=0.736;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.580 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15073446 . G A 93.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0352;MQ=60.00;QD=18.77;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 15074503 . G C 60.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1496;MQ=43.58;MQRankSum=-1.380e+00;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15087745 . A G 174.59 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0716;MQ=40.31;MQRankSum=-7.200e-01;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:5,2:7:69:1|0:15087690_C_T:69,0,245 Chr1 15089306 . G C 222.25 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-5.730e-01;DP=9;FS=5.571;InbreedingCoeff=0.0948;MQ=38.27;MQRankSum=-5.880e-01;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.173 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:6,3:9:99:0|1:15089285_G_C:108,0,364 Chr1 15089541 . C A 47.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1577;MQ=23.04;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15091521 . C G 45.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=2.808;InbreedingCoeff=-0.1241;MQ=33.08;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.959 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 15100804 . C T 52.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-2.163e+00;ClippingRankSum=-3.860e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0611;MQ=50.90;MQRankSum=1.52;QD=0.97;ReadPosRankSum=-5.920e-01;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15101448 . T G 72.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.07;ClippingRankSum=1.27;DP=3;FS=7.751;InbreedingCoeff=-0.0713;MQ=38.96;MQRankSum=1.01;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.689;SOR=2.502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,42 Chr1 15103517 . A T 659.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.421;DP=28;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.2692;MQ=39.34;MQRankSum=0.804;QD=20.62;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:28,0:28:0:0,0,414 Chr1 15106385 . C A 856.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.850e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=5.155;InbreedingCoeff=0.2610;MQ=38.00;MQRankSum=0.116;QD=14.51;ReadPosRankSum=-8.100e-01;SOR=0.896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:0:0,0,34 Chr1 15140152 . A T 259.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.840e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0943;MQ=45.45;MQRankSum=-1.517e+00;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.65;SOR=0.775 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 15145916 . A C 123.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0445;MQ=51.59;MQRankSum=-7.360e-01;QD=24.75;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15146950 . T A 262.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1050;MQ=47.00;MQRankSum=1.03;QD=26.27;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 15147565 . G A 122.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0243;MQ=32.98;MQRankSum=0.804;QD=20.46;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,42 Chr1 15148264 . T C 20527.40 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=-3.000e-02;DP=15;FS=3.215;InbreedingCoeff=-0.5649;MQ=38.80;MQRankSum=-7.620e-01;QD=18.70;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.913 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:9,6:15:99:0|1:15148041_T_G:247,0,305 Chr1 15157867 . C T 721.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5092;MQ=48.00;MQRankSum=0.727;QD=22.54;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 15159732 . A C 451.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=0.067;DP=11;FS=7.164;InbreedingCoeff=-0.1212;MQ=31.95;MQRankSum=-3.580e-01;QD=9.62;ReadPosRankSum=-3.120e-01;SOR=1.194 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:33:0,33,353 Chr1 15160029 . C T 103.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.1258;MQ=37.50;MQRankSum=0.00;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 15161049 . C T 89.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=2.398;InbreedingCoeff=-0.0834;MQ=56.72;MQRankSum=1.38;QD=7.45;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,174 Chr1 15162694 . C T 45.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.312e+00;ClippingRankSum=-5.400e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0710;MQ=57.75;MQRankSum=-6.940e-01;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.93;SOR=0.283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr1 15179825 . C G 67.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.532e+00;ClippingRankSum=-1.408e+00;DP=1;FS=2.463;InbreedingCoeff=-0.0364;MQ=45.99;MQRankSum=-2.181e+00;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.53;SOR=0.760 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 15199214 . G T 491.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.537;DP=23;FS=4.253;InbreedingCoeff=-0.0730;MQ=43.06;MQRankSum=-5.240e-01;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:23,0:23:60:0,60,900 Chr1 15199307 . C T 229.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=13;FS=12.565;InbreedingCoeff=-0.0148;MQ=35.13;MQRankSum=0.572;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.326 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:36:0,36,540 Chr1 15199625 . A C 788.25 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.199;DP=36;FS=3.953;InbreedingCoeff=-0.2633;MQ=46.84;MQRankSum=1.23;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.318 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:36,0:36:0:0,0,685 Chr1 15207305 . A T 33.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.537e+00;ClippingRankSum=0.406;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0925;MQ=33.65;MQRankSum=0.988;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.537e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr1 15216712 . G A 783.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5000;MQ=53.14;QD=31.32;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr1 15415083 . A G 985.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=2.299;InbreedingCoeff=-0.1018;MQ=60.00;MQRankSum=-3.700e-01;QD=20.12;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.051 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,50 Chr1 15416355 . T A 160.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1518;MQ=60.00;QD=32.04;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr1 15416378 . C T 352.71 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=53.89;QD=26.82;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 15522920 . T A 132.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.727;DP=9;FS=10.603;InbreedingCoeff=-0.1758;MQ=59.02;MQRankSum=-1.039e+00;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=3.296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,216 Chr1 15525594 . C T 238.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.296e+00;ClippingRankSum=1.30;DP=8;FS=3.424;InbreedingCoeff=-0.0900;MQ=60.00;MQRankSum=0.118;QD=21.70;ReadPosRankSum=-1.180e-01;SOR=0.439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr1 15529023 . T G 23858.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.736;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4496;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=26.77;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.432 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:395,30,0 Chr1 15529174 . A C 95.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2426;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 15530068 . G A 65.70 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0088;MQ=60.00;QD=20.17;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr1 15549236 . G A 218.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2855;MQ=60.00;QD=18.18;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 15552574 . A G 985.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4822;MQ=57.30;MQRankSum=0.736;QD=28.15;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr1 15555193 . C T 56.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.240e+00;ClippingRankSum=0.065;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1165;MQ=45.67;MQRankSum=-6.500e-02;QD=3.76;ReadPosRankSum=-7.780e-01;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 15560726 . G T 48.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0095;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15570677 . G A 48.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0238;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 15579479 . T C 6240.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7107;MQ=58.82;QD=25.18;SOR=1.042 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 15580136 . T G 196.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1561;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 15581234 . A G 56.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1168;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15581492 . C T 573.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=5.129;InbreedingCoeff=0.0667;MQ=48.29;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.50;ReadPosRankSum=0.727;SOR=3.056 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15590784 . A T 129.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0315;MQ=53.03;QD=32.39;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,232 Chr1 15598283 . A C 2328.85 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0668;MQ=51.04;MQRankSum=0.731;QD=25.37;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 15668322 . C T 146.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0385;MQ=41.53;MQRankSum=0.804;QD=27.11;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.105 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15673103 . C T 42.14 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2108;MQ=44.53;QD=10.54;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15680377 . C T 73.96 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-4.060e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1340;MQ=50.79;MQRankSum=-1.537e+00;QD=12.33;ReadPosRankSum=-9.880e-01;SOR=0.991 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15682218 . A T 107.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1804;MQ=53.44;MQRankSum=-7.270e-01;QD=26.97;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15688274 . G A 1201.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=2.793;InbreedingCoeff=0.2879;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.50;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15691067 . A G 170.17 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3093;MQ=40.00;QD=33.71;SOR=3.258 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15700020 . A T 55.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1742;MQ=60.00;QD=27.93;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15707153 . C T 2732.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=5.090;InbreedingCoeff=0.3092;MQ=46.04;MQRankSum=0.731;QD=22.96;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 15714957 . A T 135.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1165;MQ=60.00;QD=33.81;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15727069 . T C 62.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=4;FS=3.136;InbreedingCoeff=-0.0458;MQ=56.48;MQRankSum=-5.500e-01;QD=8.92;ReadPosRankSum=0.550;SOR=1.492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 15731344 . T G 11292.81 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.278;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0745;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=28.52;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.684 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:15731344_T_G:295,21,0 Chr1 15731577 . A C 382.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=1.958;InbreedingCoeff=0.0349;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=25.49;ReadPosRankSum=-5.730e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr1 15732072 . T C 969.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6099;MQ=58.60;MQRankSum=1.23;QD=29.88;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.591 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15738364 . T G 585.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.937;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2610;MQ=52.62;MQRankSum=0.727;QD=32.55;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.242 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15739125 . G A 78.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3002;MQ=60.00;QD=19.71;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15755730 . A G 54.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3922;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15784771 . A C 153.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=1;FS=1.837;InbreedingCoeff=0.0056;MQ=40.00;MQRankSum=0.358;QD=30.69;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.490 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 15791038 . C G 80.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=38.05;QD=20.12;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15800448 . G A 162.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1773;MQ=57.16;MQRankSum=-7.360e-01;QD=27.16;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.707 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15811481 . T C 416.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2091;MQ=60.00;QD=31.68;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15816980 . T C 2782.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=6.464;InbreedingCoeff=0.6570;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=33.94;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.110 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 15821638 . T G 91.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3048;MQ=40.00;QD=32.70;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15827203 . T A 101.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=37.96;QD=33.80;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15834438 . C G 91.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0090;MQ=21.34;QD=30.46;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 15837679 . G A 54.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1246;MQ=24.00;QD=13.70;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr1 15847746 . A G 169.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.26;ClippingRankSum=0.927;DP=0;FS=1.882;InbreedingCoeff=0.1051;MQ=40.00;MQRankSum=-2.128e+00;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.255e+00;SOR=1.577 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15860358 . G A 863.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6270;MQ=59.01;QD=31.97;SOR=1.284 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15860568 . T A 1998.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6482;MQ=60.00;QD=32.23;SOR=0.790 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15881082 . T A 211.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1758;MQ=60.00;QD=30.67;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 15890320 . C T 166.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2234;MQ=60.00;QD=27.74;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 15894735 . C T 46.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0017;MQ=59.50;QD=23.34;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 15904242 . T C 2511.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5958;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=28.91;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 15904633 . C T 371.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3132;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.18;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 15908957 . T C 2587.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=2.380;InbreedingCoeff=0.0278;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.88;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 15909756 . G A 2479.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.480e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0248;MQ=55.53;MQRankSum=-1.221e+00;QD=19.07;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.659 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr1 15913949 . G A 44.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0621;MQ=60.00;QD=22.08;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 15917453 . A T 110.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1590;MQ=60.00;QD=22.20;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,190 Chr1 15919016 . G A 117.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0470;MQ=55.43;MQRankSum=-7.360e-01;QD=23.41;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr1 15920599 . A T 298.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=1.623;InbreedingCoeff=-0.1342;MQ=55.94;MQRankSum=-7.360e-01;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 15920680 . C T 304.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2063;MQ=56.62;MQRankSum=-7.360e-01;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 15925652 . C T 89.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0936;MQ=60.00;QD=29.84;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15926744 . T C 63.02 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1227;MQ=60.00;QD=15.76;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15932593 . T C 2431.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5759;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=26.43;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.531 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 15934405 . C T 240 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1949;MQ=60.00;QD=34.29;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr1 15935830 . T C 49.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0164;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15941722 . C G 216.73 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0980;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=3.258 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 15995610 . C A 2772.62 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6673;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=27.72;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.752 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:15995596_T_G:90,6,0 Chr1 15996806 . G A 111.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2078;MQ=60.00;QD=18.55;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16005314 . C T 118.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0329;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16008681 . C T 417.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.222;DP=1;FS=3.436;InbreedingCoeff=-0.0511;MQ=55.01;MQRankSum=0.358;QD=13.05;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 16010940 . A C 35.50 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0685;MQ=55.68;MQRankSum=0.727;QD=20.83;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 16058548 . T A 1890.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=0;FS=1.478;InbreedingCoeff=0.3437;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=32.60;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.392 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16060611 . T A 2556.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6818;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=31.18;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.821 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16067027 . C T 531.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2713;MQ=60.00;QD=31.56;SOR=1.112 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16080929 . G A 77.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0472;MQ=63.51;QD=25.69;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16084564 . A T 46.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0331;MQ=47.00;QD=23.44;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr1 16085657 . C G 167.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1359;MQ=49.01;QD=23.94;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16089429 . C G 238.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1433;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 16092403 . A C 1940.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6189;MQ=60.00;QD=31.29;SOR=0.758 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16096387 . C T 2316.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7054;MQ=60.00;QD=30.89;SOR=1.240 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16102563 . T C 630.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-2.670e-01;DP=1;FS=1.134;InbreedingCoeff=-0.0827;MQ=43.08;MQRankSum=-7.420e-01;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 16103724 . G A 346.98 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.800e-01;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=57.64;MQRankSum=-1.380e+00;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 16114390 . C G 156.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-3.470e-01;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0376;MQ=51.79;MQRankSum=0.736;QD=26.08;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:6:0,6,90 Chr1 16125273 . C T 106.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1311;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 16134089 . G T 271.42 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1323;MQ=60.00;QD=33.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:16134080_A_G:86,6,0 Chr1 16134994 . G A 129.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0432;MQ=60.00;QD=32.27;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 16155284 . A G 9989.05 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5040;MQ=60.00;QD=32.07;SOR=0.924 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:16155284_A_G:135,9,0 Chr1 16156635 . A G 71.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0939;MQ=60.00;QD=33.85;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,111 Chr1 16157758 . C G 373.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2689;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=2.147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 16161916 . G T 3060.33 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1974;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=34.39;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.383 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr1 16163150 . G C 81.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1171;MQ=48.09;QD=30.93;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:16163144_T_C:90,6,0 Chr1 16164683 . G A 212.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2482;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 16168399 . C G 85.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0489;MQ=60.00;QD=21.38;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,254 Chr1 16184063 . T G 510.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2051;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=22.21;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 16184574 . A C 72.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1422;MQ=60.00;QD=31.28;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 16190898 . A G 36.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=2;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.0956;MQ=58.31;MQRankSum=1.23;QD=7.33;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 16194696 . G A 1515.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1532;MQ=56.67;QD=30.06;SOR=0.869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 16199830 . A G 307.91 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3333;MQ=45.67;QD=28.22;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 16241346 . G A 575.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4204;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=27.40;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:3:0,3,45 Chr1 16244024 . A G 1239.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.322;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0024;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=20.00;ReadPosRankSum=-6.840e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr1 16245651 . T C 243.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1906;MQ=50.92;QD=28.15;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr1 16252870 . G A 47.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0242;MQ=30.00;QD=23.51;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 16256580 . C T 42.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0890;MQ=38.65;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.03;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 16268128 . G A 12541.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.296;DP=6;FS=0.518;InbreedingCoeff=-0.6454;MQ=60.00;MQRankSum=-1.430e-01;QD=19.21;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.630 GT:AD:DP ./.:6,0:6 Chr1 16268328 . G A 1732.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=87.601;InbreedingCoeff=-0.2917;MQ=60.00;MQRankSum=0.196;QD=12.03;ReadPosRankSum=-7.610e-01;SOR=5.924 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,49 Chr1 16272919 . G A 924.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4407;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:12:0,12,180 Chr1 16291470 . A G 247.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3027;MQ=53.89;QD=24.78;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 16298981 . G A 46.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0320;MQ=34.12;QD=23.22;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr1 16307686 . T C 659.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3690;MQ=60.00;QD=30.86;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16310369 . C G 98.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0527;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,161 Chr1 16315195 . C T 1021.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=2;FS=5.170;InbreedingCoeff=0.5891;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=32.97;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.687 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 16321616 . T C 412.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.365;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0069;MQ=57.45;MQRankSum=-6.330e-01;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.850 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 16325393 . C T 149.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1252;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 16331492 . T A 1322.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.731;DP=8;FS=0.766;InbreedingCoeff=-0.0451;MQ=53.88;MQRankSum=-1.754e+00;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr1 16332844 . T G 62.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0369;MQ=56.57;MQRankSum=-7.310e-01;QD=31.10;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 16337317 . A C 395.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2876;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 16338452 . A G 7153.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=4.520;InbreedingCoeff=0.6457;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=32.97;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.305 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 16345032 . T G 463.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4673;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 16348928 . G A 94.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0743;MQ=60.00;QD=31.38;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 16349289 . A G 759.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=2;FS=3.823;InbreedingCoeff=0.2421;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=26.18;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 16357333 . A C 963.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1211;MQ=60.00;QD=28.36;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 16359492 . T A 37.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0812;MQ=60.00;QD=18.99;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr1 16371374 . C T 255.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2765;MQ=60.00;QD=34.30;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,254 Chr1 16378220 . A T 112.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0777;MQ=43.00;QD=28.02;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 16378498 . A G 214.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2266;MQ=50.47;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.99;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr1 16379279 . T A 196.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0829;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16380541 . A C 412.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3851;MQ=33.00;QD=34.40;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 16388995 . G A 72.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0496;MQ=60.00;QD=18.04;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 16390295 . C T 106.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=2.112;InbreedingCoeff=-0.1217;MQ=60.00;MQRankSum=1.07;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 16393274 . C T 1628.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.762;DP=7;FS=5.933;InbreedingCoeff=0.0739;MQ=59.40;MQRankSum=0.466;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:12:0,12,180 Chr1 16395905 . C T 351.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0736;MQ=50.99;MQRankSum=-7.360e-01;QD=27.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 16407214 . T A 87.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1392;MQ=53.46;QD=34.75;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,202 Chr1 16413901 . G A 202.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=2.158;InbreedingCoeff=0.1571;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=15.56;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr1 16420153 . C T 735.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6294;MQ=42.08;QD=28.28;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,76 Chr1 16423060 . T C 730.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2436;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 16434560 . G A 2922.75 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=6.369;InbreedingCoeff=-0.2156;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=25.64;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,2:5:75:0|1:16434522_G_A:75,0,120 Chr1 16451882 . C A 88.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0146;MQ=60.00;QD=29.53;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 16456467 . C T 77.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0901;MQ=46.49;MQRankSum=-1.231e+00;QD=15.60;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 16462979 . G A 331.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2754;MQ=60.00;QD=33.18;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 16465349 . A G 77.21 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0108;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:16465343_G_A:124,9,0 Chr1 16466982 . A G 921.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3807;MQ=60.00;QD=32.05;SOR=1.220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 16469673 . T C 1356.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6134;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,251 Chr1 16476028 . A G 971.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2532;MQ=56.23;QD=29.00;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 16489217 . T C 83.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1282;MQ=55.23;MQRankSum=-1.026e+00;QD=20.88;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 16492001 . A T 525.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3813;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 16504065 . C T 34.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0051;MQ=60.00;QD=17.14;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 16511417 . T C 32.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-4.480e-01;DP=26;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0084;MQ=54.66;MQRankSum=0.544;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:26,0:26:69:0,69,1035 Chr1 16513620 . T C 225.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=-3.060e-01;DP=23;FS=0.884;InbreedingCoeff=-0.0335;MQ=55.61;MQRankSum=0.00;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.520 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:23,0:23:69:0,69,728 Chr1 16514339 . G A 230.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.730e-01;ClippingRankSum=0.129;DP=20;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0380;MQ=39.87;MQRankSum=0.226;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.84;SOR=0.642 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:20,0:20:60:0,60,529 Chr1 16514854 . C T 731.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.340e-01;ClippingRankSum=0.031;DP=22;FS=0.622;InbreedingCoeff=-0.0350;MQ=52.41;MQRankSum=1.12;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.575;SOR=0.615 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:22,0:22:51:0,51,765 Chr1 16516972 . T C 192.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.395e+00;ClippingRankSum=-8.470e-01;DP=21;FS=2.073;InbreedingCoeff=-0.0072;MQ=53.48;MQRankSum=1.43;QD=3.69;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.882 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:21,0:21:63:0,63,650 Chr1 16518046 . T C 31683.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.180e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1166;MQ=42.60;MQRankSum=-8.670e-01;QD=26.42;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,91 Chr1 16518497 . G T 37.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.520e-01;ClippingRankSum=0.107;DP=28;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0135;MQ=46.82;MQRankSum=-1.611e+00;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:28,0:28:72:0,72,1080 Chr1 16522747 . G T 5743.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1529;MQ=59.50;MQRankSum=0.804;QD=28.03;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.781 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16523107 . C T 175.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.290e-01;ClippingRankSum=0.106;DP=16;FS=3.793;InbreedingCoeff=-0.0397;MQ=37.95;MQRankSum=-7.200e-01;QD=5.49;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.231 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:16,0:16:33:0,33,495 Chr1 16523263 . A G 239.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.400e-01;ClippingRankSum=-3.910e-01;DP=17;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0238;MQ=42.87;MQRankSum=-3.870e-01;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:17,0:17:32:0,32,499 Chr1 16530320 . A G 88.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=1.23;DP=3;FS=5.756;InbreedingCoeff=-0.1168;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=6.78;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 16547745 . T A 44.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0174;MQ=60.00;QD=14.97;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 16550062 . A T 2918.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6598;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=1.214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,49 Chr1 16558607 . G A 80.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1789;MQ=60.00;QD=20.05;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16562305 . G A 86.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0018;MQ=60.00;QD=28.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr1 16576366 . T G 239.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1656;MQ=60.00;QD=33.07;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 16601794 . G A 1732.08 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1157;MQ=60.00;QD=30.91;SOR=0.990 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16608605 . A G 2390.10 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6571;MQ=45.50;QD=28.85;SOR=0.841 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:16608604_T_C:90,6,0 Chr1 16612580 . G A 421.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2475;MQ=60.00;QD=30.12;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 16614432 . A G 72.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1143;MQ=60.00;QD=18.06;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16614944 . G A 234.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2432;MQ=60.00;QD=18.01;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr1 16629207 . G C 89.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0600;MQ=60.00;QD=17.81;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16636070 . G A 688.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-2.960e-01;DP=1;FS=9.725;InbreedingCoeff=-0.1341;MQ=51.27;MQRankSum=-1.380e+00;QD=12.52;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.488 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 16642055 . C T 564.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.922;DP=1;FS=2.062;InbreedingCoeff=0.4210;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.21;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 16645838 . G A 131.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=60.00;QD=32.85;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr1 16647914 . C T 6497.45 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=5.936;InbreedingCoeff=0.7626;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=29.27;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.059 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr1 16660117 . G A 57.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1080;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=8.28;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 16665535 . A C 261.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2334;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr1 16680073 . G A 294.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=5;FS=3.206;InbreedingCoeff=-0.0701;MQ=54.16;MQRankSum=0.406;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.87;SOR=0.293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 16693957 . T G 658.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0662;MQ=44.55;MQRankSum=-1.026e+00;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.936 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16704390 . T C 1449.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3450;MQ=60.00;QD=27.66;SOR=1.781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 16708170 . A C 85.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0376;MQ=60.00;QD=28.44;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 16732396 . A G 89.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0122;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16733168 . G T 46.47 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0555;MQ=54.16;QD=23.24;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16733213 . G A 75.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=3.680;InbreedingCoeff=-0.0914;MQ=55.03;MQRankSum=-1.754e+00;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.550;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16734192 . T C 1031.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6332;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=1.675 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16740848 . T C 121.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1498;MQ=60.00;QD=20.18;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 16745974 . G C 1448.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.421;DP=11;FS=3.911;InbreedingCoeff=0.1170;MQ=59.05;MQRankSum=0.155;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:0:0,0,238 Chr1 16746440 . A G 7999.36 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=1.011;InbreedingCoeff=-0.0192;MQ=58.20;MQRankSum=-3.360e-01;QD=28.27;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.796 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:16746398_T_C:229,18,0 Chr1 16746589 . T A 8691.31 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=2.738;InbreedingCoeff=0.1467;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=30.43;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.933 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:21:1|1:16746588_T_C:306,21,0 Chr1 16749308 . A T 34.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=20;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0597;MQ=54.06;MQRankSum=-1.231e+00;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:20,0:20:48:0,48,720 Chr1 16749860 . C T 506.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-1.580e-01;DP=11;FS=2.124;InbreedingCoeff=-0.0517;MQ=37.47;MQRankSum=-7.270e-01;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:33:0,33,394 Chr1 16750495 . A G 161.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1117;MQ=54.79;MQRankSum=1.23;QD=17.91;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr1 16756637 . G A 92.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0029;MQ=60.00;QD=29.67;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 16780254 . T C 371.08 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3965;MQ=60.00;QD=23.19;SOR=0.804 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16783017 . C G 678.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2595;MQ=60.00;QD=30.83;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 16802196 . T C 6231.37 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0812;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 16854533 . T C 47.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1800;MQ=60.00;QD=11.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr1 16856204 . A T 516.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.38;DP=13;FS=1.455;InbreedingCoeff=0.1832;MQ=60.00;MQRankSum=0.793;QD=17.80;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.845 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:36:0,36,540 Chr1 16870063 . C T 94.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0051;MQ=60.00;QD=15.74;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 16871999 . C G 129.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0324;MQ=60.00;QD=32.33;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 16880266 . G A 89.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=5;FS=3.680;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=12.84;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=1.108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr1 16885643 . T G 85.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0043;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 16917858 . C T 2121.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=7.533;InbreedingCoeff=0.5125;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.42;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.515 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 16924639 . G A 847.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=-2.100e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2801;MQ=60.00;MQRankSum=1.00;QD=28.66;ReadPosRankSum=-2.740e-01;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 16926827 . T C 143.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.060e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=2.808;InbreedingCoeff=-0.1046;MQ=56.00;MQRankSum=0.736;QD=15.99;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 16944412 . C G 331.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.490e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0769;MQ=40.00;MQRankSum=0.00;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,209 Chr1 16951687 . C A 91.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1433;MQ=47.05;QD=30.55;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:18:0,18,270 Chr1 16952112 . G A 2039.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.107;DP=3;FS=43.791;InbreedingCoeff=-0.0603;MQ=51.41;MQRankSum=1.03;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.406;SOR=1.338 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 16956795 . G A 1018.39 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5739;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:16956773_T_A:90,6,0 Chr1 16958582 . T G 1954.29 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6379;MQ=54.33;QD=31.02;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr1 16959291 . A C 92.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1084;MQ=48.44;MQRankSum=-7.270e-01;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr1 16961042 . C T 49.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1181;MQ=27.00;QD=24.74;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 16968754 . T A 74.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1619;MQ=56.43;QD=26.42;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 16984474 . T A 1089.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4507;MQ=60.00;QD=38.27;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 16987190 . A C 51.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0715;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 16988736 . T C 2121.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3376;MQ=55.56;MQRankSum=0.736;QD=25.87;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:0:0,0,198 Chr1 16996486 . G A 270.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2623;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 17005006 . A T 102.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1120;MQ=60.00;QD=14.67;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,155 Chr1 17017435 . A G 2661.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6812;MQ=48.00;QD=29.28;SOR=0.934 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 17030646 . C T 46.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0389;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 17039994 . T C 84.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.589e+00;ClippingRankSum=-1.067e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0622;MQ=43.98;MQRankSum=1.59;QD=10.56;ReadPosRankSum=-1.589e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17056499 . T A 2739.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.500e-01;ClippingRankSum=-6.500e-01;DP=12;FS=3.156;InbreedingCoeff=0.6862;MQ=60.00;MQRankSum=1.63;QD=30.10;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.365 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:36:0,36,365 Chr1 17069848 . A G 905.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5553;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 17074188 . G A 199.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1139;MQ=60.00;QD=33.33;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 17078564 . A C 622.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3766;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 17084526 . A G 3683.98 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=2.237;InbreedingCoeff=0.6766;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=29.01;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.620 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:167,18,0 Chr1 17091830 . C T 4256.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=1;FS=2.596;InbreedingCoeff=0.4782;MQ=60.00;MQRankSum=-3.480e-01;QD=32.99;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.148 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 17092760 . T C 114.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1080;MQ=60.00;QD=22.92;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17106750 . G A 419.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2487;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 17122961 . C G 148.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1530;MQ=60.00;QD=21.20;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 17124543 . G A 2209.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4532;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.770 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17136650 . T A 37.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1379;MQ=43.00;QD=9.40;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 17148584 . G A 553.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3203;MQ=60.00;QD=23.07;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 17158696 . G C 2197.12 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6386;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:20:228,20,0 Chr1 17164344 . C T 41.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0333;MQ=60.00;QD=20.57;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 17178678 . T C 68.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0970;MQ=60.00;QD=17.22;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17196267 . C A 104.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,190 Chr1 17212328 . A C 130.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.65;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 17214778 . T C 130.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0218;MQ=60.00;QD=32.61;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 17226217 . T A 77.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0112;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 17232339 . C T 51.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0964;MQ=60.00;QD=12.80;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17247710 . A C 44.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0296;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 17248186 . G A 323.10 . 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A C 87.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0457;MQ=60.00;QD=29.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:33:0,33,300 Chr1 17290771 . G A 384.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2458;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 17292493 . A C 617.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4242;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=23.75;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 17295623 . G A 47.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0066;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17302518 . A G 329.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=3.310;InbreedingCoeff=0.2878;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.349 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17310176 . C G 3687.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7051;MQ=60.00;QD=27.90;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 17314168 . G A 40.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0839;MQ=55.68;MQRankSum=1.03;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.03;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,301 Chr1 17321064 . C A 3927.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6453;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=24.81;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 17324632 . G A 39.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0102;MQ=60.00;QD=19.73;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 17338623 . T G 67.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0398;MQ=60.00;QD=22.44;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 17357237 . G A 91.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=60.00;QD=30.52;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 17363363 . C T 128.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1285;MQ=60.00;QD=32.25;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 17365020 . C A 266.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0616;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380e+00;QD=24.20;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 17365325 . C T 102.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=1.38;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0328;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=12.84;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 17387018 . C A 5264.99 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4566;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=30.09;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.252 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:141,15,0 Chr1 17388131 . T G 160.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.220e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=15;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0690;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=20.12;ReadPosRankSum=1.52;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,0:15:45:0,45,416 Chr1 17394497 . T C 112.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0924;MQ=60.00;QD=18.69;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 17400924 . A G 3547.26 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5731;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.945 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr1 17400961 . G A 360.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1829;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 17402417 . A C 50.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0076;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17404412 . T A 115.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1312;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr1 17407444 . G A 2333.85 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4682;MQ=60.00;QD=30.49;SOR=1.140 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:17407440_C_A:225,15,0 Chr1 17407566 . G A 45.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0305;MQ=60.00;QD=22.58;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 17408178 . C A 93.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0343;MQ=60.00;QD=15.61;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 17408320 . A T 253.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0430;MQ=60.00;QD=33.02;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 17419892 . A T 81.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0363;MQ=60.00;QD=20.42;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17434611 . C A 129.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0600;MQ=55.68;QD=32.35;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 17440862 . G A 118.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0627;MQ=60.00;QD=29.54;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 17444988 . C G 820.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.550;DP=12;FS=2.862;InbreedingCoeff=-0.1105;MQ=60.00;MQRankSum=-1.307e+00;QD=22.18;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.063 GT:AD:DP ./.:12,0:12 Chr1 17446634 . G A 427.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3461;MQ=60.00;QD=29.22;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 17453379 . T A 5422.80 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7341;MQ=60.00;QD=30.33;SOR=0.973 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:17453342_T_A:180,12,0 Chr1 17464677 . C T 76.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0745;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.13;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 17465085 . G A 2922.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=3.490;InbreedingCoeff=0.4883;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=26.79;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17468375 . C T 64.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0591;MQ=48.01;QD=16.24;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 17476329 . A G 241.40 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.572;DP=4;FS=19.071;InbreedingCoeff=0.0803;MQ=53.44;MQRankSum=-1.026e+00;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=4.977 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:37:71,0,37 Chr1 17497829 . G C 3702.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6884;MQ=60.00;QD=27.40;SOR=1.153 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 17502279 . G A 89.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0105;MQ=60.00;QD=29.84;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 17503201 . A G 604.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2422;MQ=60.00;QD=29.12;SOR=1.911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:3:0,3,45 Chr1 17503563 . G A 338 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0327;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=19.88;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 17515780 . G A 350.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4630;MQ=60.00;QD=21.92;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr1 17531913 . A T 186.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.572;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0573;MQ=56.54;MQRankSum=-1.067e+00;QD=23.25;ReadPosRankSum=1.59;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17533659 . G A 228.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0773;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.864 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17534381 . C T 129.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-2.780e-01;ClippingRankSum=-2.780e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0688;MQ=60.00;MQRankSum=-1.246e+00;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.495 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17560682 . C T 621.53 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3213;MQ=60.00;QD=34.53;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:17560682_C_T:267,18,0 Chr1 17574619 . G A 44.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0432;MQ=60.00;QD=14.89;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,160 Chr1 17608631 . G A 197.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3762;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17617345 . G A 280.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2641;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,217 Chr1 17629722 . T G 1624.70 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0548;MQ=60.00;QD=30.91;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 17885980 . A T 185.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1413;MQ=60.00;QD=23.17;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr1 17892772 . A T 1293.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.54;ClippingRankSum=0.406;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5771;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=23.10;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,142 Chr1 17899528 . C T 260.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2395;MQ=60.00;QD=32.60;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17900794 . C G 88.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1179;MQ=60.00;QD=22.16;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 17937542 . G T 359.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4294;MQ=45.60;QD=27.68;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 17938983 . A C 39.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=0;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.1620;MQ=49.81;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=2.245 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 17944027 . G A 39.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0105;MQ=60.00;QD=19.56;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 17961388 . C T 484.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=6;FS=2.120;InbreedingCoeff=0.2878;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=18.65;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.299 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:182,18,0 Chr1 17982189 . T C 43.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1107;MQ=60.00;QD=21.79;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr1 17999409 . C A 108.50 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0558;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 18047202 . G A 77.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0241;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 18047279 . A C 46.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0199;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr1 18048148 . G A 47.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0348;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 18063312 . A T 157.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0439;MQ=60.00;QD=19.75;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 18088463 . T A 48.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0188;MQ=59.50;QD=24.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 18100421 . A C 89.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0089;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 18104348 . G A 537.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2502;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=1.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 18111056 . G T 33.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1374;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 18113514 . G T 40.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1171;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 18130288 . A G 136.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1228;MQ=60.00;QD=19.49;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,87 Chr1 18134951 . C T 573.85 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0136;MQ=60.00;QD=31.35;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr1 18196075 . G A 6061.13 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5391;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=0.864 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr1 18221732 . G T 87.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0799;MQ=60.00;QD=17.40;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,199 Chr1 18223907 . G T 130.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0452;MQ=60.00;QD=32.50;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 18223980 . C T 2421.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5760;MQ=60.00;QD=35.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 18224444 . C T 87.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0499;MQ=60.00;QD=17.54;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 18269619 . T G 749.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=29.84;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 18271326 . G A 286.09 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0957;MQ=60.00;QD=11.49;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 18438010 . T C 309.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0669;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=30.94;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 18440912 . C T 34.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0659;MQ=60.00;QD=17.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 18442813 . G T 316.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1877;MQ=60.00;QD=28.07;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 18451250 . A C 147.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0987;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 18457321 . G C 107.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0529;MQ=55.45;MQRankSum=0.736;QD=26.50;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 18476397 . G A 43.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0414;MQ=60.00;QD=14.48;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 18491894 . C A 301.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0017;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=27.41;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr1 18503967 . C A 171.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0729;MQ=57.80;QD=34.30;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr1 18533967 . C T 228.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1948;MQ=60.00;QD=22.87;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,349 Chr1 18547813 . C A 5237.06 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3124;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=1.061 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 18658106 . A T 39.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0332;MQ=60.00;QD=19.63;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 18664609 . A T 567.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2584;MQ=60.00;QD=32.93;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 18672734 . A C 106.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0329;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr1 18714933 . T A 234.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.067e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0034;MQ=60.00;MQRankSum=-1.589e+00;QD=29.26;ReadPosRankSum=1.59;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr1 18741227 . T A 84.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0432;MQ=60.00;QD=16.80;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 18741846 . T A 2992.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7295;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.802 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 18759237 . T A 130.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0298;MQ=60.00;QD=32.67;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 18769523 . C T 324.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3465;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=18.03;SOR=0.761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 18770396 . G A 126.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1813;MQ=60.00;QD=15.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 18790105 . C A 734.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1060;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 18795789 . G A 38.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0430;MQ=60.00;QD=19.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 18805139 . G A 92.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0609;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 18806879 . T G 4032.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=3.191;InbreedingCoeff=0.5763;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=33.05;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.217 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 18833762 . T C 1873.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=18.133;InbreedingCoeff=-0.1743;MQ=57.97;MQRankSum=-1.980e-01;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.393 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,49 Chr1 18838756 . A G 3868.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7582;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=0.842 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 18848491 . G A 97.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=1.38;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0321;MQ=26.61;MQRankSum=-7.200e-01;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.38;SOR=1.863 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 18848740 . C G 52.65 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6003;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=0.823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 18963456 . T C 2330.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.597;DP=1;FS=6.654;InbreedingCoeff=0.1062;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=23.78;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.547 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 18964157 . C G 497.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=5;FS=4.566;InbreedingCoeff=0.0809;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=26.18;ReadPosRankSum=-8.690e-01;SOR=0.423 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,167 Chr1 18964360 . A G 570.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.800e-01;ClippingRankSum=0.244;DP=2;FS=1.740;InbreedingCoeff=-0.0190;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=23.76;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 18965365 . G A 304.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0986;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.41;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 Chr1 18968411 . C T 490.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.480;DP=3;FS=9.768;InbreedingCoeff=-0.0904;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 18968565 . C A 243.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.762;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0504;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=15.24;ReadPosRankSum=1.18;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 18969844 . C T 75.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0120;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 18970475 . G A 92.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.780e-01;ClippingRankSum=0.896;DP=3;FS=2.632;InbreedingCoeff=-0.0497;MQ=57.31;MQRankSum=0.278;QD=8.39;ReadPosRankSum=-5.970e-01;SOR=1.535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 19003606 . T C 514.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2772;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 19005629 . T C 522.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3215;MQ=57.31;QD=31.15;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 19005642 . A T 545.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3637;MQ=54.33;QD=30.12;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 19007660 . T A 338.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1352;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19022891 . A G 2861.57 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.130e-01;ClippingRankSum=0.773;DP=4;FS=1.125;InbreedingCoeff=0.6804;MQ=60.00;MQRankSum=-9.130e-01;QD=30.57;ReadPosRankSum=1.19;SOR=0.536 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:19022883_A_G:180,12,0 Chr1 19028814 . G A 1034.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5619;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.902 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 19066648 . G T 641.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2492;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 19080031 . T A 953.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4301;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 19086624 . A T 40.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1168;MQ=29.10;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.13;ReadPosRankSum=1.03;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 19100340 . A G 119.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0264;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=13.27;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 19105744 . C G 1626.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6148;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=1.071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 19142792 . T C 3810.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=3.047;InbreedingCoeff=0.6733;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=31.50;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.109 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 19151095 . T G 88.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.166e+00;ClippingRankSum=0.895;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0776;MQ=60.00;MQRankSum=-2.166e+00;QD=8.80;ReadPosRankSum=-2.960e-01;SOR=0.697 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 19172207 . C T 119.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0913;MQ=51.87;MQRankSum=0.736;QD=19.98;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.707 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 19186243 . G T 37.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0380;MQ=60.00;QD=12.47;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 19189039 . A T 119.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0143;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 19216096 . A T 1026.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3778;MQ=60.00;QD=32.61;SOR=1.781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 19218437 . C T 123.56 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0921;MQ=60.00;QD=28.71;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19219519 . G C 1167.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4831;MQ=59.02;QD=23.04;SOR=1.382 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 19227617 . A T 6259.80 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6928;MQ=60.00;QD=31.26;SOR=0.748 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:19227617_A_T:90,6,0 Chr1 19232044 . T C 48.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0226;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19235894 . C T 44.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0051;MQ=60.00;QD=22.05;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19241020 . A T 435.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2283;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=29.02;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.551 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19247665 . C A 4430.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.550;DP=2;FS=1.736;InbreedingCoeff=0.3649;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=28.04;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr1 19263994 . G A 194.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4218;MQ=60.00;QD=35.46;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 19279941 . G C 1113.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4962;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 19305382 . T A 329.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1324;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 19313435 . G A 1033.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4757;MQ=60.00;QD=31.33;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 19315914 . C G 188.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0857;MQ=60.00;QD=31.43;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr1 19316231 . C G 350.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0570;MQ=60.00;QD=29.56;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19325015 . T C 211.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2310;MQ=60.00;QD=21.13;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 19326983 . G C 966.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5702;MQ=60.00;QD=27.61;SOR=1.670 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 19334499 . C T 156.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1617;MQ=60.00;QD=31.24;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 19345276 . C T 80.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3189;MQ=42.31;QD=20.04;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19350300 . A C 231.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2474;MQ=60.00;QD=21.08;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 19401050 . C T 9216.38 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0.550;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6829;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=29.56;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.701 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:19401045_T_C:135,9,0 Chr1 19417352 . T C 51.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0032;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 19422933 . G A 76.28 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0474;MQ=60.00;QD=20.60;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr1 19508352 . A G 189.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0696;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr1 19547363 . C T 7394.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-7.470e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6613;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=31.74;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.531 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr1 19553517 . G A 365.08 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=1;FS=6.680;InbreedingCoeff=0.0713;MQ=57.50;MQRankSum=0.747;QD=33.19;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=1.122 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 19577300 . T G 172.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0471;MQ=60.00;QD=34.56;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19578276 . G A 1766.74 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0972;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.75;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19714825 . A G 1365.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4489;MQ=60.00;QD=35.08;SOR=0.914 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 19718916 . C G 93.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0094;MQ=60.00;QD=31.06;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 19719978 . C T 848.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4170;MQ=60.00;QD=32.85;SOR=1.802 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 19720721 . C T 313.07 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1501;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:257,27,0 Chr1 19721779 . C A 51.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0642;MQ=58.52;QD=25.97;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 19739025 . A T 4171.89 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.83;ClippingRankSum=-1.762e+00;DP=2;FS=10.458;InbreedingCoeff=-0.1540;MQ=60.00;MQRankSum=-2.749e+00;QD=8.59;ReadPosRankSum=-2.961e+00;SOR=2.559 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 19936417 . C T 1872.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3091;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 19947424 . C T 635.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2980;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=33.46;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 19977760 . T G 49.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0105;MQ=60.00;QD=12.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 19980166 . G A 99.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2306;MQ=60.00;QD=19.86;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 19984477 . A T 42.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0856;MQ=60.00;QD=14.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,254 Chr1 20013547 . C G 713.43 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4641;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr1 20014405 . T G 1318.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6042;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 20016615 . G A 44.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=60.00;QD=22.17;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 20028206 . C T 44.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0263;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 20037798 . C T 7822.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4618;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=31.04;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.261 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 20056827 . A G 311.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2119;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 20064840 . G A 674.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2156;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr1 20071977 . C A 129.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0505;MQ=60.00;QD=32.40;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 20071985 . A C 129.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0368;MQ=60.00;QD=32.94;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 20086642 . C T 54.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1015;MQ=31.95;QD=27.46;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 20089161 . A G 1818.02 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5999;MQ=60.00;QD=28.13;SOR=1.875 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 20256143 . A G 87.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0104;MQ=60.00;QD=29.26;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 20256374 . G T 45.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0072;MQ=60.00;QD=22.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,201 Chr1 20339360 . G A 87.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.256e+00;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=5;FS=4.832;InbreedingCoeff=0.0227;MQ=60.00;MQRankSum=-5.370e-01;QD=29.20;ReadPosRankSum=-9.670e-01;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,161 Chr1 20375944 . C T 49.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.620e-01;ClippingRankSum=0.067;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0719;MQ=60.00;MQRankSum=-7.620e-01;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 20393169 . T C 189.98 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=3.187;InbreedingCoeff=-0.0715;MQ=29.78;MQRankSum=-7.360e-01;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 20540955 . C T 73.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0187;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 20560634 . C T 138.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0952;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 20575776 . A T 264.44 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2260;MQ=60.00;QD=22.04;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:182,18,0 Chr1 20597013 . G T 87.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2174;MQ=60.00;QD=14.64;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 20604526 . G T 121.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0689;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,195 Chr1 20607579 . A G 47.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0539;MQ=60.00;QD=11.98;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr1 20609132 . T C 380.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1730;MQ=60.00;QD=29.25;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 20687402 . G T 42.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0661;MQ=60.00;QD=14.25;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,264 Chr1 20695764 . G A 174.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0699;MQ=60.00;QD=34.89;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,56 Chr1 20743827 . G T 256.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1156;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,202 Chr1 20781532 . G A 212.48 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2457;MQ=60.00;QD=23.61;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr1 20797685 . C G 158.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0845;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 20816236 . G A 7266.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1500;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=1.236 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 20830595 . T C 16059.14 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4798;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=0.727 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:20830587_CAT_C:90,6,0 Chr1 20873319 . A T 30.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0475;MQ=60.00;QD=15.02;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 20949787 . A T 1177 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=0.198;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4716;MQ=60.00;MQRankSum=-9.220e-01;QD=28.02;ReadPosRankSum=1.50;SOR=0.902 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:20949767_G_T:136,12,0 Chr1 20962011 . C T 4896.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6781;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.04;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.376 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 21036598 . G A 277.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2501;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr1 21082417 . G T 89.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1322;MQ=60.00;QD=14.92;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 21091376 . C T 156.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1185;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 21095842 . T A 6224.72 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2868;MQ=60.00;QD=33.47;SOR=1.191 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:199,18,0 Chr1 21111405 . A G 100.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1402;MQ=60.00;QD=14.37;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 21121192 . A C 172.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0137;MQ=60.00;QD=34.54;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 21156540 . T C 43.42 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0349;MQ=60.00;QD=14.47;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 21178660 . T G 213.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.060e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=1;FS=1.922;InbreedingCoeff=0.0348;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.68;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 21184119 . A C 3567.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.470;DP=5;FS=3.248;InbreedingCoeff=0.5753;MQ=60.00;MQRankSum=1.10;QD=25.67;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.380 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,186 Chr1 21198379 . T A 168.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0288;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 21212683 . A T 39.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=60.00;QD=19.64;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 21214889 . T C 1261.17 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4326;MQ=60.00;QD=32.59;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,13:13:39:1|1:21214879_A_ATG:574,39,0 Chr1 21219354 . C G 41.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1223;MQ=60.00;QD=20.52;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr1 21222182 . A T 134.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0291;MQ=60.00;QD=33.51;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 21231814 . A C 3970.01 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=1.946;InbreedingCoeff=0.6359;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=34.66;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr1 21266898 . T G 123.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0171;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 21310280 . G C 8980.70 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0244;MQ=60.00;QD=20.66;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 21383907 . A T 684.49 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4424;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:21383906_G_A:270,18,0 Chr1 21389559 . A G 537.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1827;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 21390995 . G A 64.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1339;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=12.81;ReadPosRankSum=1.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 21394319 . T A 2878.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=1.38;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7080;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.67;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:141,15,0 Chr1 21401169 . T C 269.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=9;FS=2.081;InbreedingCoeff=-0.0025;MQ=49.80;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.48;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,236 Chr1 21403376 . T C 1737.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4628;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,59 Chr1 21405007 . C T 105.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1371;MQ=60.00;QD=21.19;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 21407630 . G A 1264.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4472;MQ=60.00;QD=27.94;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 21408586 . A G 130.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0429;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 21432306 . T C 3044.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6572;MQ=60.00;QD=29.44;SOR=1.708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,140 Chr1 21436669 . A C 564.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3692;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 21441018 . T C 128.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0737;MQ=60.00;QD=32.25;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 21463051 . A T 88.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0456;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 21465337 . T C 1505.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4739;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 21484717 . C A 45.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0117;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 21501150 . C T 2647 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6884;MQ=60.00;QD=29.19;SOR=1.066 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr1 21503892 . C A 300.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3509;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 21506136 . G A 489.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4851;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 21506322 . C T 7041.01 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7774;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=26.63;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.306 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:21506321_C_T:180,12,0 Chr1 21510294 . C T 1278.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5991;MQ=60.00;QD=29.73;SOR=1.038 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 21512269 . G T 8158.33 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6646;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=30.96;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.435 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:21512251_G_GA:135,9,0 Chr1 21513369 . A T 397.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2939;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 21515048 . T C 335.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0499;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21561373 . G A 42.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0275;MQ=60.00;QD=14.25;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr1 21575438 . T A 258.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0954;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=2.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 21577764 . A G 260.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1692;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr1 21585849 . A G 54.47 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=33.54;QD=27.23;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21586405 . G A 2858.64 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5249;MQ=53.89;MQRankSum=0.358;QD=29.47;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.814 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:21586393_A_G:90,6,0 Chr1 21596242 . T A 154.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1906;MQ=60.00;QD=19.36;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 21603523 . T C 85.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1036;MQ=60.00;QD=14.18;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21621515 . G A 392.47 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5658;MQ=60.00;QD=28.03;SOR=0.976 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 21636051 . T A 50.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0039;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,66 Chr1 21644522 . G C 125.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0215;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 21647137 . A G 727.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4954;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 21664968 . T G 2467.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6949;MQ=60.00;QD=29.03;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 21671922 . T A 90.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0105;MQ=60.00;QD=30.29;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 21673225 . T C 44.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0414;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 21675142 . G T 150.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2224;MQ=40.00;QD=31.85;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr1 21681519 . G T 41.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1432;MQ=60.00;QD=20.81;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:7,0:7 Chr1 21683976 . G A 125.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0792;MQ=60.00;QD=17.97;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 21689929 . G A 12024.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4658;MQ=60.00;QD=33.04;SOR=1.020 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:328,30,0 Chr1 21713809 . T C 47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0638;MQ=60.00;QD=23.50;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 21731447 . C T 305.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0410;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21734964 . C T 213.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr1 21739334 . A G 120.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2505;MQ=50.40;QD=30.10;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21750248 . C A 164.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5837;MQ=60.00;QD=32.99;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21754593 . A G 102.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1550;MQ=57.86;MQRankSum=-7.360e-01;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.495 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 21755200 . T A 46.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0996;MQ=51.16;QD=23.09;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr1 21756249 . C T 736.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0150;MQ=50.07;MQRankSum=-1.026e+00;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.365;SOR=1.024 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 21764385 . A G 47.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1075;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21859343 . C T 131.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0573;MQ=60.00;QD=32.88;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 21864035 . A C 6203.22 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7534;MQ=60.00;QD=30.26;SOR=0.723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:175,15,0 Chr1 21869084 . G T 210.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2408;MQ=60.00;QD=21.06;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 21872815 . T G 130.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0107;MQ=60.00;QD=32.55;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 21882416 . C T 754.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4610;MQ=60.00;QD=30.19;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 21885284 . C T 38.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0730;MQ=60.00;QD=19.14;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 Chr1 21900106 . C T 1229.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5818;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=1.230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 21901594 . C T 421.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2726;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 21903407 . A G 1831.02 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.00;DP=7;FS=1.455;InbreedingCoeff=-0.1250;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=21.54;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.678 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,5:7:69:0|1:21903404_C_A:204,0,69 Chr1 21919314 . T A 306.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0945;MQ=60.00;QD=32.10;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 21923287 . G A 1921.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6026;MQ=60.00;QD=21.93;SOR=0.773 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21930154 . C T 3438.93 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.00;DP=8;FS=4.750;InbreedingCoeff=-0.1640;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=23.24;ReadPosRankSum=0.361;SOR=1.010 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,5:8:99:0|1:21930133_T_G:201,0,111 Chr1 21936443 . A T 171.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0864;MQ=61.78;QD=34.25;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:8,0:8 Chr1 21952493 . C A 136.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0253;MQ=60.00;QD=34.20;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 21965299 . A G 328.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2612;MQ=60.00;QD=28.84;SOR=2.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,136 Chr1 21968554 . A T 763.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3133;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=28.72;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,92 Chr1 21990309 . G C 221.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2626;MQ=60.00;QD=22.17;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr1 21993154 . T C 1501.25 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=1.571;InbreedingCoeff=0.3497;MQ=60.00;MQRankSum=0.067;QD=29.58;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:33:40,0,33 Chr1 22017473 . T C 189.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1362;MQ=60.00;QD=23.66;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,193 Chr1 22021551 . G A 115.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 22022897 . G T 236.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2160;MQ=60.00;QD=19.71;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 22023080 . A G 81.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1087;MQ=60.00;QD=16.26;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22025802 . A T 44.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0061;MQ=60.00;QD=14.69;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 22027341 . A G 3493.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6699;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=0.987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr1 22035824 . T C 817.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3592;MQ=60.00;QD=30.45;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 22043218 . T A 1821.85 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2079;MQ=60.00;QD=29.87;SOR=0.899 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 Chr1 22062753 . T C 4450.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5953;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=34.24;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.907 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:79,6,0 Chr1 22063892 . G A 182 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1376;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,75 Chr1 22078775 . T C 2203.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.57;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5346;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=31.16;ReadPosRankSum=1.07;SOR=0.600 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 22095152 . A T 47.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0258;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr1 22098457 . A T 217.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0910;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=24.19;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 22100261 . G T 274.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2085;MQ=60.00;QD=34.27;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 22105469 . G A 742.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3893;MQ=55.61;MQRankSum=-1.231e+00;QD=32.30;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr1 22113209 . A G 187.84 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=56.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.229 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,2:5:75:0|1:22113192_C_T:75,0,106 Chr1 22115319 . A G 226.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1432;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr1 22117778 . A C 2588.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.742;DP=1;FS=1.775;InbreedingCoeff=0.6288;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=23.97;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 22120107 . T C 726.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=1.580;InbreedingCoeff=0.2865;MQ=52.56;MQRankSum=-1.231e+00;QD=23.43;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.430 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22122161 . G T 5087.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=1.939;InbreedingCoeff=0.7255;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=25.69;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.355 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,64 Chr1 22124984 . T C 38.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2095;MQ=60.00;QD=9.74;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 22133816 . T A 859.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4990;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 22179728 . C G 3432.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7219;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=30.38;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,117 Chr1 22211052 . C T 541.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4591;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 22221029 . G A 227.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1939;MQ=60.00;QD=32.56;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 22235927 . G A 429.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1826;MQ=60.00;QD=33.04;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 22285284 . C T 6053.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=3.340;InbreedingCoeff=0.6820;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=27.21;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.359 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22290433 . T A 280.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2187;MQ=60.00;QD=29.03;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22317299 . G A 5032.80 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.467;DP=1;FS=14.412;InbreedingCoeff=0.2630;MQ=60.00;MQRankSum=-3.800e-01;QD=30.32;ReadPosRankSum=-6.520e-01;SOR=1.139 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:22317298_T_A:45,3,0 Chr1 22334551 . T C 740.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=-3.540e-01;DP=1;FS=1.768;InbreedingCoeff=0.4075;MQ=60.00;MQRankSum=0.589;QD=24.68;ReadPosRankSum=-1.180e-01;SOR=1.136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 22362046 . C T 66.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0676;MQ=60.00;QD=33.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 22362079 . T G 3090.27 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0198;MQ=58.70;QD=29.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 22519320 . T C 2385.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6612;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=1.090 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 22524621 . T A 51.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0001;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 22530316 . T G 629.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1746;MQ=60.00;QD=27.96;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22533239 . A G 1121.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6527;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.997 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 22533850 . A G 96.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1827;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22536702 . G A 200.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2121;MQ=60.00;QD=22.33;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,105 Chr1 22551653 . T G 1080.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-9.900e-02;ClippingRankSum=0.691;DP=0;FS=4.035;InbreedingCoeff=0.3616;MQ=52.78;MQRankSum=1.02;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.411 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22565354 . G A 87.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0333;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr1 22575012 . A T 584.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2992;MQ=60.00;QD=30.10;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 22590187 . A T 1499.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2389;MQ=60.00;QD=29.26;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 22592804 . T A 469.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1489;MQ=60.00;QD=30.00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22604721 . C T 89.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0871;MQ=60.00;QD=17.93;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 22616720 . A C 81.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=0;FS=2.808;InbreedingCoeff=-0.0113;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.38;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22626069 . G A 45.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1474;MQ=60.00;QD=22.77;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22626947 . C T 241.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0984;MQ=60.00;QD=34.52;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 22631656 . T C 42.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0433;MQ=60.00;QD=21.14;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22651979 . A T 44.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0810;MQ=60.00;QD=22.05;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 22719528 . A G 74.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0127;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 22724935 . C A 434.60 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3001;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:22724859_T_TATAC:180,12,0 Chr1 22729938 . T C 3921.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6884;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.53;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 22732572 . T C 1110.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4960;MQ=60.00;QD=31.22;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 22737518 . A C 45.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0066;MQ=60.00;QD=22.91;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 22743979 . C T 490.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4964;MQ=60.00;QD=31.85;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22747761 . T C 2971.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6804;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 22763522 . T C 47.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1270;MQ=60.00;QD=15.98;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22768581 . G A 370.08 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4169;MQ=60.00;QD=20.56;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr1 22771390 . A C 927.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4625;MQ=60.00;QD=29.91;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,232 Chr1 22776044 . G A 119.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4018;MQ=46.00;QD=23.96;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22779727 . G A 209.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0214;MQ=60.00;QD=23.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr1 22780418 . A C 382.81 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3570;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr1 22781279 . A C 131.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1907;MQ=59.72;MQRankSum=-7.420e-01;QD=18.82;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:0:0,0,70 Chr1 22802825 . G A 601.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2210;MQ=60.00;QD=31.20;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr1 22806098 . G A 169.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2749;MQ=60.00;QD=21.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 22808937 . T G 365.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2999;MQ=60.00;QD=33.19;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 22809540 . G A 47.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0195;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,163 Chr1 22826316 . C T 43.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0292;MQ=60.00;QD=14.60;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 22834235 . A T 88.70 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=29.50;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22877721 . T A 264.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2441;MQ=53.46;QD=32.96;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 22880284 . T C 376.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1184;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=35.37;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 22895388 . C A 844.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3379;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:22895385_G_A:45,3,0 Chr1 22902499 . T C 56.36 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0166;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:79,6,0 Chr1 22903622 . C T 985.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5263;MQ=60.00;QD=36.15;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 22924450 . T A 4234.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6561;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr1 22926673 . T A 1141.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5257;MQ=60.00;QD=31.72;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 22927692 . C A 43.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0144;MQ=60.00;QD=14.42;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 22948916 . A G 8665.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7093;MQ=60.00;QD=30.84;SOR=0.852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 22952396 . G C 45.79 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4104;MQ=60.00;QD=22.89;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:22952379_G_A:83,6,0 Chr1 22957575 . C T 1631.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6671;MQ=60.00;QD=28.74;SOR=3.258 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 22958868 . C T 241.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2509;MQ=60.00;QD=21.95;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 22961756 . T C 77.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0185;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 23000125 . T C 67.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1016;MQ=60.00;QD=17.00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,198 Chr1 23031728 . G A 567.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3328;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 23047673 . C T 607.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=3.174;InbreedingCoeff=0.4841;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 23068736 . T G 8762.62 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3483;MQ=60.00;QD=29.40;SOR=0.843 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr1 23073428 . A T 1070.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4886;MQ=60.00;QD=34.53;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 23090402 . A C 113.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1617;MQ=60.00;QD=31.72;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:24:0,24,360 Chr1 23101759 . G A 93.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0165;MQ=60.00;QD=31.15;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 23107181 . G C 6616.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7622;MQ=60.00;QD=33.65;SOR=0.843 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 23108429 . C A 321.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2767;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 23128577 . T C 805.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4103;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 23147569 . T A 44.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0504;MQ=60.00;QD=22.50;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 23151743 . A G 297.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2855;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,79 Chr1 23163492 . C T 247.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3489;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 23173608 . C T 550.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3527;MQ=60.00;QD=34.39;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 23192663 . G T 883.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3280;MQ=60.00;QD=30.76;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 23198844 . C T 32.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0936;MQ=60.00;QD=16.32;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 23206218 . T C 265.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.550;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1057;MQ=56.55;MQRankSum=-7.420e-01;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.655 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 23261432 . A G 83.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0338;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr1 23270179 . C T 38.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0015;MQ=60.00;QD=19.05;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 23287149 . G T 92.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1583;MQ=60.00;QD=13.18;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 23290643 . T G 438.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2537;MQ=60.00;QD=33.41;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 23297798 . G T 88.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3494;MQ=60.00;QD=32.82;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 23336119 . A T 766.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.922;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2969;MQ=60.00;MQRankSum=-9.220e-01;QD=31.95;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 23354657 . C A 122.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1403;MQ=60.00;QD=15.32;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 23357707 . A G 44.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1043;MQ=60.00;QD=14.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 23358131 . G A 262.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=3.358;InbreedingCoeff=-0.0689;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 23385614 . T C 51.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2223;MQ=46.01;QD=25.75;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 23397252 . A G 3789.45 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4577;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=1.078 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:23397252_A_G:45,3,0 Chr1 23401933 . A C 1990.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6212;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=1.201 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 23411292 . A C 51.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0233;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 23425000 . G C 366.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0504;MQ=59.01;MQRankSum=0.804;QD=36.01;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr1 23427440 . A T 84.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0199;MQ=60.00;QD=28.05;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,128 Chr1 23454160 . A C 44.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0353;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 23454439 . G A 45.71 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3515;MQ=60.00;QD=31.12;SOR=1.863 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 23496456 . T C 390.51 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.780e-01;ClippingRankSum=0.851;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0357;MQ=60.00;MQRankSum=-2.780e-01;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.673 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:6,2:8:46:0|1:23496456_T_C:46,0,246 Chr1 23498641 . A C 1599.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.650e-01;ClippingRankSum=0.747;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1802;MQ=59.56;MQRankSum=0.00;QD=27.12;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.539 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr1 23508189 . A T 1173.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.720;DP=0;FS=4.222;InbreedingCoeff=0.1220;MQ=40.00;MQRankSum=-8.510e-01;QD=19.56;ReadPosRankSum=-1.010e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 23508867 . C T 83.72 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2503;MQ=60.00;QD=35.58;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr1 23963845 . A T 1858.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5745;MQ=60.00;QD=32.02;SOR=0.866 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 23965889 . T C 54.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1209;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 23967671 . G T 174.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2292;MQ=60.00;QD=21.80;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr1 23987699 . T C 267.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2986;MQ=60.00;QD=30.06;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,92 Chr1 23988694 . C A 88.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0083;MQ=63.51;QD=29.38;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24035097 . G A 756.75 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6673;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=1.498 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 24080390 . C A 83.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0407;MQ=60.00;QD=20.99;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 24099501 . T C 48.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0050;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 24099911 . C A 9730.19 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3911;MQ=60.00;QD=33.44;SOR=1.129 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:292,21,0 Chr1 24102928 . C T 122.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0522;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 24147820 . G T 837.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4259;MQ=60.00;QD=29.62;SOR=0.874 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24156885 . A G 63.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1003;MQ=60.00;QD=10.54;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,166 Chr1 24157445 . T A 196.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0097;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.00;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr1 24160875 . A T 257.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0610;MQ=57.35;QD=29.97;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 24169975 . A G 48.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0102;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr1 24201863 . T C 8645.04 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6466;MQ=60.00;QD=30.26;SOR=1.162 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:24201863_T_C:45,3,0 Chr1 24202330 . T C 156.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0640;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 24226478 . T C 351.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2729;MQ=60.00;QD=23.46;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 24236014 . G A 204.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1481;MQ=60.00;QD=34.02;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:0:0,0,133 Chr1 24240993 . A G 5610.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7244;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=0.726 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 24249775 . G A 5750.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7243;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.19;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.352 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24258323 . C A 5155.85 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=7;FS=18.740;InbreedingCoeff=0.7250;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=27.57;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.709 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:248,21,0 Chr1 24264983 . T A 3341.40 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7330;MQ=60.00;QD=31.16;SOR=0.852 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr1 24267179 . T A 113.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0748;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 24300880 . A G 3157 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6217;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=1.432 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:15:1|1:24300877_A_T:204,15,0 Chr1 24316893 . A T 664.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4089;MQ=60.00;QD=31.54;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:24316891_TA_T:90,6,0 Chr1 24350199 . G A 938.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4133;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 24354700 . T C 84.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0066;MQ=60.00;QD=21.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 24362368 . A T 1114.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5731;MQ=60.00;QD=30.11;SOR=1.075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 24390431 . G A 3034.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7003;MQ=60.00;QD=30.75;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 24391173 . A C 38.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0575;MQ=60.00;QD=19.45;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 24392006 . G A 2724.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6972;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 24395834 . T A 45.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0002;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 24408289 . T A 39.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1157;MQ=60.00;QD=9.96;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr1 24421293 . A T 107.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1256;MQ=60.00;QD=17.91;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr1 24424579 . G T 1542.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5095;MQ=60.00;QD=38.21;SOR=1.493 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24431702 . C G 116.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0712;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24470248 . C T 3712.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6854;MQ=60.00;QD=28.77;SOR=0.997 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24484590 . A T 98.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=1.03;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0465;MQ=43.98;MQRankSum=0.727;QD=9.85;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 24517201 . A C 3526.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6381;MQ=60.00;QD=32.10;SOR=0.954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 24522946 . G T 908.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3370;MQ=60.00;QD=28.66;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 24551547 . G A 2727.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6208;MQ=60.00;QD=31.35;SOR=0.917 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 24553478 . G A 299.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1204;MQ=60.00;QD=34.28;SOR=0.527 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24561562 . C G 382.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2316;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 24567298 . G A 51.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2251;MQ=60.00;QD=17.08;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24587261 . G A 48.89 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0241;MQ=56.61;QD=24.45;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:24587261_G_A:90,6,0 Chr1 24594950 . C G 1911.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.980e-01;ClippingRankSum=0.922;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5859;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=26.19;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 24598952 . A G 5242.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=9;FS=3.332;InbreedingCoeff=0.7823;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=29.13;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.535 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:308,27,0 Chr1 24600142 . A G 221.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1998;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 24646201 . T G 7755.64 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6089;MQ=60.00;QD=30.06;SOR=0.979 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:190,21,0 Chr1 24661401 . T C 78.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0199;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 24673891 . T C 451 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3123;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.793 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24703917 . A C 1004.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5051;MQ=60.00;QD=31.39;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 24719620 . T G 127.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0244;MQ=60.00;QD=21.24;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 24726883 . T C 70.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1155;MQ=42.80;QD=17.64;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr1 24728883 . A C 53.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0206;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24731707 . C T 503.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3129;MQ=60.00;QD=29.16;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr1 24733577 . G A 826.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3583;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 24744551 . T C 362.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2023;MQ=60.00;QD=32.94;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr1 24746107 . A C 570.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4248;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 24748967 . C G 881.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2557;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,110 Chr1 24749150 . C G 69.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1088;MQ=60.00;QD=17.44;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 24750860 . G A 46.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0268;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 24770935 . T C 5929.68 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7314;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=0.703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr1 24783502 . C T 49.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=1.03;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0685;MQ=58.52;MQRankSum=-7.360e-01;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 Chr1 24783763 . T G 84.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0846;MQ=60.00;QD=16.96;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,84 Chr1 24802492 . A T 752.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.840e-01;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4051;MQ=60.00;MQRankSum=1.52;QD=25.95;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr1 24811042 . T C 82.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0552;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 24816508 . T A 46.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0209;MQ=49.00;QD=23.19;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr1 24836721 . C G 824.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.466;DP=3;FS=0.993;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=56.22;MQRankSum=-1.231e+00;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 24838053 . T A 54.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0700;MQ=60.00;QD=13.73;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24859218 . T A 155.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=6.021;InbreedingCoeff=0.0890;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=25.90;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 24881057 . T A 78.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0230;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,141 Chr1 24884260 . G A 544.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4019;MQ=60.00;QD=33.55;SOR=2.049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 24885637 . G A 5507.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.406;DP=4;FS=1.634;InbreedingCoeff=0.1715;MQ=60.00;MQRankSum=-2.590e-01;QD=24.26;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr1 24927965 . A C 561.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3331;MQ=60.00;QD=35.47;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 24957061 . G A 151.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0924;MQ=60.00;QD=21.67;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 24969538 . A G 403.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3169;MQ=60.00;QD=31.64;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 24972049 . T C 2899.85 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=8;FS=0.931;InbreedingCoeff=0.5554;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:60:170,0,60 Chr1 24981533 . C T 731.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4083;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr1 24994860 . G C 1056.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.937;DP=5;FS=0.834;InbreedingCoeff=0.0267;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.89;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr1 25008345 . G A 248.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1735;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 25052224 . C T 45.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0501;MQ=60.00;QD=22.71;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 25061736 . C T 48.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0032;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25096841 . C T 566.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3675;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr1 25119331 . C A 2177.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4204;MQ=60.00;QD=30.96;SOR=1.112 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25120794 . G A 5257.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7112;MQ=60.00;QD=37.17;SOR=1.151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 25124331 . A G 7864.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.27;ClippingRankSum=0.898;DP=1;FS=1.394;InbreedingCoeff=0.7232;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=32.63;ReadPosRankSum=-8.980e-01;SOR=1.044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 25124455 . C T 94.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=2.769;InbreedingCoeff=-0.0827;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 25138304 . G T 2070.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6126;MQ=60.00;QD=31.12;SOR=0.725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 25210643 . G A 228.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1777;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr1 25215926 . G C 767.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6521;MQ=60.00;QD=31.14;SOR=2.419 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25218603 . T A 257.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0681;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr1 25236571 . G A 4084.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5674;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 25238698 . T A 1121.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2870;MQ=60.00;QD=30.34;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 25246072 . G A 127.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1326;MQ=60.00;QD=31.88;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,178 Chr1 25259803 . T C 457.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2837;MQ=60.00;QD=30.85;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:3:0,3,45 Chr1 25279624 . A C 753.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4436;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 25283566 . A T 5705.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5872;MQ=60.00;QD=31.18;SOR=1.058 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 25293138 . A C 722.43 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5064;MQ=60.00;QD=22.58;SOR=0.818 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25302451 . A G 216.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1468;MQ=60.00;QD=31.00;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 25318522 . T C 383.24 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5600;MQ=60.00;QD=37.39;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:25318499_A_T:135,9,0 Chr1 25322997 . A C 10536.26 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7555;MQ=60.00;QD=30.45;SOR=0.995 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:25322952_C_A:90,6,0 Chr1 25323287 . T A 129.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=60.00;QD=29.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 25324625 . A G 2833.02 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6589;MQ=60.00;QD=33.65;SOR=0.854 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:25324585_A_T:135,9,0 Chr1 25374503 . C T 117.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0860;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,144 Chr1 25375514 . A G 1830.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6330;MQ=60.00;QD=34.85;SOR=0.780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 25376680 . T A 200.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2387;MQ=46.71;QD=31.34;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 25379850 . G A 157.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0113;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr1 25397842 . T C 1234.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4702;MQ=60.00;QD=29.60;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 25400244 . T C 40.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0173;MQ=60.00;QD=13.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 25433788 . C T 50.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1262;MQ=70.00;QD=25.03;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25560343 . T G 1628.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=-1.589e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4522;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=28.07;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 25570446 . T C 240.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1009;MQ=60.00;QD=34.42;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr1 25633926 . T A 594.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4772;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,319 Chr1 25644675 . C T 251.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1830;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 25739192 . C G 1042.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5124;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=0.883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 25743405 . T G 122.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 25748331 . A G 161.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0404;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 25761246 . A C 850.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4057;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr1 25762839 . A T 599.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3237;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.63;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 25777243 . T A 150.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0102;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.527 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25794850 . C T 261.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2084;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.270 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25826130 . A T 873.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=1.507;InbreedingCoeff=0.3826;MQ=60.00;QD=30.11;SOR=0.733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,93 Chr1 25853171 . A C 125.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25867190 . T C 38.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0640;MQ=60.00;QD=19.01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr1 25867234 . G T 264.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1891;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 25903785 . G A 210.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0844;MQ=60.00;QD=21.07;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 25912653 . G T 133.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0334;MQ=60.00;QD=19.13;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 25913805 . G C 160.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1466;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr1 25929300 . A T 45.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0398;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 25936333 . C T 3067.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6356;MQ=60.00;QD=30.07;SOR=1.168 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:131,15,0 Chr1 25947269 . A G 122.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0173;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 25955237 . T C 5205.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=4;FS=2.543;InbreedingCoeff=0.6659;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=23.22;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.435 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 25959051 . T C 1719.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5980;MQ=60.00;QD=28.66;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 25959687 . C T 280.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2815;MQ=60.00;QD=35.29;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,290 Chr1 25993604 . G A 38.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0419;MQ=60.00;QD=19.14;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:18:0,18,270 Chr1 26011434 . A G 723.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4044;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.127 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 26027125 . G A 485.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2580;MQ=60.00;QD=32.38;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,118 Chr1 26059086 . G A 591.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4196;MQ=60.00;QD=28.18;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 26069381 . T C 119.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=60.00;QD=19.84;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,159 Chr1 26076732 . A C 191.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3211;MQ=60.00;QD=30.22;SOR=2.584 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 26106930 . T C 87.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0473;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 26136453 . T G 521.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2976;MQ=57.39;QD=31.68;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr1 26138602 . C T 48.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0918;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr1 26152157 . G A 5426.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7301;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=0.791 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:26152154_A_T:180,12,0 Chr1 26154572 . T A 480.02 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3889;MQ=60.00;QD=22.86;SOR=0.784 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 26156690 . G A 123.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0224;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 26166160 . A T 1256.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=3;FS=3.928;InbreedingCoeff=0.3353;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=24.35;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=0.675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 26173298 . T C 87.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0882;MQ=63.51;QD=29.01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,142 Chr1 26248113 . G A 1116.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4717;MQ=59.80;QD=29.21;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 26252432 . A C 250.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1788;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,137 Chr1 26276422 . A G 1498.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5529;MQ=60.00;QD=32.18;SOR=1.949 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 26277977 . A G 2084.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7079;MQ=60.00;QD=27.80;SOR=1.519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 26295246 . A T 134.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0034;MQ=60.00;QD=33.52;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 26316303 . C A 1764.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=-7.510e-01;DP=3;FS=4.486;InbreedingCoeff=0.4635;MQ=60.00;MQRankSum=-7.510e-01;QD=28.01;ReadPosRankSum=0.751;SOR=1.277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 26374537 . T C 55.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1750;MQ=33.54;QD=27.82;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 26374604 . G A 46.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1025;MQ=60.00;QD=23.42;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 26390541 . A G 4351.29 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7208;MQ=60.00;QD=31.76;SOR=1.195 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:115,9,0 Chr1 26396821 . C G 213.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1102;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr1 26401934 . T G 7223.07 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=8;FS=3.049;InbreedingCoeff=0.7502;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=28.89;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.300 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:232,24,0 Chr1 26402375 . A C 6070.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7311;MQ=60.00;QD=30.79;SOR=1.108 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:26402334_T_G:225,15,0 Chr1 26405899 . G A 142.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0987;MQ=60.00;QD=20.35;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:18:0,18,270 Chr1 26426035 . C T 57.46 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5490;MQ=60.00;QD=31.06;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 26562604 . A T 2626.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5999;MQ=60.00;QD=32.09;SOR=1.410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,217 Chr1 26681661 . A G 88.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1148;MQ=60.00;QD=17.61;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,254 Chr1 26693317 . T C 485.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2447;MQ=60.00;QD=34.04;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 26721974 . G T 314.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1905;MQ=60.24;QD=28.58;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 26740398 . A T 6996.59 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5440;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=29.15;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 26755515 . C G 77.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0113;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 26788923 . C T 236.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1792;MQ=60.00;QD=33.74;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:0:0,0,129 Chr1 26790623 . A G 176.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0122;MQ=60.00;QD=34.21;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 26791389 . A G 7922 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7704;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=28.19;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,232 Chr1 26807680 . A G 1380.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=-3.480e-01;DP=7;FS=3.832;InbreedingCoeff=0.5511;MQ=60.00;MQRankSum=-1.393e+00;QD=32.96;ReadPosRankSum=-3.480e-01;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr1 26865098 . G T 804.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4361;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,201 Chr1 26892303 . C G 431.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3840;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 26899496 . G A 90.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1431;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 26916175 . T A 77.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0293;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 26919673 . T C 4047.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=0.747;DP=7;FS=3.111;InbreedingCoeff=0.7801;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=29.12;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=0.291 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr1 26923851 . A G 165.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2048;MQ=60.00;QD=18.40;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 26990158 . G A 1341.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2761;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=0.737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 26992182 . G A 3328.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6889;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.21;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.488 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:217,18,0 Chr1 26993825 . T C 446.69 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5168;MQ=60.00;QD=29.31;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:26993825_T_C:90,6,0 Chr1 27020371 . T C 690.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2946;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 27060490 . G A 6581.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5468;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=1.012 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:140,15,0 Chr1 27133723 . T G 1211.93 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5615;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.829 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:135,12,0 Chr1 27162382 . T A 849.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4391;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=29.30;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.346 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 27202887 . A C 8323.53 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4153;MQ=60.00;QD=32.26;SOR=1.030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:117,12,0 Chr1 27209602 . G A 639 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2112;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.49;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.269 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 27241377 . G A 61.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1045;MQ=60.00;QD=15.40;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,163 Chr1 27248681 . T G 59.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0252;MQ=60.00;QD=20.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 27252160 . C T 330.07 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=4;FS=4.260;InbreedingCoeff=0.1658;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:116,12,0 Chr1 27270545 . C T 37.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0799;MQ=60.00;QD=18.92;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 27289524 . A T 118.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=60.00;QD=29.75;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr1 27297640 . C A 171.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0606;MQ=60.00;QD=34.36;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr1 27310903 . A T 2745.76 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=2;FS=1.654;InbreedingCoeff=0.6389;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=28.59;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.737 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:27310902_A_T:90,6,0 Chr1 27324999 . T C 826.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3581;MQ=60.00;QD=29.76;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 27341016 . T A 446.56 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3532;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.371 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 27397534 . C T 1305.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4527;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=27.78;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.737 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr1 27430577 . A T 187.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1894;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 27436665 . T C 370.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=1.287;InbreedingCoeff=0.0163;MQ=55.44;MQRankSum=-3.580e-01;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 27437285 . T A 324.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2664;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 27468450 . T A 315.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=3.979;InbreedingCoeff=0.2778;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.51;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr1 27499382 . T A 42.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0209;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr1 27512256 . T A 832.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4458;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=31.33;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 27527188 . A G 134.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1473;MQ=60.00;QD=19.24;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 27561827 . G A 46.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1159;MQ=39.07;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 27617355 . A G 597.88 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=1.64;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5300;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=23.09;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.952 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr1 27704610 . C T 7875.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7328;MQ=60.00;QD=35.04;SOR=1.159 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:27704595_T_C:135,9,0 Chr1 27717966 . A G 182.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=2.158;InbreedingCoeff=0.0088;MQ=56.31;MQRankSum=-7.200e-01;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 27733922 . T A 679.21 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4712;MQ=60.00;QD=35.70;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:27733914_G_A:225,15,0 Chr1 27790645 . C G 3852.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6890;MQ=60.00;QD=30.33;SOR=1.117 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 27798224 . T A 3932.71 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3248;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,42 Chr1 27963266 . C G 440.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2280;MQ=60.00;QD=33.16;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 27995747 . A G 44.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1066;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 28033443 . T C 595.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4643;MQ=60.00;QD=21.27;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 28050336 . A G 155.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1913;MQ=60.00;QD=22.17;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr1 28052158 . G T 43.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0185;MQ=60.00;QD=14.66;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 28101262 . A G 7161.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=4;FS=2.480;InbreedingCoeff=0.7342;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=24.54;ReadPosRankSum=-3.220e-01;SOR=0.947 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr1 28104701 . G T 7977.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1088;MQ=60.00;QD=31.85;SOR=0.790 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 28110092 . T C 1793.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=3.865;InbreedingCoeff=0.6087;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=29.40;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 28115109 . C G 291.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3445;MQ=60.00;QD=19.44;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 28145245 . C T 166.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1222;MQ=60.00;QD=18.52;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 28154888 . C A 179.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1171;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.653 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr1 28159373 . A G 65.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0462;MQ=60.00;QD=16.42;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 28192478 . C T 3094.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6203;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.832 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr1 28197040 . C T 44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0894;MQ=60.00;QD=22.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,308 Chr1 28206233 . G A 42.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0405;MQ=60.00;QD=14.17;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,110 Chr1 28227136 . C T 230.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2282;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 28240306 . A C 67.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1201;MQ=60.00;QD=13.41;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr1 28288850 . G A 126.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1012;MQ=60.00;QD=15.81;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 28293312 . G C 50.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0213;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 28297681 . G A 2101 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7359;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.01;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:33:0,33,347 Chr1 28335419 . T C 668.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4764;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.143 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 28346035 . A T 34.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0287;MQ=60.00;QD=17.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,76 Chr1 28351424 . T A 45.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0297;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 28364063 . A C 121.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0451;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr1 28367435 . G C 1413.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3783;MQ=60.00;MQRankSum=0.762;QD=28.45;ReadPosRankSum=-6.700e-02;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr1 28370610 . G C 1745.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=4;FS=2.833;InbreedingCoeff=0.5519;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.28;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.261 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 Chr1 28386488 . A G 217.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0276;MQ=60.00;QD=32.05;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 28398088 . G A 2427.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.551;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1061;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:159,12,0 Chr1 28406984 . T G 3795.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5967;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=32.14;ReadPosRankSum=-5.720e-01;SOR=0.786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,199 Chr1 28423060 . T C 1283.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5013;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=33.78;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,49 Chr1 28459898 . T C 279.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2530;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 Chr1 28523084 . G T 144.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0937;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr1 28525110 . A T 736.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=3.224;InbreedingCoeff=-0.2019;MQ=60.00;MQRankSum=-1.580e-01;QD=17.97;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,169 Chr1 28549064 . G A 7192.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6881;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=36.16;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.944 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 28581994 . C T 2383.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6223;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=1.031 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 28602299 . G A 36.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0124;MQ=60.00;QD=18.44;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 28670898 . T G 2413.93 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=0.747;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5426;MQ=60.00;MQRankSum=-7.470e-01;QD=25.03;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=0.580 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:194,18,0 Chr1 28864961 . T A 73.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0860;MQ=60.00;QD=30.19;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 28879024 . C T 94.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1098;MQ=60.00;QD=15.71;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 28881263 . T A 829.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3898;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=23.74;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 28888993 . C G 516.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4179;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=0.963 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 28916669 . G T 131.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1310;MQ=60.00;QD=16.48;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 28933925 . C T 772.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4005;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=25.74;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 28995493 . C A 134.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1812;MQ=60.00;QD=22.45;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr1 29002306 . G C 2889.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6744;MQ=60.00;QD=32.10;SOR=1.584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 29007464 . A T 2059.94 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5866;MQ=60.00;QD=30.29;SOR=0.949 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:129,12,0 Chr1 29010938 . C T 167.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0513;MQ=60.00;QD=27.91;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 29035349 . A C 40.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0200;MQ=60.00;QD=20.39;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 29046860 . G T 72.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0664;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:18:0,18,270 Chr1 29059309 . T A 128.49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0809;MQ=60.00;QD=32.12;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29089975 . T G 151.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0788;MQ=60.00;QD=30.34;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 29119796 . A T 1847.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6365;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr1 29143186 . A G 161.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0675;MQ=60.00;QD=32.22;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr1 29171089 . A C 1527.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=2;FS=3.039;InbreedingCoeff=0.5251;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=25.45;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 29182239 . G A 1011.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.720;DP=2;FS=2.350;InbreedingCoeff=0.3860;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380e+00;QD=23.52;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=1.730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 29191430 . T C 175.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=1.822;InbreedingCoeff=-0.0058;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.732 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 29222862 . A C 1020.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=8;FS=7.464;InbreedingCoeff=0.4321;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=28.35;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr1 29226226 . G A 49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0227;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29232758 . A T 2535.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6803;MQ=60.00;QD=30.19;SOR=0.897 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr1 29239966 . T G 142.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2832;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=32.86;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 29251863 . T G 143.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1016;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 29260553 . A G 121.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0602;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr1 29305936 . C T 88.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=0;FS=2.398;InbreedingCoeff=-0.1206;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29325130 . A C 5192.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.31;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6856;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=25.50;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.604 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr1 29330218 . C G 89.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0964;MQ=60.00;QD=30.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr1 29341984 . A G 204.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1002;MQ=60.00;QD=20.48;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr1 29432508 . T C 547.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1802;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.63;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr1 29473002 . A G 245.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1347;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29526875 . C T 1051 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2941;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=28.61;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.643 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:29526855_G_A:135,9,0 Chr1 29527059 . C T 185.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=4;FS=3.891;InbreedingCoeff=-0.2499;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr1 29536659 . C A 3973.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6500;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.736 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 29560614 . A C 6012.08 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6909;MQ=60.00;QD=31.64;SOR=1.081 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr1 29561051 . T C 428.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4301;MQ=60.00;QD=28.54;SOR=1.112 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29563902 . A G 84.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0164;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr1 29572275 . T A 151.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0139;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29580658 . A C 36.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0291;MQ=60.00;QD=18.31;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 29581801 . A G 43.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0116;MQ=60.00;QD=14.52;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr1 29595192 . A T 2368.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7123;MQ=60.00;QD=28.54;SOR=0.987 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,268 Chr1 29637380 . C G 3885.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=-7.470e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6664;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=32.86;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=0.240 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,210 Chr1 29640146 . C T 779.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5605;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr1 29641983 . G A 244.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1428;MQ=60.00;QD=34.95;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr1 29649983 . T G 2692.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6180;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=27.54;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.078 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29653881 . A C 260.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3970;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr1 29679916 . G A 6482.71 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6730;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=30.58;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr1 29696210 . A T 128.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0649;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 29699760 . T C 38.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1031;MQ=60.00;QD=19.04;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29702765 . A T 51.06 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2500;MQ=60.00;QD=34.45;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr1 29872832 . G T 283.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2621;MQ=60.00;QD=28.39;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr1 29881694 . T G 288.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1142;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29906125 . G T 6405.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4956;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=32.35;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.396 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 29913301 . C T 7750.07 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=10;FS=4.323;InbreedingCoeff=0.6833;MQ=60.00;MQRankSum=-9.220e-01;QD=29.81;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.284 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:315,30,0 Chr1 29923303 . C A 39.38 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0790;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr1 30139665 . T G 505.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3780;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=1.426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,113 Chr1 30161628 . T A 44.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.1411;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.99;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr1 30168732 . A C 1111.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6365;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr1 30172577 . C T 45.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0190;MQ=60.00;QD=22.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr1 30173355 . T A 1119.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3944;MQ=60.00;QD=28.02;SOR=0.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr1 30197228 . G T 44.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1127;MQ=60.00;QD=22.27;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,258 Chr1 30225419 . C A 35.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0938;MQ=60.00;QD=8.82;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr1 30287247 . T G 8362.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7000;MQ=60.00;QD=33.38;SOR=0.724 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:30287247_T_G:45,3,0 Chr1 30296501 . G C 13056.37 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5844;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.943 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:30296501_G_C:141,12,0 Chr1 30314818 . G T 455.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3947;MQ=60.00;QD=28.49;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr1 30327124 . A C 36.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0701;MQ=60.00;QD=18.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr1 30374872 . G C 45.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0233;MQ=60.00;QD=15.22;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 10728 . T A 367.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.720;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2857;MQ=44.23;MQRankSum=0.00;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 21730 . G A 154.58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2848;MQ=42.09;QD=19.32;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 29346 . C T 133.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0359;MQ=35.04;MQRankSum=0.736;QD=16.67;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 30620 . G T 909.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=2;FS=19.241;InbreedingCoeff=0.1456;MQ=58.52;MQRankSum=0.00;QD=25.25;ReadPosRankSum=0.633;SOR=2.477 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 47721 . G A 1418.10 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0139;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 128645 . G C 880.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.16;ClippingRankSum=1.31;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3997;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=25.16;ReadPosRankSum=-3.610e-01;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 139053 . G T 219.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1779;MQ=60.00;QD=27.50;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr2 152337 . A T 84.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1741;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.54;SOR=0.132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:3:0,3,45 Chr2 166955 . G T 241.53 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2408;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:165,18,0 Chr2 168792 . T G 88.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0157;MQ=60.00;QD=29.58;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr2 169121 . G A 1153.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5690;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=0.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr2 191219 . G T 88.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0299;MQ=60.00;QD=17.62;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,160 Chr2 193189 . C T 5045.39 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7440;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=0.725 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:193180_C_T:90,6,0 Chr2 204057 . A T 6301.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6268;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.10;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 254357 . C T 257.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1121;MQ=60.00;QD=34.02;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 257913 . G T 47.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0079;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 282853 . T C 1659.05 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6323;MQ=60.00;QD=31.86;SOR=1.134 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:400070_T_C:179,12,0 Chr2 402833 . C T 318.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3751;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 408870 . G C 2155.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=3.895;InbreedingCoeff=0.6049;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=25.06;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.074 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,184 Chr2 420543 . T C 131.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1946;MQ=60.00;QD=18.73;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 421669 . G T 47.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0074;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 423774 . C A 1542.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7188;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=1.040 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 427907 . C T 64.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0785;MQ=60.00;QD=16.16;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr2 430267 . A G 216.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1482;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 445507 . A T 161.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0760;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 452543 . C T 173.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0327;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 502143 . G A 48.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0107;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 503707 . T G 901.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4662;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 532510 . C G 1491.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.226e+00;ClippingRankSum=0.421;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1355;MQ=60.00;MQRankSum=-4.210e-01;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.686 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr2 533076 . G A 1063.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1201;MQ=47.61;MQRankSum=-7.360e-01;QD=29.69;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.073 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 534917 . A G 65.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.940e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=1.868;InbreedingCoeff=-0.1049;MQ=56.71;MQRankSum=-1.730e-01;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.876 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 536445 . A T 686.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=0;FS=6.111;InbreedingCoeff=0.1463;MQ=57.13;MQRankSum=-9.370e-01;QD=26.39;ReadPosRankSum=0.550;SOR=1.308 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 560443 . G A 486.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1950;MQ=60.00;QD=30.07;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 585511 . A T 43.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0324;MQ=60.00;QD=14.57;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:27:0,27,405 Chr2 593606 . T G 130.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1452;MQ=60.00;QD=32.70;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 613633 . G T 389.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1744;MQ=60.00;QD=28.82;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 630824 . A G 86.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0405;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 679405 . C A 158.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1076;MQ=60.00;QD=31.77;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr2 686385 . G C 398.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2538;MQ=60.00;QD=34.71;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 687278 . G A 5279.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=1;FS=2.254;InbreedingCoeff=0.4677;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=29.39;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.793 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 706793 . C A 663.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4127;MQ=56.04;QD=28.66;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr2 707932 . C T 61.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=46.93;QD=30.81;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 708976 . C G 349.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;MQ=27.00;QD=33.20;SOR=4.804 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 710099 . T C 7504.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4525;MQ=60.00;QD=30.01;SOR=0.839 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 712021 . G A 716.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5272;MQ=60.00;QD=28.21;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:0:0,0,205 Chr2 712246 . A T 1762.27 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1081;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 748439 . T C 222.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0724;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr2 750375 . A C 157.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=9.971;InbreedingCoeff=-0.1072;MQ=57.77;MQRankSum=-1.231e+00;QD=26.27;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.858 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 755675 . A G 195.14 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr2 759194 . A T 531.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3078;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 766697 . C T 46.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1009;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr2 767935 . T C 89.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0042;MQ=60.00;QD=29.68;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 775800 . A G 173.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2847;MQ=40.00;QD=26.77;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 775943 . A T 1950.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5882;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr2 784232 . T G 48.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0688;MQ=60.00;QD=12.02;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 794970 . T C 126.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2419;MQ=34.12;QD=31.56;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 810636 . G C 256.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0817;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr2 814739 . G A 264.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1962;MQ=61.53;QD=24.08;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 819314 . C T 256.48 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1811;MQ=60.00;QD=20.66;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr2 868638 . T C 172.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0481;MQ=60.00;QD=31.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 875756 . T G 437.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=45.12;QD=28.76;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,79 Chr2 876191 . C G 7873.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-5.460e-01;DP=5;FS=0.737;InbreedingCoeff=0.6799;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.63;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 899310 . G C 77.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0376;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 908142 . C A 98.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1156;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 909509 . G A 200.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2213;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 909581 . A G 127.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2610;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 915302 . A G 49.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1354;MQ=60.00;QD=35.96;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 925052 . G A 88.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0088;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 929254 . C T 389.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4474;MQ=25.00;QD=26.33;SOR=4.804 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 937224 . A G 83.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0071;MQ=60.00;QD=32.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 971526 . G A 83.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0400;MQ=60.00;QD=16.75;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr2 993576 . C A 31.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0027;MQ=60.00;QD=10.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr2 1024389 . C G 191.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1130;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 1028243 . T G 748.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3822;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,203 Chr2 1038340 . A T 43.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1272;MQ=47.43;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1039676 . G T 87.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0117;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 1064885 . G C 130.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0053;MQ=60.00;QD=32.67;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,87 Chr2 1076450 . G A 77.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0691;MQ=60.00;QD=19.30;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 1088754 . C T 128.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0269;MQ=60.00;QD=32.10;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 1089693 . A T 43.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0059;MQ=60.00;QD=21.61;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1090703 . C T 307.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0185;MQ=58.37;MQRankSum=-7.360e-01;QD=23.62;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.634 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr2 1092016 . T C 102.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1309;MQ=60.00;QD=14.70;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 1106691 . T G 88.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2482;MQ=60.00;QD=14.81;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,111 Chr2 1123921 . A G 5817.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1492;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 1133274 . G T 88.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=6.021;InbreedingCoeff=-0.0531;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.727;SOR=2.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 1194356 . A G 70.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0758;MQ=59.67;QD=23.43;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1194990 . C T 173.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1361;MQ=60.00;QD=34.69;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1199161 . G A 363.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.29;ClippingRankSum=0.471;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2921;MQ=60.00;MQRankSum=1.63;QD=18.19;ReadPosRankSum=-9.650e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 1200334 . T C 85.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=8;FS=2.963;InbreedingCoeff=0.0563;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,232 Chr2 1201749 . A C 119.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.937;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0750;MQ=56.93;MQRankSum=-5.500e-01;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,254 Chr2 1280315 . T A 190.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1396;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 1294193 . C A 198.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=0.720;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0266;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=29.69;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 1301904 . T C 3947.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7620;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=1.016 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr2 1309833 . C A 271.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1596;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=30.15;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 1318360 . C G 66.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0154;MQ=60.00;QD=16.54;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr2 1320512 . T A 39.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0251;MQ=60.00;QD=19.89;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:3:0,3,45 Chr2 1328619 . G A 47.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0219;MQ=36.67;QD=23.99;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 1345216 . C T 549.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4009;MQ=60.00;QD=32.34;SOR=1.061 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1346516 . A G 47.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0446;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 1348770 . C T 193.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1978;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 1377109 . C T 164.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.650e-01;ClippingRankSum=1.48;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0818;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.922 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1378726 . A C 1811.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.248;DP=5;FS=6.287;InbreedingCoeff=0.2160;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=28.75;ReadPosRankSum=-1.820e-01;SOR=0.651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,195 Chr2 1382297 . G A 50.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0112;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 1383095 . T G 2301.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=3.006;InbreedingCoeff=0.6097;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=26.45;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.131 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,152 Chr2 1385990 . G C 41.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1256;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 1389176 . G A 32.21 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0002;MQ=34.53;QD=16.10;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:75,6,0 Chr2 1399472 . G A 200.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3535;MQ=50.80;QD=20.00;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1401425 . T A 81.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0597;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 1408750 . T A 479.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0787;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1411548 . G A 973.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3841;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1420671 . C T 49.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0023;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr2 1420986 . G A 44.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0845;MQ=60.00;QD=14.95;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 1421469 . C T 32.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0416;MQ=42.57;QD=16.08;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 1431712 . C T 1086.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.670e-01;ClippingRankSum=-4.000e-01;DP=4;FS=0.822;InbreedingCoeff=0.0973;MQ=60.00;MQRankSum=-2.004e+00;QD=15.53;ReadPosRankSum=-5.330e-01;SOR=0.560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 1436182 . A C 652.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2557;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=32.63;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,226 Chr2 1439670 . T G 1345.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-2.860e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0734;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=25.87;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.643 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1458202 . G A 463.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3308;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:1458134_C_T:45,3,0 Chr2 1462078 . T A 208.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0349;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=23.20;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,117 Chr2 1483668 . A G 161.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1326;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1485470 . T A 47.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0215;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1486596 . C G 100.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0996;MQ=60.00;QD=20.02;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 1493102 . A C 1301.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5422;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=0.823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 1497803 . C A 486.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2369;MQ=60.00;QD=34.72;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 1499167 . C T 110.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1300;MQ=60.00;QD=22.01;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1509099 . C G 284.79 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0615;MQ=41.02;QD=30.56;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr2 1510809 . C T 143.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.92;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=0;FS=9.700;InbreedingCoeff=-0.0351;MQ=39.68;MQRankSum=0.322;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.684;SOR=1.492 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1541749 . G A 459.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2335;MQ=60.00;QD=30.66;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:1541749_G_A:295,21,0 Chr2 1552821 . A G 1866.71 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0775;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.884 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr2 1555203 . A T 610.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4556;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=0.387 GT:AD:DP ./.:5,0:5 Chr2 1560766 . A G 33.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0920;MQ=59.02;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.38;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,167 Chr2 1576129 . T C 56.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1581516 . C G 100.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1508;MQ=60.00;QD=16.70;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr2 1583937 . A G 45.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0222;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 Chr2 1589796 . A G 5051.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7017;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=32.08;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.277 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 1603221 . A G 220.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3068;MQ=60.00;QD=15.72;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 1607417 . T A 1271.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=1.38;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2083;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=31.72;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 1611009 . T C 38.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0788;MQ=60.00;QD=12.74;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 1615001 . G A 46.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.78;ClippingRankSum=-1.099e+00;DP=2;FS=7.160;InbreedingCoeff=-0.0697;MQ=53.21;MQRankSum=-9.300e-01;QD=3.55;ReadPosRankSum=-8.500e-02;SOR=2.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 1616578 . G A 668.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-5.660e-01;DP=7;FS=7.162;InbreedingCoeff=-0.0844;MQ=34.62;MQRankSum=0.198;QD=18.57;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.353 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,184 Chr2 1633085 . C T 171.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1972;MQ=39.00;QD=19.02;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,92 Chr2 1633158 . C G 103.24 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0720;MQ=41.23;MQRankSum=0.736;QD=34.41;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:1633158_C_G:135,9,0 Chr2 1636898 . C T 53.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0138;MQ=38.33;MQRankSum=1.23;QD=4.42;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 1637763 . C T 113.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1258;MQ=60.00;QD=28.49;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr2 1645121 . C G 694.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4120;MQ=60.00;QD=31.56;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 1660745 . G A 450.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3572;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,65 Chr2 1670562 . A T 808.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.410e-01;ClippingRankSum=-2.960e-01;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1227;MQ=49.61;MQRankSum=-1.380e+00;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,236 Chr2 1672249 . C T 661.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.731;DP=1;FS=2.204;InbreedingCoeff=-0.0335;MQ=42.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 1675225 . A T 101.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1430;MQ=60.00;QD=16.89;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1687174 . G A 46.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1244;MQ=33.00;QD=23.40;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1689354 . A G 5922.30 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7190;MQ=60.00;QD=29.60;SOR=0.718 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:1689328_T_G:135,9,0 Chr2 1696149 . A G 88.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0185;MQ=63.51;QD=32.05;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 1710648 . G A 150.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0841;MQ=60.00;QD=30.14;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr2 1713134 . C T 398.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3437;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 1715427 . C T 1915.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5772;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 Chr2 1722944 . T C 1576.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4799;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=1.159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 1730107 . A T 359.41 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2683;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:141,15,0 Chr2 1765960 . T A 301.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0979;MQ=60.00;QD=27.91;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 1770770 . T C 3821.69 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6993;MQ=60.00;QD=30.57;SOR=0.774 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:103,9,0 Chr2 1776426 . A G 1094.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4760;MQ=60.00;QD=29.69;SOR=1.382 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1785409 . C T 1387.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5238;MQ=60.00;QD=33.84;SOR=0.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 1786585 . C T 1032.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=6.435;InbreedingCoeff=0.4026;MQ=42.57;MQRankSum=0.736;QD=26.47;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 1788285 . A G 933.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.550;DP=1;FS=2.153;InbreedingCoeff=0.3604;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=23.34;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 1790301 . A C 1198.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6076;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 1824250 . C G 109.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0487;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 1837028 . C T 353.60 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0075;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 1882568 . C T 253.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.470e-01;DP=8;FS=1.707;InbreedingCoeff=0.0443;MQ=59.02;MQRankSum=-1.980e-01;QD=23.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,222 Chr2 1894079 . T C 37.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0805;MQ=60.00;QD=18.95;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:33:0,33,337 Chr2 1899210 . C T 219.58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3385;MQ=60.00;QD=16.89;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1906849 . G C 132.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0563;MQ=60.00;QD=18.98;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1922117 . C T 561.81 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2890;MQ=60.00;QD=30.50;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 1948706 . G A 501.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3682;MQ=60.00;QD=30.21;SOR=0.976 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 1951075 . C T 42.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0995;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=14.11;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr2 1963081 . A G 19201.38 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.890e-01;ClippingRankSum=0.238;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0441;MQ=46.02;MQRankSum=-9.220e-01;QD=25.84;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.685 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr2 1965180 . G T 298.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2434;MQ=60.00;QD=22.94;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 1966108 . G T 233.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1860;MQ=60.00;QD=33.39;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1973254 . A G 2131.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7210;MQ=60.00;QD=28.28;SOR=0.725 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 1976855 . G A 168.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0769;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 1996800 . C G 94.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.742;DP=0;FS=3.090;InbreedingCoeff=-0.0665;MQ=46.03;MQRankSum=-7.270e-01;QD=23.67;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2009699 . C T 46.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0245;MQ=46.68;QD=15.37;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 2021143 . C T 124.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1159;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr2 2031529 . T C 441.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3081;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 2038255 . T G 367.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=1.267;InbreedingCoeff=0.0876;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=13.61;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.304 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,101 Chr2 2048652 . C A 60.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.495e+00;ClippingRankSum=1.50;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0310;MQ=47.50;MQRankSum=0.198;QD=30.44;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 2054217 . C T 162.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1101;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 2064902 . G A 325.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2565;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 2076262 . A T 51.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1637;MQ=56.82;MQRankSum=-7.270e-01;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2090085 . G C 321.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.159e+00;ClippingRankSum=0.895;DP=8;FS=1.731;InbreedingCoeff=0.0842;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=14.62;ReadPosRankSum=-7.290e-01;SOR=0.412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr2 2091568 . A G 821.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.500e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=2.903;InbreedingCoeff=0.0735;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=9.44;ReadPosRankSum=-1.061e+00;SOR=0.519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr2 2092430 . G T 296.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.74;ClippingRankSum=0.550;DP=7;FS=4.146;InbreedingCoeff=0.2699;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.550;SOR=2.049 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,250 Chr2 2094130 . A C 151.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.31;ClippingRankSum=-7.700e-02;DP=7;FS=2.115;InbreedingCoeff=0.0891;MQ=60.00;MQRankSum=-1.312e+00;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.77;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr2 2096093 . G A 301.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.00;DP=7;FS=2.407;InbreedingCoeff=-0.1025;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.357 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr2 2111974 . C T 1170 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-6.100e-02;DP=5;FS=8.296;InbreedingCoeff=-0.0507;MQ=49.32;MQRankSum=0.727;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 2112344 . C A 597.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=6;FS=2.192;InbreedingCoeff=0.4234;MQ=55.51;MQRankSum=0.720;QD=28.45;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:6:11:0,11,128 Chr2 2112759 . C T 1673.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.550;DP=1;FS=14.956;InbreedingCoeff=0.2519;MQ=43.51;MQRankSum=0.736;QD=25.74;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 2114593 . C A 326.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.38;DP=1;FS=5.021;InbreedingCoeff=0.0761;MQ=45.53;MQRankSum=0.00;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 2123711 . G A 562.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=9.161;InbreedingCoeff=0.1030;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=20.08;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.091 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2133966 . C T 449.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1470;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=23.64;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=1.371 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2134190 . T A 223.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr2 2136159 . A G 469.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=3.524;InbreedingCoeff=0.0483;MQ=53.69;MQRankSum=-7.360e-01;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.749 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 2165581 . G A 656.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-2.310e-01;DP=3;FS=1.252;InbreedingCoeff=0.0943;MQ=60.00;MQRankSum=0.231;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 2165748 . T G 923.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5775;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=28.86;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.218 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,264 Chr2 2179831 . C T 45.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0096;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 2191856 . A G 46.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1723;MQ=60.00;QD=11.69;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 2193841 . C G 520.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0929;MQ=60.00;QD=29.87;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 2194199 . T G 38.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0522;MQ=60.00;QD=19.33;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,160 Chr2 2195521 . C T 46.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0232;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 2202622 . C T 1512.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.552e+00;ClippingRankSum=0.529;DP=9;FS=6.200;InbreedingCoeff=0.2142;MQ=60.00;MQRankSum=-3.780e-01;QD=25.63;ReadPosRankSum=-8.220e-01;SOR=0.295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,274 Chr2 2218604 . C T 235.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1583;MQ=60.00;QD=21.45;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 2219221 . G A 761.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4960;MQ=60.00;QD=31.72;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2225597 . C G 173.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0274;MQ=60.00;QD=34.65;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 2229882 . A G 187.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1997;MQ=60.00;QD=31.24;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,87 Chr2 2234697 . G T 6297.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7818;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=0.762 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 2237224 . G C 138.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.22;ClippingRankSum=-7.290e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0181;MQ=60.00;MQRankSum=-8.760e-01;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 2238628 . C T 2887.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7045;MQ=60.00;QD=30.08;SOR=1.251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 2252128 . T C 1258.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.093;DP=4;FS=3.165;InbreedingCoeff=0.0957;MQ=56.00;MQRankSum=0.406;QD=16.78;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,49 Chr2 2255484 . G T 258.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2375;MQ=49.24;QD=27.28;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 2265813 . C T 1535.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5220;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr2 2280394 . C T 210.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1829;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr2 2298599 . G A 44.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0294;MQ=60.00;QD=14.86;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 2306124 . A G 420.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0179;MQ=46.00;QD=32.75;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 2306128 . T C 169.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1498;MQ=27.00;MQRankSum=0.00;QD=26.29;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 2310660 . C A 48.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0206;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 2318154 . G A 47.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0992;MQ=60.00;QD=11.83;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr2 2319672 . G A 336.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3546;MQ=60.00;QD=22.45;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 2329524 . G A 84.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1051;MQ=56.04;MQRankSum=-7.270e-01;QD=21.08;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 2346624 . C T 291.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0904;MQ=60.00;QD=32.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 2349714 . C T 51.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1083;MQ=60.00;QD=17.21;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2362824 . C T 130.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0299;MQ=60.00;QD=32.61;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 2363146 . G A 89.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0527;MQ=60.00;QD=17.95;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 2370023 . C T 180.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2121;MQ=60.00;QD=20.04;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr2 2371280 . G A 40.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0111;MQ=60.00;QD=20.43;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 2373389 . C T 1191.24 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2415;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=33.09;ReadPosRankSum=1.30;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:2373383_T_C:90,6,0 Chr2 2375525 . C T 337.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3697;MQ=60.00;QD=33.72;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 2380753 . T G 1899.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=1.842;InbreedingCoeff=0.4580;MQ=52.94;MQRankSum=0.720;QD=27.51;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.476 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:2380753_T_G:89,6,0 Chr2 2383274 . C A 4995.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=2.939;InbreedingCoeff=0.5149;MQ=60.00;MQRankSum=0.751;QD=24.49;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.466 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,4:6:72:0|1:2383238_G_T:162,0,72 Chr2 2387272 . G C 119.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0548;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 2389607 . A T 123.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0487;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2390030 . A G 250.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=9.640;InbreedingCoeff=-0.1784;MQ=53.46;MQRankSum=-7.360e-01;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.727;SOR=2.261 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,113 Chr2 2390079 . C T 34.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=3;FS=6.435;InbreedingCoeff=-0.1241;MQ=56.01;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=2.252 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 2391270 . G T 1101.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2508;MQ=49.00;MQRankSum=1.13;QD=22.48;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr2 2402091 . G A 536.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=2.785;InbreedingCoeff=-0.0584;MQ=41.79;MQRankSum=0.00;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.239 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 2404376 . A T 147.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1331;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 2406260 . A T 196.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1390;MQ=34.94;QD=32.78;SOR=3.912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 2407324 . C T 74.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0281;MQ=47.00;QD=29.12;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,62 Chr2 2408959 . C T 291.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2577;MQ=48.09;QD=29.11;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:24:0,24,360 Chr2 2410690 . C T 130.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0846;MQ=60.00;QD=32.52;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 2420200 . G A 354.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0514;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=32.24;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,142 Chr2 2422506 . G A 90.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0721;MQ=60.00;QD=18.19;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 2424321 . C A 1120.52 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4332;MQ=60.00;QD=31.13;SOR=1.670 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr2 2425198 . T A 636.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=3.882;InbreedingCoeff=0.4608;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=22.74;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.673 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:121,9,0 Chr2 2428797 . G A 183.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1468;MQ=60.00;QD=30.60;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2438703 . C T 41.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0726;MQ=60.00;QD=13.99;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 2443641 . A T 48.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0021;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 2444508 . C T 121.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0477;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr2 2445432 . G A 172.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0763;MQ=60.00;QD=34.54;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr2 2448309 . G A 91.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=2.500;InbreedingCoeff=-0.0702;MQ=43.79;MQRankSum=0.736;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 2448851 . C T 53.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0394;MQ=46.78;MQRankSum=0.736;QD=26.76;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.004 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 2449707 . G A 45.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0900;MQ=43.04;MQRankSum=1.38;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 2450031 . G A 914.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3157;MQ=59.41;MQRankSum=1.23;QD=29.50;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:3:0,3,45 Chr2 2450149 . C T 639.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-7.520e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1668;MQ=55.51;MQRankSum=2.04;QD=33.65;ReadPosRankSum=-1.070e-01;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr2 2452214 . C T 549.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1956;MQ=49.27;MQRankSum=0.751;QD=34.37;ReadPosRankSum=-7.510e-01;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 2452549 . C T 156.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2471;MQ=39.12;QD=19.60;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2462806 . T A 99.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0969;MQ=60.00;MQRankSum=0.988;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr2 2463515 . C A 301.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.31;ClippingRankSum=1.13;DP=2;FS=1.808;InbreedingCoeff=0.0300;MQ=60.00;MQRankSum=2.14;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.13;SOR=0.385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 2464841 . T C 37.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=-1.155e+00;DP=5;FS=9.645;InbreedingCoeff=-0.1036;MQ=59.66;MQRankSum=-1.155e+00;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.358;SOR=3.246 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr2 2471073 . A G 5984.76 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1699;MQ=60.00;QD=34.25;SOR=0.766 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:148,18,0 Chr2 2486649 . C T 76.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1476;MQ=60.00;QD=12.81;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr2 2490797 . T C 145.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1849;MQ=60.00;QD=18.18;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,270 Chr2 2494128 . G A 46.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=2;FS=6.422;InbreedingCoeff=-0.0653;MQ=37.32;MQRankSum=-7.270e-01;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.727;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 2499644 . T C 1485.23 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.322;DP=2;FS=5.810;InbreedingCoeff=0.3401;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.506 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr2 2499793 . G A 33.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=-1.380e+00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0193;MQ=50.91;MQRankSum=-1.380e+00;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 2502209 . C T 547.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3478;MQ=43.21;QD=26.05;SOR=1.508 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,167 Chr2 2505618 . A G 57.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-4.060e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0821;MQ=53.74;MQRankSum=-1.537e+00;QD=9.65;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 2512733 . A G 554.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4731;MQ=60.00;QD=29.21;SOR=1.292 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2514097 . G A 155 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=0;FS=2.171;InbreedingCoeff=0.0151;MQ=54.33;MQRankSum=0.572;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.525 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2516813 . G T 79.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0468;MQ=57.88;MQRankSum=-7.270e-01;QD=19.82;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=0.967 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 2525369 . C T 2447.36 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.358;DP=8;FS=9.556;InbreedingCoeff=0.1435;MQ=59.18;MQRankSum=-9.220e-01;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.374 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:4,4:8:99:0|1:2525369_C_T:156,0,156 Chr2 2526147 . C T 148.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1715;MQ=60.00;QD=16.49;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 2531223 . G C 153.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2712;MQ=60.00;QD=21.90;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,302 Chr2 2542524 . A T 89.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.1668;MQ=59.51;MQRankSum=0.736;QD=29.76;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=2.225 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2560495 . G A 325.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2234;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 2565669 . G A 699.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.572;DP=3;FS=4.018;InbreedingCoeff=-0.1776;MQ=25.36;MQRankSum=-9.100e-02;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr2 2566121 . C T 98.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=2.128;InbreedingCoeff=-0.1138;MQ=34.32;MQRankSum=0.198;QD=9.85;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,182 Chr2 2566514 . T C 1086.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4032;MQ=24.02;QD=27.65;SOR=0.957 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2571633 . G T 285.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1302;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr2 2576987 . C T 83.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0646;MQ=44.11;QD=20.82;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2577678 . G A 128.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0940;MQ=31.65;QD=32.19;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 2586224 . C T 37.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1179;MQ=60.00;QD=18.70;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 2602775 . A G 982.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3377;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=31.70;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.844 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,125 Chr2 2603520 . C T 1584.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-1.180e-01;DP=3;FS=16.430;InbreedingCoeff=-0.0219;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=24.76;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 2609179 . G A 368.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1085;MQ=60.00;QD=31.76;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr2 2611182 . G C 131.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0714;MQ=60.00;QD=32.92;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 2617076 . C A 1509.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6044;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=0.729 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 2618638 . T A 1579.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.684;DP=4;FS=2.745;InbreedingCoeff=-0.1650;MQ=60.00;MQRankSum=0.067;QD=19.03;ReadPosRankSum=-4.210e-01;SOR=0.965 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr2 2621120 . C T 261.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=5.021;InbreedingCoeff=-0.0375;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=23.77;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.525 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2621447 . A G 1071.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5257;MQ=60.00;QD=36.73;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr2 2623609 . C T 357.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2532;MQ=58.33;QD=29.16;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:27:0,27,405 Chr2 2630725 . A C 83.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0060;MQ=53.99;MQRankSum=-1.495e+00;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.50;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 2648364 . T C 270.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1196;MQ=54.33;MQRankSum=-7.200e-01;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.473 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2648817 . T G 111.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0079;MQ=49.62;MQRankSum=-7.360e-01;QD=35.33;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,78 Chr2 2649492 . C T 204.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1523;MQ=55.82;QD=25.53;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 2652942 . A G 144.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=2.081;InbreedingCoeff=-0.0557;MQ=57.27;MQRankSum=-7.200e-01;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.991 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 2660275 . T C 170.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1072;MQ=50.26;MQRankSum=0.736;QD=28.38;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 2664774 . G T 174.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0333;MQ=53.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=30.37;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2664904 . T C 342.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3640;MQ=40.00;QD=26.68;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2674023 . G A 100.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1556;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr2 2684082 . C T 273.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.980e-01;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=15;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1368;MQ=57.86;MQRankSum=0.198;QD=27.34;ReadPosRankSum=1.50;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,0:15:39:0,39,585 Chr2 2685389 . G T 83.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0272;MQ=54.50;MQRankSum=1.17;QD=27.72;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 2698242 . A T 971.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5415;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 2699255 . T G 509.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3377;MQ=57.45;QD=27.08;SOR=1.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,178 Chr2 2701425 . G A 176 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-7.510e-01;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2050;MQ=48.10;MQRankSum=-7.510e-01;QD=26.95;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/0:8,0:9:27:0|1:2701425_GCGA_G:0,27,405 Chr2 2703088 . T A 404.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=5;FS=2.318;InbreedingCoeff=0.2589;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=19.27;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.662 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 2707254 . C G 2436.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7131;MQ=57.47;QD=30.08;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 2754006 . A T 45.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0230;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 2754832 . A G 40.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1148;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,42 Chr2 2760861 . A G 867.49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1258;MQ=60.00;QD=34.83;SOR=1.493 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 2772256 . G T 6303.40 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.198;DP=10;FS=2.212;InbreedingCoeff=-0.1767;MQ=54.83;MQRankSum=0.358;QD=17.27;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.585 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:155,0,147 Chr2 2773125 . C A 353.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2568;MQ=60.00;QD=23.56;SOR=1.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 2783297 . G A 289.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1511;MQ=60.00;QD=22.28;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 2785999 . A C 6801.69 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.8002;MQ=60.00;QD=34.18;SOR=0.744 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:2785999_A_C:180,12,0 Chr2 2786615 . A C 6063.87 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=3;FS=0.449;InbreedingCoeff=0.2230;MQ=56.38;MQRankSum=1.38;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr2 2788157 . G A 379.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0324;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 2791952 . C A 2677.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=6;FS=7.765;InbreedingCoeff=0.0425;MQ=56.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=20.76;ReadPosRankSum=0.322;SOR=1.280 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,3:6:99:0|1:2791952_C_A:117,0,110 Chr2 2796477 . G A 289.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.05;ClippingRankSum=-1.203e+00;DP=8;FS=4.665;InbreedingCoeff=0.0638;MQ=55.88;MQRankSum=0.573;QD=22.29;ReadPosRankSum=-5.730e-01;SOR=1.492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr2 2800380 . G T 50.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0865;MQ=60.00;MQRankSum=-1.754e+00;QD=7.22;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=0.631 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2802881 . T A 887.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.406;DP=0;FS=2.834;InbreedingCoeff=0.2193;MQ=57.72;MQRankSum=0.406;QD=18.11;ReadPosRankSum=0.715;SOR=1.030 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2807991 . T A 9310.27 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7054;MQ=60.00;QD=32.55;SOR=0.750 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:141,15,0 Chr2 2813351 . C T 40.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0412;MQ=60.00;QD=20.11;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2816833 . G A 99.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.956;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0917;MQ=55.60;MQRankSum=0.804;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.307 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2823693 . A T 159.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1694;MQ=60.00;QD=29.01;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2827425 . G C 158.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0967;MQ=58.88;QD=22.71;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2827901 . C A 45.19 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0443;MQ=37.00;QD=22.59;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2828614 . C G 37.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1340;MQ=60.00;QD=12.55;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2830171 . C T 46.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0904;MQ=22.00;QD=23.34;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 2830350 . T A 659.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5553;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.846 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2836923 . A C 43.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0202;MQ=60.00;QD=14.54;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 2845687 . G A 134.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2213;MQ=60.00;QD=22.36;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,294 Chr2 2863183 . G T 92.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1821;MQ=59.67;QD=30.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 2877806 . G A 294.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1949;MQ=33.00;QD=35.14;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 2886183 . C T 76.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0679;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=19.15;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 2895114 . G T 46.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0418;MQ=60.00;QD=15.49;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 2902229 . G A 2384.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6635;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,111 Chr2 2914248 . G A 2823.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7709;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=0.839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,232 Chr2 2919084 . T A 70.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1478;MQ=60.00;QD=14.13;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 2944047 . C A 238.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1666;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=21.67;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr2 2946149 . A G 89.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1056;MQ=60.00;QD=29.95;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 2946517 . T A 257.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4519;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2952048 . T C 1242.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5439;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=31.57;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.804 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2955194 . G A 101.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0625;MQ=48.00;MQRankSum=0.358;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 2979400 . A G 399.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4746;MQ=60.00;QD=21.02;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2985817 . T C 234.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1008;MQ=60.00;QD=16.72;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr2 2987055 . G A 265.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2649;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 2995111 . G A 39.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0121;MQ=60.00;QD=19.65;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 2999522 . C T 150.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2066;MQ=60.00;QD=21.45;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 3001823 . A T 150.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=3;FS=2.158;InbreedingCoeff=0.0016;MQ=50.77;MQRankSum=-1.754e+00;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr2 3004192 . C T 1666.13 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.727;DP=8;FS=0.743;InbreedingCoeff=-0.1054;MQ=58.30;MQRankSum=-3.610e-01;QD=19.60;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.897 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:6,2:8:66:0|1:3004168_G_T:66,0,246 Chr2 3010241 . C T 92.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1263;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=23.23;ReadPosRankSum=1.03;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 3011865 . C T 333.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1892;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,81 Chr2 3021139 . T C 651.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.067;DP=2;FS=2.963;InbreedingCoeff=-0.0390;MQ=41.16;MQRankSum=-6.700e-02;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 3026188 . T G 39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0705;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 3037087 . T G 1814.19 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5815;MQ=60.00;QD=32.98;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:3037079_C_G:180,12,0 Chr2 3042837 . C T 6632.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.660;DP=9;FS=0.829;InbreedingCoeff=0.5391;MQ=60.00;MQRankSum=0.555;QD=26.14;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:15:0,15,225 Chr2 3043064 . C A 441.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2362;MQ=60.00;QD=27.86;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr2 3045698 . C T 87.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0572;MQ=60.00;QD=29.02;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 3059909 . A G 271.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=-5.330e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0944;MQ=60.00;MQRankSum=0.933;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 Chr2 3060527 . G A 36.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1529;MQ=60.00;QD=9.02;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3065121 . T A 47.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1306;MQ=48.00;QD=23.70;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr2 3067055 . C T 88.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0469;MQ=52.90;MQRankSum=0.736;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3078765 . T G 77.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0476;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,64 Chr2 3078888 . G T 43.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0797;MQ=60.00;QD=21.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr2 3079921 . T C 3292.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6608;MQ=53.63;MQRankSum=-1.231e+00;QD=29.27;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.383 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 3098950 . G C 108.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4630;MQ=60.00;QD=21.62;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3102730 . A G 1218.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.22;ClippingRankSum=0.772;DP=0;FS=2.555;InbreedingCoeff=0.4758;MQ=56.55;MQRankSum=-7.420e-01;QD=32.92;ReadPosRankSum=1.68;SOR=0.321 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3106275 . A G 335.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3216;MQ=54.16;MQRankSum=0.804;QD=31.89;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.996 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 3109985 . C T 87.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0618;MQ=56.02;QD=29.27;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 3112577 . G A 4294.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7140;MQ=60.00;QD=33.02;SOR=0.733 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3117866 . C A 806.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=8;FS=3.086;InbreedingCoeff=0.1679;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=28.81;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr2 3122765 . G A 290.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-4.800e-01;DP=7;FS=2.730;InbreedingCoeff=-0.0736;MQ=58.45;MQRankSum=0.898;QD=29.00;ReadPosRankSum=-8.980e-01;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr2 3123295 . C T 515.52 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=1.922;InbreedingCoeff=0.3489;MQ=60.00;MQRankSum=1.31;QD=27.13;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:34,6,0 Chr2 3124074 . C T 129.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0764;MQ=60.00;QD=32.31;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 3134419 . C T 93.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2831;MQ=60.00;QD=31.08;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 3142208 . A G 4581.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=3.168;InbreedingCoeff=0.6277;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.06;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.362 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 3144211 . C G 163.17 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2326;MQ=60.00;QD=32.63;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3145032 . C A 349.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0570;MQ=59.89;QD=26.23;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:0:0,0,186 Chr2 3158198 . T A 130.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0635;MQ=48.08;QD=32.68;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr2 3165696 . A G 150.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.271;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0750;MQ=39.62;MQRankSum=1.86;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3169939 . T C 2574.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=5.673;InbreedingCoeff=0.6019;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=32.44;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr2 3173002 . G A 116.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0476;MQ=60.00;QD=29.01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 3178594 . T G 74.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1026;MQ=56.82;MQRankSum=-1.589e+00;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.572;SOR=1.445 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3195229 . G A 41.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1198;MQ=44.30;MQRankSum=-1.026e+00;QD=3.47;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.760 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3195239 . T C 47.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0327;MQ=28.00;QD=23.92;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3210300 . T G 246.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4526;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3210819 . T C 492.14 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.610e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=1.527;InbreedingCoeff=0.1773;MQ=59.14;MQRankSum=-7.290e-01;QD=18.23;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.603 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3222995 . C A 305.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1252;MQ=42.00;MQRankSum=1.23;QD=23.48;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3228816 . C T 436.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.870e-01;ClippingRankSum=-6.100e-02;DP=17;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0651;MQ=39.80;MQRankSum=-3.830e-01;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.657 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,2:17:2:0,2,416 Chr2 3237787 . C T 165.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2983;MQ=38.30;MQRankSum=-1.495e+00;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.495e+00;SOR=0.446 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3388142 . A C 41372.62 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.71;ClippingRankSum=-5.500e-02;DP=42;FS=5.161;InbreedingCoeff=-0.8303;MQ=54.53;MQRankSum=-3.298e+00;QD=15.01;ReadPosRankSum=-1.102e+00;SOR=1.008 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:23,19:42:99:0|1:3388131_G_T:771,0,906 Chr2 3530734 . C T 286.35 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1428;MQ=60.00;QD=24.00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3533594 . T C 887.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5615;MQ=40.00;QD=30.29;SOR=1.708 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 3533766 . C T 232.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1455;MQ=59.21;QD=33.20;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 3535412 . C T 43.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1099;MQ=60.00;QD=21.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr2 3537191 . G A 171.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1150;MQ=60.00;QD=34.32;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 3537326 . A T 87.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0409;MQ=60.00;QD=32.34;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 3540424 . A G 273.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1424;MQ=62.65;QD=27.35;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,104 Chr2 3540827 . C G 45.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0293;MQ=60.00;QD=15.01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 3543965 . G T 642.75 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4798;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=1.302 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:190,21,0 Chr2 3544259 . G C 638.47 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4469;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.846 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3545914 . G A 246.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1273;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 3546951 . C T 467.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3191;MQ=60.00;QD=31.19;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 3547210 . A C 131.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0279;MQ=60.00;QD=32.85;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 3548862 . G A 533.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.731;DP=1;FS=0.878;InbreedingCoeff=-0.0621;MQ=46.05;MQRankSum=0.600;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.580 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 3551093 . G T 371.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2308;MQ=32.02;MQRankSum=0.736;QD=23.01;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3554354 . A G 159.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-7.290e-01;DP=7;FS=8.038;InbreedingCoeff=-0.0722;MQ=60.00;MQRankSum=0.791;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.791;SOR=2.262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,254 Chr2 3564605 . G A 438.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.980e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1613;MQ=52.92;MQRankSum=-9.220e-01;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr2 3568901 . G A 171.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0928;MQ=60.00;QD=34.21;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 3575025 . C G 116.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.22;ClippingRankSum=-1.850e-01;DP=12;FS=5.842;InbreedingCoeff=-0.0480;MQ=52.92;MQRankSum=-1.231e+00;QD=6.87;ReadPosRankSum=1.48;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:36:0,36,308 Chr2 3578635 . C T 218.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1980;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 3588224 . T A 369.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.41;ClippingRankSum=1.75;DP=13;FS=2.197;InbreedingCoeff=-0.0508;MQ=53.89;MQRankSum=1.03;QD=21.71;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:39:0,39,427 Chr2 3593035 . C T 85.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.480;DP=13;FS=3.362;InbreedingCoeff=-0.0422;MQ=54.30;MQRankSum=0.198;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:36:0,36,540 Chr2 3601075 . T G 853.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=-1.746e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2095;MQ=41.02;MQRankSum=0.349;QD=25.09;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.732 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3605828 . A C 95.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.663e+00;ClippingRankSum=2.52;DP=39;FS=3.090;InbreedingCoeff=-0.0079;MQ=40.66;MQRankSum=0.278;QD=8.72;ReadPosRankSum=-8.960e-01;SOR=0.078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:39,0:39:0:0,0,543 Chr2 3606216 . T C 36.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.53;ClippingRankSum=-2.310e-01;DP=14;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0095;MQ=32.36;MQRankSum=1.00;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.709 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:14,0:14:36:0,36,540 Chr2 3615021 . C A 180.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.310e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=600;FS=7.729;InbreedingCoeff=-0.0186;MQ=30.69;MQRankSum=-1.056e+00;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.978;SOR=1.428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:600,0:600:99:0,120,1800 Chr2 3623981 . T A 885.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=22.819;InbreedingCoeff=-0.0587;MQ=24.24;MQRankSum=-7.620e-01;QD=14.51;ReadPosRankSum=-4.930e-01;SOR=3.767 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,42 Chr2 3631561 . T A 86.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1420;MQ=45.79;MQRankSum=-1.231e+00;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3635619 . C A 93.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0646;MQ=40.00;QD=31.02;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3638981 . C A 98.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0047;MQ=54.00;QD=29.16;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3644159 . G A 116.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0894;MQ=28.45;MQRankSum=-7.360e-01;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr2 3644846 . T A 77.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=31.78;QD=19.43;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3646032 . C G 70.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.550;DP=0;FS=2.216;InbreedingCoeff=-0.1006;MQ=58.24;MQRankSum=-5.720e-01;QD=4.72;ReadPosRankSum=1.07;SOR=1.432 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3655870 . G A 636.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3460;MQ=60.00;QD=31.00;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,243 Chr2 3664534 . C A 45.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0111;MQ=40.00;QD=22.77;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 3668859 . A T 637.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4094;MQ=60.00;QD=30.35;SOR=1.230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 3676816 . G T 777.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.296;DP=15;FS=2.983;InbreedingCoeff=0.0663;MQ=52.97;MQRankSum=1.58;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.296;SOR=1.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,0:15:45:0,45,456 Chr2 3678472 . C T 4852.30 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=5;FS=8.634;InbreedingCoeff=0.0766;MQ=57.57;MQRankSum=-7.200e-01;QD=19.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.346 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:209,15,0 Chr2 3679124 . C T 125.39 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0889;MQ=59.67;QD=20.90;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3686343 . G A 76.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1744;MQ=60.00;QD=15.36;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 3687760 . G A 276.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2882;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 3690275 . C T 740.31 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4642;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:175,18,0 Chr2 3690960 . T G 302.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3546;MQ=60.00;QD=20.17;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr2 3693619 . G C 590.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=0;FS=2.331;InbreedingCoeff=0.0249;MQ=58.04;MQRankSum=0.736;QD=31.22;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3693884 . A G 51.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1202;MQ=29.00;QD=25.76;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3707883 . T C 1381.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.73;ClippingRankSum=0.480;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4590;MQ=60.00;MQRankSum=-1.271e+00;QD=33.70;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr2 3714308 . T C 268.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1580;MQ=45.58;MQRankSum=0.727;QD=36.18;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3716023 . T C 33.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0630;MQ=59.58;MQRankSum=-1.495e+00;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 3716527 . A T 112.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.760e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0316;MQ=40.62;MQRankSum=-3.610e-01;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:18:0,18,270 Chr2 3730675 . T C 105.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.741;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0410;MQ=56.55;MQRankSum=0.922;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.551 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,167 Chr2 3731661 . T C 40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1122;MQ=55.36;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,114 Chr2 3735306 . G T 151.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.198;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0767;MQ=54.04;MQRankSum=0.736;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:30:0,30,450 Chr2 3735460 . G A 236.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0860;MQ=59.72;QD=33.72;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,0:15:42:0,42,630 Chr2 3753431 . T C 229.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.312e+00;ClippingRankSum=-3.860e-01;DP=0;FS=5.756;InbreedingCoeff=-0.0933;MQ=59.85;MQRankSum=2.24;QD=17.66;ReadPosRankSum=0.540;SOR=1.198 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3754122 . A T 117.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0767;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 3755366 . C T 476.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.358;DP=1;FS=2.657;InbreedingCoeff=-0.0554;MQ=53.56;MQRankSum=-1.231e+00;QD=14.02;ReadPosRankSum=-1.270e-01;SOR=0.436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 3758304 . C T 1165.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=1.900;InbreedingCoeff=0.1622;MQ=53.82;MQRankSum=-7.310e-01;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 3761855 . A G 1748.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=3;FS=0.723;InbreedingCoeff=0.1711;MQ=58.44;MQRankSum=-7.360e-01;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.517 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 3768471 . G A 304.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2150;MQ=39.41;QD=21.74;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 3771108 . G A 92.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0952;MQ=49.35;QD=18.59;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3777665 . A G 449.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=1.317;InbreedingCoeff=0.2197;MQ=49.91;MQRankSum=-1.380e+00;QD=15.51;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3779563 . G A 46.56 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0347;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3780339 . T C 130.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0380;MQ=47.33;QD=32.19;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr2 3784249 . A G 396.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2550;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=30.48;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr2 3790101 . G A 469.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4198;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=21.35;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr2 3795227 . C T 285.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1014;MQ=60.00;QD=28.89;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr2 3805296 . T C 767.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.060e-01;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=3;FS=0.672;InbreedingCoeff=0.0566;MQ=57.16;MQRankSum=-1.380e+00;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.070e-01;SOR=0.597 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 3809651 . A G 190.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=3.680;InbreedingCoeff=0.0825;MQ=59.03;MQRankSum=0.00;QD=23.86;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 3820330 . A T 131.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0315;MQ=60.00;QD=32.77;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 3842561 . G A 262.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1337;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=26.21;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr2 3842843 . C T 2605.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.754e+00;ClippingRankSum=0.550;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6331;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=30.29;ReadPosRankSum=1.75;SOR=0.565 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3846278 . G A 66.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0116;MQ=47.77;MQRankSum=1.23;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,57 Chr2 3850518 . G A 2542.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=5.609;InbreedingCoeff=0.3694;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.05;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.982 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3857353 . C G 145.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.380e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1532;MQ=43.75;MQRankSum=1.38;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3857843 . T A 678.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.52;ClippingRankSum=0.608;DP=1;FS=2.884;InbreedingCoeff=0.1839;MQ=44.18;MQRankSum=1.67;QD=21.20;ReadPosRankSum=3.57;SOR=0.637 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 3861841 . A G 46.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0292;MQ=28.26;QD=23.02;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 3864635 . C T 209.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.720;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0207;MQ=46.08;MQRankSum=0.00;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 3864674 . C A 43.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0226;MQ=43.55;MQRankSum=0.731;QD=8.62;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 3875484 . G A 74.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1429;MQ=43.00;QD=28.23;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3879780 . G A 156.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0328;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=26.11;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.872 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3880213 . A C 5767.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=1.847;InbreedingCoeff=0.3375;MQ=50.40;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.43;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.497 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3880236 . C T 101.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0653;MQ=33.35;QD=24.37;SOR=1.518 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3881121 . C T 74.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1049;MQ=58.60;MQRankSum=1.75;QD=10.67;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 3884371 . C T 895.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5308;MQ=57.40;QD=29.14;SOR=1.136 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3887208 . T G 3102.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6640;MQ=57.76;QD=29.55;SOR=1.013 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3890911 . T C 1852.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7270;MQ=54.78;QD=33.73;SOR=1.118 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3891291 . A G 1852.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=0;FS=0.724;InbreedingCoeff=-0.0627;MQ=41.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.796 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3891797 . G A 302.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0785;MQ=53.00;MQRankSum=1.07;QD=20.17;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3896652 . G A 154.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2160;MQ=60.00;QD=30.38;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3897442 . G C 2368.07 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=3.164;InbreedingCoeff=0.2763;MQ=58.03;MQRankSum=-1.026e+00;QD=34.82;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.184 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:3897412_G_A:90,6,0 Chr2 3898379 . C T 87.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0973;MQ=53.95;MQRankSum=1.03;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.582 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:5:0,5,260 Chr2 3899721 . T C 341.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2267;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=24.37;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 3907970 . C T 281.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=1.87;DP=4;FS=1.822;InbreedingCoeff=-0.0991;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.38;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 3908579 . A C 395.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0642;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 3909779 . G A 40.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0555;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.736;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 3912437 . G A 488.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2566;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=29.52;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 3913301 . G A 19249.88 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.421;DP=19;FS=1.035;InbreedingCoeff=0.4310;MQ=60.00;MQRankSum=-9.220e-01;QD=28.73;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.896 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,19:19:60:1|1:3913301_G_A:900,60,0 Chr2 3916225 . C T 72.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0960;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,303 Chr2 3927939 . C T 215.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0432;MQ=60.00;QD=32.38;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 3935790 . C A 253.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2360;MQ=60.00;QD=31.67;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3937173 . G A 867.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3188;MQ=60.00;QD=29.10;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 3938553 . A C 345.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3244;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 Chr2 3941473 . A T 519.58 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3433;MQ=60.00;QD=34.64;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:3941473_A_T:160,12,0 Chr2 3941936 . T C 175.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1286;MQ=60.00;QD=21.92;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr2 3942114 . C T 229.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1830;MQ=60.00;QD=32.73;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 3953382 . A C 324.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.731;DP=1;FS=2.688;InbreedingCoeff=0.0383;MQ=46.00;MQRankSum=1.23;QD=23.20;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.100 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 3964041 . G C 281.43 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.572;DP=3;FS=3.155;InbreedingCoeff=0.1644;MQ=54.44;MQRankSum=1.07;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.07;SOR=1.118 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr2 3967797 . C T 380.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3545;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 3976028 . C T 509.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2754;MQ=60.00;QD=32.02;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr2 3982130 . G A 191.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1410;MQ=60.00;QD=19.16;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 3983748 . A G 5774.87 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6187;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=33.08;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.387 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:9:1|1:3983743_G_A:128,9,0 Chr2 3986081 . G A 1216.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5600;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=24.83;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.519 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 3986722 . G A 1541.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4956;MQ=58.04;QD=27.44;SOR=0.869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 4002505 . G A 162.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1045;MQ=57.32;QD=23.18;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr2 4008251 . A T 2415.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.212;DP=3;FS=11.018;InbreedingCoeff=-0.1752;MQ=49.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.322;SOR=1.292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 4008517 . G T 269.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2129;MQ=60.00;MQRankSum=-1.495e+00;QD=20.77;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 4028351 . T A 239.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.988;DP=6;FS=1.721;InbreedingCoeff=0.0123;MQ=50.91;MQRankSum=-7.420e-01;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,170 Chr2 4030279 . G C 486.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.248;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1191;MQ=49.93;MQRankSum=-1.026e+00;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr2 4035054 . A T 56.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1424;MQ=60.00;QD=14.09;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4048471 . A C 8612.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7895;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=1.071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 4051764 . C T 108.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.16;ClippingRankSum=-8.760e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0717;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.16;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr2 4054958 . A T 199.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=2.114;InbreedingCoeff=0.0562;MQ=54.16;MQRankSum=-1.380e+00;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 4056141 . T C 712.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.980e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2676;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=16.20;ReadPosRankSum=-8.980e-01;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 Chr2 4063241 . C A 186.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0581;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 4072941 . G A 364.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0616;MQ=52.17;MQRankSum=-7.360e-01;QD=16.57;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.815 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 4080276 . G A 1164.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5687;MQ=60.00;QD=29.06;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 4080342 . C T 795.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=4.337;InbreedingCoeff=0.3986;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.577 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr2 4091666 . G T 102.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0768;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 4099528 . G A 232.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1696;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.99;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 4104643 . T C 725.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3569;MQ=60.00;QD=29.17;SOR=1.739 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4111026 . T A 71.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0274;MQ=60.00;QD=14.35;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 4112824 . A G 110.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=6.690;InbreedingCoeff=-0.0521;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.911 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,190 Chr2 4121761 . T A 45.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0441;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,98 Chr2 4124955 . C T 249.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.410e-01;ClippingRankSum=-3.650e-01;DP=3;FS=7.160;InbreedingCoeff=0.1169;MQ=52.03;MQRankSum=-2.383e+00;QD=19.22;ReadPosRankSum=2.38;SOR=0.045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 4131982 . A T 9901.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6413;MQ=60.00;QD=28.71;SOR=0.724 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4132344 . G T 424.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=3.854;InbreedingCoeff=0.1341;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=24.96;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.000 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4136716 . T C 73.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0574;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,176 Chr2 4138728 . C T 403.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1237;MQ=60.00;MQRankSum=-5.720e-01;QD=20.17;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 4156949 . G A 746.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=11;FS=7.606;InbreedingCoeff=-0.0823;MQ=57.60;MQRankSum=-1.026e+00;QD=7.32;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:0:0,0,224 Chr2 4159480 . C T 546.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=9.204;InbreedingCoeff=0.0695;MQ=50.99;MQRankSum=-7.270e-01;QD=28.76;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.505 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 4164261 . C T 96.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0362;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=10.77;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,203 Chr2 4169495 . T A 263.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0182;MQ=53.03;MQRankSum=1.50;QD=29.28;ReadPosRankSum=-1.495e+00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 4173696 . C T 1470.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=1.38;DP=3;FS=6.899;InbreedingCoeff=0.3490;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=33.09;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 4175347 . A C 371.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2923;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 4178896 . C G 190 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=4;FS=2.845;InbreedingCoeff=-0.1188;MQ=51.39;MQRankSum=-1.380e+00;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.045;SOR=1.216 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 4180502 . C T 165.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1094;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=0.694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 4181109 . G T 180.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0458;MQ=53.41;MQRankSum=-1.589e+00;QD=16.43;ReadPosRankSum=-1.589e+00;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 4182163 . T C 7946.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=2;FS=6.415;InbreedingCoeff=0.3468;MQ=54.33;MQRankSum=0.742;QD=33.81;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.176 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 Chr2 4199078 . T A 128.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0781;MQ=22.51;QD=32.23;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4200346 . A G 304 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1672;MQ=60.00;QD=27.64;SOR=1.270 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 4201644 . G A 1477.91 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5294;MQ=59.02;QD=30.24;SOR=0.869 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:4201644_G_A:135,9,0 Chr2 4201942 . G T 51.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0017;MQ=54.16;MQRankSum=0.736;QD=10.30;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 4202131 . G C 215.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0094;MQ=54.33;QD=31.81;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 4202275 . T C 7109.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=3.267;InbreedingCoeff=0.6267;MQ=56.28;MQRankSum=1.67;QD=31.18;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.753 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 4203111 . G A 148.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.736;DP=13;FS=3.133;InbreedingCoeff=-0.1250;MQ=49.93;MQRankSum=-7.360e-01;QD=21.25;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.139 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:0:0,0,334 Chr2 4203380 . C G 46.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0062;MQ=40.00;QD=23.12;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4211019 . G A 5762.66 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.550;DP=2;FS=9.372;InbreedingCoeff=0.6384;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=28.81;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.483 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 Chr2 4217448 . A T 105.21 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.049;DP=13;FS=4.841;InbreedingCoeff=-0.0388;MQ=28.61;MQRankSum=-9.100e-02;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.274;SOR=1.189 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:30:0,30,450 Chr2 4245662 . T A 38.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0653;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 4247482 . G C 949.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4841;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,170 Chr2 4253247 . C G 626.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4219;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,218 Chr2 4256497 . C T 188.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2739;MQ=60.00;QD=18.84;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4259890 . G A 87.97 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=4.887;InbreedingCoeff=-0.0460;MQ=60.00;MQRankSum=0.684;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.715;SOR=1.119 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 Chr2 4280707 . G T 3101.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=8;FS=5.392;InbreedingCoeff=-0.0212;MQ=60.00;MQRankSum=0.244;QD=21.24;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr2 4281916 . A T 37.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=1.38;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1462;MQ=49.37;MQRankSum=-1.380e+00;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4286527 . C G 135.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1263;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 4288234 . C G 85.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0343;MQ=59.75;QD=21.42;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 4293095 . C T 182.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0632;MQ=60.00;QD=20.30;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 4296790 . C T 75.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0.937;DP=9;FS=5.798;InbreedingCoeff=-0.0888;MQ=59.35;MQRankSum=-1.734e+00;QD=10.75;ReadPosRankSum=-6.390e-01;SOR=2.621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,260 Chr2 4296852 . A G 292.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1553;MQ=60.00;MQRankSum=-2.690e-01;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 4298297 . G A 1201.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4857;MQ=60.00;QD=28.60;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 4304416 . C T 536.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=3.197;InbreedingCoeff=0.3641;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=20.65;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 4304861 . G A 1249.96 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5068;MQ=60.00;QD=31.29;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,8:8:24:1|1:4304859_G_C:360,24,0 Chr2 4305335 . A T 47.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0392;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4312569 . T C 1368.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.179e+00;ClippingRankSum=-6.700e-02;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5186;MQ=60.00;MQRankSum=0.762;QD=27.79;ReadPosRankSum=-1.666e+00;SOR=0.743 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 4313636 . T A 38.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1308;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:3:0,3,45 Chr2 4320056 . C T 123.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=32;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0427;MQ=58.89;MQRankSum=0.731;QD=24.77;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:32,0:32:54:0,54,902 Chr2 4344250 . T G 1474.49 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5615;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:4344226_T_C:305,21,0 Chr2 4360552 . T C 134.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0232;MQ=60.00;QD=33.65;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 4363442 . C T 255.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3547;MQ=60.00;QD=19.69;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4365666 . T G 192.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2906;MQ=40.83;QD=28.63;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4367153 . C T 1175.25 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.912;DP=2;FS=5.536;InbreedingCoeff=0.4103;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=18.96;ReadPosRankSum=2.64;SOR=1.312 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:4367107_G_A:90,6,0 Chr2 4373440 . A G 33.47 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0970;MQ=55.73;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.58;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4377193 . A T 894.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4333;MQ=60.00;QD=34.42;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 4378428 . C T 1425.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4561;MQ=60.00;QD=35.99;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4379220 . C T 1673.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.752;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6069;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=34.15;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 4381719 . A G 99.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=1.23;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0705;MQ=49.96;MQRankSum=-7.360e-01;QD=12.49;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr2 4384981 . T G 35.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0797;MQ=40.72;MQRankSum=0.00;QD=8.99;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,64 Chr2 4385284 . C T 86.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0735;MQ=40.00;QD=28.69;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 4386110 . G C 48.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0122;MQ=37.00;QD=24.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr2 4387332 . A G 469.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1859;MQ=51.32;QD=33.57;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4400126 . G A 2052.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6109;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.345 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4401495 . T C 411.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4414;MQ=52.98;QD=27.43;SOR=0.818 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4407899 . C A 56.19 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0053;MQ=49.28;MQRankSum=-1.589e+00;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.572;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4410073 . G A 186.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0911;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=26.68;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.527 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4410366 . A G 109.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=1.41;DP=9;FS=6.154;InbreedingCoeff=-0.0263;MQ=50.82;MQRankSum=-1.932e+00;QD=9.95;ReadPosRankSum=-3.870e-01;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,322 Chr2 4415813 . G A 96.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3359;MQ=60.00;QD=34.36;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4416984 . C T 2392.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.751;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5975;MQ=60.00;MQRankSum=-7.510e-01;QD=28.82;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.468 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4422125 . G C 332.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5202;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=1.112 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4433778 . C G 6021.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5744;MQ=55.68;QD=30.89;SOR=0.779 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4434452 . C T 352.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2498;MQ=60.00;QD=29.59;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4442075 . A G 82.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2021;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4469181 . C T 55.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.220e-01;ClippingRankSum=1.92;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0920;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.920e+00;SOR=0.446 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4489282 . T C 882.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=2.103;InbreedingCoeff=0.1268;MQ=56.94;MQRankSum=-7.510e-01;QD=31.11;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.420 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4490029 . T C 1467.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.589;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2832;MQ=60.00;MQRankSum=-9.560e-01;QD=29.36;ReadPosRankSum=-3.540e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 4493393 . G T 38.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0154;MQ=55.05;MQRankSum=-1.380e+00;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 4496979 . C T 204.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=1.03;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0794;MQ=51.39;MQRankSum=1.03;QD=17.03;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 4500445 . G A 199.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.727;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1126;MQ=41.50;MQRankSum=0.358;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=0.669 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,274 Chr2 4501222 . A T 435.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2165;MQ=60.00;QD=31.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 4504590 . T C 4748.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7749;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=0.746 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:4504580_A_C:180,12,0 Chr2 4506239 . G A 175.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-1.300e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1236;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=19.46;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 4512517 . G A 1693.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6060;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=1.127 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr2 4518735 . A T 7346.41 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.610e-01;DP=3;FS=10.730;InbreedingCoeff=0.2543;MQ=53.01;MQRankSum=-7.420e-01;QD=34.17;ReadPosRankSum=0.336;SOR=1.267 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:36:0|1:4518726_T_C:81,0,36 Chr2 4518957 . C T 95.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0628;MQ=45.32;MQRankSum=0.00;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr2 4528231 . A G 215.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0850;MQ=51.39;QD=27.39;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4536088 . C G 130.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0218;MQ=60.00;QD=32.69;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr2 4551659 . C T 569.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=4;FS=2.935;InbreedingCoeff=0.3283;MQ=50.99;MQRankSum=-1.026e+00;QD=29.98;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.172 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,17 Chr2 4552480 . T C 45.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0247;MQ=45.04;QD=22.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,217 Chr2 4562836 . C T 126.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.730e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=6;FS=6.623;InbreedingCoeff=-0.0289;MQ=40.94;MQRankSum=-7.360e-01;QD=7.89;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=2.712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,217 Chr2 4563234 . G A 255.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0103;MQ=44.26;MQRankSum=-1.980e-01;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 4567257 . G A 373.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3649;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 4576057 . A C 109.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0297;MQ=58.10;MQRankSum=-1.231e+00;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,225 Chr2 4576963 . T C 899.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.00;DP=8;FS=2.629;InbreedingCoeff=-0.1376;MQ=54.16;MQRankSum=-7.200e-01;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:0:0,0,182 Chr2 4577462 . C T 238.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.347;DP=6;FS=3.326;InbreedingCoeff=-0.0698;MQ=53.98;MQRankSum=-1.160e-01;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.007 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,176 Chr2 4587676 . C T 2424.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=4;FS=2.018;InbreedingCoeff=0.6870;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=28.19;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.312 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 4588979 . C A 69.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1915;MQ=60.00;QD=17.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,254 Chr2 4595961 . G T 83.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0147;MQ=60.00;QD=20.82;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 4597120 . G T 247.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1880;MQ=54.88;MQRankSum=0.00;QD=19.03;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.270 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4597435 . C T 76.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=1.54;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0567;MQ=52.32;MQRankSum=-1.537e+00;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,107 Chr2 4597742 . C T 617.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2912;MQ=60.00;QD=28.06;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 4601336 . A G 232.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=7;FS=16.246;InbreedingCoeff=-0.2471;MQ=56.82;MQRankSum=0.00;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.198;SOR=1.162 GT:AD:DP ./.:7,0:7 Chr2 4604009 . C T 42.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0757;MQ=60.00;QD=14.05;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 4605164 . T C 263.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3098;MQ=35.11;QD=32.97;SOR=1.863 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 4620663 . C A 3035.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=3.463;InbreedingCoeff=0.7399;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.47;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr2 4622423 . G A 39.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0169;MQ=60.00;QD=19.92;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr2 4624503 . A C 303.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.393e+00;ClippingRankSum=-1.393e+00;DP=3;FS=7.574;InbreedingCoeff=0.2389;MQ=60.00;MQRankSum=-1.741e+00;QD=30.39;ReadPosRankSum=-1.044e+00;SOR=1.272 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr2 4624907 . T C 104.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=10.307;InbreedingCoeff=-0.0809;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=20.98;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=3.241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 4635858 . C G 197.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=45.00;QD=25.63;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4645455 . G A 622.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=3.757;InbreedingCoeff=0.3228;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=29.65;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 4649460 . A G 761.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.768e+00;ClippingRankSum=0.895;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2416;MQ=60.00;MQRankSum=1.58;QD=21.75;ReadPosRankSum=1.58;SOR=0.507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 4651668 . T A 93.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=2.932;InbreedingCoeff=0.0061;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=23.26;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr2 4657178 . G A 273.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1932;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 4678999 . G A 78.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0472;MQ=60.00;QD=19.57;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,134 Chr2 4684540 . C T 2766.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6894;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=30.40;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 4684627 . A C 761.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3747;MQ=60.00;QD=31.59;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 4685590 . C T 115.56 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1069;MQ=60.00;QD=28.89;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 Chr2 4689108 . A G 101.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=15;FS=3.522;InbreedingCoeff=-0.0605;MQ=52.92;MQRankSum=0.358;QD=20.29;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,0:15:10:0,10,413 Chr2 4695734 . G T 276.60 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1039;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 4710300 . G C 90.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2723;MQ=60.00;QD=18.10;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr2 4713518 . G A 43.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0196;MQ=48.18;MQRankSum=-3.580e-01;QD=8.67;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 4715672 . G A 210.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0847;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr2 4719584 . G A 5057.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.086e+00;ClippingRankSum=-8.880e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7182;MQ=60.00;MQRankSum=2.07;QD=32.22;ReadPosRankSum=-1.283e+00;SOR=1.060 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr2 4719990 . C T 734.29 . 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G T 233.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1941;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 4816785 . G T 2989.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5435;MQ=60.00;QD=33.22;SOR=0.982 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 4817399 . C A 251.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.073e+00;ClippingRankSum=-8.690e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1352;MQ=60.00;MQRankSum=-8.690e-01;QD=17.96;ReadPosRankSum=1.19;SOR=0.588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,197 Chr2 4818315 . T C 39.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0191;MQ=60.00;QD=19.84;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 4818777 . G A 77.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0343;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr2 4821658 . G A 227.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1656;MQ=60.00;QD=18.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 4822111 . G A 72.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1141;MQ=60.00;QD=18.23;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4825867 . C T 9823.08 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1603;MQ=60.00;QD=33.05;SOR=1.027 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr2 4827008 . C G 489.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=8.497;InbreedingCoeff=0.0008;MQ=56.16;MQRankSum=-7.510e-01;QD=24.47;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,125 Chr2 4827221 . A G 4604.52 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=2.215;InbreedingCoeff=-0.1365;MQ=57.64;MQRankSum=-7.360e-01;QD=21.22;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.925 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:4827210_G_A:90,6,0 Chr2 4829077 . A G 1560.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7203;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 4839394 . A T 560.33 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=8.442;InbreedingCoeff=0.6924;MQ=60.00;MQRankSum=2.64;QD=27.88;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 Chr2 4851360 . C T 416.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3942;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 4864262 . A G 4232.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6508;MQ=59.13;MQRankSum=-7.200e-01;QD=30.90;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,8 Chr2 4867680 . C T 181.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0644;MQ=60.00;QD=22.66;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 Chr2 4872601 . A G 170.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1022;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4881173 . G A 142.85 . 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G T 33.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0792;MQ=56.57;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.65;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4913762 . C T 67.49 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.863e+00;ClippingRankSum=-7.500e-02;DP=1;FS=3.701;InbreedingCoeff=0.0578;MQ=39.91;MQRankSum=-1.714e+00;QD=3.97;ReadPosRankSum=-2.311e+00;SOR=0.090 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:4913762_C_T:45,3,0 Chr2 4932411 . T C 982.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3896;MQ=39.48;QD=28.73;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4933527 . C T 44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0072;MQ=60.00;QD=22.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 4935906 . C T 41.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0676;MQ=33.96;MQRankSum=-7.360e-01;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4946269 . C T 233.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2378;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 4951597 . C T 163.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.922;DP=4;FS=3.680;InbreedingCoeff=-0.0481;MQ=55.70;MQRankSum=-9.220e-01;QD=23.34;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 4952481 . T A 62.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0977;MQ=59.57;MQRankSum=-7.270e-01;QD=20.82;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.922 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr2 4956329 . T G 310.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=1.320;InbreedingCoeff=0.0424;MQ=54.92;MQRankSum=0.922;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr2 4958973 . T C 390.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.00;DP=13;FS=11.457;InbreedingCoeff=-0.1475;MQ=53.06;MQRankSum=-7.100e-02;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.290;SOR=2.149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:39:0,39,414 Chr2 4959022 . A C 570.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.731;DP=10;FS=8.618;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=50.57;MQRankSum=0.731;QD=19.67;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.045 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:24:0,24,360 Chr2 4963048 . T G 666.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.250e-01;ClippingRankSum=0.922;DP=7;FS=1.631;InbreedingCoeff=-0.0675;MQ=60.00;MQRankSum=0.470;QD=23.79;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.333 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 4963688 . C T 88.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0290;MQ=60.00;QD=29.45;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 4963775 . C A 904.58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3931;MQ=60.00;QD=34.42;SOR=1.270 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr2 4967546 . G A 7008.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3210;MQ=60.00;QD=32.45;SOR=0.730 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4973486 . C T 1803.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.198;DP=2;FS=1.252;InbreedingCoeff=0.4464;MQ=60.00;MQRankSum=1.50;QD=22.83;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 4977819 . A G 1765.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.61;ClippingRankSum=0.085;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5965;MQ=60.00;MQRankSum=1.44;QD=29.92;ReadPosRankSum=-1.268e+00;SOR=0.515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,144 Chr2 4982882 . A G 48.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0607;MQ=44.50;QD=12.13;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 4984776 . G A 766.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1902;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=30.25;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 4988405 . A G 36.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1026;MQ=49.96;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 4990864 . C A 428.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=1.328;InbreedingCoeff=-0.0618;MQ=54.00;MQRankSum=0.731;QD=23.80;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 4992184 . C T 37.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=0;FS=1.935;InbreedingCoeff=-0.1072;MQ=58.74;MQRankSum=0.00;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.895 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 4997525 . G T 114.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0421;MQ=53.77;MQRankSum=0.736;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.595 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 5010688 . G A 94.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0511;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5017237 . A C 33.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0954;MQ=52.56;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5017468 . G A 217.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0592;MQ=60.00;QD=29.70;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:0:0,0,110 Chr2 5035176 . C A 49.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0815;MQ=60.00;QD=12.43;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 5052088 . A C 1671.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5829;MQ=60.00;QD=33.42;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 5060604 . C T 128.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1074;MQ=44.95;MQRankSum=-1.026e+00;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr2 5062965 . G T 689.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=2;FS=11.927;InbreedingCoeff=-0.0971;MQ=60.00;MQRankSum=-4.060e-01;QD=21.55;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=2.400 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 5063705 . A T 435.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3076;MQ=60.00;QD=21.77;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 5072487 . C A 483.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2472;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr2 5082468 . C T 199.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1329;MQ=60.00;QD=19.95;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 5082605 . T C 2856.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6243;MQ=60.00;QD=31.59;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 5090025 . A G 110.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.520e-01;ClippingRankSum=0.480;DP=1;FS=1.666;InbreedingCoeff=-0.1094;MQ=53.44;MQRankSum=-1.026e+00;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 5095217 . G A 187 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.620e-01;ClippingRankSum=-6.700e-02;DP=14;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0387;MQ=43.49;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:14,0:14:0:0,0,467 Chr2 5097387 . C A 71.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.220e-01;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0786;MQ=47.24;MQRankSum=-1.920e+00;QD=8.90;ReadPosRankSum=-3.220e-01;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,167 Chr2 5098938 . A G 116.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0896;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:30:0,30,450 Chr2 5107230 . C T 36.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0528;MQ=44.18;QD=18.50;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,202 Chr2 5112539 . T C 122.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2627;MQ=60.00;QD=17.53;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5112969 . A C 989.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4095;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=23.78;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5119568 . T A 51.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1329;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 5139622 . C T 1420.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5804;MQ=60.00;QD=33.03;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 5142951 . A C 5005.49 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0284;MQ=55.64;MQRankSum=1.23;QD=25.36;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr2 5166963 . A T 3772.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6401;MQ=60.00;QD=33.57;SOR=1.055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 5171561 . A G 2810.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4021;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=0.863 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5172446 . C T 254.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0011;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=23.17;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5174793 . G A 200.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0726;MQ=60.00;QD=28.69;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 5179437 . G C 82.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0916;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5185258 . G A 368.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0178;MQ=60.00;MQRankSum=-3.220e-01;QD=14.76;ReadPosRankSum=-8.760e-01;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 5188874 . T C 1230.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=3.118;InbreedingCoeff=0.4875;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.19;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 5195023 . A C 47.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0130;MQ=33.35;QD=23.66;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr2 5207075 . T A 2096.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=3.245;InbreedingCoeff=0.5641;MQ=54.16;MQRankSum=0.736;QD=27.67;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr2 5208112 . G A 170.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1211;MQ=53.99;QD=27.89;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 5210798 . T G 2347.68 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3245;MQ=40.00;MQRankSum=0.804;QD=32.16;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.293 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:10,3,0 Chr2 5214268 . C A 586.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3311;MQ=60.00;QD=32.60;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr2 5216822 . C T 310.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1658;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=25.88;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5229382 . G A 553.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3543;MQ=44.28;MQRankSum=-1.026e+00;QD=32.54;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.914 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5229428 . C T 761.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.751;DP=0;FS=1.238;InbreedingCoeff=0.2562;MQ=43.24;MQRankSum=0.751;QD=19.04;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.473 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5233657 . G A 260.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0798;MQ=40.00;QD=23.53;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5234004 . C T 387.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=11.549;InbreedingCoeff=0.0493;MQ=41.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=11.39;ReadPosRankSum=1.00;SOR=1.921 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr2 5238459 . A G 1052.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6076;MQ=60.00;QD=31.02;SOR=1.358 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 5243048 . C T 303.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.937;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0944;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 5244323 . G A 330.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2627;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr2 5253293 . T G 924.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0299;MQ=54.68;MQRankSum=1.23;QD=29.77;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.527 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5253477 . G A 3668.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=0;FS=6.148;InbreedingCoeff=0.1245;MQ=53.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=32.15;ReadPosRankSum=0.406;SOR=1.281 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5253613 . C T 588.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.010e-01;DP=2;FS=4.180;InbreedingCoeff=-0.0025;MQ=49.98;MQRankSum=-7.270e-01;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 5275642 . T C 90.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0360;MQ=35.71;QD=30.14;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 5278022 . G A 1082.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4496;MQ=50.21;QD=31.25;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 5283543 . G A 56.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0920;MQ=60.00;QD=18.74;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5284015 . T A 57.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.060e-01;ClippingRankSum=1.54;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0728;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=9.60;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 5286154 . C A 193.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=1.53;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0739;MQ=54.10;MQRankSum=2.26;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 5292260 . A C 213.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1860;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5292583 . A C 38.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0038;MQ=60.00;QD=19.20;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 5294368 . T C 6886.96 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=4;FS=3.029;InbreedingCoeff=0.5879;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=33.59;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.115 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:5294336_T_G:180,12,0 Chr2 5294847 . T C 37.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0932;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=7.40;ReadPosRankSum=1.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 5300378 . C A 3979.47 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6511;MQ=60.00;QD=23.06;SOR=1.770 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:5300361_T_G:180,12,0 Chr2 5308864 . T C 90.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=3.090;InbreedingCoeff=-0.0800;MQ=55.45;MQRankSum=-1.380e+00;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 5312507 . C T 310.57 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.10;ClippingRankSum=-3.360e-01;DP=9;FS=2.017;InbreedingCoeff=0.0811;MQ=56.86;MQRankSum=2.45;QD=16.35;ReadPosRankSum=-6.760e-01;SOR=0.796 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:240,27,0 Chr2 5315434 . C T 184.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2267;MQ=60.00;QD=20.48;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5326822 . G A 36.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0305;MQ=60.00;QD=18.33;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 5331622 . G T 215.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0417;MQ=58.39;QD=34.76;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5335363 . G A 42.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0509;MQ=60.00;QD=14.17;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:24:0,24,360 Chr2 5344838 . C T 1159.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.720;DP=3;FS=21.659;InbreedingCoeff=-0.1065;MQ=41.39;MQRankSum=-7.360e-01;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.727;SOR=2.042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr2 5347579 . T C 53.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0540;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5348478 . G A 726.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5135;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 5349079 . T C 1408.86 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5217;MQ=40.00;QD=29.67;SOR=1.911 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:5349073_T_C:135,9,0 Chr2 5349485 . A G 267.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1154;MQ=51.36;QD=22.32;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5352041 . A G 5977.18 . 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C T 5483.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.322;DP=7;FS=1.885;InbreedingCoeff=-0.0849;MQ=51.83;MQRankSum=-9.220e-01;QD=20.93;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.757 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,91 Chr2 5366514 . T G 5257.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.633;DP=0;FS=1.601;InbreedingCoeff=-0.0627;MQ=54.22;MQRankSum=-7.360e-01;QD=25.90;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.761 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5367718 . T C 264.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0965;MQ=48.34;MQRankSum=-7.360e-01;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 5374297 . G T 175.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1930;MQ=50.96;QD=29.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 5375317 . G C 138.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3683;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 5377078 . G T 288.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1926;MQ=37.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=32.42;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.495 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5391485 . A C 5656.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=0.868;InbreedingCoeff=-0.2924;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.624 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 5399041 . G A 319.38 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0669;MQ=49.72;MQRankSum=-5.720e-01;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:27:187,0,27 Chr2 5403602 . T A 2118.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6612;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=29.84;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.527 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5411040 . G T 448.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3273;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5412325 . C T 253.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.650e-01;ClippingRankSum=-3.820e-01;DP=0;FS=1.045;InbreedingCoeff=-0.1514;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.745 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5423291 . A T 790.71 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5771;MQ=60.00;QD=30.92;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5428416 . A G 2517.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4356;MQ=56.57;QD=30.18;SOR=0.790 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 5430406 . A C 41.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0135;MQ=60.00;QD=20.90;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5441692 . C A 92.43 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0284;MQ=36.19;QD=30.81;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5448276 . C G 46.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0495;MQ=60.00;QD=23.05;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 5449851 . G A 944.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-2.440e-01;DP=18;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0706;MQ=60.00;MQRankSum=0.376;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:18,0:18:30:0,30,450 Chr2 5458310 . C T 87.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0635;MQ=60.00;QD=21.95;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 5464756 . C G 150.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1979;MQ=60.00;QD=21.45;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr2 5466349 . T C 193.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.980e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0062;MQ=55.50;MQRankSum=1.03;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.307 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5470074 . T C 2059.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.210e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=7;FS=1.065;InbreedingCoeff=0.3931;MQ=57.04;MQRankSum=1.03;QD=31.69;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,250 Chr2 5473765 . G T 104.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3552;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr2 5473780 . A C 199.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3797;MQ=60.00;QD=22.12;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr2 5476689 . A G 2683.45 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5395;MQ=60.00;QD=33.13;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:5476689_A_G:225,15,0 Chr2 5497536 . T A 140.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3006;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr2 5497554 . C A 309.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.97;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5498752 . A T 94.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MQ=60.00;QD=15.67;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 5510162 . G A 545.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3227;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 5518176 . T C 3207.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5749;MQ=60.00;QD=33.77;SOR=0.761 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 5525486 . C G 395.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3822;MQ=54.99;QD=24.74;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5526216 . A G 46.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0181;MQ=46.01;QD=23.01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 5526657 . T C 1162.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5976;MQ=51.26;QD=30.30;SOR=0.880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 5527168 . G A 48.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0390;MQ=25.00;QD=24.35;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 5529295 . T C 335.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2768;MQ=42.00;MQRankSum=0.804;QD=26.79;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5531056 . C T 848.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.29;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=2.500;InbreedingCoeff=0.2653;MQ=48.17;MQRankSum=-7.420e-01;QD=24.95;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.791 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr2 5532995 . G A 228.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=0.198;DP=5;FS=3.680;InbreedingCoeff=0.0281;MQ=59.45;MQRankSum=0.198;QD=25.33;ReadPosRankSum=0.922;SOR=1.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 5555085 . C G 568.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2624;MQ=60.00;QD=28.39;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 5563360 . A T 67.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0917;MQ=58.74;MQRankSum=-7.270e-01;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 5563408 . C G 208.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2268;MQ=60.00;QD=18.99;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr2 5573949 . G A 256.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.970e-01;ClippingRankSum=-2.780e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0862;MQ=31.98;MQRankSum=0.956;QD=4.00;ReadPosRankSum=-9.900e-02;SOR=0.610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr2 5582778 . G A 46.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0142;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5599444 . C A 10114.32 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=6.553;InbreedingCoeff=0.0769;MQ=56.23;MQRankSum=0.198;QD=31.16;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.418 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:5599444_C_A:225,15,0 Chr2 5610322 . G C 3228.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5631;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=0.770 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5611504 . A C 50.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0376;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 5613286 . T A 217.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2220;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5617215 . T C 146.43 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=14.835;InbreedingCoeff=-0.1113;MQ=57.57;MQRankSum=-7.360e-01;QD=20.92;ReadPosRankSum=0.736;SOR=2.532 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 5617970 . A G 245.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=3.227;InbreedingCoeff=-0.1032;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=10.69;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,144 Chr2 5619564 . G A 1107.13 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0053;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=30.42;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 5636092 . A C 606.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2153;MQ=60.00;MQRankSum=1.30;QD=21.65;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 5638463 . C T 516.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2657;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 5642481 . T A 9279 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6460;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=30.52;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.747 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:237,27,0 Chr2 5642678 . A C 3649.39 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7545;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0 Chr2 5648472 . C T 1557.66 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3379;MQ=57.16;QD=30.42;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:173,18,0 Chr2 5714106 . G A 267.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1595;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 5716447 . A C 128.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2111;MQ=60.00;QD=28.61;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 Chr2 5728886 . T C 922.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=2.864;InbreedingCoeff=0.3959;MQ=60.00;QD=31.41;SOR=0.780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 5730962 . T C 315.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0621;MQ=60.00;MQRankSum=1.59;QD=24.25;ReadPosRankSum=-5.720e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 5731833 . T C 49.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0409;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5733091 . C T 42.08 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1425;MQ=52.82;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5736625 . T C 3588.07 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4620;MQ=55.22;MQRankSum=0.736;QD=33.97;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:136,12,0 Chr2 5739345 . G A 399.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3768;MQ=60.00;QD=21.04;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5743845 . G A 2912.35 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5075;MQ=58.07;QD=31.92;SOR=1.214 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 5744298 . T C 114.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0885;MQ=60.00;QD=28.70;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5758655 . T C 698.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=4.752;InbreedingCoeff=0.2911;MQ=45.76;MQRankSum=-5.500e-01;QD=33.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.275 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5762833 . G A 788.35 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5783;MQ=52.00;QD=28.90;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 5774748 . C T 86.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0398;MQ=60.00;QD=21.72;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5779684 . T G 238.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.620e-01;ClippingRankSum=-1.180e-01;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0181;MQ=53.88;MQRankSum=-7.620e-01;QD=5.97;ReadPosRankSum=-8.980e-01;SOR=0.612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr2 5781042 . G T 131.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0312;MQ=60.00;QD=32.97;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5786135 . A G 45.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0268;MQ=54.00;QD=22.68;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,237 Chr2 5786449 . C A 69.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0065;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.87;SOR=2.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 5787877 . C A 348.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1172;MQ=56.28;MQRankSum=0.406;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr2 5793598 . A G 241.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=9;FS=2.077;InbreedingCoeff=0.0621;MQ=56.14;MQRankSum=-1.026e+00;QD=26.78;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:0:0,0,60 Chr2 5799263 . C A 215.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0378;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 5815009 . C T 61.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.53;ClippingRankSum=1.12;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0893;MQ=51.20;MQRankSum=0.736;QD=30.71;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.895 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 5816289 . A T 362.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1823;MQ=46.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=27.90;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5817158 . T G 91.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0155;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5822785 . A G 79.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0819;MQ=25.62;MQRankSum=0.804;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 5825801 . G T 436.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=1.520;InbreedingCoeff=-0.1094;MQ=52.02;MQRankSum=-7.200e-01;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.123 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5827744 . C T 119.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1394;MQ=31.00;QD=29.87;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5834413 . C T 156.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.406;DP=16;FS=1.619;InbreedingCoeff=-0.0424;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.741;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:16,0:16:45:0,45,675 Chr2 5858367 . G A 127.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1221;MQ=54.23;QD=25.48;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 5863389 . A C 1634.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=5.792;InbreedingCoeff=0.1239;MQ=58.58;MQRankSum=0.727;QD=28.18;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr2 5876738 . A G 215.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0853;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr2 5878820 . A C 467.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-1.495e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2339;MQ=60.00;MQRankSum=1.50;QD=31.17;ReadPosRankSum=1.50;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr2 5880339 . C T 1532.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2599;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=31.98;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.810 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,8 Chr2 5891266 . C T 365.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-2.590e-01;DP=7;FS=4.036;InbreedingCoeff=-0.0919;MQ=59.97;MQRankSum=-7.790e-01;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,210 Chr2 5900890 . T G 580.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3143;MQ=58.45;QD=33.57;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr2 5902886 . C T 750.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0160;MQ=60.00;MQRankSum=0.118;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 5903018 . G A 3678.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.311;DP=4;FS=0.554;InbreedingCoeff=0.2223;MQ=60.00;MQRankSum=0.480;QD=21.51;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,49 Chr2 5903322 . G A 15756.18 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.296;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.2827;MQ=60.00;MQRankSum=0.181;QD=27.03;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:69:72,0,69 Chr2 5908877 . C T 54.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2244;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5915068 . T A 37.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0638;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 5918763 . T A 3513.67 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3562;MQ=60.00;QD=32.53;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr2 5924526 . T C 2309.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5967;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.159 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5931683 . G A 1126.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5901;MQ=60.00;QD=33.16;SOR=1.528 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5934439 . G A 128.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1950;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 5936767 . C A 49.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1321;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5941018 . T G 168.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3222;MQ=60.00;QD=34.43;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 5942369 . G A 50.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0924;MQ=60.00;QD=16.70;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 5946927 . A G 119.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1223;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr2 5947175 . T C 653.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.361;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3656;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.21;ReadPosRankSum=-8.760e-01;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 5948762 . T C 3725.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.770e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=2;FS=1.395;InbreedingCoeff=0.4673;MQ=60.00;MQRankSum=-7.170e-01;QD=23.73;ReadPosRankSum=-3.400e-01;SOR=0.544 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr2 5950646 . C T 1117.08 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.358;DP=7;FS=2.481;InbreedingCoeff=0.2854;MQ=59.00;MQRankSum=0.736;QD=31.84;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:7,0:7 Chr2 5962409 . C A 95.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589e+00;ClippingRankSum=-1.589e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1210;MQ=33.45;MQRankSum=1.59;QD=11.88;ReadPosRankSum=-1.589e+00;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 5975753 . G A 86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3111;MQ=60.00;QD=21.50;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 5977068 . T A 231.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1575;MQ=60.00;QD=33.02;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 5982335 . C G 130.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0235;MQ=60.00;QD=32.59;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 5984123 . G A 227.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0444;MQ=60.00;QD=28.89;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 5985329 . T C 2360.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6514;MQ=54.99;QD=27.91;SOR=1.101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,114 Chr2 5986594 . T C 299.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3046;MQ=49.91;MQRankSum=0.804;QD=31.88;ReadPosRankSum=0.804;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 6004827 . T G 190.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1365;MQ=60.00;QD=34.12;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 6008627 . T C 1422.79 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5804;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.302 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr2 6026705 . G A 40.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0050;MQ=60.00;QD=20.08;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,127 Chr2 6033298 . T G 1641.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=-8.880e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3421;MQ=60.00;MQRankSum=0.470;QD=35.10;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr2 6037488 . G A 6747.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.482;InbreedingCoeff=0.7243;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.03;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 6041043 . T C 61.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.237e+00;ClippingRankSum=-2.310e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0898;MQ=60.00;MQRankSum=-3.860e-01;QD=4.70;ReadPosRankSum=-2.855e+00;SOR=0.283 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr2 6049405 . G T 2615.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7033;MQ=53.44;QD=32.96;SOR=1.262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 6053919 . G A 311.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3164;MQ=60.00;QD=34.61;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 6055068 . C A 257.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3957;MQ=60.00;QD=21.48;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr2 6063607 . A G 42.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1008;MQ=51.40;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 6064540 . G A 245.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1926;MQ=42.83;QD=33.11;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6065193 . T C 36.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0908;MQ=53.69;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.26;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 6065754 . C T 107.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1690;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 6077132 . A G 261.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4502;MQ=60.00;QD=32.72;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6082726 . A C 840.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5181;MQ=60.00;QD=30.02;SOR=0.760 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 6092454 . C T 43.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=6.021;InbreedingCoeff=-0.1193;MQ=43.64;MQRankSum=0.727;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.727;SOR=2.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 6101841 . A T 47.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1498;MQ=57.50;QD=23.65;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6113794 . C T 1057.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=5.334;InbreedingCoeff=0.2041;MQ=53.64;MQRankSum=0.727;QD=32.04;ReadPosRankSum=1.07;SOR=0.071 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6114716 . G A 727.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=3.599;InbreedingCoeff=0.1208;MQ=50.99;MQRankSum=1.07;QD=22.05;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.674 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6116824 . C T 70.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0261;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6117503 . C T 161.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-6.840e-01;ClippingRankSum=1.52;DP=0;FS=3.332;InbreedingCoeff=-0.0895;MQ=47.63;MQRankSum=1.52;QD=20.23;ReadPosRankSum=-1.221e+00;SOR=1.901 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6119068 . A T 48.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0573;MQ=50.33;MQRankSum=0.804;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 6124386 . G A 117.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1211;MQ=60.00;QD=29.41;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6127710 . A T 217.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2717;MQ=60.00;QD=18.10;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6134630 . A T 494.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=2.218;InbreedingCoeff=0.3145;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=35.99;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.574 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6135700 . G T 516.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0443;MQ=60.00;QD=37.01;SOR=0.446 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6164076 . G C 107.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=2.430;InbreedingCoeff=0.0706;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=26.87;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 6167887 . C A 132.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0640;MQ=60.00;QD=19.00;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 6176450 . T C 166.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=-1.300e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0880;MQ=60.00;MQRankSum=-9.370e-01;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.495 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6177425 . A G 556.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2832;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=30.93;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 6183799 . G C 34.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0297;MQ=60.00;QD=17.27;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,159 Chr2 6194279 . T G 222.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.579;DP=6;FS=16.300;InbreedingCoeff=-0.0698;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.00;SOR=4.169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,136 Chr2 6205187 . T C 91.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0529;MQ=60.00;QD=30.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 6206738 . G A 46.71 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0199;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.57;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6215178 . T C 266.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2664;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 6219748 . G A 110.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0955;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=32.78;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 6224269 . A G 45.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0401;MQ=60.00;QD=15.24;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 6233640 . G A 68.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0644;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 6238517 . C A 37.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0068;MQ=60.00;QD=18.72;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 6245635 . G A 13136.48 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5125;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=0.930 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:6245629_G_A:270,18,0 Chr2 6250304 . C T 178.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5234;MQ=48.74;QD=27.89;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6252869 . G A 399.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3641;MQ=52.26;QD=30.04;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6262168 . T C 1912.35 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.720;DP=2;FS=1.640;InbreedingCoeff=0.2732;MQ=45.57;MQRankSum=0.720;QD=33.55;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.272 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:6262168_T_C:90,6,0 Chr2 6264196 . C T 50.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0150;MQ=44.01;QD=25.41;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6276786 . A G 75.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2389;MQ=60.00;QD=15.08;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 6290466 . C T 2234.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6755;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 6296822 . G A 2155.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=6.121;InbreedingCoeff=0.0618;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=20.14;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 6317826 . G A 37.58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0929;MQ=54.66;MQRankSum=-1.380e+00;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6325984 . G A 172.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1407;MQ=60.00;QD=21.56;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 6332009 . C T 76.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0874;MQ=23.19;QD=15.33;SOR=3.611 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6349143 . G A 39.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0876;MQ=60.00;QD=13.28;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 6385444 . G A 711.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2187;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=1.136 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6391644 . G A 333.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0837;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 6401282 . G C 258.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1588;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr2 6405405 . T A 226.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1032;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 6420119 . C A 1248.85 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=1.23;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5856;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=34.69;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:6420119_C_A:90,6,0 Chr2 6420652 . T C 242.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0301;MQ=59.04;QD=29.66;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 6423159 . C T 40.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1160;MQ=53.03;QD=20.14;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6435488 . T A 54.13 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0109;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.105 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6442518 . A G 62.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0085;MQ=60.00;QD=15.70;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,121 Chr2 6457584 . C T 130.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=5;FS=3.387;InbreedingCoeff=-0.0833;MQ=43.25;MQRankSum=-5.720e-01;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 Chr2 6473327 . G A 167.13 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1881;MQ=60.00;QD=27.85;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:6473317_T_C:90,6,0 Chr2 6479930 . A T 784 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3737;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.50;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:143,15,0 Chr2 6482347 . G T 44.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0262;MQ=60.00;QD=22.28;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr2 6482918 . A G 120.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1745;MQ=60.00;QD=20.15;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 6497933 . G A 51.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1374;MQ=60.00;QD=17.25;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 6509640 . G A 267.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3124;MQ=57.08;QD=22.30;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6510862 . A G 42.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.708e+00;ClippingRankSum=0.382;DP=0;FS=2.632;InbreedingCoeff=-0.0863;MQ=56.89;MQRankSum=-2.262e+00;QD=3.89;ReadPosRankSum=-1.531e+00;SOR=0.991 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6512556 . G C 107.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2163;MQ=56.57;MQRankSum=0.727;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.595 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6515049 . T C 7245.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5663;MQ=60.00;QD=33.23;SOR=0.246 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6523433 . A G 287.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=40.00;QD=32.31;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6524360 . T C 608.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3068;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6524393 . A G 1720.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.700e-02;ClippingRankSum=-1.179e+00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5215;MQ=60.00;MQRankSum=0.067;QD=24.05;ReadPosRankSum=-7.620e-01;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 6534110 . C T 6094.43 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4058;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=31.58;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.131 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:216,21,0 Chr2 6541502 . C A 214.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0207;MQ=61.78;QD=26.57;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,127 Chr2 6551068 . C T 182.49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=3.680;InbreedingCoeff=-0.0004;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=26.07;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.108 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6551661 . C T 2572.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.580;DP=10;FS=1.392;InbreedingCoeff=0.0092;MQ=58.27;MQRankSum=-7.470e-01;QD=23.39;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.639 GT:AD:DP ./.:10,0:10 Chr2 6553278 . G C 158.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1083;MQ=60.00;QD=19.78;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr2 6554458 . G T 116.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0205;MQ=60.00;QD=27.64;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6562747 . C A 374.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2439;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=25.05;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6578059 . C G 246.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=22.44;SOR=1.270 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6592600 . C T 58.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0698;MQ=54.24;QD=14.54;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6597372 . A C 30.52 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3358;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:9:0,9,135 Chr2 6647278 . C T 205.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2004;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 6650410 . C T 87.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0645;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=29.20;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 6650774 . A C 4199.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7115;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=27.44;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.384 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr2 6651639 . G A 1212 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4636;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 Chr2 6652983 . C T 75.03 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1787;MQ=60.00;QD=29.74;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:3:0,3,45 Chr2 6682542 . A G 152.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1056;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=25.34;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 6684512 . G T 5635.39 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.358;DP=7;FS=0.493;InbreedingCoeff=-0.1882;MQ=60.00;MQRankSum=0.546;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.651 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:63:128,0,63 Chr2 6721038 . G A 1671.70 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.800e-01;ClippingRankSum=0.296;DP=10;FS=7.962;InbreedingCoeff=-0.0272;MQ=60.00;MQRankSum=0.529;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:64:64,0,228 Chr2 6722366 . C T 3543.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.278;DP=6;FS=2.083;InbreedingCoeff=0.0656;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.795 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,202 Chr2 6722560 . G A 966.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=3.662;InbreedingCoeff=0.1889;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.96;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,193 Chr2 6723477 . C T 1147.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=3;FS=2.076;InbreedingCoeff=-0.0355;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=20.86;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.478 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr2 6731379 . T A 84.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2609;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6772008 . G A 218.04 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1158;MQ=60.00;QD=21.54;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 6874047 . G A 3484.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.988;DP=2;FS=2.092;InbreedingCoeff=0.6613;MQ=60.00;MQRankSum=1.54;QD=30.30;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.392 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 6884150 . C T 82.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0769;MQ=60.00;QD=20.57;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6886787 . G T 504.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3862;MQ=60.00;QD=30.62;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 6892857 . C T 40.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0193;MQ=60.00;QD=20.05;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 6902897 . T C 2249.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5785;MQ=60.00;QD=30.40;SOR=0.920 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 6940713 . T G 3077.81 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=2.350;InbreedingCoeff=-0.1305;MQ=55.44;MQRankSum=-7.360e-01;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr2 7238014 . G C 136.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1297;MQ=60.00;QD=19.50;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 7246616 . T C 3411.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5800;MQ=60.00;QD=33.19;SOR=1.005 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 7291255 . A T 160.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1140;MQ=43.10;QD=31.73;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 7293679 . G A 152.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1037;MQ=50.44;QD=30.45;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 7294891 . T A 90.75 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=1.23;DP=6;FS=2.026;InbreedingCoeff=0.4591;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=27.91;ReadPosRankSum=1.23;SOR=1.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,227 Chr2 7655311 . T C 126.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=2.077;InbreedingCoeff=-0.0778;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=25.26;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,125 Chr2 7659759 . G T 236.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2022;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=18.18;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 7674677 . G A 880.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4016;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,134 Chr2 7679497 . G A 1636.39 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.067;DP=1;FS=6.684;InbreedingCoeff=0.3668;MQ=58.24;MQRankSum=-8.980e-01;QD=33.25;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.088 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 7805134 . A C 6982.68 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=5.805;InbreedingCoeff=0.5472;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=29.97;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.114 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:137,15,0 Chr2 7807503 . G A 96.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1611;MQ=60.00;QD=32.12;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 7814414 . T A 58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1688;MQ=60.00;QD=14.50;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 7892262 . G A 774.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=0;FS=3.081;InbreedingCoeff=0.4065;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=21.51;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.160 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 7903563 . T C 2249.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=1.855;InbreedingCoeff=0.6193;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=0.313 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 7907443 . G A 345.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-1.203e+00;DP=0;FS=1.871;InbreedingCoeff=0.3180;MQ=53.49;MQRankSum=-4.010e-01;QD=34.99;SOR=0.925 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 7955262 . G A 7592.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=0.198;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6807;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=30.01;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=1.010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 7975911 . C T 132.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0092;MQ=60.00;QD=33.11;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 7976267 . A G 3852.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=3.632;InbreedingCoeff=0.4535;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=34.08;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.595 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 7993270 . G A 208.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3498;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8004134 . A G 709.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2436;MQ=60.00;QD=30.36;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 8008865 . T C 47.50 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0147;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:8008804_T_C:90,6,0 Chr2 8059362 . C T 313.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1789;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,81 Chr2 8061729 . C A 4459.95 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5788;MQ=60.00;QD=31.19;SOR=0.749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr2 8066824 . T C 6753.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=1.477;InbreedingCoeff=0.6963;MQ=60.00;MQRankSum=-2.780e-01;QD=30.29;ReadPosRankSum=-1.663e+00;SOR=0.622 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8077339 . C T 76.19 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.00;DP=7;FS=1.952;InbreedingCoeff=-0.1234;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.330e-01;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:6,1:7:24:0|1:8077339_C_T:24,0,241 Chr2 8106887 . G A 250.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3404;MQ=60.00;QD=16.68;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 8113875 . A G 2879.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=0;FS=3.625;InbreedingCoeff=0.6611;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=35.17;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.250 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8177347 . C A 151.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0400;MQ=60.00;QD=30.33;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 8182923 . A G 472.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5447;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=0.874 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8196765 . C T 3552.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-9.560e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=0;FS=1.685;InbreedingCoeff=0.6261;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=33.84;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.340 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8235063 . T C 96.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0114;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 8247504 . A G 48.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0095;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8252389 . T A 2046.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6019;MQ=60.00;QD=29.65;SOR=0.869 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:38,3,0 Chr2 8254653 . A T 5729.49 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=6;FS=3.222;InbreedingCoeff=0.7164;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=21.34;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.484 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:8254644_T_A:252,18,0 Chr2 8272595 . G A 172.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0586;MQ=60.00;QD=34.42;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 8292709 . G A 52.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1168;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8305775 . A G 191.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1340;MQ=60.00;QD=19.12;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 8318871 . G C 208.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2940;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,186 Chr2 8336509 . G C 721.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3252;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 8342402 . T C 3503.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6667;MQ=60.00;QD=31.30;SOR=1.528 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 8354400 . A T 47.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0906;MQ=60.00;QD=11.85;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 8360335 . A T 271.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1206;MQ=60.00;QD=33.88;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 8360496 . A C 106.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1133;MQ=60.00;QD=21.31;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 8367592 . C T 1578.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6366;MQ=60.00;QD=30.10;SOR=1.670 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8422615 . G T 48.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1180;MQ=22.00;QD=24.20;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8450682 . C T 2972.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4498;MQ=60.00;QD=28.05;SOR=0.849 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8460717 . A G 225.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1832;MQ=60.00;QD=20.52;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8471598 . C G 9461.46 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4601;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.35;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.239 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:8471589_G_A:90,6,0 Chr2 8513091 . T A 88.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0290;MQ=60.00;QD=17.67;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 8513562 . G A 368.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2104;MQ=60.00;QD=29.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,140 Chr2 8570222 . A T 117 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0401;MQ=60.00;QD=23.40;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8596185 . T A 2484.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6119;MQ=56.24;QD=33.91;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 8626873 . G A 95.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2818;MQ=52.00;QD=31.67;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 8657502 . G A 362.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4137;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 8663973 . G T 631.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4538;MQ=60.00;QD=30.32;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8760400 . G A 490.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3039;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=31.77;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 8767200 . G A 164.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1107;MQ=60.00;QD=23.56;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,248 Chr2 8773874 . T G 45.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0081;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 8783681 . G A 653.02 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0163;MQ=60.00;QD=32.99;SOR=3.912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr2 8886719 . C T 38.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0266;MQ=60.00;QD=19.46;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 Chr2 8890193 . T C 6699.05 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6399;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=33.69;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.326 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:8890193_T_C:315,21,0 Chr2 8893679 . T A 737.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4571;MQ=44.06;MQRankSum=0.727;QD=24.58;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.314 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 8898090 . G C 1153.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3762;MQ=60.00;QD=31.08;SOR=0.906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 8898885 . T G 83.86 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0312;MQ=60.00;QD=20.93;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 8997662 . C T 157.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1161;MQ=60.00;QD=31.45;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9009417 . G A 10309.26 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6102;MQ=60.00;QD=32.43;SOR=0.934 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:9009412_A_G:270,18,0 Chr2 9038215 . T A 81.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0089;MQ=60.00;QD=20.29;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 9056707 . G A 645.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4502;MQ=60.00;QD=30.91;SOR=0.914 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9065259 . A T 133.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1749;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 9078588 . C A 111.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2975;MQ=60.00;QD=13.90;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 9121780 . A C 8637.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2945;MQ=60.00;QD=32.23;SOR=0.894 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 9122623 . T C 47.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0979;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 9123958 . A T 104.47 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1070;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.50;SOR=1.518 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:9123957_C_T:90,6,0 Chr2 9140574 . G A 9996.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4163;MQ=60.00;QD=31.18;SOR=1.434 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9159806 . C A 403.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2883;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=21.25;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr2 9191718 . G A 177.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.38;ClippingRankSum=-3.650e-01;DP=1;FS=2.392;InbreedingCoeff=0.0322;MQ=50.81;MQRankSum=-6.330e-01;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.265 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 9194222 . A G 1368.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7090;MQ=60.00;QD=31.10;SOR=1.038 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 9219189 . G A 3681.94 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3826;MQ=60.00;QD=31.20;SOR=0.874 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr2 9220341 . T C 1465.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5668;MQ=60.00;QD=31.60;SOR=1.432 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 9223790 . A C 3563.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=6.510;InbreedingCoeff=0.5733;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.94;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.224 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 9267077 . T C 206.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0999;MQ=60.00;QD=29.56;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,265 Chr2 9281036 . G A 1873.67 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=1.661;InbreedingCoeff=0.2538;MQ=52.81;MQRankSum=0.736;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.067;SOR=0.597 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,3:5:69:0|1:9281036_G_A:69,0,69 Chr2 9294982 . G A 404.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=8.000;InbreedingCoeff=-0.0652;MQ=60.00;MQRankSum=0.597;QD=12.66;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=1.960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr2 9296154 . C T 737.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=3.355;InbreedingCoeff=-0.0187;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.360 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,49 Chr2 9298275 . C T 902.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2978;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 9299455 . G A 1218.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4321;MQ=60.00;QD=33.83;SOR=1.121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 9305430 . A G 4800.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6744;MQ=60.00;MQRankSum=-6.840e-01;QD=30.19;ReadPosRankSum=1.22;SOR=0.732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 9317236 . C T 3259.66 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.103;DP=1;FS=7.734;InbreedingCoeff=0.0965;MQ=57.00;MQRankSum=0.676;QD=29.10;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.266 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:9317161_T_C:45,3,0 Chr2 9342647 . C G 220.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1521;MQ=60.00;QD=31.46;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr2 9431964 . G A 183.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1961;MQ=60.00;QD=20.33;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr2 9432329 . G A 36.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0327;MQ=60.00;QD=18.36;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9441333 . A G 1668.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3644;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=25.31;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.320 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9444836 . G C 1352.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4706;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=29.64;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.430 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9449528 . C G 83.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0240;MQ=60.00;QD=20.83;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 9484903 . A T 114.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0249;MQ=56.62;MQRankSum=-7.270e-01;QD=19.06;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.707 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9519229 . G A 318.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1345;MQ=60.00;QD=33.51;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 9533770 . T A 129.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1205;MQ=60.00;QD=21.60;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 9558052 . A G 761.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3559;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 9558577 . C T 1046.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5166;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 9560164 . T G 7159.10 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1145;MQ=60.00;QD=33.15;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 9713441 . T C 738.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4479;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr2 9729652 . C A 93.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0129;MQ=60.00;QD=15.63;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 9736259 . G A 502.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3223;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 9746199 . G A 127.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0515;MQ=60.00;QD=21.32;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9757681 . T A 157.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3122;MQ=60.00;QD=17.49;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9763510 . T A 293.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-1.380e+00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1495;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=26.67;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,298 Chr2 9782342 . A C 246.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1714;MQ=60.00;QD=22.41;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 9811932 . G C 194.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0451;MQ=60.00;QD=32.34;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 9815199 . A T 434.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2457;MQ=60.00;QD=28.94;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9831094 . T A 450.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.437e+00;ClippingRankSum=0.196;DP=27;FS=2.510;InbreedingCoeff=0.0040;MQ=47.07;MQRankSum=2.56;QD=7.38;ReadPosRankSum=2.45;SOR=0.354 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:27,0:27:12:0,12,180 Chr2 9831134 . C T 74.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=1.29;DP=26;FS=4.481;InbreedingCoeff=-0.0391;MQ=53.97;MQRankSum=1.23;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:26,0:26:33:0,33,495 Chr2 9841045 . T C 599.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3519;MQ=60.00;QD=32.13;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9851334 . G A 660.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4130;MQ=59.34;QD=32.24;SOR=1.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,81 Chr2 9860447 . A G 56.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=42.00;QD=28.50;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 9904081 . C G 140.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1433;MQ=60.00;QD=28.12;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 9919536 . C A 558.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2396;MQ=60.00;QD=29.50;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 9920539 . G C 305.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0361;MQ=60.00;QD=33.90;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 9922756 . G A 200.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1103;MQ=60.00;QD=33.40;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 9923318 . G A 184.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=3.680;InbreedingCoeff=0.0417;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=26.34;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.108 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr2 9974312 . C T 86.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0433;MQ=60.00;QD=28.86;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr2 10001571 . G A 41.19 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1529;MQ=54.44;MQRankSum=0.358;QD=8.24;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10004541 . G A 151.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.348;DP=3;FS=5.243;InbreedingCoeff=-0.0910;MQ=43.28;MQRankSum=-7.270e-01;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.635 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 10006903 . C T 841.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.569;DP=0;FS=15.103;InbreedingCoeff=-0.2086;MQ=28.93;MQRankSum=0.633;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.773 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10030821 . C G 219.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2316;MQ=60.00;QD=18.29;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,127 Chr2 10047756 . A G 852.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4317;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=0.957 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10055682 . G A 1277.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5534;MQ=60.00;QD=30.63;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 10062030 . T G 429.35 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4534;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.061 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 10074522 . A C 157.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0988;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 10145276 . G A 495.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0386;MQ=55.86;MQRankSum=0.731;QD=16.52;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 10152925 . T C 65.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1258;MQ=60.00;QD=16.41;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:27:0,27,405 Chr2 10167125 . T C 869.43 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5166;MQ=58.52;QD=30.48;SOR=1.445 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10196634 . A G 89.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0008;MQ=60.00;QD=29.79;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10208856 . T C 1305.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5161;MQ=60.00;QD=28.70;SOR=1.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr2 10214028 . T C 10045.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2598;MQ=60.00;QD=34.29;SOR=1.152 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:135,12,0 Chr2 10236867 . C T 115.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0773;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,176 Chr2 10240875 . C T 798.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=1;FS=3.183;InbreedingCoeff=0.2910;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=24.35;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 10245407 . T A 907.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4248;MQ=60.00;QD=29.72;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10245424 . C T 1669.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6042;MQ=60.00;QD=32.38;SOR=0.741 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10258753 . T C 355.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2160;MQ=60.00;QD=27.70;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 10267713 . C A 161.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0111;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 10272508 . C T 49.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0720;MQ=60.00;QD=12.33;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 10280948 . C A 486.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2289;MQ=60.00;QD=33.42;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 10311911 . A G 105.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0272;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 10311912 . C T 104.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0418;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=20.99;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 10313361 . G T 279.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1759;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr2 10359046 . T A 42.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0104;MQ=60.00;QD=21.15;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 10369770 . A T 590.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2565;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,258 Chr2 10408026 . G A 48.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0392;MQ=60.00;QD=12.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 10410325 . A C 172.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0894;MQ=60.00;QD=21.61;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,262 Chr2 10425020 . A G 56.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0931;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=18.96;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 10425855 . C A 41.96 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2331;MQ=60.00;MQRankSum=-4.050e-01;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.575 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr2 10491756 . G A 54.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0075;MQ=44.95;MQRankSum=0.804;QD=27.25;ReadPosRankSum=0.804;SOR=2.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 10496663 . G T 199.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0007;MQ=57.63;MQRankSum=-7.200e-01;QD=19.97;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 10514264 . T A 242.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1088;MQ=60.00;QD=34.63;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,223 Chr2 10520540 . C T 5077.01 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3922;MQ=60.00;QD=29.64;SOR=0.874 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10593683 . T G 32.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=10;FS=3.680;InbreedingCoeff=-0.1319;MQ=47.18;MQRankSum=-9.220e-01;QD=4.67;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=2.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:0:0,0,250 Chr2 10594606 . G A 397.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.690e-01;ClippingRankSum=-7.200e-02;DP=16;FS=3.231;InbreedingCoeff=-0.1106;MQ=44.64;MQRankSum=-1.001e+00;QD=7.80;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.543 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:16,0:16:6:0,6,374 Chr2 10598008 . G A 431.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=15;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2293;MQ=59.83;MQRankSum=-5.220e-01;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.744 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,0:15:45:0,45,486 Chr2 10601926 . G A 322.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.198;DP=14;FS=2.652;InbreedingCoeff=0.0440;MQ=53.18;MQRankSum=-1.067e+00;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.013 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:14,0:14:33:0,33,495 Chr2 10602432 . C T 78.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.700e-02;ClippingRankSum=-2.083e+00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0712;MQ=58.95;MQRankSum=0.694;QD=5.24;ReadPosRankSum=-2.855e+00;SOR=0.646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,217 Chr2 10602997 . C T 179.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=11;FS=11.666;InbreedingCoeff=-0.0764;MQ=56.82;MQRankSum=0.00;QD=25.68;ReadPosRankSum=0.922;SOR=3.456 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:27:0,27,405 Chr2 10603313 . C A 295.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.16;ClippingRankSum=0.800;DP=18;FS=1.451;InbreedingCoeff=-0.0464;MQ=57.53;MQRankSum=0.322;QD=17.38;ReadPosRankSum=-1.652e+00;SOR=0.957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:18,0:18:51:0,51,765 Chr2 10605229 . G A 40.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.720;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0861;MQ=46.94;MQRankSum=1.38;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.50;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,297 Chr2 10611357 . A G 85.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0807;MQ=60.00;QD=28.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 10611901 . C T 589.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=3;FS=1.450;InbreedingCoeff=0.3036;MQ=54.33;MQRankSum=-4.290e-01;QD=20.33;ReadPosRankSum=0.429;SOR=1.091 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 10678252 . C T 47.19 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0387;MQ=60.00;QD=15.73;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10738423 . G A 114.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1136;MQ=60.00;QD=28.65;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,209 Chr2 10740037 . T A 9191.94 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=6.969;InbreedingCoeff=0.6523;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=34.15;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.539 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:10740037_T_A:90,6,0 Chr2 10741595 . A G 620.96 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3604;MQ=60.00;QD=28.23;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10742058 . C T 3259.26 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7399;MQ=60.00;QD=28.84;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:115,9,0 Chr2 10745378 . A G 1416.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5208;MQ=60.00;QD=29.02;SOR=0.811 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10748590 . T C 2054.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5096;MQ=44.72;QD=25.84;SOR=1.390 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 10753095 . C A 1410.52 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=2.637;InbreedingCoeff=0.2886;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=31.34;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.469 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:10753095_C_A:90,6,0 Chr2 10769752 . A T 164.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1302;MQ=60.00;QD=18.33;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr2 10773064 . T C 1365.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4208;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=28.90;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 10780350 . T G 1078.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4338;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.351 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 10781010 . A G 1630.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6936;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=27.64;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.266 GT:AD:DP ./.:9,0:9 Chr2 10792985 . G A 87.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0870;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 10807698 . G T 44.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1098;MQ=60.00;QD=14.79;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10820607 . A G 121.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0690;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr2 10827850 . C A 212.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1198;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 10834998 . A C 153.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0393;MQ=60.00;QD=19.25;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr2 10845677 . C A 209.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1677;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr2 10867874 . A G 2033.75 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5426;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=27.12;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23:118,0,23 Chr2 10873677 . C T 248.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1995;MQ=60.00;QD=31.70;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 10892947 . C G 1525.41 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6265;MQ=60.00;QD=30.51;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 Chr2 10900769 . C T 194.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1843;MQ=60.00;QD=32.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr2 10905549 . G A 164.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1433;MQ=60.00;QD=32.93;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 10927521 . A G 1020.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3696;MQ=60.00;QD=33.62;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 10927900 . A G 267.88 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5346;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.42;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 11056362 . C T 5374.42 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6876;MQ=60.00;QD=29.02;SOR=0.912 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:11056348_G_A:270,18,0 Chr2 11069074 . A C 156 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0749;MQ=60.00;QD=22.29;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr2 11112939 . C G 1806.67 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.751;DP=9;FS=3.658;InbreedingCoeff=0.6319;MQ=60.00;MQRankSum=0.751;QD=25.45;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:15:265,0,15 Chr2 11121024 . A C 1644.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=4;FS=3.704;InbreedingCoeff=0.5232;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=26.11;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr2 11150171 . T G 3533.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=3.095;InbreedingCoeff=0.6984;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.04;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 11156522 . T G 2176.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6129;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.931 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,127 Chr2 11199633 . T C 11467.53 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5596;MQ=60.00;QD=32.86;SOR=0.932 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:150,12,0 Chr2 11210314 . T A 4397.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.980e-01;ClippingRankSum=0.898;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6715;MQ=60.00;MQRankSum=0.480;QD=34.39;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,150 Chr2 11230312 . T C 350.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2193;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 11257045 . T A 2619.13 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6309;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.76;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.130 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:209,15,0 Chr2 11285251 . G A 55.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2135;MQ=33.00;QD=27.86;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 11297777 . T C 3855.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3549;MQ=60.00;QD=32.40;SOR=1.476 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 11325952 . C A 65.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0571;MQ=58.79;QD=16.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 11327453 . C T 2127.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.730e-01;ClippingRankSum=-2.480e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1950;MQ=60.00;MQRankSum=0.573;QD=28.36;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.678 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 11361892 . C T 80.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0345;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 11362759 . A G 347.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2452;MQ=60.00;QD=34.78;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 11366526 . C T 175.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0775;MQ=60.00;QD=29.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 11368825 . G T 34.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0622;MQ=60.00;QD=17.27;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 11391753 . T C 43.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0059;MQ=60.00;QD=14.59;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 11399000 . A C 164.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=1.38;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0304;MQ=58.17;MQRankSum=-7.200e-01;QD=30.07;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 11435653 . C T 80.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0002;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=13.40;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 11474249 . T A 491.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3023;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr2 11488147 . A G 303.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3553;MQ=60.00;QD=20.24;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 11517620 . T A 47.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1310;MQ=60.00;QD=11.91;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr2 11542210 . G A 46.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0179;MQ=60.00;QD=23.01;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 11544669 . T C 316.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0475;MQ=57.23;QD=29.87;SOR=2.093 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 11548493 . G T 244.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1488;MQ=60.00;QD=22.27;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 11560161 . T G 43.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0622;MQ=60.00;QD=14.41;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 11563513 . A G 114.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2212;MQ=60.00;QD=14.28;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 11566718 . C G 1565.85 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=6;FS=2.660;InbreedingCoeff=0.5296;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=27.96;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.234 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:243,18,0 Chr2 11597665 . G A 504.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4036;MQ=60.00;QD=33.61;SOR=1.112 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 11603770 . G A 704.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5065;MQ=60.00;QD=30.71;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 Chr2 11623827 . C T 53.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0485;MQ=65.19;QD=26.75;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 11625987 . T G 263.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2438;MQ=60.00;QD=28.63;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 11627113 . C T 78.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0549;MQ=60.00;QD=19.61;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 11641451 . A C 414.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2867;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 11648494 . C T 79.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0973;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=15.89;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr2 11672014 . C A 1569.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5664;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr2 11674717 . C A 675.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2997;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 11682623 . A G 218.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2904;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 11691881 . G A 2296.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5812;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=0.950 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 11700476 . T A 464.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2609;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=1.292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 11702474 . G A 114.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1122;MQ=60.00;QD=28.56;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 11709477 . T C 1920.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5110;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=28.85;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.450 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 11717778 . G C 45.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0931;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 11723117 . G T 2251.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5884;MQ=60.00;QD=33.66;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 11741321 . A T 54.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.537e+00;ClippingRankSum=0.406;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0956;MQ=60.00;MQRankSum=0.988;QD=9.01;ReadPosRankSum=-9.880e-01;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,81 Chr2 11749688 . C G 42.67 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.573;DP=3;FS=5.354;InbreedingCoeff=-0.0813;MQ=60.00;MQRankSum=0.376;QD=18.01;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.178 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 11914708 . T C 39.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0265;MQ=60.00;QD=13.18;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 11947862 . C T 3052.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6519;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.00;ReadPosRankSum=1.47;SOR=0.869 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 11968862 . G A 1333.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5920;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr2 11987690 . T G 592.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4751;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 11989210 . G A 72.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0587;MQ=60.00;QD=18.10;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12016294 . G T 42.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0479;MQ=60.00;QD=14.10;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,254 Chr2 12030053 . C T 84.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1651;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 12043500 . C T 165.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0676;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 12062709 . T C 53.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0919;MQ=60.00;QD=10.77;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 Chr2 12122500 . C A 73.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0236;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 12153541 . T A 47.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0347;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 12154615 . A C 718.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4039;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 12175450 . T G 46.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0062;MQ=51.79;QD=23.21;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr2 12179838 . G C 1525.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6207;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=1.292 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,76 Chr2 12247911 . C T 585.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3161;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 12270301 . T G 32.12 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1163;MQ=51.00;QD=16.06;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:12270288_G_A:45,3,0 Chr2 12290306 . C T 249.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0933;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 12294382 . T G 230.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2492;MQ=60.00;QD=32.98;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 12320537 . C T 43.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0384;MQ=60.00;QD=21.88;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 12382688 . G A 123.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0979;MQ=60.00;QD=20.64;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 12385239 . A G 69.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0411;MQ=59.67;QD=23.03;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 12433323 . G T 1684.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5111;MQ=60.00;QD=32.63;SOR=1.206 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 12433737 . T G 4193.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6721;MQ=60.00;QD=34.91;SOR=0.734 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 12438794 . T C 388.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2684;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr2 12441595 . G A 554.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=1.643;InbreedingCoeff=0.0248;MQ=57.09;MQRankSum=0.546;QD=29.17;ReadPosRankSum=0.296;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 12448079 . A T 1767.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5931;MQ=60.00;QD=31.02;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr2 12450411 . C T 45.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0680;MQ=58.52;QD=22.66;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12452311 . C T 158.57 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1668;MQ=60.00;QD=31.71;SOR=3.611 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:12452301_G_A:90,6,0 Chr2 12459997 . C T 369.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3484;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr2 12460590 . A G 1334.09 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5141;MQ=60.00;QD=30.59;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:12460579_C_A:180,12,0 Chr2 12461366 . G A 80.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2264;MQ=59.00;QD=33.34;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12464060 . A C 754.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4257;MQ=60.00;QD=31.21;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 12464624 . T A 128.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0918;MQ=60.00;QD=32.14;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr2 12466045 . A G 566.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=15.456;InbreedingCoeff=-0.0855;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.731;SOR=2.684 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr2 12480264 . G T 225.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1111;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=4.407 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 12491692 . A G 1015.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5771;MQ=60.00;QD=30.76;SOR=0.749 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 12517673 . G T 49.71 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0545;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12556288 . T C 2519.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4018;MQ=60.00;QD=28.39;SOR=0.767 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12584598 . C T 318.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=0.747;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0818;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=31.89;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.525 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 12584607 . C T 119.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1004;MQ=60.00;QD=19.85;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 12585534 . T C 1143.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3440;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.883 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 12592774 . A T 126.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0458;MQ=60.00;QD=21.10;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 12593905 . C T 37.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0413;MQ=60.00;QD=9.33;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 12623926 . C T 290.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3756;MQ=60.00;QD=31.29;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12624403 . C A 888.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3824;MQ=60.00;QD=32.48;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,65 Chr2 12647408 . C T 3096.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=7;FS=2.925;InbreedingCoeff=0.5908;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=27.05;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.146 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,180 Chr2 12658966 . A T 230.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0918;MQ=56.04;MQRankSum=0.382;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 12661991 . C T 261.49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0607;MQ=53.51;QD=25.17;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12681466 . A G 538.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4034;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 12686620 . T C 306.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2078;MQ=60.00;QD=34.03;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 12704536 . A T 136.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0931;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 12717197 . T C 56.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1488;MQ=46.52;QD=28.02;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12719737 . G T 718.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4845;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr2 12752709 . G A 6339.49 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=3.388;InbreedingCoeff=0.6180;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=32.68;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:217,18,0 Chr2 12757693 . T C 373.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1925;MQ=60.00;QD=28.74;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr2 12801852 . A C 119.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0352;MQ=53.95;MQRankSum=-1.495e+00;QD=13.32;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12804387 . C A 49.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0820;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr2 12812870 . G A 208.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1288;MQ=33.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=18.95;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 12838716 . T C 2114.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=7;FS=3.869;InbreedingCoeff=0.5395;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,244 Chr2 12856426 . A T 125.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0955;MQ=60.00;QD=20.88;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr2 12865777 . C T 1371.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=2.794;InbreedingCoeff=0.5255;MQ=60.00;MQRankSum=0.193;QD=24.94;ReadPosRankSum=1.54;SOR=0.235 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 Chr2 12872367 . T C 2162.64 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-3.650e-01;DP=4;FS=4.819;InbreedingCoeff=0.6367;MQ=60.00;MQRankSum=1.04;QD=29.52;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.514 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:12872367_T_C:180,12,0 Chr2 12876696 . T G 100.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1200;MQ=60.00;QD=16.80;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 12877327 . T A 328.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3728;MQ=60.00;QD=32.85;SOR=1.270 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12913277 . T G 8199.16 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7228;MQ=60.00;QD=32.03;SOR=0.887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:121,9,0 Chr2 12961502 . G T 139.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0764;MQ=54.79;QD=34.76;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 12963675 . C T 272.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4357;MQ=54.80;QD=27.21;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr2 12973846 . A G 2626.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7605;MQ=60.00;QD=28.55;SOR=0.829 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 12989398 . G T 261.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1034;MQ=60.00;QD=29.01;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 12990297 . G A 474.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2125;MQ=60.00;QD=33.21;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr2 13011391 . T G 374.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2946;MQ=60.00;QD=30.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 13023955 . G A 152.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0931;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr2 13032552 . C T 1814.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5493;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=1.464 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 13109102 . C A 1449.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6060;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=1.151 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr2 13145936 . T C 288.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1629;MQ=60.00;QD=28.81;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 13170784 . G T 1023.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4903;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=24.97;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 13214922 . C A 6089.53 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4849;MQ=60.00;QD=30.45;SOR=0.703 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:108,9,0 Chr2 13227773 . G A 229.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=8.351;InbreedingCoeff=-0.0816;MQ=55.86;MQRankSum=-7.270e-01;QD=28.71;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.082 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 13427131 . C T 2825.90 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=4;FS=6.058;InbreedingCoeff=0.6065;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=28.84;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25:71,0,25 Chr2 13443754 . G A 99.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0468;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 13461815 . G T 390.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3636;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,144 Chr2 13480402 . A G 426.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3926;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,268 Chr2 13488262 . A G 128.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0453;MQ=60.00;QD=32.20;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 13488265 . G T 128.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0589;MQ=60.00;QD=32.15;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr2 13489117 . A G 1767.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.568e+00;ClippingRankSum=-3.650e-01;DP=3;FS=1.681;InbreedingCoeff=0.5107;MQ=60.00;MQRankSum=-1.036e+00;QD=29.71;ReadPosRankSum=-7.410e-01;SOR=0.418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr2 13493975 . C T 429.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2678;MQ=60.00;QD=32.00;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 13514158 . T C 1432.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5439;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=26.53;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.732 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 13548754 . C T 428.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1009;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=18.65;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.481 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 13552035 . T C 1328.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.370e-01;ClippingRankSum=0.550;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6277;MQ=60.00;MQRankSum=-9.370e-01;QD=23.72;ReadPosRankSum=-9.370e-01;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,227 Chr2 13574523 . C G 35.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0869;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=7.09;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,128 Chr2 13581215 . T G 1137.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5635;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 13595422 . T C 645.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4437;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,290 Chr2 13599216 . T G 1249.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4980;MQ=60.00;QD=29.07;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 13634379 . C T 50.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0280;MQ=48.66;QD=25.11;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 13685324 . A C 115.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0977;MQ=60.00;QD=16.48;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 13708338 . G T 453.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2368;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr2 13717688 . A G 135.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0064;MQ=60.00;QD=33.85;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 13728448 . G A 908.88 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=7;FS=3.912;InbreedingCoeff=0.4211;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=26.73;ReadPosRankSum=0.742;SOR=1.000 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:21:161,0,21 Chr2 13767178 . G A 409.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2083;MQ=60.00;MQRankSum=1.59;QD=19.51;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 13797416 . A T 1906.12 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6450;MQ=60.00;QD=34.04;SOR=1.421 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr2 13798285 . C T 333.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2170;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr2 13844828 . T C 3368.50 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.579;DP=5;FS=3.066;InbreedingCoeff=0.5885;MQ=60.00;MQRankSum=-8.100e-01;QD=30.90;ReadPosRankSum=-1.736e+00;SOR=0.280 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:175,15,0 Chr2 13849763 . C T 144.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0034;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 13879113 . C T 52.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0685;MQ=60.00;QD=13.18;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,111 Chr2 13902257 . T C 437.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3335;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 13910521 . A T 220.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0931;MQ=60.00;QD=22.06;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr2 14010069 . A G 243.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1353;MQ=60.00;QD=34.73;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr2 14012810 . C T 566.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3255;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,252 Chr2 14153671 . T C 40.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0610;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr2 14296853 . T A 178.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1911;MQ=60.00;QD=34.49;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 14298437 . G C 174.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0478;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=34.85;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.595 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 14322457 . C T 38.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0458;MQ=60.00;QD=19.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 14378531 . A T 1347.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.406;DP=1;FS=3.989;InbreedingCoeff=0.0064;MQ=59.67;MQRankSum=-7.360e-01;QD=16.24;ReadPosRankSum=-8.670e-01;SOR=1.296 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 14390386 . A T 44.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=60.00;QD=11.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 14413646 . A T 395.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3955;MQ=60.00;QD=30.74;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 14445592 . A G 309.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2446;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.976 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 14452199 . G T 37.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0747;MQ=60.00;QD=18.88;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:24:0,24,360 Chr2 14471404 . C T 127.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0883;MQ=60.00;QD=18.23;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,311 Chr2 14544458 . C T 38.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0336;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 14574198 . A T 170.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0491;MQ=60.00;QD=34.17;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 14580209 . G C 109.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1616;MQ=60.00;QD=18.19;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 14597975 . G T 8318.40 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6815;MQ=60.00;QD=27.64;SOR=0.720 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:129,12,0 Chr2 14670709 . A T 4152.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6575;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.713 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 14692032 . T A 1113.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5410;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 14722273 . G A 1253.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.212;InbreedingCoeff=0.5023;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=25.07;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 14738427 . A G 44.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0441;MQ=60.00;QD=22.27;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr2 14755052 . C T 172.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0206;MQ=60.00;QD=34.52;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr2 14756901 . A G 7814.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6207;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=32.88;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.558 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 14837337 . T A 160.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-7.470e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0803;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=20.09;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 14851831 . C T 41.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1119;MQ=60.00;QD=13.95;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 14860090 . G A 34.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=8;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.1040;MQ=57.66;MQRankSum=1.03;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,290 Chr2 14900954 . C T 2011.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6366;MQ=60.00;QD=28.33;SOR=0.898 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 14909745 . G A 472.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2970;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr2 14940121 . A T 370.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2582;MQ=60.00;QD=31.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 14982182 . C G 195.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.751;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0584;MQ=60.00;MQRankSum=0.751;QD=21.69;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 15025206 . C T 53.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1694;MQ=60.00;QD=10.73;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr2 15026783 . G C 1284.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3621;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr2 15038535 . A G 737.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3682;MQ=60.00;QD=31.42;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr2 15086865 . A T 46.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0022;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 15175444 . G T 1256.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6030;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=31.16;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 15207706 . T C 200.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1061;MQ=60.00;QD=33.41;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr2 15273802 . T C 3764.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.608;DP=11;FS=7.306;InbreedingCoeff=-0.0154;MQ=60.00;MQRankSum=0.133;QD=18.45;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.511 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:33:0,33,317 Chr2 15285351 . T C 663.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4998;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,113 Chr2 15312996 . T C 243.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2491;MQ=60.00;QD=18.71;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr2 15320663 . T C 537.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3871;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 15328037 . A T 87.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0380;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 15370463 . A C 8645.94 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5965;MQ=60.00;MQRankSum=0.696;QD=29.61;ReadPosRankSum=1.50;SOR=0.787 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr2 15441101 . G A 120.94 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0621;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:175,15,0 Chr2 15465889 . A T 87.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0361;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 15477904 . G C 4406.23 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6853;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=0.956 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:15477901_G_C:270,18,0 Chr2 15495463 . T A 44.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0803;MQ=60.00;QD=22.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,111 Chr2 15545944 . A T 72.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0689;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 15606770 . T C 323.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2050;MQ=60.00;MQRankSum=1.50;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.538 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 15609585 . A C 32.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0318;MQ=60.00;QD=16.06;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr2 15625665 . T A 1635.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6218;MQ=60.00;QD=29.21;SOR=0.796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 15660978 . A T 99.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0352;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 15670842 . C T 7312.20 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=3.579;InbreedingCoeff=0.6541;MQ=60.00;MQRankSum=1.68;QD=27.07;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.238 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,81 Chr2 15787110 . G A 54.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0695;MQ=60.00;QD=10.92;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr2 15791319 . C T 86.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0485;MQ=60.00;QD=28.88;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 15846891 . A T 280 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1477;MQ=60.00;QD=29.44;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,217 Chr2 15876636 . A C 91.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0235;MQ=60.00;QD=30.51;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 15878937 . T C 70.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1492;MQ=60.00;QD=30.82;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 15882794 . T A 728.27 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=3.310;InbreedingCoeff=0.1427;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=30.02;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.643 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,203 Chr2 15984252 . C T 163.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0867;MQ=60.00;QD=32.79;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr2 15994689 . A G 576.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3846;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 16014034 . T G 3961.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=1.68;DP=0;FS=8.260;InbreedingCoeff=0.6211;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.59;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.304 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 16014478 . T C 223.18 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1851;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:121,9,0 Chr2 16016328 . T G 33.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1330;MQ=60.00;QD=16.55;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 16020779 . T C 112.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0344;MQ=51.79;MQRankSum=-1.026e+00;QD=18.82;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 16030243 . G A 276.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1048;MQ=60.00;QD=30.67;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 16120564 . A T 162.23 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0960;MQ=60.00;QD=32.45;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr2 16321717 . T G 40.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0011;MQ=60.00;QD=13.40;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 16347340 . G A 130.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0180;MQ=57.45;QD=32.66;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 16427991 . G T 132.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0896;MQ=60.00;QD=18.91;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,110 Chr2 16462922 . G A 119.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.30;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0893;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 16552740 . C A 65.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0374;MQ=60.00;QD=16.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr2 16607279 . G A 108.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1168;MQ=60.00;QD=21.74;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 16641367 . C A 186.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0705;MQ=60.00;QD=23.33;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 16646117 . A T 1588.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5774;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 16677481 . A C 42.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0477;MQ=60.00;QD=14.16;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 16696554 . C A 859.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5972;MQ=60.00;QD=30.62;SOR=0.976 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 16717630 . G T 125.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0883;MQ=60.00;QD=20.90;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr2 16744623 . A T 214.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1631;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=2.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 16759893 . T C 231.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1721;MQ=60.00;QD=33.08;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 16805439 . C T 128.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0993;MQ=60.00;QD=32.11;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr2 16828164 . A T 12845.96 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=2;FS=5.010;InbreedingCoeff=0.6537;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380e+00;QD=30.93;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.759 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:16828154_A_G:90,6,0 Chr2 16836860 . G A 4843.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7195;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=0.896 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr2 16853878 . C A 81.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0839;MQ=60.00;QD=20.49;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 16856144 . T A 43.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0431;MQ=60.00;QD=14.42;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 16870116 . C T 80.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0888;MQ=60.00;QD=20.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 16875736 . A T 195.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1533;MQ=60.00;QD=32.61;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 16876541 . G A 182.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=-1.000e-01;DP=2;FS=1.824;InbreedingCoeff=-0.1331;MQ=40.50;MQRankSum=0.367;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.30;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr2 16902886 . T C 235.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=5;FS=5.119;InbreedingCoeff=0.0947;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.10;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.419 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,111 Chr2 16972717 . T G 60.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=43.00;QD=30.43;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 17003474 . T G 216.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1850;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 17093720 . A C 1361.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=4.276;InbreedingCoeff=0.0573;MQ=38.09;MQRankSum=-3.580e-01;QD=17.23;ReadPosRankSum=-3.610e-01;SOR=0.407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr2 17099397 . G T 84.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0676;MQ=60.00;QD=16.81;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr2 17140943 . G T 346.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2190;MQ=60.00;QD=31.52;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,81 Chr2 17154422 . G C 86.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1128;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr2 17155944 . C G 103.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0843;MQ=60.00;QD=20.72;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 17160204 . C T 137.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0743;MQ=60.00;QD=34.49;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 17183028 . T A 44.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0310;MQ=60.00;QD=22.06;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 17193360 . T C 119.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0071;MQ=60.00;QD=29.86;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 17213995 . T A 80 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.920e-01;ClippingRankSum=0.085;DP=0;FS=1.987;InbreedingCoeff=0.2043;MQ=60.00;MQRankSum=0.423;QD=17.61;ReadPosRankSum=-2.540e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 17343720 . G A 545.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=0;FS=3.074;InbreedingCoeff=0.4608;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=22.72;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.144 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 17367475 . A T 1064.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.410e-01;ClippingRankSum=-6.330e-01;DP=7;FS=1.756;InbreedingCoeff=0.4150;MQ=60.00;MQRankSum=-3.650e-01;QD=23.65;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr2 17376919 . G A 4835.48 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.040e-01;ClippingRankSum=0.248;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7330;MQ=60.00;MQRankSum=-2.480e-01;QD=28.44;ReadPosRankSum=-2.480e-01;SOR=0.585 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:182,18,0 Chr2 17396869 . G A 1930.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=4.949;InbreedingCoeff=0.5533;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.59;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.842 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 17408872 . G A 49.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0002;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 17447148 . G T 204.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1915;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 17458386 . A C 568.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2504;MQ=60.00;QD=30.76;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 17460372 . T C 9077.42 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3596;MQ=60.00;QD=32.42;SOR=0.744 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:182,18,0 Chr2 17488442 . T C 423.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.00;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1361;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:8:0,8,308 Chr2 17500440 . C A 88.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0313;MQ=60.00;QD=29.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr2 17531005 . C T 49.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1270;MQ=34.07;QD=16.64;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 17547608 . G T 43.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1975;MQ=60.00;QD=10.95;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 Chr2 17553126 . A T 78.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0234;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 17560116 . A T 1963.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7236;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 17582322 . G A 44.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0461;MQ=60.00;QD=22.32;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr2 17626848 . T C 569.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4966;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr2 17627076 . A G 434.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2454;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 17635093 . G A 780.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3574;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 17670882 . T C 124.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0902;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 17672327 . G A 156.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1005;MQ=60.00;QD=31.38;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 17706485 . G C 104.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0422;MQ=60.00;QD=20.90;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 17723862 . G A 323.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0088;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 17752915 . G A 141.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1127;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 17758781 . C T 39.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0126;MQ=60.00;QD=19.65;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr2 17761015 . T C 2027.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6723;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=1.240 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 17790448 . G A 38.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0751;MQ=58.85;MQRankSum=0.00;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr2 17901732 . G T 1198.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5265;MQ=60.00;QD=30.58;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr2 17956770 . G A 129.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2103;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 Chr2 17966572 . G T 441.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1956;MQ=60.00;QD=29.74;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 17985303 . C G 315.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2348;MQ=60.00;QD=31.64;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 17985768 . A T 175.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2487;MQ=60.00;QD=33.93;SOR=2.584 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 17986854 . C A 398.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2453;MQ=60.00;QD=30.14;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,137 Chr2 17987795 . T G 122.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0441;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 18017055 . C A 108.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1415;MQ=60.00;QD=21.68;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr2 18044590 . G C 84.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0285;MQ=60.00;QD=21.19;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr2 18045338 . C T 48.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0263;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 18046483 . T C 206.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1768;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 18070880 . G T 457.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3662;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,196 Chr2 18077849 . A G 291.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2434;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 18086717 . G C 641.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4282;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr2 18093393 . C T 95.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1238;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 18154637 . C G 268.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0872;MQ=60.00;QD=29.80;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr2 18200446 . C T 2078.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5434;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=31.49;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.290 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 18240121 . G A 82.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0935;MQ=60.00;QD=16.56;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 18253894 . C T 1898.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=3.358;InbreedingCoeff=0.5321;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=28.77;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.469 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr2 18262225 . C G 994.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4315;MQ=60.00;QD=31.06;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 18274033 . T A 2394.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7082;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 18277898 . G T 5473.23 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=4;FS=3.036;InbreedingCoeff=0.7407;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=30.24;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 Chr2 18286700 . G A 2539.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6313;MQ=60.00;QD=30.77;SOR=1.107 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 18296097 . C A 4329.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7231;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.49;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.241 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,144 Chr2 18296497 . C T 3890.35 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0237;MQ=60.00;QD=29.26;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr2 18443937 . A G 44.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0203;MQ=60.00;QD=14.84;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 18446658 . A C 2680.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5822;MQ=60.00;QD=33.17;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:12:1|1:18446658_A_C:177,12,0 Chr2 18488665 . A T 304.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2218;MQ=60.00;QD=23.41;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 18530782 . G T 146.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2212;MQ=60.00;QD=20.91;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 18551044 . T C 259.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1614;MQ=60.00;QD=21.60;SOR=1.445 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 18563514 . G A 85.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0307;MQ=39.30;QD=28.35;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 18608077 . G C 1247.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3721;MQ=60.00;QD=33.22;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 18610706 . G T 5062.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5953;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=30.87;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.767 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr2 18647078 . G A 225.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2372;MQ=60.00;QD=30.50;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 18676252 . G A 2378.54 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5878;MQ=60.00;QD=29.19;SOR=1.034 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:18676247_T_C:225,15,0 Chr2 18720493 . T A 45.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0009;MQ=60.00;QD=22.95;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr2 18726792 . A T 5347.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6975;MQ=60.00;QD=29.94;SOR=0.937 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:18726791_A_T:180,12,0 Chr2 18771633 . G A 555.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=4.093;InbreedingCoeff=-0.2062;MQ=60.00;MQRankSum=0.382;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.711 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 18817317 . C A 545.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2439;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 18871417 . G A 54.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1145;MQ=60.00;QD=10.90;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 18897457 . C T 4247.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7398;MQ=60.00;QD=30.78;SOR=0.814 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:205,15,0 Chr2 18946361 . A G 73.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0295;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 18957804 . A G 91.19 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0475;MQ=55.01;QD=35.65;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr2 18985617 . G A 43.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0302;MQ=60.00;QD=14.34;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr2 19031971 . A G 846.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1533;MQ=60.00;QD=23.76;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 19055024 . T C 351.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=3.424;InbreedingCoeff=0.2101;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=27.04;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.250 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr2 19061165 . G A 929.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.970e-01;DP=3;FS=6.240;InbreedingCoeff=0.1544;MQ=44.34;MQRankSum=-1.589e+00;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.032 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 19061277 . T G 69.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0222;MQ=55.23;QD=34.54;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 19061871 . C A 234.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.225;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0975;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.602 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr2 19063451 . T C 2424.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6001;MQ=47.61;QD=30.70;SOR=1.058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr2 19066725 . T G 164.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.198;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0740;MQ=55.79;MQRankSum=-1.980e-01;QD=23.44;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:0:0,0,182 Chr2 19069298 . T G 1217.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.43;ClippingRankSum=0.445;DP=5;FS=0.984;InbreedingCoeff=0.1928;MQ=59.69;MQRankSum=0.445;QD=19.33;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr2 19101103 . G T 344.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1016;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr2 19101181 . T C 648.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2177;MQ=60.00;QD=34.14;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 19101487 . A C 2156.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6660;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr2 19102510 . C T 149.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1384;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr2 19113947 . A T 36.19 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0248;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 19157028 . C G 60.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0099;MQ=60.00;QD=20.28;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 19181727 . T C 662.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4519;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=1.688 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr2 19204670 . G T 147.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1267;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr2 19207057 . T C 6895.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.8160;MQ=60.00;QD=29.85;SOR=0.728 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr2 19221169 . G A 964.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5349;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.798 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr2 19257111 . G A 42.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0256;MQ=60.00;QD=14.31;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr2 19295161 . A T 1548.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4738;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.02;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr2 19336715 . G A 173.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0115;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:5:0,5,196 Chr2 19354170 . G T 238.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3038;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 19394262 . T G 82.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0415;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr2 19399609 . T C 174.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0580;MQ=60.00;QD=34.83;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr2 19416341 . A G 526.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3032;MQ=60.00;QD=31.59;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr2 19439619 . G A 55.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0372;MQ=52.56;QD=18.42;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr2 19542866 . A T 40.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0219;MQ=60.00;QD=20.43;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr2 19543826 . C A 6016.18 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0413;MQ=60.00;QD=21.66;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 15757 . G A 224.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2459;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 40571 . G A 87.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0186;MQ=60.00;QD=17.56;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 Chr3 49488 . C A 798.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3932;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr3 59490 . T G 5058.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7293;MQ=60.00;QD=31.42;SOR=0.863 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:227,21,0 Chr3 64968 . T C 87.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0625;MQ=60.00;QD=21.92;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 Chr3 71075 . C T 1119.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5461;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380e+00;QD=25.45;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=0.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 98992 . G A 3549.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6796;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=34.04;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.552 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 210241 . C A 85.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1072;MQ=60.00;QD=28.65;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 245245 . G A 233.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1321;MQ=60.00;QD=33.30;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 245502 . G A 61.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0134;MQ=60.00;QD=20.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 250189 . T C 11700.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6339;MQ=60.00;QD=31.54;SOR=0.951 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 283470 . C T 1808.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.768e+00;ClippingRankSum=-3.540e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4578;MQ=60.00;MQRankSum=-3.540e-01;QD=32.88;ReadPosRankSum=-2.239e+00;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 334761 . T A 104 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0734;MQ=60.00;QD=20.80;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:121,9,0 Chr3 377999 . A G 1059.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5622;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 378818 . A G 53.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0666;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=17.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,262 Chr3 395600 . A T 106.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1264;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 418920 . C T 867.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5012;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=1.828 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 Chr3 486077 . A T 531.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1940;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=31.28;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 498719 . G A 46.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0200;MQ=60.00;QD=15.63;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 507671 . A T 121.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2103;MQ=60.00;QD=15.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 525152 . C T 98.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.34;ClippingRankSum=0.212;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0698;MQ=51.39;MQRankSum=-1.626e+00;QD=7.01;ReadPosRankSum=1.77;SOR=0.412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 560264 . G C 81.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0839;MQ=60.00;QD=20.28;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 576974 . A G 229.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1739;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 577365 . C T 11277.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6772;MQ=60.00;QD=32.78;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 623142 . C G 79.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0777;MQ=60.00;QD=13.19;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 638181 . C A 580.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3220;MQ=60.00;QD=31.69;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:638138_AATAAGTTCGGCCATGACAC_A:45,3,0 Chr3 654195 . A T 2366.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6395;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr3 693818 . T C 45.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0367;MQ=60.00;QD=22.57;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 737137 . A T 441.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2280;MQ=60.00;QD=29.53;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,193 Chr3 750690 . C T 156.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1097;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 765018 . A T 1541.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5325;MQ=60.00;QD=30.53;SOR=1.206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 767604 . G A 1590.42 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5760;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 Chr3 767744 . G A 218.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0008;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 784603 . A G 35.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=8;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.0843;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.736;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 818593 . T G 345.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2232;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 827014 . A T 665.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6113;MQ=60.00;QD=39.93;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 845510 . A T 134.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=59.67;QD=37.27;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr3 897744 . G A 1705.62 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5572;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=2.531 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:897626_CG_C:270,18,0 Chr3 915170 . A G 202.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1808;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 964330 . A G 641.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1934;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=34.19;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.395 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 990421 . G A 511.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7156;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=1.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,274 Chr3 1028694 . A C 238.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2708;MQ=60.00;QD=21.67;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 1035332 . C T 1629.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5765;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.724 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 1036927 . C T 2902.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6121;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=33.00;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.408 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,169 Chr3 1124053 . C A 395.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=6.117;InbreedingCoeff=-0.0868;MQ=57.64;MQRankSum=-7.310e-01;QD=31.02;ReadPosRankSum=0.736;SOR=2.437 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 1161889 . A T 84.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0176;MQ=60.00;QD=21.06;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,53 Chr3 1171038 . T C 42.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1348;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 1174085 . G T 44.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0865;MQ=60.00;QD=22.27;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 1185199 . T A 140.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1324;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,161 Chr3 1200133 . C T 412.22 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3066;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 1293628 . A T 1276.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5294;MQ=54.66;QD=26.59;SOR=1.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 1319580 . T A 291.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2493;MQ=60.00;QD=22.46;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr3 1386425 . G T 4545.35 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7270;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=28.41;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.706 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:101,12,0 Chr3 1406535 . A G 4449.88 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7572;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=1.225 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr3 1412750 . T A 173.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0352;MQ=60.00;QD=34.73;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 1436048 . C T 2444.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=6;FS=4.281;InbreedingCoeff=0.6525;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=30.18;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr3 1448786 . T C 6352.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7889;MQ=60.00;QD=29.28;SOR=0.772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 1555319 . G A 155.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0383;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr3 1558596 . A G 659.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.113;DP=8;FS=3.834;InbreedingCoeff=0.2827;MQ=60.00;MQRankSum=-9.060e-01;QD=26.39;ReadPosRankSum=-5.660e-01;SOR=1.256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 1573157 . G A 4195.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6568;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.884 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 1576196 . C G 195.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2696;MQ=60.00;QD=21.77;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 1595626 . G A 45.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0035;MQ=58.03;QD=22.77;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 1600070 . G T 75.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0996;MQ=60.00;QD=31.61;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 1605009 . C T 2259.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.406;DP=7;FS=8.278;InbreedingCoeff=0.1320;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=21.73;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.249 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,195 Chr3 1675585 . G A 673.44 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3173;MQ=60.00;QD=32.27;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:1675579_T_C:45,3,0 Chr3 1746678 . A C 132.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0195;MQ=60.00;QD=33.04;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 1769606 . C T 103.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1676;MQ=60.00;QD=20.80;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:9:0,9,135 Chr3 1782394 . C A 122.07 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2076;MQ=60.00;QD=20.35;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:101,12,0 Chr3 1832505 . C A 246.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2855;MQ=60.00;QD=30.80;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 1841825 . C T 1681.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5925;MQ=60.00;QD=30.95;SOR=1.447 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 1848145 . A T 75.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1351;MQ=60.00;QD=32.33;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 1849159 . T A 73.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1360;MQ=60.00;QD=28.35;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 1911132 . C A 258.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2119;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 1916474 . A G 83.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0521;MQ=60.00;QD=20.80;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 1917527 . A C 137.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0978;MQ=60.00;QD=19.63;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 1921027 . A C 713.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3824;MQ=60.00;QD=23.03;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 1961298 . T G 492.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.937;DP=1;FS=2.620;InbreedingCoeff=-0.0146;MQ=47.05;MQRankSum=0.804;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.01;SOR=1.062 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 1964640 . C A 70.43 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1697;MQ=27.00;QD=17.61;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 1997699 . G A 105.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1691;MQ=60.00;QD=21.19;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 2057316 . C T 105.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1509;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 2081872 . T A 131.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0779;MQ=60.00;QD=18.84;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,145 Chr3 2103400 . A T 798.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3200;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 2108862 . G A 197.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0554;MQ=60.00;QD=28.17;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr3 2125003 . G C 115.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0957;MQ=60.00;QD=28.81;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,201 Chr3 2168414 . C G 38.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0505;MQ=60.00;QD=12.69;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 2307601 . G A 111.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1174;MQ=60.00;QD=18.58;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr3 2360463 . T C 114.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1270;MQ=60.00;QD=19.14;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 2379243 . T G 4767.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5545;MQ=60.00;QD=32.90;SOR=1.089 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 2437463 . A T 213.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0963;MQ=60.00;QD=30.60;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr3 2454468 . G T 257.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0406;MQ=60.00;QD=29.42;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 2459262 . T A 177.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1331;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=2.584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 2480531 . C A 37.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0459;MQ=60.00;QD=18.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 2535224 . G C 1176.79 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.495e+00;ClippingRankSum=1.50;DP=4;FS=1.786;InbreedingCoeff=0.5924;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=22.20;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.663 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 Chr3 2593106 . T A 157.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1206;MQ=60.00;QD=19.67;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 2665388 . T G 344.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1476;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 2705910 . A G 238.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1061;MQ=60.00;QD=29.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr3 2715695 . C T 5303.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.296;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7599;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=27.91;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.548 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 2724012 . G T 221.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1411;MQ=60.00;QD=31.70;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 2729161 . T A 1447.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.38;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4910;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=32.46;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr3 2787846 . T G 1258.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4705;MQ=60.00;QD=30.70;SOR=0.954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 2824497 . C G 185.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1031;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=30.87;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 2839387 . T G 86.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0313;MQ=60.00;QD=28.85;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,159 Chr3 2846828 . T A 49.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0305;MQ=60.00;QD=12.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 2854387 . C G 256.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0791;MQ=60.00;QD=29.10;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr3 2858597 . G T 538.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3772;MQ=60.00;QD=31.33;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr3 2868744 . T A 4146.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.19;ClippingRankSum=-7.170e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6243;MQ=52.31;MQRankSum=-1.186e+00;QD=28.92;ReadPosRankSum=-1.031e+00;SOR=0.712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 2891528 . G A 2105.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7240;MQ=60.00;QD=29.35;SOR=0.808 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 2894935 . A T 268.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2281;MQ=60.00;QD=33.52;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr3 2929597 . A C 150.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1930;MQ=60.00;QD=21.53;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 2932055 . T G 71.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0254;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 2948839 . A T 129.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1139;MQ=60.00;QD=16.22;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 3022242 . T C 138.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0454;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 3035707 . T A 297.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2441;MQ=60.00;QD=33.01;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,175 Chr3 3079119 . G C 71.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1103;MQ=60.00;QD=14.36;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 3121963 . G A 575.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-6.500e-02;DP=4;FS=5.184;InbreedingCoeff=0.0454;MQ=54.16;MQRankSum=-3.550e-01;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 3122985 . C A 50.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0440;MQ=44.01;QD=25.41;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 3156624 . A T 10911.66 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7391;MQ=60.00;QD=32.87;SOR=1.292 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:3156621_T_G:261,18,0 Chr3 3196176 . G A 8693.60 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1110;MQ=60.00;QD=33.31;SOR=0.830 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr3 3204358 . T G 584.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2460;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,65 Chr3 3213970 . G A 179.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1604;MQ=60.00;QD=22.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 3253058 . C G 46.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0228;MQ=60.00;QD=15.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 3271239 . A C 946.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4276;MQ=60.00;QD=33.58;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 3399463 . C T 82.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0345;MQ=60.00;QD=20.53;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr3 3441289 . G C 168.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0167;MQ=61.53;QD=24.12;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 3452985 . G C 69.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1395;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 3484099 . A G 303.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2031;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,309 Chr3 3493303 . C T 203.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1877;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 3495400 . T C 374.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.771;InbreedingCoeff=0.1898;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=33.66;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 3518394 . G A 2934.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6561;MQ=60.00;QD=29.94;SOR=0.888 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 3524678 . A C 1295.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4157;MQ=60.00;QD=29.11;SOR=0.826 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 3526939 . A T 127.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0746;MQ=60.00;QD=31.97;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 3550500 . A C 812.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.495e+00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4606;MQ=60.00;MQRankSum=-9.220e-01;QD=26.21;ReadPosRankSum=1.50;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,203 Chr3 3567068 . T C 5657.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6844;MQ=60.00;QD=30.87;SOR=0.843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 3607025 . T C 7703.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.620e-01;ClippingRankSum=0.762;DP=2;FS=1.453;InbreedingCoeff=0.6005;MQ=60.00;MQRankSum=0.762;QD=33.06;ReadPosRankSum=-7.620e-01;SOR=0.571 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:74,6,0 Chr3 3611722 . A G 530.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1951;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=33.16;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 3617264 . T C 42.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0661;MQ=60.00;QD=14.24;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 3631565 . T C 250.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2542;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 3650391 . T G 350.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3449;MQ=60.00;QD=21.91;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr3 3656076 . T A 2243.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7176;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr3 3670337 . A G 200.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1472;MQ=60.00;QD=28.59;SOR=4.174 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 3685857 . C T 45.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0133;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 3753289 . G T 330.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0895;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=33.09;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 3760148 . A T 211.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1685;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 3765806 . T A 1084.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4789;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=0.843 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,125 Chr3 3769905 . A G 918.08 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4968;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr3 3773423 . C A 2508.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4976;MQ=60.00;QD=34.43;SOR=1.042 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 3776052 . T C 232.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1483;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 Chr3 3782768 . A T 157.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1501;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=2.584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 3811972 . A G 666.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.410e-01;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2548;MQ=44.26;MQRankSum=-7.410e-01;QD=18.52;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.586 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 3817120 . A C 268.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2233;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=19.18;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 3859814 . T C 46.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0108;MQ=60.00;QD=23.27;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 3917668 . A C 305.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.59;ClippingRankSum=1.59;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1273;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 3928167 . G A 8193.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3852;MQ=60.00;QD=31.88;SOR=0.701 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr3 3934197 . T C 42.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0248;MQ=60.00;QD=14.33;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 3949731 . T A 122.08 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0162;MQ=60.00;QD=18.11;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4077376 . A T 1481.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5556;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=32.92;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.582 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4114573 . G C 6834.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6882;MQ=60.00;QD=33.34;SOR=1.212 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 4125752 . A T 71.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0350;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:3,0:3 Chr3 4277059 . C T 1657.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=1.283;InbreedingCoeff=0.4844;MQ=57.64;MQRankSum=0.727;QD=31.88;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4278944 . A G 4869.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.480;DP=0;FS=2.324;InbreedingCoeff=0.3357;MQ=60.00;MQRankSum=-6.330e-01;QD=25.10;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.917 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4279049 . A C 78.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0760;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.26;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.991 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4285671 . A T 433.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3673;MQ=60.00;QD=30.75;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4292188 . G A 2199.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6486;MQ=60.00;QD=28.20;SOR=1.040 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr3 4301234 . A T 56.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0417;MQ=60.00;QD=18.67;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,266 Chr3 4303636 . G A 197.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1953;MQ=60.00;QD=19.77;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 4360353 . T A 168.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2231;MQ=60.00;QD=18.70;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 4410835 . G T 89.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0395;MQ=60.00;QD=29.81;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 4433355 . G T 262.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1824;MQ=60.00;QD=29.19;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 4445548 . G A 1045.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4224;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=1.101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,264 Chr3 4462294 . G C 44.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0279;MQ=60.00;QD=22.41;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr3 4508555 . G A 1377.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5072;MQ=60.00;QD=34.94;SOR=1.308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:9:0,9,135 Chr3 4514056 . A G 149.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1644;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,201 Chr3 4559603 . C T 43.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0029;MQ=60.00;QD=14.60;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 4562771 . A G 198.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1363;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr3 4563009 . G A 580.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3385;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr3 4582259 . G T 90.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0022;MQ=60.00;QD=30.10;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4583031 . A G 4016.65 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7009;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=0.797 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,8:8:24:1|1:4583031_A_G:360,24,0 Chr3 4650553 . C A 49.47 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0455;MQ=60.00;QD=12.37;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4726363 . G A 47.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0061;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4780077 . C T 1399.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5223;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.036 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 4800446 . A G 364.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2653;MQ=60.00;QD=28.06;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 4807339 . C T 939.64 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3776;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.47;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:331,27,0 Chr3 4817428 . C A 115.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0892;MQ=60.00;QD=28.91;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 4839468 . A G 560.58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4337;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.818 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 4854766 . C T 1612.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.278;DP=5;FS=1.931;InbreedingCoeff=-0.1011;MQ=59.03;MQRankSum=0.731;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.779 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,195 Chr3 4866014 . C T 442.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0644;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 4866651 . C T 1108.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5574;MQ=60.00;QD=32.28;SOR=0.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 4868090 . C A 165.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0828;MQ=58.79;QD=18.43;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 4870246 . C T 77.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0761;MQ=53.83;MQRankSum=-1.495e+00;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 4904241 . T A 865.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4854;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=22.18;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 4911549 . G T 836.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3264;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=26.98;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 4914179 . A G 848.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2487;MQ=60.00;QD=28.10;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,189 Chr3 4928357 . G A 86.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1291;MQ=39.90;MQRankSum=-7.270e-01;QD=21.58;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:3:0,3,45 Chr3 4930677 . G T 1299.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=9.294;InbreedingCoeff=0.5153;MQ=60.00;MQRankSum=0.762;QD=22.40;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 5025013 . C A 962.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5122;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=1.552 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 5030349 . G A 39.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0152;MQ=60.00;QD=19.55;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 5117437 . T G 569.12 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3367;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr3 5129554 . G A 421.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2991;MQ=60.00;QD=23.39;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 5153130 . C T 339.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.937;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2761;MQ=57.56;MQRankSum=0.550;QD=16.15;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=0.804 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 5211723 . G A 43.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0146;MQ=60.00;QD=14.36;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr3 5212457 . C A 838.54 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.895;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1205;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=25.41;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,6:8:46:0|1:5212414_TGA_T:226,0,46 Chr3 5229739 . A G 7000.25 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2240;MQ=57.62;QD=27.96;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr3 5320953 . T A 129.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0316;MQ=60.00;QD=32.33;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 5332127 . C T 246.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2530;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,79 Chr3 5355138 . T C 1085.48 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5280;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=1.096 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr3 5380907 . G T 169.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0137;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr3 5433798 . A T 271.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1662;MQ=60.00;QD=33.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 5434717 . C T 306.78 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1983;MQ=60.00;QD=28.35;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 5633188 . C T 36.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0272;MQ=60.00;QD=18.17;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 5643285 . T C 140.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0635;MQ=60.00;QD=20.01;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 5643542 . C G 579.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4282;MQ=60.00;QD=31.07;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,286 Chr3 5657132 . T A 13611.86 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.423e+00;ClippingRankSum=1.42;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6595;MQ=60.00;MQRankSum=-1.580e-01;QD=33.53;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.268 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr3 5658234 . G C 5350.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6966;MQ=60.00;QD=35.82;SOR=1.072 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 5669263 . A G 243.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2641;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 5685777 . C G 1974.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=3.209;InbreedingCoeff=0.6366;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=24.38;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 5692007 . C A 2891.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.560e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=3;FS=4.248;InbreedingCoeff=0.6795;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=28.35;ReadPosRankSum=-9.560e-01;SOR=0.206 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 5701818 . C T 47.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1454;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=23.77;ReadPosRankSum=0.804;SOR=3.229 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr3 5782368 . T A 145.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1397;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 5794071 . A T 804.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3315;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.990 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 5896927 . T C 467 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1042;MQ=58.80;MQRankSum=0.684;QD=19.46;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.745 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 5911075 . C A 256.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2119;MQ=60.00;QD=19.70;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 6006467 . A C 1659.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6762;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 6012393 . G A 484.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3502;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr3 6096873 . C A 1147.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4485;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=1.143 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 6146911 . C T 2885.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=2;FS=3.632;InbreedingCoeff=0.6171;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=30.96;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:6146911_C_T:90,6,0 Chr3 6160559 . A T 177.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3694;MQ=60.00;QD=17.73;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr3 6187538 . C T 142.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0460;MQ=60.00;QD=28.53;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 6232492 . G A 6848.44 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6568;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=29.98;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.262 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:6232486_A_G:180,12,0 Chr3 6240380 . C T 51.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0285;MQ=60.00;QD=12.86;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 6258768 . C T 33.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0075;MQ=60.00;QD=16.65;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 6264074 . T C 575.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6603;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.473 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 6271366 . C T 199.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0533;MQ=60.00;QD=33.17;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,62 Chr3 6271945 . A C 267.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2032;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 6280379 . T C 45.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0124;MQ=60.00;QD=22.71;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 6300777 . G A 38.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1175;MQ=60.00;QD=9.53;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 6304223 . A T 221.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0798;MQ=60.00;QD=22.19;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 6319277 . A T 65.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0573;MQ=60.00;QD=16.33;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 6334169 . T C 718.76 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5267;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:59,9,0 Chr3 6343024 . A C 428.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2955;MQ=60.00;QD=30.57;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr3 6345876 . T G 371.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1554;MQ=60.00;QD=27.40;SOR=2.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 6348905 . T A 233.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1678;MQ=60.00;QD=28.37;SOR=2.584 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 6380284 . C A 1212.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5682;MQ=60.00;QD=22.46;SOR=0.846 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 6380357 . T A 370.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1687;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 6385703 . A G 315.76 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1292;MQ=60.00;QD=31.43;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 6432520 . G A 92.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0654;MQ=60.00;QD=18.47;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 6520545 . C A 250.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0721;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 6528748 . T C 256.53 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2341;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1:1:3:25,3,0 Chr3 6542575 . C G 73.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0107;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 6561153 . A G 1540.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5405;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=1.140 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 6565977 . G T 4231.02 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.35;ClippingRankSum=-1.542e+00;DP=2;FS=3.239;InbreedingCoeff=0.6842;MQ=60.00;MQRankSum=0.964;QD=29.85;SOR=0.482 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 6617042 . G T 215 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1921;MQ=60.00;QD=23.89;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0 Chr3 6660837 . C T 5574.88 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7018;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=29.97;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.771 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:158,15,0 Chr3 6663235 . T C 239.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1958;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=17.11;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 6683794 . A C 265.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2575;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 6710100 . A G 43.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0226;MQ=63.51;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr3 6733846 . C A 41.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0708;MQ=60.00;QD=13.96;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,118 Chr3 6777915 . G T 352.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0738;MQ=60.00;QD=28.40;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 6780545 . A G 40.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0199;MQ=60.00;QD=13.37;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 6784768 . G T 283.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3019;MQ=60.00;QD=28.39;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 6815283 . T C 411.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1737;MQ=60.00;QD=29.62;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr3 6823877 . T G 76.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0434;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,209 Chr3 6929466 . T C 523.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4507;MQ=60.00;QD=22.77;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 6934417 . G A 46.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0300;MQ=60.00;QD=23.02;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 6942303 . C A 55.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1834;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 6952167 . T C 195.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1413;MQ=60.00;QD=21.73;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 6960959 . G A 1071.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4698;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=34.55;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.502 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:36:0,36,325 Chr3 6996062 . T C 39.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0584;MQ=60.00;QD=13.14;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 7011421 . G A 120.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0907;MQ=60.00;QD=30.13;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 7028269 . A G 624.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5378;MQ=60.00;QD=22.32;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr3 7079108 . A C 340.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2979;MQ=60.00;QD=27.64;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 7100011 . T A 186.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1505;MQ=60.00;QD=31.14;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 7129396 . T G 10527.47 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7863;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.512 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,10:10:30:1|1:7129390_A_G:450,30,0 Chr3 7140855 . T C 1035.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4593;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=23.54;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.536 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 7157791 . G C 290.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2048;MQ=60.00;QD=29.02;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 7219009 . A C 117.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0204;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,113 Chr3 7223177 . T C 618.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3890;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr3 7233570 . G A 126.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0781;MQ=60.00;QD=21.10;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 7286846 . C T 400.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=-1.246e+00;DP=17;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0455;MQ=60.00;MQRankSum=0.696;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.55;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:17,0:17:39:0,39,585 Chr3 7291255 . T C 303.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4253;MQ=50.60;QD=25.32;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 7308777 . G T 1981.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6173;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 7331349 . G A 184.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1844;MQ=60.00;QD=20.55;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,140 Chr3 7334964 . A G 248.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0851;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=22.58;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.230 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 7352067 . C T 229.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2564;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr3 7372086 . A C 8568.93 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7177;MQ=60.00;QD=31.85;SOR=1.129 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:76,9,0 Chr3 7372948 . T A 71.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=2.363;InbreedingCoeff=-0.1040;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.26;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,140 Chr3 7380044 . C T 1176.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5358;MQ=60.00;QD=27.71;SOR=0.752 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 7393015 . G A 3166.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=5.279;InbreedingCoeff=0.6271;MQ=60.00;QD=31.47;SOR=0.658 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 7410864 . C A 1470.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6424;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.75;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.220 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:84,6,0 Chr3 7425468 . T G 37.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0066;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 7426816 . T G 40.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0235;MQ=60.00;QD=13.35;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 7440984 . T A 332.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-2.003e+00;ClippingRankSum=0.589;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0749;MQ=60.00;MQRankSum=0.825;QD=37.08;ReadPosRankSum=-5.890e-01;SOR=0.330 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 7445139 . T A 45.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0343;MQ=60.00;QD=22.65;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr3 7451591 . A T 2109.82 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6964;MQ=60.00;QD=28.74;SOR=1.286 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:182,18,0 Chr3 7575036 . G A 675.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2052;MQ=57.21;QD=30.42;SOR=1.371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr3 7595825 . A G 710.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4202;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=1.071 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:12:0,12,180 Chr3 7603034 . T C 904.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2793;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=29.21;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.340 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr3 7633791 . C G 2714.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5891;MQ=60.00;QD=30.79;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,243 Chr3 7637224 . T A 33.40 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.100e-02;ClippingRankSum=0.433;DP=7;FS=5.351;InbreedingCoeff=-0.0822;MQ=60.00;MQRankSum=0.392;QD=2.11;ReadPosRankSum=-1.010e+00;SOR=1.572 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,228 Chr3 7748497 . A T 166.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0274;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 7760235 . T C 3217.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6996;MQ=60.00;QD=30.07;SOR=1.008 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 7768641 . C A 1011.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0399;MQ=60.45;QD=31.89;SOR=2.925 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 7775513 . T G 45.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0323;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 7786440 . T C 4235.80 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6635;MQ=58.60;QD=26.62;SOR=0.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr3 7804924 . T A 171.96 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=60.00;QD=34.39;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:7804892_A_G:225,15,0 Chr3 7811326 . T A 245.12 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1283;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=22.28;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:80,6,0 Chr3 7834727 . T C 36.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0978;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=7.34;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 7864579 . G A 2047.86 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5991;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=0.732 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:7864576_C_CA:135,9,0 Chr3 7881372 . G A 495.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3007;MQ=60.00;QD=33.06;SOR=1.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr3 7901066 . C G 39.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0104;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 7981066 . T C 612.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2163;MQ=60.00;QD=29.44;SOR=0.892 GT:AD:DP:PGT:PID ./.:0,0:2:0|1:7981047_A_ATTGCATGCACAGCTTTC Chr3 7989263 . G A 82.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0754;MQ=60.00;QD=20.61;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr3 8002407 . G A 112.87 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0232;MQ=60.00;QD=18.81;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:168,18,0 Chr3 8061962 . G A 66.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0304;MQ=60.00;QD=22.30;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 8091292 . A T 6311.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7551;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 8109932 . T A 92.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0071;MQ=60.00;QD=30.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 8111165 . T G 178.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1331;MQ=60.00;QD=19.89;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,193 Chr3 8118276 . G A 8129.60 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7033;MQ=60.00;QD=32.13;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:201,15,0 Chr3 8120035 . A G 244.30 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1700;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 8139710 . A G 7461.68 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.75;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7878;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=31.22;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.503 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:286,24,0 Chr3 8175002 . G A 524.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=7;FS=1.098;InbreedingCoeff=-0.2004;MQ=57.47;MQRankSum=0.00;QD=8.89;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.994 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,61 Chr3 8207035 . A G 407.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2961;MQ=60.00;QD=31.35;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 8215252 . T A 1197.08 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4650;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=1.230 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8218533 . G A 7375.68 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7706;MQ=60.00;QD=33.88;SOR=0.839 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:8218518_A_G:135,9,0 Chr3 8232309 . T C 1207.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.47;ClippingRankSum=0.113;DP=0;FS=7.174;InbreedingCoeff=0.4790;MQ=49.04;MQRankSum=0.566;QD=30.02;ReadPosRankSum=3.06;SOR=1.218 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8260506 . G A 93.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0639;MQ=60.00;QD=15.59;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,268 Chr3 8265833 . A T 48.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0212;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 8268703 . T G 360.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2488;MQ=60.00;QD=27.74;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 8303007 . T A 83.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=60.00;QD=20.86;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,98 Chr3 8312671 . C A 1234.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4869;MQ=60.00;QD=28.69;SOR=0.752 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8314643 . A T 67.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0157;MQ=60.00;QD=33.65;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr3 8334806 . A T 962.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5275;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr3 8391802 . C A 70.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0832;MQ=60.00;QD=17.58;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 8416116 . T A 44.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1096;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:5,0:5 Chr3 8429259 . C T 5419.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=3.871;InbreedingCoeff=0.6678;MQ=53.89;MQRankSum=0.727;QD=31.69;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.737 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 8434820 . G A 3990.38 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6454;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.295 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:8434819_G_A:90,6,0 Chr3 8440094 . T C 4239.83 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.406;DP=7;FS=1.096;InbreedingCoeff=-0.0672;MQ=58.99;MQRankSum=0.322;QD=23.42;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.624 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,5:7:69:0|1:8440094_T_C:204,0,69 Chr3 8440152 . C G 4620.21 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=3.432;InbreedingCoeff=0.1490;MQ=53.26;MQRankSum=-1.026e+00;QD=23.94;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=0.727 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:8440152_C_G:225,15,0 Chr3 8446294 . T A 324.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1615;MQ=60.00;QD=27.41;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 8456129 . T C 234.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0407;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=30.32;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr3 8457171 . T A 5298 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6900;MQ=60.00;QD=36.08;SOR=0.984 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:8457161_C_G:45,3,0 Chr3 8458722 . G A 5711.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.720;DP=4;FS=0.965;InbreedingCoeff=0.7452;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.56;ReadPosRankSum=-8.980e-01;SOR=0.723 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:163,12,0 Chr3 8466572 . T G 132.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0190;MQ=60.00;QD=33.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 8476048 . T A 276.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2703;MQ=60.00;QD=18.42;SOR=0.818 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8493865 . T C 389.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2322;MQ=60.00;QD=31.32;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,217 Chr3 8542890 . T C 1666.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=2;FS=7.205;InbreedingCoeff=-0.0828;MQ=53.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.042 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 8593036 . A G 226.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1579;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr3 8606517 . G T 241.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1449;MQ=60.00;QD=34.44;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 8638451 . T C 39.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1479;MQ=54.16;MQRankSum=0.736;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 8679691 . G T 785.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4711;MQ=60.00;QD=27.10;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 8684963 . C T 279.71 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0324;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=26.66;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8689883 . A C 107.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1400;MQ=60.00;QD=17.97;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 8693630 . G A 228.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1721;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 8748476 . G A 1955.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7118;MQ=60.00;QD=27.93;SOR=0.811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 8750324 . C A 2620.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=0.747;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6225;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=29.12;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.327 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr3 8787114 . T C 518.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2737;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 8791976 . C T 2682.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.322;DP=0;FS=2.576;InbreedingCoeff=0.2700;MQ=35.19;MQRankSum=0.322;QD=31.02;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.715 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8793292 . G A 553.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=5.740;InbreedingCoeff=0.3919;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=24.07;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 8794197 . T G 117.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0571;MQ=60.00;QD=16.76;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 8804585 . G T 63.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1103;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 8812621 . A T 367.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2739;MQ=60.00;QD=30.59;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:2 Chr3 8818293 . G A 441.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2013;MQ=60.00;QD=33.94;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 8858517 . G A 76.21 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0937;MQ=60.00;QD=32.26;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8859267 . A C 34.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0316;MQ=60.00;QD=17.35;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 8891843 . C T 676.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4432;MQ=60.00;QD=30.73;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 8894835 . A G 338.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=5.426;InbreedingCoeff=-0.1407;MQ=55.05;MQRankSum=-7.270e-01;QD=22.60;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 8918172 . T A 193.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1624;MQ=60.00;QD=21.74;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 8936671 . C T 45.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0370;MQ=60.00;QD=15.17;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 8943083 . C G 4994.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6470;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=29.55;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.556 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 8947673 . A G 227.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2152;MQ=60.00;QD=20.67;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 8952686 . A G 235.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0241;MQ=60.00;QD=31.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:PGT:PID ./.:0,0:1:0|1:8952670_G_T Chr3 8956293 . G A 218.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=60.00;QD=33.64;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8956469 . T A 172 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0504;MQ=60.00;QD=34.40;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 8963063 . A C 4673.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7192;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=0.786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr3 8967334 . C G 7541.61 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.580e-01;ClippingRankSum=0.791;DP=3;FS=5.698;InbreedingCoeff=0.6555;MQ=60.00;MQRankSum=0.474;QD=23.81;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.125 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:8967326_T_C:135,9,0 Chr3 8988454 . T C 799.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=3.174;InbreedingCoeff=0.3250;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=27.56;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.442 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 8991517 . A T 173.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0237;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9011434 . G A 45.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0061;MQ=52.04;QD=22.92;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 9030667 . A T 556.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4396;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 9044798 . T A 6855.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.42;ClippingRankSum=1.58;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7555;MQ=60.00;MQRankSum=-1.734e+00;QD=32.04;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.259 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:182,18,0 Chr3 9047179 . C T 2866.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6187;MQ=60.00;QD=29.56;SOR=0.723 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,117 Chr3 9050380 . C A 2330.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6588;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=0.742 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 9051455 . G A 782.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4634;MQ=60.00;QD=28.99;SOR=1.101 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,106 Chr3 9091352 . A G 957.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5510;MQ=51.26;QD=23.36;SOR=0.843 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9093037 . G A 316.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=3;FS=2.632;InbreedingCoeff=0.0877;MQ=37.37;MQRankSum=-1.026e+00;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr3 9093149 . G A 4415.79 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=3.717;InbreedingCoeff=0.4457;MQ=46.05;MQRankSum=-1.231e+00;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.487 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:148,18,0 Chr3 9112317 . A G 45.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0486;MQ=31.00;QD=22.73;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9167687 . C A 2768.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5956;MQ=60.00;QD=31.33;SOR=0.949 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 9193343 . T C 287.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3861;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 9193547 . A G 244.34 . 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AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=4.374;InbreedingCoeff=-0.0452;MQ=55.50;MQRankSum=-7.270e-01;QD=28.28;ReadPosRankSum=0.727;SOR=2.058 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,3:6:99:0|1:9261938_C_A:117,0,117 Chr3 9273973 . T G 34.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1152;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9278458 . G A 58.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0301;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=8.39;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 9286227 . T A 120.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1077;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 9338405 . A T 45.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0425;MQ=60.00;QD=22.83;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 9343145 . A T 36.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0658;MQ=60.00;QD=12.32;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 9361805 . G A 88.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0378;MQ=60.00;QD=29.37;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9385827 . C T 224.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=1.596;InbreedingCoeff=-0.0368;MQ=33.12;MQRankSum=-1.231e+00;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 9392332 . T C 795.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=5.383;InbreedingCoeff=-0.0933;MQ=59.05;MQRankSum=-5.880e-01;QD=11.88;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.366 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,207 Chr3 9406067 . A G 46.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0103;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9429189 . C T 45.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0196;MQ=60.00;QD=15.15;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 9488876 . C T 87.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0477;MQ=60.00;QD=17.57;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 9502403 . A T 1367.68 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5409;MQ=60.00;QD=30.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:9502403_A_T:135,9,0 Chr3 9517109 . T C 215.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9522801 . C T 802.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4845;MQ=60.00;QD=31.70;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 9527644 . G C 1330.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6148;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.909 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 9529861 . T G 824.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3497;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr3 9541357 . G T 483.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2315;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=2.147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr3 9558857 . G A 292.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4255;MQ=30.29;QD=32.47;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9561241 . T G 3127.04 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5171;MQ=60.00;QD=30.37;SOR=1.257 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 9563261 . G A 398.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5349;MQ=51.39;QD=28.11;SOR=1.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 9571252 . C T 46.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.1836;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=15.66;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 9576196 . T G 98.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1291;MQ=60.00;QD=16.46;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 9588534 . A T 444.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2356;MQ=60.00;QD=36.74;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 9608861 . T A 1083.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1236;MQ=24.00;QD=29.29;SOR=5.892 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 9612966 . A G 86.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1045;MQ=27.00;QD=28.91;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,167 Chr3 9616228 . G A 265.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.922;DP=11;FS=3.699;InbreedingCoeff=0.1174;MQ=58.24;MQRankSum=-1.026e+00;QD=18.96;ReadPosRankSum=0.696;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:0:0,0,298 Chr3 9619169 . C T 312.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1474;MQ=60.00;QD=34.71;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:33:0,33,495 Chr3 9627547 . C A 1567.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=8.781;InbreedingCoeff=0.3537;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=31.98;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.651 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9628153 . C G 86.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0929;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9639723 . C A 264.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2275;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,110 Chr3 9649720 . G A 116.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1051;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9654605 . G A 2500.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5124;MQ=60.00;QD=30.80;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 9661967 . C T 171.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0469;MQ=60.00;QD=34.27;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 9666358 . A T 140.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0713;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 9672081 . C G 849.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3007;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.784 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9673495 . G A 1818.95 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6031;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=0.787 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:138,12,0 Chr3 9674434 . T A 7848.45 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7244;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.66;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.401 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:15:1|1:9674433_C_A:205,15,0 Chr3 9679572 . G T 32.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0765;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,244 Chr3 9708387 . G A 1535.21 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5199;MQ=60.00;QD=33.56;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:9708387_G_A:270,18,0 Chr3 9713588 . A G 183.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1737;MQ=60.00;QD=30.54;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 9723139 . A G 1668.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6063;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=0.758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 9776804 . G C 88.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0113;MQ=60.00;QD=17.67;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 9785010 . G C 158.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1589;MQ=60.00;QD=31.72;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9787662 . G A 1333.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5348;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.21;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:9787643_A_C:90,6,0 Chr3 9810310 . T A 57.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0933;MQ=60.00;QD=14.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 9836053 . G A 1719.01 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5817;MQ=60.00;QD=30.98;SOR=1.414 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:9836053_G_A:139,12,0 Chr3 9838801 . A T 1663.11 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5948;MQ=60.00;QD=32.86;SOR=1.005 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:9838799_C_T:45,3,0 Chr3 9839397 . G C 30.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1116;MQ=53.01;MQRankSum=-1.589e+00;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.59;SOR=0.307 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 9928773 . C T 129.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0379;MQ=60.00;QD=32.48;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 9965592 . C T 254.32 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1472;MQ=60.00;QD=16.19;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:62,9,0 Chr3 10134775 . G A 151.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0896;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr3 10145812 . T G 43.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0796;MQ=60.00;QD=30.00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:12:0,12,180 Chr3 10146148 . G A 217.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2147;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 10151368 . G T 1229.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5461;MQ=60.00;QD=35.32;SOR=0.756 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 10152101 . G A 110.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1796;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10168026 . T C 612.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=2;FS=2.814;InbreedingCoeff=0.1425;MQ=45.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 10169747 . T G 108.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=2.307;InbreedingCoeff=-0.0924;MQ=55.68;MQRankSum=-7.310e-01;QD=15.52;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 10179234 . C T 641.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.118;DP=4;FS=24.860;InbreedingCoeff=-0.0527;MQ=48.57;MQRankSum=0.00;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.149 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,88 Chr3 10186449 . T A 49.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0397;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,125 Chr3 10190449 . A G 2637.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.21;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5992;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=24.65;ReadPosRankSum=-8.950e-01;SOR=0.598 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,121 Chr3 10190674 . G A 367.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1616;MQ=60.00;QD=30.65;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 10194547 . T G 2528.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6073;MQ=45.43;QD=30.96;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 10203051 . A G 6206.51 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=-6.840e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7331;MQ=60.00;MQRankSum=-1.517e+00;QD=29.54;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.425 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:143,15,0 Chr3 10210711 . G A 9263.86 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6587;MQ=60.00;QD=32.19;SOR=1.018 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:10210705_A_T:180,12,0 Chr3 10229413 . C T 747.76 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3682;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.76;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.544 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr3 10231580 . A G 348 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2911;MQ=60.00;QD=32.92;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:10231577_A_G:135,9,0 Chr3 10234026 . A G 1575.61 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5036;MQ=60.00;QD=31.30;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:10234026_A_G:180,12,0 Chr3 10282907 . A G 1213.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-7.470e-01;DP=3;FS=3.310;InbreedingCoeff=0.4229;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=36.43;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=0.507 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 10290004 . G C 44.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0202;MQ=60.00;QD=14.67;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 10294660 . T A 75.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1260;MQ=59.67;QD=25.12;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 10300071 . G A 47.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0072;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 10300998 . C A 266.63 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1485;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:213,18,0 Chr3 10306998 . A C 105.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.0623;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.00;SOR=3.258 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10311901 . A G 189.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1264;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 10325776 . A G 444.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3146;MQ=60.00;QD=23.41;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 10340440 . C T 366.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4949;MQ=52.72;QD=22.89;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10343655 . T G 43.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1157;MQ=54.33;QD=21.80;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10367266 . G A 1510.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6119;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=0.767 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 10369260 . C T 441.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3899;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.914 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10385979 . C T 2459.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6123;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr3 10394783 . C A 324.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2502;MQ=55.79;QD=24.94;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 10428485 . G T 609.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3678;MQ=60.00;QD=27.71;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 10440655 . A G 653.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4100;MQ=60.00;QD=34.41;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 10451432 . A T 757.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2567;MQ=60.00;QD=35.11;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 10457890 . C T 40.42 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1412;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=13.47;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10462558 . G A 32.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.537e+00;ClippingRankSum=1.54;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0466;MQ=49.40;MQRankSum=-4.060e-01;QD=5.36;ReadPosRankSum=-9.880e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr3 10464037 . C T 2886.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.248;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0986;MQ=58.17;MQRankSum=0.421;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:0:0,0,186 Chr3 10464452 . G A 280.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2578;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=18.71;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 10466680 . A G 2143.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6178;MQ=60.00;QD=28.00;SOR=0.800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr3 10472041 . A G 1531.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5755;MQ=60.00;QD=29.95;SOR=0.968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 10473320 . T C 42.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1880;MQ=60.00;QD=21.43;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10478309 . T C 1194.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5341;MQ=60.00;QD=30.32;SOR=0.826 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10481938 . A G 3989.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-3.610e-01;DP=5;FS=1.043;InbreedingCoeff=-0.1583;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=22.04;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 10483481 . T A 1633.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2917;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=31.42;ReadPosRankSum=-3.220e-01;SOR=0.516 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10502856 . C A 39.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0009;MQ=60.00;QD=19.77;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 10504565 . G T 5606.99 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7192;MQ=60.00;QD=30.68;SOR=0.870 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:10504564_T_C:225,15,0 Chr3 10515130 . G C 3388.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6079;MQ=60.00;QD=33.99;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 10519976 . G A 49.66 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0092;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,262 Chr3 10608690 . T A 781.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3821;MQ=42.19;QD=27.19;SOR=2.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr3 10615655 . G C 2826.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6498;MQ=60.00;QD=31.12;SOR=0.957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr3 10632566 . A T 1122.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4298;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=24.40;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 10639539 . A G 467.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3886;MQ=60.00;QD=23.36;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 10639695 . T C 91.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0595;MQ=60.00;QD=18.22;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 10644746 . T C 344.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4369;MQ=45.83;QD=34.56;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr3 10691126 . C T 3646.35 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6498;MQ=60.00;QD=31.31;SOR=0.763 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:10691124_G_C:90,6,0 Chr3 10699295 . T C 2043.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.650e-01;ClippingRankSum=0.185;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0128;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=23.76;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.814 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr3 10702628 . G A 642.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.348;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3076;MQ=60.00;MQRankSum=1.04;QD=24.70;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.544 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10739743 . A C 187.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=1.20;DP=2;FS=2.808;InbreedingCoeff=0.0286;MQ=51.75;MQRankSum=-1.683e+00;QD=17.03;ReadPosRankSum=-1.422e+00;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 10766241 . T G 148.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1520;MQ=45.28;QD=31.05;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 10781894 . G A 1159.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4713;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.922 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10791315 . T A 72.49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0084;MQ=50.34;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10797578 . A G 6135.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=-1.067e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7184;MQ=60.00;MQRankSum=-5.720e-01;QD=34.17;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.821 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 10813138 . A G 449.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6242;MQ=60.00;QD=32.10;SOR=1.371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 10815532 . A G 828.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5308;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=1.418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 10819190 . T C 115.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0365;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 10841159 . C A 278.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1810;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,222 Chr3 10842196 . G A 379.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0252;MQ=49.34;MQRankSum=0.00;QD=23.70;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.569 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10854411 . C T 231.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1573;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr3 10863579 . T C 413.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=1.38;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1381;MQ=59.01;MQRankSum=0.736;QD=27.58;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10865178 . G C 68.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1066;MQ=53.03;QD=34.29;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10868865 . G T 44.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0323;MQ=60.00;QD=14.86;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10869820 . A T 864.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4147;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 10874919 . A G 67.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1460;MQ=60.00;QD=11.27;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 10891252 . A G 1660.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4907;MQ=60.00;QD=33.74;SOR=0.788 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:10891252_A_G:315,21,0 Chr3 10891856 . A G 174.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0531;MQ=60.00;QD=34.95;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10898888 . G A 44.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1491;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10921687 . G T 45.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0858;MQ=60.00;QD=15.01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 10926600 . T G 46.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0119;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 10928021 . G A 406.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.38;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3145;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=29.06;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10943260 . A G 227.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1678;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=18.98;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,113 Chr3 10948186 . T C 465.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3903;MQ=60.00;QD=31.66;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10961767 . C T 1537.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5728;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.217 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 10962302 . T A 89.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0021;MQ=60.00;QD=29.82;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 10971163 . C A 564.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4896;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 10978028 . C A 360.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2858;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 10980422 . T C 81.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0597;MQ=60.00;QD=16.22;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 10986744 . A C 79.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0150;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,262 Chr3 10995319 . T A 46.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0523;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 10997247 . A G 49.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0384;MQ=55.00;QD=24.83;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11018121 . C T 113.61 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0575;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=16.23;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11024912 . G A 318.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.550;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0839;MQ=55.51;MQRankSum=0.550;QD=18.73;ReadPosRankSum=1.75;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:30:0,30,450 Chr3 11031924 . T C 47.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0152;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 11034434 . T A 172.21 . 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T C 1348.98 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5964;MQ=60.00;QD=28.70;SOR=0.919 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:121,9,0 Chr3 11082554 . G A 1000.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3142;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=31.95;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 11104321 . G A 466.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1188;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.793 GT:AD:DP ./.:7,0:7 Chr3 11148147 . T A 815.26 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4022;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:11148141_CT_C:90,6,0 Chr3 11161327 . A G 505.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2599;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,106 Chr3 11164878 . G A 598.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.895;DP=10;FS=2.551;InbreedingCoeff=0.3586;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=21.39;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:24:0,24,360 Chr3 11177739 . A T 118.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-2.017e+00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1087;MQ=56.66;MQRankSum=-4.210e-01;QD=14.82;ReadPosRankSum=-1.638e+00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 11181371 . G A 497.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4363;MQ=44.00;QD=26.18;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 11183438 . G C 48.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0233;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11199967 . A G 232.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1145;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 11203462 . C T 584.72 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.150e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=3;FS=4.124;InbreedingCoeff=0.1299;MQ=60.00;MQRankSum=-3.220e-01;QD=12.99;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.611 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:11203393_G_A:135,9,0 Chr3 11210171 . C T 44.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0739;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 11212587 . G T 38.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0368;MQ=60.00;QD=19.31;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,203 Chr3 11222181 . C T 120.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2097;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11223616 . G A 87.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0320;MQ=60.00;QD=29.25;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr3 11228871 . G A 88.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0268;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 11231130 . G A 1534.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.550;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3793;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=29.62;ReadPosRankSum=-1.754e+00;SOR=1.096 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 11232481 . T C 378.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-4.060e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1079;MQ=56.40;MQRankSum=-9.880e-01;QD=23.63;ReadPosRankSum=0.406;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 11244712 . G A 30.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=1.50;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1000;MQ=55.12;MQRankSum=-9.220e-01;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 11248189 . A G 114.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0792;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11257606 . C A 2724.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5844;MQ=60.00;QD=31.85;SOR=0.822 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 11270761 . G A 34.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=60.00;QD=17.46;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:74,6,0 Chr3 11272397 . T G 1265.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5037;MQ=60.00;QD=34.38;SOR=0.957 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr3 11273065 . C T 207.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1574;MQ=60.00;QD=20.71;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 11303764 . A T 311.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2098;MQ=60.00;QD=34.62;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr3 11306818 . C A 964.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.400e-01;ClippingRankSum=0.540;DP=1;FS=4.388;InbreedingCoeff=0.1530;MQ=44.45;MQRankSum=-7.270e-01;QD=20.97;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.087 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 11307250 . G A 698.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=1;FS=1.971;InbreedingCoeff=0.1026;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=31.59;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.034 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 11308062 . C A 2001.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=1.742;InbreedingCoeff=0.2326;MQ=53.25;MQRankSum=0.421;QD=20.02;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.554 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 11311629 . T C 1525.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5403;MQ=60.00;QD=34.80;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 11315417 . T C 1159.44 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.370e-01;ClippingRankSum=0.550;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4014;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=31.35;ReadPosRankSum=0.550;SOR=1.148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:123,12,0 Chr3 11317068 . A C 53.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0165;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11324037 . T A 3712.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=-7.150e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4985;MQ=59.73;MQRankSum=0.736;QD=34.40;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.680 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,184 Chr3 11325135 . G A 55.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.83;ClippingRankSum=-4.680e-01;DP=21;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0016;MQ=59.64;MQRankSum=-4.300e-02;QD=2.52;ReadPosRankSum=-2.426e+00;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:21,0:21:57:0,57,855 Chr3 11329349 . T C 124.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0652;MQ=43.10;QD=31.30;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 11333979 . C G 290.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3893;MQ=39.00;QD=31.71;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11345233 . C T 30.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0355;MQ=60.00;QD=15.42;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11350999 . C A 1301.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5959;MQ=60.00;QD=28.29;SOR=0.823 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 11351434 . T A 575.49 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2720;MQ=60.00;QD=28.20;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:11351427_T_A:90,6,0 Chr3 11357700 . G A 904.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1533;MQ=57.29;QD=24.45;SOR=0.746 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 11361436 . G A 54.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0563;MQ=41.42;QD=27.32;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:0:0,0,94 Chr3 11404377 . C T 52.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0094;MQ=60.00;QD=13.22;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 11404581 . C T 800.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=5.298;InbreedingCoeff=-0.1107;MQ=59.16;MQRankSum=0.550;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.411 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 11405327 . A G 264.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2659;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 11406551 . G A 2661.19 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=9;FS=1.786;InbreedingCoeff=-0.1614;MQ=54.72;MQRankSum=0.694;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:112,0,198 Chr3 11410140 . T A 1271.70 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=5;FS=2.794;InbreedingCoeff=0.2436;MQ=58.49;MQRankSum=-7.310e-01;QD=27.06;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:10:118,0,10 Chr3 11415061 . G A 73.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=0.198;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1164;MQ=60.00;MQRankSum=1.50;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.922;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 11415332 . T C 715.17 . 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A G 1275.71 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5887;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=0.765 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11447490 . C T 346.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0313;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 11451186 . A G 438.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=1;FS=1.740;InbreedingCoeff=-0.0166;MQ=50.56;MQRankSum=-7.360e-01;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.976 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 11451320 . G A 41.58 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0032;MQ=60.00;QD=20.79;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11452881 . G A 207.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.30;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0267;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=17.25;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 11458572 . C T 426.11 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1092;MQ=46.31;MQRankSum=-1.231e+00;QD=24.49;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 11492703 . A G 222.02 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0523;MQ=40.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=24.54;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:36:0|1:11492699_G_A:81,0,36 Chr3 11494331 . A T 50.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0840;MQ=60.00;QD=16.97;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11494623 . A G 52.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=-1.398e+00;DP=14;FS=2.632;InbreedingCoeff=-0.0639;MQ=55.60;MQRankSum=-1.398e+00;QD=4.78;ReadPosRankSum=-8.960e-01;SOR=1.535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:14,0:14:42:0,42,380 Chr3 11498793 . T A 43.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1525;MQ=60.00;QD=21.67;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11505495 . G A 1757.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=1.38;DP=6;FS=2.043;InbreedingCoeff=0.5486;MQ=58.32;MQRankSum=0.00;QD=34.45;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 11512986 . T C 95.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0106;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=13.58;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 11513966 . C G 59.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1289;MQ=57.24;MQRankSum=1.38;QD=5.93;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr3 11516294 . C T 48.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0349;MQ=40.00;QD=24.06;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr3 11517587 . C T 39.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0358;MQ=60.00;QD=19.56;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:17:0,17,407 Chr3 11527791 . T A 7016.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7423;MQ=60.00;QD=29.36;SOR=0.770 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11533079 . C T 46.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0073;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 11540995 . T C 133.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0858;MQ=60.00;QD=33.48;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 11545604 . C T 481.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2724;MQ=43.27;QD=30.09;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11546063 . C T 519.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=0;FS=1.154;InbreedingCoeff=0.1627;MQ=48.25;MQRankSum=-3.540e-01;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.990 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11559413 . G A 408.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-1.495e+00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2076;MQ=60.00;MQRankSum=-9.220e-01;QD=19.46;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.871 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,203 Chr3 11560246 . G A 198.14 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1818;MQ=60.00;QD=22.02;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11572805 . G A 318.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2375;MQ=60.00;QD=22.77;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 11575919 . G A 181.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1540;MQ=60.00;QD=30.17;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 11576065 . C T 171.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1025;MQ=60.00;QD=21.42;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 11583783 . C A 1722.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=4;FS=2.182;InbreedingCoeff=0.1412;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=24.97;ReadPosRankSum=0.421;SOR=1.067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 11587122 . T C 42.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0816;MQ=60.00;QD=21.40;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 11602404 . T A 194.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1826;MQ=60.00;QD=21.57;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 11606163 . T A 254 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0.550;DP=2;FS=12.740;InbreedingCoeff=-0.1509;MQ=58.92;MQRankSum=0.550;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.598;SOR=4.407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 11608816 . C T 704.77 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2709;MQ=60.00;QD=30.39;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11610794 . T A 110.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1522;MQ=45.00;QD=31.74;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11612748 . G A 313.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2194;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11623316 . T A 405.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3353;MQ=60.00;QD=33.82;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11629988 . A G 88.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=29.36;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11651594 . G A 378.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3047;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 11654456 . G A 83.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0842;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,158 Chr3 11660767 . C A 128.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1334;MQ=60.00;QD=21.41;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 11662048 . A C 616.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4903;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.963 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 11667002 . A G 443.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.633;DP=0;FS=4.801;InbreedingCoeff=0.3869;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=19.30;ReadPosRankSum=2.38;SOR=1.194 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11681412 . A G 1997.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-6.500e-02;DP=0;FS=1.780;InbreedingCoeff=0.2646;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.774 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11685226 . G A 1654.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.143;DP=0;FS=9.025;InbreedingCoeff=0.1120;MQ=48.92;MQRankSum=-9.220e-01;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.442 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11686019 . C A 907.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1077;MQ=53.47;MQRankSum=0.00;QD=15.92;ReadPosRankSum=-2.120e-01;SOR=0.665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 11689230 . G A 374.29 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=8;FS=1.273;InbreedingCoeff=0.1686;MQ=52.36;MQRankSum=-7.360e-01;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.754 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr3 11836526 . A T 128.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0574;MQ=60.00;QD=32.21;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr3 11852988 . C A 47.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0075;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 11855104 . G A 521.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=6;FS=5.315;InbreedingCoeff=0.2361;MQ=60.00;MQRankSum=-1.495e+00;QD=27.53;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.789 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 11869136 . A G 30.14 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0351;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr3 11900353 . G A 107.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=15;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0497;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,0:15:42:0,42,630 Chr3 11900718 . G T 1216.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.180e-01;DP=5;FS=3.580;InbreedingCoeff=-0.1345;MQ=51.14;MQRankSum=-7.360e-01;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.386 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 11902517 . T C 1579.01 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.406;DP=4;FS=1.595;InbreedingCoeff=-0.1584;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.802 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,1:4:33:0|1:11902517_T_C:33,0,154 Chr3 11904170 . A T 3437.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3909;MQ=60.00;QD=32.06;SOR=1.508 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11909319 . A T 77.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0465;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 11919010 . C A 116.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0811;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,186 Chr3 11938814 . A G 778.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4837;MQ=43.61;MQRankSum=-7.360e-01;QD=30.61;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 11959295 . C A 1626.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5215;MQ=60.00;QD=32.89;SOR=0.968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 11974699 . C T 7053.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=3.034;InbreedingCoeff=-0.0842;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=33.43;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.206 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:11974699_C_T:135,9,0 Chr3 12011666 . A G 44.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0452;MQ=60.00;QD=22.17;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12023183 . G T 156 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1212;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 12023679 . G T 2022.15 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5393;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=34.86;ReadPosRankSum=0.572;SOR=1.136 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12029269 . C T 296.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=-1.380e+00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0123;MQ=60.00;MQRankSum=1.38;QD=24.69;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12031112 . C T 368.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1324;MQ=60.00;QD=32.82;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr3 12031845 . T G 110.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1088;MQ=60.00;QD=22.14;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 12034856 . C A 484.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2585;MQ=45.02;QD=24.22;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12037183 . G A 91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0579;MQ=59.50;QD=33.84;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:21:0,21,315 Chr3 12037868 . C T 39.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0604;MQ=60.00;QD=19.59;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,183 Chr3 12039029 . C T 76.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1350;MQ=60.00;QD=30.14;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12061632 . C T 47.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0318;MQ=55.45;QD=15.71;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,152 Chr3 12062361 . C A 35.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0512;MQ=55.15;MQRankSum=1.23;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr3 12073515 . T C 34.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0720;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr3 12074463 . C A 2646.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=3;FS=6.891;InbreedingCoeff=-0.0568;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12097849 . C A 65.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=-8.510e-01;DP=3;FS=2.808;InbreedingCoeff=-0.0636;MQ=60.00;MQRankSum=1.95;QD=6.58;ReadPosRankSum=-1.268e+00;SOR=1.930 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 12097908 . G A 43.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0952;MQ=60.00;QD=21.84;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 12100424 . A C 24662.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.290e-01;ClippingRankSum=-3.800e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7035;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=25.47;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 12106507 . G T 31.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0588;MQ=54.79;MQRankSum=-1.380e+00;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr3 12110131 . A G 232.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3444;MQ=54.33;QD=23.20;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr3 12110977 . G T 92.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0637;MQ=49.04;MQRankSum=-1.231e+00;QD=7.68;ReadPosRankSum=-9.220e-01;SOR=0.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 12129392 . C T 87.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0133;MQ=56.00;QD=29.32;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr3 12131749 . G A 114.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1091;MQ=60.00;QD=22.90;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr3 12135101 . G T 44.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=60.00;QD=22.18;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:18:0,18,270 Chr3 12138306 . A T 5951.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=3.057;InbreedingCoeff=0.4685;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.34;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.314 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12170363 . A G 147.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1079;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr3 12170886 . A G 44.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0499;MQ=60.00;QD=22.10;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 12172377 . C T 689.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=2.549;InbreedingCoeff=0.2577;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,3 Chr3 12172781 . C T 39.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0915;MQ=55.68;MQRankSum=-1.026e+00;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,210 Chr3 12176222 . C T 121.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1135;MQ=60.00;QD=17.40;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12178240 . C T 184.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=6;FS=1.527;InbreedingCoeff=-0.0795;MQ=52.60;MQRankSum=-5.720e-01;QD=5.76;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr3 12185640 . G T 800.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.060e-01;ClippingRankSum=-1.537e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3809;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=30.77;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.420 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 12189589 . G T 157.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1505;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 12190995 . G T 674.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.198;DP=0;FS=2.488;InbreedingCoeff=0.1357;MQ=56.83;MQRankSum=-1.380e+00;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.034 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12191053 . A T 160.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0569;MQ=60.00;QD=33.20;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 12208793 . A G 99.06 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.740e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=13;FS=1.122;InbreedingCoeff=-0.0785;MQ=40.26;MQRankSum=0.198;QD=2.20;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.682 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:10:10,0,271 Chr3 12209874 . T A 63.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-9.880e-01;DP=3;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.0652;MQ=50.06;MQRankSum=0.406;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.838 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 12210228 . T A 47.45 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0283;MQ=41.53;QD=23.72;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:12210186_TTATC_T:90,6,0 Chr3 12215858 . C T 257.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2893;MQ=31.77;QD=23.42;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 12236847 . G T 399.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.650e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=12;FS=1.562;InbreedingCoeff=-0.0974;MQ=60.00;MQRankSum=-7.290e-01;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.361;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:36:0,36,327 Chr3 12247595 . G T 34.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.350e-01;ClippingRankSum=-8.070e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0357;MQ=38.30;MQRankSum=0.404;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.211e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,153 Chr3 12248170 . G T 222.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1199;MQ=47.80;MQRankSum=-7.420e-01;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 12249648 . T C 142.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=9;FS=1.808;InbreedingCoeff=-0.0737;MQ=57.88;MQRankSum=0.804;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr3 12250525 . G A 1379.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.700e-02;ClippingRankSum=0.370;DP=10;FS=1.435;InbreedingCoeff=0.2464;MQ=58.50;MQRankSum=1.07;QD=11.59;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.985 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,293 Chr3 12251034 . T C 521.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.573;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0064;MQ=38.63;MQRankSum=0.736;QD=23.68;ReadPosRankSum=-5.730e-01;SOR=0.807 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 12253316 . C T 89.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0366;MQ=56.28;QD=29.67;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 12253572 . T C 585.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.290e-01;ClippingRankSum=0.361;DP=6;FS=3.090;InbreedingCoeff=0.3690;MQ=45.83;MQRankSum=-2.219e+00;QD=26.61;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 12262913 . C T 232.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2215;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,46 Chr3 12278961 . G C 40.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0149;MQ=50.99;QD=20.16;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12279750 . G T 118.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1130;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 12288807 . T A 9891.63 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1601;MQ=60.00;QD=28.62;SOR=0.976 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12292733 . C T 127.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0609;MQ=60.00;QD=21.19;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 12295579 . C T 412.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2317;MQ=60.00;QD=31.72;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 12298717 . T C 45.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0018;MQ=60.00;QD=22.90;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 12300337 . G A 76.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0249;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 12300489 . C A 9590.62 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=3;FS=3.156;InbreedingCoeff=0.3348;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=31.04;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.392 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0 Chr3 12303266 . T C 6840.21 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1624;MQ=53.07;QD=24.20;SOR=0.735 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr3 12303597 . G T 496.43 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3803;MQ=59.26;MQRankSum=0.00;QD=21.58;ReadPosRankSum=-1.300e+00;SOR=0.569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 12306067 . T A 45.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0183;MQ=25.00;QD=32.75;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,112 Chr3 12306124 . C A 79.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0667;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,119 Chr3 12311246 . G A 77.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0984;MQ=60.00;QD=19.40;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 12314005 . T C 229.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.450;DP=4;FS=1.906;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=53.44;MQRankSum=-1.495e+00;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 12321771 . C A 44.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0821;MQ=57.55;QD=22.27;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12330664 . C A 619.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2895;MQ=60.00;QD=29.04;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,248 Chr3 12335361 . C T 87.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0609;MQ=60.00;QD=17.46;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 12336551 . G T 41.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1003;MQ=52.61;MQRankSum=-7.360e-01;QD=13.99;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,38 Chr3 12339586 . C T 216.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.04;ClippingRankSum=0.804;DP=5;FS=3.090;InbreedingCoeff=-0.0111;MQ=46.18;MQRankSum=0.804;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.802 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 12344880 . C T 1068.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=13.470;InbreedingCoeff=0.0173;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=27.39;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12351334 . T C 91.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0301;MQ=60.00;QD=18.26;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12361983 . T G 10313.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=1;FS=7.070;InbreedingCoeff=0.6502;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=38.57;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.501 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 12365691 . T A 4860.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.198;DP=1;FS=2.658;InbreedingCoeff=0.0273;MQ=59.20;MQRankSum=0.00;QD=28.76;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=0.912 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12369963 . T C 3203.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7513;MQ=60.00;QD=28.35;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr3 12377826 . G T 1014.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.466;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3399;MQ=60.00;MQRankSum=2.14;QD=21.14;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.793 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:12:0,12,180 Chr3 12382316 . T A 46.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1092;MQ=21.00;QD=23.10;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12385199 . A T 1545.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6767;MQ=60.00;QD=31.54;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 12389246 . A C 3667.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4938;MQ=60.00;QD=31.91;SOR=0.782 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr3 12392178 . C T 89.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=41.42;QD=29.90;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 12396449 . G A 40.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1532;MQ=45.01;QD=10.08;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 12399575 . C T 46.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0072;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 Chr3 12409518 . C G 87.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0352;MQ=50.32;QD=29.22;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 12412568 . C T 469.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.032e+00;ClippingRankSum=0.423;DP=4;FS=2.484;InbreedingCoeff=-0.0709;MQ=42.60;MQRankSum=0.406;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.406;SOR=1.147 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 12412614 . C T 46.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0282;MQ=38.05;QD=23.42;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 12415669 . G A 190.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=0.198;DP=1;FS=1.680;InbreedingCoeff=-0.1021;MQ=55.94;MQRankSum=-5.720e-01;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 12422117 . G T 282.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0532;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=31.44;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,197 Chr3 12426096 . G A 192.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0846;MQ=60.00;QD=32.12;SOR=0.943 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,79 Chr3 12427174 . C G 49.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1272;MQ=54.56;QD=12.46;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 12429819 . A C 36.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0871;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 12430450 . G T 1391.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=6;FS=4.736;InbreedingCoeff=-0.0833;MQ=56.98;MQRankSum=-9.220e-01;QD=21.08;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.753 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 12433019 . T A 303.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3614;MQ=60.00;QD=33.68;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 12434115 . T C 581.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0442;MQ=52.18;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.489 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,4 Chr3 12448011 . G A 648.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2704;MQ=60.00;QD=33.19;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 12455794 . G A 277.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.742;DP=3;FS=3.802;InbreedingCoeff=0.0518;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=23.12;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=1.033 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 12463140 . C T 30.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.760e-01;ClippingRankSum=1.31;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0440;MQ=53.73;MQRankSum=-1.307e+00;QD=3.43;ReadPosRankSum=2.22;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:18:0,18,270 Chr3 12468323 . A C 509.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-2.890e-01;DP=1;FS=5.528;InbreedingCoeff=0.2661;MQ=38.90;MQRankSum=0.825;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12469041 . A G 555.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.778;DP=2;FS=2.824;InbreedingCoeff=-0.1573;MQ=45.16;MQRankSum=-1.026e+00;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 12472967 . C A 1941.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.210e-01;ClippingRankSum=0.521;DP=27;FS=3.182;InbreedingCoeff=0.2529;MQ=60.00;MQRankSum=0.579;QD=14.71;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:27,0:27:72:0,72,1080 Chr3 12475446 . C T 167.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0505;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 12478201 . A G 193.55 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068e+00;ClippingRankSum=-7.020e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=40.00;MQRankSum=0.742;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.703 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:6,1:7:24:0|1:12478163_T_C:24,0,229 Chr3 12480967 . C T 50.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0775;MQ=60.00;QD=12.57;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12483624 . G A 42.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0916;MQ=20.69;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 12484676 . G A 54.56 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=23.00;QD=27.28;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12489947 . A G 5274.96 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6514;MQ=60.00;QD=31.92;SOR=0.786 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 12493270 . T C 2831.55 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5666;MQ=55.15;QD=32.30;SOR=0.721 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:270,18,0 Chr3 12494974 . A G 45.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0779;MQ=46.05;QD=22.92;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 12497168 . C A 580.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4903;MQ=60.00;QD=32.25;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12498678 . G T 288.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2091;MQ=46.77;QD=28.81;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr3 12502366 . C G 36.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0709;MQ=60.00;QD=9.19;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 12513042 . G A 40.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1264;MQ=21.78;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,176 Chr3 12515110 . T C 44.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0593;MQ=60.00;QD=22.36;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr3 12516404 . T A 48.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0297;MQ=53.03;MQRankSum=-1.026e+00;QD=12.08;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 12516728 . G T 733.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2934;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 12518656 . T C 368.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0975;MQ=55.63;QD=25.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr3 12518855 . C T 245.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2812;MQ=57.77;QD=30.66;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12522955 . G A 61.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0266;MQ=60.00;QD=20.40;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 12528980 . G A 1131.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0650;MQ=56.86;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.64;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.854 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 12533838 . C T 44.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0533;MQ=40.00;QD=22.10;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 12539940 . G T 56.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0657;MQ=57.15;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.17;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,176 Chr3 12544134 . A G 280.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1539;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 12550220 . C A 202.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.572;DP=13;FS=3.304;InbreedingCoeff=-0.0731;MQ=36.25;MQRankSum=-1.231e+00;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.180;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:39:0,39,427 Chr3 12551277 . G A 144.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.244;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0447;MQ=57.68;MQRankSum=-1.513e+00;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.610e+00;SOR=0.586 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:24:0,24,360 Chr3 12551370 . C A 195.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=14;FS=1.820;InbreedingCoeff=0.0809;MQ=52.62;MQRankSum=-7.310e-01;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:14,0:14:23:0,23,380 Chr3 12555712 . G A 41.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0130;MQ=40.00;QD=21.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12556366 . C A 164.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.495e+00;ClippingRankSum=1.50;DP=8;FS=3.680;InbreedingCoeff=-0.0767;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=23.46;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.636 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,294 Chr3 12559570 . G A 214.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2801;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12560985 . G T 162.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0721;MQ=43.12;MQRankSum=0.550;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.30;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 12562051 . G A 396.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=-7.510e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0998;MQ=60.00;MQRankSum=0.988;QD=26.45;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,76 Chr3 12564843 . T C 21150.67 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=2.886;InbreedingCoeff=0.1851;MQ=60.00;MQRankSum=0.751;QD=32.63;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.400 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:12564835_A_C:135,9,0 Chr3 12575462 . T A 2624.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7075;MQ=60.00;QD=29.16;SOR=1.216 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12578013 . G A 270.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.550;DP=6;FS=1.583;InbreedingCoeff=0.0936;MQ=57.69;MQRankSum=-7.470e-01;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,187 Chr3 12590460 . C T 199.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2087;MQ=60.00;QD=33.31;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 12596366 . T C 6255.20 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6930;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=27.98;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.823 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,7:7:21:1|1:12596366_T_C:315,21,0 Chr3 12604379 . A T 294.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2553;MQ=31.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=26.73;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,26 Chr3 12608258 . T C 136.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0347;MQ=50.99;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.72;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr3 12609583 . A G 549.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2582;MQ=60.00;QD=31.91;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12613220 . T C 94.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0492;MQ=60.00;QD=31.41;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:6:0,6,90 Chr3 12623495 . T C 138.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0181;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 12630847 . A T 48.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0563;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 12640217 . C A 83.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0436;MQ=60.00;QD=20.85;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 12645015 . A G 130.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0496;MQ=60.00;QD=32.58;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 12647273 . T C 44.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0180;MQ=60.00;QD=14.80;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12647746 . G A 1922.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.107e+00;ClippingRankSum=-1.107e+00;DP=3;FS=3.382;InbreedingCoeff=0.5199;MQ=60.00;MQRankSum=-1.423e+00;QD=27.87;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.410 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 12659647 . C T 56.22 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2521;MQ=28.00;QD=28.11;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12669290 . T C 3173.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0548;MQ=57.86;MQRankSum=-5.730e-01;QD=29.39;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.726 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 12673101 . T C 2665.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5698;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.758 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 12673675 . G A 184.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0214;MQ=60.00;QD=30.81;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 12677919 . T C 172.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=3.332;InbreedingCoeff=-0.0066;MQ=52.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.98;ReadPosRankSum=0.736;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 12678469 . G T 47.82 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=4.547;InbreedingCoeff=0.2737;MQ=42.00;MQRankSum=0.747;QD=18.12;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.574 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 12705921 . C T 133.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0300;MQ=45.00;MQRankSum=1.03;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr3 12715060 . C T 1089.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3231;MQ=42.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=26.92;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.801 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 12725263 . A G 1394.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6303;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=0.880 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 12725367 . A G 424.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1827;MQ=60.00;QD=28.91;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12727279 . A G 317.65 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2494;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 12758335 . A G 64.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0831;MQ=59.34;MQRankSum=0.804;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,243 Chr3 12760561 . T G 625.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2369;MQ=40.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=32.05;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=0.317 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 12762479 . A C 1477.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6472;MQ=50.01;QD=37.66;SOR=0.984 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 12764246 . C T 35.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1501;MQ=39.00;QD=17.96;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,136 Chr3 12777093 . A C 1326.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.833;DP=1;FS=3.708;InbreedingCoeff=0.1308;MQ=47.85;MQRankSum=0.736;QD=24.57;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.322 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12806985 . A G 850.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.20;ClippingRankSum=0.248;DP=3;FS=1.770;InbreedingCoeff=0.2521;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.37;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 12808893 . T C 52.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1103;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 12822290 . T A 56.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0980;MQ=60.00;QD=14.07;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr3 12823797 . T C 268.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2522;MQ=53.30;MQRankSum=0.736;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.741 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 12823826 . T C 40.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1449;MQ=54.50;MQRankSum=-1.231e+00;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 12825408 . T A 148.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.922;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1120;MQ=54.37;MQRankSum=1.50;QD=21.26;ReadPosRankSum=-1.495e+00;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr3 12828838 . G A 38.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.550;DP=2;FS=2.246;InbreedingCoeff=-0.0661;MQ=45.49;MQRankSum=-7.510e-01;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 12829875 . T C 3066.71 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.424;DP=4;FS=1.949;InbreedingCoeff=0.0530;MQ=49.88;MQRankSum=-2.017e+00;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.887 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,3:4:99:0|1:12829812_T_C:123,0,226 Chr3 12838226 . G A 188.39 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0976;MQ=25.00;QD=24.68;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12890582 . A G 84.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0711;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=28.18;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.446 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12891154 . G T 49.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0428;MQ=46.00;QD=24.58;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12891772 . T C 1295.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5804;MQ=46.97;QD=26.57;SOR=1.044 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12893386 . C T 543.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.956;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1178;MQ=41.73;MQRankSum=-4.290e-01;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.703 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12916682 . T A 101.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1167;MQ=31.93;MQRankSum=-7.360e-01;QD=17.00;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.707 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12930818 . G T 150.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2997;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12937343 . C T 495.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=7.025;InbreedingCoeff=0.2238;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=28.33;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=1.492 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12941844 . A T 1055.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2912;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.13;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=1.542 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12950792 . C T 252.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.700e-01;ClippingRankSum=0.676;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0666;MQ=60.00;MQRankSum=-6.760e-01;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 12951717 . A G 4888.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=3.653;InbreedingCoeff=0.5511;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=27.62;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.575 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12952535 . C T 1600.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.421;DP=0;FS=2.441;InbreedingCoeff=0.0542;MQ=55.35;MQRankSum=-7.510e-01;QD=28.57;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.989 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12953721 . G T 2949.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.623;DP=0;FS=0.914;InbreedingCoeff=0.2887;MQ=53.46;MQRankSum=-1.642e+00;QD=29.20;ReadPosRankSum=-3.650e-01;SOR=0.734 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12962069 . C G 42.44 . 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AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0170;MQ=42.53;MQRankSum=-7.360e-01;QD=27.11;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.725 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12994404 . G A 3115.96 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.550;DP=0;FS=5.436;InbreedingCoeff=0.2843;MQ=60.00;MQRankSum=-4.060e-01;QD=25.23;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.370 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 12999081 . C A 340.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4698;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13009234 . A C 218.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4389;MQ=54.52;QD=36.78;SOR=3.611 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13018987 . G A 2113.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=1.511;InbreedingCoeff=0.5665;MQ=52.20;MQRankSum=-3.580e-01;QD=23.43;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13022477 . G T 56.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=33.00;QD=28.32;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13024876 . A G 91.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2808;MQ=53.08;QD=30.66;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13030896 . T G 134.44 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1733;MQ=60.00;QD=33.61;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13075253 . C T 47.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0524;MQ=23.00;QD=23.79;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 13083591 . A G 484.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4725;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13088188 . G A 1320.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=1;FS=5.800;InbreedingCoeff=0.1125;MQ=50.52;MQRankSum=-7.470e-01;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.319 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 13100846 . G T 47.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1023;MQ=60.00;QD=28.77;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 13106735 . T C 2759.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-6.100e-02;DP=4;FS=5.083;InbreedingCoeff=0.3245;MQ=59.34;MQRankSum=-5.330e-01;QD=25.31;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.027 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 13108242 . G T 595.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.230e-01;ClippingRankSum=0.751;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1821;MQ=60.00;MQRankSum=-2.540e-01;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.807;SOR=0.569 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr3 13109128 . C A 235.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2239;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 13113591 . C T 79.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2503;MQ=46.15;QD=19.94;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 13113805 . G A 51.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1633;MQ=47.00;QD=25.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr3 13114179 . C T 102.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.920e+00;ClippingRankSum=0.956;DP=2;FS=7.068;InbreedingCoeff=-0.1004;MQ=40.77;MQRankSum=1.92;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr3 13115822 . C G 3546.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4971;MQ=51.00;MQRankSum=1.23;QD=33.22;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.630 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,102 Chr3 13120736 . G C 82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3073;MQ=34.00;QD=27.21;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 13123204 . C T 46.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0688;MQ=47.00;QD=23.07;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 13128439 . T C 211.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5214;MQ=60.00;QD=19.25;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13130663 . A T 81.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.537e+00;ClippingRankSum=0.406;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0641;MQ=56.40;MQRankSum=0.406;QD=13.59;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr3 13133025 . A T 1212.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=1.029;InbreedingCoeff=0.0292;MQ=57.20;MQRankSum=-7.270e-01;QD=20.91;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 13133697 . G A 58.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=6.455;InbreedingCoeff=-0.1103;MQ=53.90;MQRankSum=0.727;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 13138359 . C G 147.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.220e-01;ClippingRankSum=-6.840e-01;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=50.09;MQRankSum=-1.920e+00;QD=14.70;ReadPosRankSum=-1.517e+00;SOR=0.905 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,209 Chr3 13148525 . A G 1371.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1063;MQ=58.04;MQRankSum=0.736;QD=28.38;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,163 Chr3 13149818 . T C 199.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1802;MQ=59.22;MQRankSum=0.358;QD=14.27;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:18:0,18,270 Chr3 13151795 . C T 53.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1438;MQ=40.00;QD=26.75;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 13159355 . A T 86.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1067;MQ=60.00;QD=31.57;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 13167947 . G A 628.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1398;MQ=51.39;MQRankSum=0.572;QD=33.17;ReadPosRankSum=-5.720e-01;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13173091 . C T 307.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2385;MQ=49.82;QD=30.81;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13173939 . G A 58.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=2.02;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0963;MQ=55.07;MQRankSum=-2.017e+00;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13176113 . C T 38.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1383;MQ=60.00;QD=19.14;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13183519 . T C 209.26 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6067;MQ=56.53;QD=29.89;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13192046 . T A 845.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=31.31;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.770 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13194858 . C A 89.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1595;MQ=60.00;QD=33.82;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13206619 . T C 419.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.680e-01;ClippingRankSum=-4.340e-01;DP=20;FS=2.908;InbreedingCoeff=-0.0372;MQ=56.37;MQRankSum=-1.271e+00;QD=19.97;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:20,0:20:60:0,60,655 Chr3 13212705 . G T 1534.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.610e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0980;MQ=60.00;MQRankSum=0.312;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,251 Chr3 13214818 . A T 3382.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.056;DP=12;FS=5.222;InbreedingCoeff=0.0724;MQ=50.87;MQRankSum=-3.060e-01;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.861 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:27:0,27,405 Chr3 13216252 . A T 39.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1109;MQ=58.49;MQRankSum=-3.580e-01;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 13247270 . G A 108.83 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0034;MQ=59.51;MQRankSum=1.03;QD=18.14;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,2:4:78:0|1:13247270_G_A:78,0,78 Chr3 13248595 . G A 2514.20 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.107;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1156;MQ=47.25;MQRankSum=-7.200e-01;QD=17.96;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.677 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:78:78,0,100 Chr3 13250548 . C T 67.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=6;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.1311;MQ=48.83;MQRankSum=-1.231e+00;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.358;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 13262062 . A T 135.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2740;MQ=60.00;QD=33.98;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 13268713 . C T 350.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1201;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=25.07;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr3 13271702 . C A 346.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5869;MQ=41.73;QD=28.85;SOR=1.445 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13276597 . G A 279.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.421;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2595;MQ=38.04;MQRankSum=-1.638e+00;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.30;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13277382 . C T 672.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=4.821;InbreedingCoeff=0.5059;MQ=60.00;MQRankSum=2.05;QD=21.70;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.568 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13284923 . T G 2023.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6847;MQ=60.00;QD=33.18;SOR=1.234 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13292757 . A G 47.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0238;MQ=57.55;QD=23.99;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13299474 . C T 939.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=4.467;InbreedingCoeff=0.0543;MQ=43.91;MQRankSum=-1.980e-01;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.325 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13301039 . T G 167.43 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1642;MQ=42.18;MQRankSum=0.804;QD=33.49;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:13301039_T_G:45,3,0 Chr3 13315204 . C G 795.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=0;FS=1.623;InbreedingCoeff=0.0931;MQ=49.89;MQRankSum=-1.980e-01;QD=31.80;ReadPosRankSum=-1.067e+00;SOR=0.412 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13319092 . G T 11667.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.550;DP=4;FS=23.281;InbreedingCoeff=0.1297;MQ=55.23;MQRankSum=0.135;QD=32.86;ReadPosRankSum=0.573;SOR=1.109 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr3 13326504 . G A 84.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1611;MQ=60.00;QD=28.28;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr3 13336684 . A C 92.46 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0693;MQ=31.29;QD=30.82;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:13336642_T_A:135,9,0 Chr3 13361018 . C A 821.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1320;MQ=54.16;MQRankSum=-7.360e-01;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 13363037 . G A 78.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-4.060e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0898;MQ=57.27;MQRankSum=-4.060e-01;QD=13.17;ReadPosRankSum=-1.537e+00;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,180 Chr3 13373421 . A G 368.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6882;MQ=22.00;QD=24.56;SOR=1.244 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 13394802 . C A 794.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0153;MQ=52.39;MQRankSum=-7.360e-01;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.591 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:12:0,12,180 Chr3 13398047 . C T 231.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0668;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=26.02;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.799 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 13398091 . C T 333.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1999;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 13405479 . C A 426.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0218;MQ=51.41;MQRankSum=1.03;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.888 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 13413020 . G A 205.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0757;MQ=44.42;MQRankSum=0.727;QD=20.58;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.790 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,87 Chr3 13413297 . G C 31.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0862;MQ=44.67;MQRankSum=0.736;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr3 13413413 . T C 94.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0863;MQ=45.83;MQRankSum=0.804;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:6:0,6,90 Chr3 13415395 . C T 167.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.980e-01;DP=4;FS=1.515;InbreedingCoeff=-0.1289;MQ=48.51;MQRankSum=-9.560e-01;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.392 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,134 Chr3 13416983 . T A 3922.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.212;InbreedingCoeff=0.5408;MQ=59.02;MQRankSum=0.736;QD=35.20;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.388 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,53 Chr3 13417033 . C T 367.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1177;MQ=50.99;MQRankSum=-7.360e-01;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,38 Chr3 13420179 . G A 265.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0399;MQ=56.28;MQRankSum=-7.420e-01;QD=28.45;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr3 13422884 . C G 80.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0237;MQ=60.00;QD=20.11;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 13425568 . C G 30.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0264;MQ=60.00;QD=10.15;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 13426405 . G T 2261.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6265;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=24.29;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,161 Chr3 13428084 . G A 1853.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3911;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.62;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.639 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:2:0,2,190 Chr3 13431259 . C T 258.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2265;MQ=58.00;QD=32.30;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,64 Chr3 13431656 . T A 3247.19 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4401;MQ=44.02;QD=31.53;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:108,9,0 Chr3 13436899 . G A 414.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1988;MQ=60.00;QD=35.87;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 13437619 . T G 430.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4706;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,244 Chr3 13439605 . C T 317.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2317;MQ=60.00;QD=23.05;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 13445051 . T A 2203.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.470;DP=20;FS=1.107;InbreedingCoeff=-0.1663;MQ=52.16;MQRankSum=0.00;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.588 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:20,0:20:48:0,48,720 Chr3 13446121 . C T 52.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0711;MQ=51.94;MQRankSum=1.23;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 13451245 . C T 504.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.198;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1171;MQ=59.42;MQRankSum=0.271;QD=16.81;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.751 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 13455638 . G T 428.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-9.560e-01;DP=7;FS=5.812;InbreedingCoeff=0.2248;MQ=32.44;MQRankSum=-1.231e+00;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.322;SOR=1.315 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,131 Chr3 13456459 . C T 144.10 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1628;MQ=43.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr3 13457028 . G A 303.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.573;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1815;MQ=50.75;MQRankSum=-1.001e+00;QD=25.33;ReadPosRankSum=-5.730e-01;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr3 13466595 . T A 219.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1412;MQ=37.13;QD=30.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 13468434 . C T 86.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1562;MQ=60.00;QD=28.81;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 13471247 . T G 136.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2331;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr3 13483734 . G A 169.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4104;MQ=60.00;QD=16.92;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 13490209 . C G 920.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4153;MQ=55.53;QD=34.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,252 Chr3 13497505 . A G 571.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=2.884;InbreedingCoeff=0.1025;MQ=40.03;MQRankSum=0.736;QD=30.06;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.093 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 13508007 . G T 9994.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.358;DP=14;FS=1.142;InbreedingCoeff=-0.6049;MQ=60.00;MQRankSum=-2.120e-01;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.823 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:14,0:14:0:0,0,159 Chr3 13508713 . A G 63.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.460e-01;ClippingRankSum=0.296;DP=13;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0163;MQ=54.71;MQRankSum=1.39;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:39:0,39,437 Chr3 13514940 . G A 146.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1531;MQ=58.52;QD=20.91;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 13522988 . C T 111.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.154e+00;ClippingRankSum=-9.100e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0905;MQ=36.71;MQRankSum=1.41;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.330 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 13530941 . G A 90.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0217;MQ=60.00;QD=30.20;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 13531144 . T C 57.46 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MQ=60.00;QD=28.73;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:13531121_A_G:90,6,0 Chr3 13551358 . A G 76.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0686;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 13557330 . T C 302.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0969;MQ=60.00;QD=32.26;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13564314 . G A 320.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=6;FS=3.010;InbreedingCoeff=-0.1227;MQ=47.64;MQRankSum=0.922;QD=32.02;ReadPosRankSum=0.198;SOR=1.492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,197 Chr3 13565523 . G A 109.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=2.398;InbreedingCoeff=0.0341;MQ=54.16;MQRankSum=0.736;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,205 Chr3 13568924 . C G 139.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=5;FS=2.112;InbreedingCoeff=0.0517;MQ=57.57;MQRankSum=-7.420e-01;QD=34.84;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,152 Chr3 13569211 . T G 398 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.736;DP=7;FS=9.260;InbreedingCoeff=0.0725;MQ=56.28;MQRankSum=-7.360e-01;QD=34.86;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.383 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr3 13574840 . G A 45.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0011;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13576554 . C T 726.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3152;MQ=50.41;QD=33.04;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13577723 . A G 217.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0352;MQ=42.92;QD=27.88;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13578870 . C A 44.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0643;MQ=60.00;QD=22.05;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13579270 . C T 76.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0937;MQ=60.00;QD=19.02;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13582422 . G A 3745.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.980e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=12;FS=3.032;InbreedingCoeff=0.0026;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=11.78;ReadPosRankSum=-1.010e-01;SOR=0.542 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:33:0,33,495 Chr3 13582878 . C T 50.52 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0351;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 13583157 . C T 2174.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.704;InbreedingCoeff=0.1121;MQ=38.66;MQRankSum=-7.270e-01;QD=23.38;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.725 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 13589209 . T A 1797.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.090e-01;ClippingRankSum=-2.100e-02;DP=337;FS=3.365;InbreedingCoeff=-0.1197;MQ=45.40;MQRankSum=0.738;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.06;SOR=0.740 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:337,0:337:99:0,120,1800 Chr3 13592295 . T C 6681.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.910e+00;ClippingRankSum=0.293;DP=680;FS=24.393;InbreedingCoeff=-0.0888;MQ=38.54;MQRankSum=4.09;QD=8.99;ReadPosRankSum=-4.410e-01;SOR=1.209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:680,0:680:99:0,120,1800 Chr3 13603635 . G C 164.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0784;MQ=60.00;QD=21.29;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr3 13611984 . C T 1030.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.830e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=28.62;ReadPosRankSum=1.72;SOR=0.547 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13623416 . T C 2709.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.700e-01;ClippingRankSum=0.025;DP=2;FS=2.771;InbreedingCoeff=-0.0688;MQ=47.90;MQRankSum=-7.420e-01;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 13627713 . A G 1370.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.696;DP=5;FS=7.679;InbreedingCoeff=-0.1145;MQ=39.73;MQRankSum=-3.580e-01;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.440 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 13628741 . C T 93.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4406;MQ=46.67;QD=18.73;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,174 Chr3 13647060 . C A 431.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1216;MQ=45.00;MQRankSum=1.03;QD=28.76;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 13652530 . G A 345.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=7.605;InbreedingCoeff=-0.0834;MQ=40.97;MQRankSum=0.736;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 13656086 . C A 246.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=2.430;InbreedingCoeff=-0.0518;MQ=40.68;MQRankSum=-1.026e+00;QD=31.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 13656780 . C G 87.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0233;MQ=39.61;QD=29.13;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13661447 . G A 218.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0192;MQ=41.58;MQRankSum=0.358;QD=31.22;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13699705 . C T 125.46 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=8;FS=3.680;InbreedingCoeff=-0.1450;MQ=37.17;MQRankSum=2.02;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.039 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:4,4:8:99:0|1:13699705_C_T:156,0,156 Chr3 13707553 . A T 45.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0765;MQ=24.90;MQRankSum=1.03;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 13768624 . T C 327.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1872;MQ=36.41;MQRankSum=-1.026e+00;QD=25.22;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 13776905 . C A 42.75 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;MQ=26.46;MQRankSum=-1.380e+00;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13802915 . C T 135.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0196;MQ=48.31;MQRankSum=0.736;QD=33.40;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 Chr3 13810439 . T C 53.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4035;MQ=22.00;QD=26.67;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13820059 . G T 53.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0839;MQ=22.00;QD=26.70;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13820696 . G A 31.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.198;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1159;MQ=45.33;MQRankSum=-9.220e-01;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.922;SOR=1.802 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13827949 . G A 56.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0527;MQ=45.01;MQRankSum=-3.580e-01;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 13828031 . T A 1388.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3476;MQ=39.00;QD=26.58;SOR=2.124 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 13829004 . C A 2705.51 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.170e-01;ClippingRankSum=-4.800e-01;DP=13;FS=0.974;InbreedingCoeff=-0.1615;MQ=46.63;MQRankSum=-3.170e-01;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.620 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:6,7:13:99:0|1:13829004_C_A:276,0,231 Chr3 13829073 . T A 122.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.620e-01;ClippingRankSum=-1.750e-01;DP=23;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0098;MQ=42.57;MQRankSum=-3.142e+00;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.658e+00;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:23,0:23:60:0,60,900 Chr3 13872329 . G T 249.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7563;MQ=50.99;QD=31.21;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:30:0,30,450 Chr3 13877307 . T C 379.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6363;MQ=46.00;QD=28.40;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 13884439 . C T 139.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;MQ=55.23;QD=34.83;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 13896681 . A G 267.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=2.05;ClippingRankSum=1.38;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2072;MQ=52.96;MQRankSum=0.720;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.412 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13917668 . G A 81.05 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;MQ=47.50;MQRankSum=0.727;QD=20.26;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.446 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13918113 . G A 122.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.358;DP=1;FS=3.123;InbreedingCoeff=-0.1467;MQ=41.72;MQRankSum=-1.026e+00;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.030 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 13919536 . C G 1031.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;FS=1.507;InbreedingCoeff=0.3293;MQ=43.64;MQRankSum=-7.360e-01;QD=22.93;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.612 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 13920693 . A G 596.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-3.120e-01;DP=10;FS=1.685;InbreedingCoeff=0.1574;MQ=42.05;MQRankSum=-7.270e-01;QD=27.12;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.763 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,271 Chr3 13929533 . G T 244.17 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=1.16;DP=8;FS=10.328;InbreedingCoeff=-0.0683;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=20.25;ReadPosRankSum=-7.290e-01;SOR=2.562 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr3 13958950 . G T 861.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5314;MQ=60.00;QD=30.76;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 13972185 . C T 51.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3674;MQ=33.00;QD=25.84;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 13986285 . G A 73.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0611;MQ=52.31;QD=24.45;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr3 13996052 . C T 230.72 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MQ=40.00;QD=28.84;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr3 14026866 . C T 228.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.620e-01;ClippingRankSum=-1.179e+00;DP=13;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0692;MQ=53.68;MQRankSum=-7.620e-01;QD=25.38;ReadPosRankSum=-1.179e+00;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:36:0,36,540 Chr3 14029870 . T A 1596.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=2;FS=5.602;InbreedingCoeff=0.4326;MQ=50.25;MQRankSum=0.727;QD=23.47;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.187 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 14041480 . C A 1964.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.589;DP=8;FS=2.967;InbreedingCoeff=0.4914;MQ=48.73;MQRankSum=0.720;QD=33.30;ReadPosRankSum=1.77;SOR=0.796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,258 Chr3 14042454 . T C 33.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5323;MQ=36.00;QD=16.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,203 Chr3 14052524 . C A 197.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1937;MQ=60.00;QD=27.56;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14068181 . A G 138.91 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=0;FS=1.341;InbreedingCoeff=-0.1506;MQ=51.48;MQRankSum=-1.026e+00;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.02;SOR=0.734 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14073433 . T C 224.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0843;MQ=41.19;MQRankSum=0.736;QD=20.37;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 14075254 . G A 240.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=-7.470e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0776;MQ=55.73;MQRankSum=0.747;QD=30.07;ReadPosRankSum=-7.470e-01;SOR=0.595 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 14076435 . C T 38.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=13;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0764;MQ=49.48;MQRankSum=-1.026e+00;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:36:0,36,540 Chr3 14076791 . G T 352.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=3;FS=5.880;InbreedingCoeff=0.1342;MQ=57.09;MQRankSum=1.23;QD=22.00;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.078 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14082986 . G T 134.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.760e-01;ClippingRankSum=1.31;DP=2;FS=2.808;InbreedingCoeff=-0.0469;MQ=54.74;MQRankSum=0.361;QD=14.89;ReadPosRankSum=-3.610e-01;SOR=1.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 14083364 . C T 193.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=5.205;InbreedingCoeff=-0.0601;MQ=57.57;MQRankSum=-7.360e-01;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.430 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr3 14099109 . T C 122.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0181;MQ=34.59;MQRankSum=-7.360e-01;QD=17.43;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 14099728 . T C 49.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0409;MQ=47.00;QD=24.93;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14106281 . G C 58.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0262;MQ=35.71;QD=19.50;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 14106285 . C T 93.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1564;MQ=34.12;QD=23.28;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 14107531 . T C 77.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0315;MQ=40.00;QD=25.79;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 14110191 . G A 129.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=7.123;InbreedingCoeff=-0.0323;MQ=37.02;MQRankSum=0.727;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.392 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 14110501 . C T 1587.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5763;MQ=57.45;QD=28.35;SOR=0.954 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 14111693 . A T 350.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1557;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=29.21;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 14121317 . C T 275.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1867;MQ=60.00;QD=34.39;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 14121392 . T A 2856.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6502;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=30.72;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr3 14148357 . A G 2203.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.493;DP=3;FS=5.360;InbreedingCoeff=0.0832;MQ=54.48;MQRankSum=-7.360e-01;QD=18.67;ReadPosRankSum=0.629;SOR=1.176 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14152344 . C T 233.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-4.060e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0108;MQ=52.85;MQRankSum=-1.537e+00;QD=23.31;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.697 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14153382 . G C 142.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1089;MQ=49.02;QD=20.39;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,161 Chr3 14158155 . A C 89.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1221;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 14162330 . A G 104.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.700e-01;ClippingRankSum=-4.700e-01;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0564;MQ=60.00;MQRankSum=1.10;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr3 14162455 . A G 1227.66 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=5.527;InbreedingCoeff=0.0167;MQ=55.09;MQRankSum=-1.026e+00;QD=19.49;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.817 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,2:5:99:0|1:14162451_G_A:118,0,114 Chr3 14164433 . G A 110.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.02;ClippingRankSum=0.421;DP=11;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0486;MQ=60.00;MQRankSum=-9.220e-01;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.421;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:11,0:11:33:0,33,400 Chr3 14164843 . C A 73.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-6.840e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=7;FS=7.068;InbreedingCoeff=-0.0772;MQ=56.44;MQRankSum=1.92;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.610 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr3 14165807 . G C 12380.61 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4805;MQ=60.00;QD=32.91;SOR=0.748 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr3 14215247 . G A 260.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=46.50;QD=31.11;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr3 14217800 . C T 302.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.041;InbreedingCoeff=-0.1350;MQ=40.63;MQRankSum=-1.448e+00;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.545 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr3 14224807 . C T 85.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=0.000;MQ=39.80;MQRankSum=0.727;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30:113,0,30 Chr3 14227728 . G A 89.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0797;MQ=60.00;QD=22.36;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 14230094 . G A 148.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=3;FS=2.046;InbreedingCoeff=-0.0424;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=12.39;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr3 14233160 . C G 50.08 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=4.296;InbreedingCoeff=0.2489;MQ=60.00;MQRankSum=1.29;QD=31.16;ReadPosRankSum=1.29;SOR=0.161 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 14259467 . C G 48.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0109;MQ=60.00;QD=16.29;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14291193 . G T 314.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1194;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=20.98;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.275 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14305742 . T A 644.13 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.191e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2091;MQ=56.70;MQRankSum=1.38;QD=24.77;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.509 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14321281 . G A 216.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0237;MQ=60.00;QD=32.82;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 14326653 . A T 97.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=6;FS=4.706;InbreedingCoeff=-0.2035;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=24.40;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:6,0:6 Chr3 14329739 . T C 2834.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5039;MQ=56.21;MQRankSum=-7.360e-01;QD=28.43;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14337701 . T C 59.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0995;MQ=46.00;QD=19.94;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14363943 . G A 139.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3081;MQ=46.10;QD=34.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr3 14382664 . G A 323.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=10;FS=8.879;InbreedingCoeff=-0.1392;MQ=57.45;MQRankSum=-1.026e+00;QD=37.16;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=2.227 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:0:0,0,99 Chr3 14383159 . A C 9270.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.480e-01;ClippingRankSum=-2.480e-01;DP=7;FS=12.339;InbreedingCoeff=0.4789;MQ=55.56;MQRankSum=-5.730e-01;QD=29.45;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.103 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,107 Chr3 14383282 . C T 2145.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.67;ClippingRankSum=0.762;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4822;MQ=40.20;MQRankSum=-1.179e+00;QD=28.16;ReadPosRankSum=-1.179e+00;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:0:0,0,232 Chr3 14394268 . A C 913.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=6;FS=3.862;InbreedingCoeff=0.2614;MQ=48.14;MQRankSum=2.49;QD=31.59;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:9:0,9,135 Chr3 14394598 . C T 67.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.380e+00;ClippingRankSum=0.720;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0675;MQ=31.11;MQRankSum=0.720;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr3 14412841 . C A 2002.97 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.421;DP=1;FS=5.137;InbreedingCoeff=0.4810;MQ=52.28;MQRankSum=0.358;QD=29.03;ReadPosRankSum=0.480;SOR=1.324 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:14412841_C_A:45,3,0 Chr3 14416896 . A T 339.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4429;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr3 14422138 . T C 66.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1382;MQ=37.83;MQRankSum=0.804;QD=22.04;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 14435222 . G A 31.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0634;MQ=40.00;QD=31.28;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14437412 . G C 101.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14438597 . T C 1261.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1616;MQ=43.68;MQRankSum=0.736;QD=19.41;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14445423 . A G 59.43 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=46.00;QD=29.72;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14485063 . T A 252.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0041;MQ=47.61;QD=30.31;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr3 14504536 . A C 148.56 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;MQ=60.00;QD=33.09;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:14504531_A_G:180,12,0 Chr3 14507832 . G C 1672.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2072;MQ=40.00;QD=27.79;SOR=0.811 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,42 Chr3 14508446 . G A 140.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;MQ=54.77;QD=31.95;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 14518171 . C T 57.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=19.17;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14523871 . C T 1483.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.720;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0901;MQ=53.89;MQRankSum=0.358;QD=27.96;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.796 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:15:0,15,225 Chr3 14523969 . G A 2865.57 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2920;MQ=48.34;MQRankSum=0.720;QD=31.49;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.613 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:4,2:6:72:0|1:14523969_G_A:72,0,159 Chr3 14525060 . C G 1123.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4203;MQ=58.67;MQRankSum=-7.360e-01;QD=27.69;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.335 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 14529812 . G T 161.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0789;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=16.14;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,326 Chr3 14540187 . C G 5886.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=8.252;InbreedingCoeff=0.2913;MQ=57.24;MQRankSum=1.03;QD=25.21;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.433 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14547579 . C A 181.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=58.00;QD=30.06;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14552966 . T C 224.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0341;MQ=43.10;MQRankSum=0.804;QD=31.17;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 14555848 . G C 127.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0300;MQ=37.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=21.33;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 14564302 . T C 99.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.890e-01;ClippingRankSum=1.30;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0519;MQ=54.15;MQRankSum=-8.190e-01;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,315 Chr3 14564990 . C G 127.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1601;MQ=60.00;QD=15.97;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 14565985 . G A 349.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0013;MQ=51.52;MQRankSum=0.720;QD=15.89;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 14571625 . G A 45.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0459;MQ=50.99;QD=22.78;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14578203 . A G 1688.08 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4796;MQ=46.52;QD=25.08;SOR=1.067 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 14578272 . C T 248.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1965;MQ=46.53;QD=36.34;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 14579389 . T A 50.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0416;MQ=51.53;QD=25.12;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 14581193 . T C 5081.26 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4425;MQ=52.71;QD=30.06;SOR=0.918 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:14581170_A_G:87,6,0 Chr3 14592561 . G A 88.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0561;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 14594980 . A G 172.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0597;MQ=47.78;QD=34.58;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 14595978 . C T 46.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0027;MQ=60.00;QD=23.12;SOR=0.540 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 14598484 . A G 175.40 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0898;MQ=51.40;MQRankSum=-7.360e-01;QD=14.37;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 14638797 . T C 96.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.880e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=1;FS=4.039;InbreedingCoeff=-0.1311;MQ=47.58;MQRankSum=-9.880e-01;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 14642740 . T C 378.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.63;ClippingRankSum=2.20;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0985;MQ=58.74;MQRankSum=-1.493e+00;QD=12.61;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.593 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14642991 . A G 981.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4233;MQ=60.00;QD=34.19;SOR=1.136 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14643933 . T A 581.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4155;MQ=60.00;QD=34.35;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,170 Chr3 14649001 . C T 35.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1234;MQ=60.00;QD=17.64;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 14651209 . A G 2638.14 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3586;MQ=53.62;MQRankSum=1.73;QD=32.15;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.910 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 14654572 . A G 31.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0370;MQ=38.94;QD=15.83;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,167 Chr3 14660361 . G A 3558.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.23;DP=7;FS=3.616;InbreedingCoeff=0.7106;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=27.80;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr3 14666151 . G A 110.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0906;MQ=60.00;QD=22.07;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,79 Chr3 14671693 . C T 487.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2261;MQ=54.08;MQRankSum=-5.500e-01;QD=18.74;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.561 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,160 Chr3 14675532 . C A 36.85 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0773;MQ=59.21;MQRankSum=1.23;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,256 Chr3 14684869 . A T 94.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0775;MQ=60.00;QD=31.59;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14685387 . G A 46.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0788;MQ=60.00;QD=15.36;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 14693640 . C T 349.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3518;MQ=60.00;QD=34.93;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14697403 . C T 273.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=8;FS=2.276;InbreedingCoeff=0.1154;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=30.44;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr3 14701103 . C T 255.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-9.370e-01;DP=15;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0903;MQ=60.00;MQRankSum=-1.754e+00;QD=23.25;ReadPosRankSum=-5.500e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:15,0:15:42:0,42,630 Chr3 14704636 . C A 82.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0130;MQ=49.68;QD=27.63;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 14707743 . G A 301.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0556;MQ=60.00;QD=30.10;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 14717149 . T C 38.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0775;MQ=45.70;MQRankSum=-1.026e+00;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14729122 . C T 612.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4236;MQ=60.00;QD=23.66;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 14731210 . T A 11541.56 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6663;MQ=60.00;QD=32.79;SOR=0.705 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:363,36,0 Chr3 14731881 . A G 461.52 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=6;FS=2.932;InbreedingCoeff=-0.1369;MQ=58.31;MQRankSum=-7.360e-01;QD=25.64;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.537 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:5,1:6:21:0|1:14731878_G_A:21,0,291 Chr3 14731890 . T C 538.25 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=2.835;InbreedingCoeff=-0.1687;MQ=58.31;MQRankSum=-7.470e-01;QD=28.33;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.350 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:6,1:7:24:0|1:14731878_G_A:24,0,249 Chr3 14747114 . A G 196.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1074;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=2.584 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 14761424 . G A 86.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0684;MQ=60.00;QD=21.71;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 14772754 . C T 470.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.00;DP=12;FS=3.815;InbreedingCoeff=-0.0165;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.071;SOR=1.148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:33:0,33,495 Chr3 14776116 . C T 301.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.517e+00;ClippingRankSum=0.322;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1631;MQ=60.00;MQRankSum=-1.221e+00;QD=25.13;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:18:0,18,270 Chr3 14776179 . C G 223 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.779;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0423;MQ=60.00;MQRankSum=-2.590e-01;QD=13.12;ReadPosRankSum=1.41;SOR=0.399 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 14777146 . A C 39.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0532;MQ=47.62;QD=13.03;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 14780654 . G A 130.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1043;MQ=60.00;QD=32.65;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14790304 . A G 44.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0227;MQ=60.00;QD=22.46;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 14790470 . T A 797.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.720;DP=4;FS=59.921;InbreedingCoeff=-0.1552;MQ=53.44;MQRankSum=-1.231e+00;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.067;SOR=6.506 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,8 Chr3 14794779 . C T 38.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=40.00;QD=19.39;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 14801675 . A T 194.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0924;MQ=52.59;QD=32.47;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 14806559 . G A 287.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1791;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 14812437 . T G 48.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0887;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14815739 . C T 127.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.406;DP=0;FS=2.430;InbreedingCoeff=0.1868;MQ=40.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.54;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14815859 . A G 222.01 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2881;MQ=60.00;QD=18.50;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14817319 . G A 420.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3350;MQ=55.17;QD=26.27;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14819495 . G T 165.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-5.330e-01;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0547;MQ=40.64;MQRankSum=0.00;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 14830896 . C A 1393.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=3;FS=2.722;InbreedingCoeff=0.3850;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=20.79;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.877 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr3 14831025 . G A 2624.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=5.554;InbreedingCoeff=-0.0296;MQ=50.99;MQRankSum=-7.360e-01;QD=24.53;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.953 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,2:4:69:0|1:14831011_G_A:69,0,78 Chr3 14831387 . T C 194.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0182;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=32.49;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 14833529 . C A 123.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.730e-01;ClippingRankSum=-2.480e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0559;MQ=37.20;MQRankSum=-1.203e+00;QD=13.72;ReadPosRankSum=1.20;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr3 14844351 . A G 4395.11 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1321;MQ=60.00;QD=32.32;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:14844348_G_A:45,3,0 Chr3 14848894 . T C 118.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1374;MQ=54.41;QD=19.78;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14849465 . C A 212.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3189;MQ=48.99;QD=17.74;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14863959 . C T 119.90 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.54;DP=4;FS=2.341;InbreedingCoeff=0.0302;MQ=59.01;MQRankSum=0.406;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:37:37,0,37 Chr3 14864189 . G A 173.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1165;MQ=60.00;QD=21.73;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14865961 . G A 120.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0546;MQ=45.34;MQRankSum=-7.360e-01;QD=24.06;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:3:0,3,45 Chr3 14871941 . G A 160.82 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1616;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=22.97;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.627 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 14875380 . G A 35.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0227;MQ=60.00;QD=17.75;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 14886048 . C A 270.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2597;MQ=60.00;QD=30.07;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 14889472 . G A 2628.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.358;DP=6;FS=0.612;InbreedingCoeff=-0.2178;MQ=56.18;MQRankSum=-7.360e-01;QD=18.00;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.661 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 14891421 . T C 37.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0269;MQ=60.00;QD=18.78;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 14897066 . A C 1271.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.460e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0995;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=19.86;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.536 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 14911038 . C T 229.07 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2433;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 14922009 . G A 46.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0383;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 14928275 . C T 82.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0580;MQ=60.00;QD=20.57;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,229 Chr3 14931881 . G A 128.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0386;MQ=60.00;QD=21.39;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 14951723 . C T 223.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3252;MQ=60.00;QD=20.31;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr3 14964695 . C G 332.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3603;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 14966455 . C A 306.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0746;MQ=60.00;QD=30.65;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 14967343 . A T 305.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2172;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 14968756 . C A 76.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0492;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr3 14970642 . A G 365.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1849;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr3 14972364 . G A 1210.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.510e-01;ClippingRankSum=0.550;DP=3;FS=1.984;InbreedingCoeff=-0.0927;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=18.92;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.468 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,117 Chr3 14987260 . G A 46.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0338;MQ=50.99;QD=23.26;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr3 14995651 . G T 2924.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5994;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=32.86;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.812 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 14995820 . A T 1274.65 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.278;DP=6;FS=0.874;InbreedingCoeff=-0.1210;MQ=60.00;MQRankSum=-3.610e-01;QD=18.47;ReadPosRankSum=-7.290e-01;SOR=0.869 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:5,1:6:27:0|1:14995814_A_G:27,0,207 Chr3 14998446 . A T 81.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0247;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=34.72;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:21:0,21,315 Chr3 14998662 . T C 156 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=1.03;DP=19;FS=1.386;InbreedingCoeff=-0.0217;MQ=57.88;MQRankSum=-8.980e-01;QD=7.43;ReadPosRankSum=-8.980e-01;SOR=0.460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:19,0:19:48:0,48,720 Chr3 15003941 . G A 1303.69 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.18;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=1.635;InbreedingCoeff=0.5271;MQ=53.39;MQRankSum=1.23;QD=22.87;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.189 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:99,12,0 Chr3 15007157 . T G 122.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0840;MQ=60.00;QD=20.40;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,128 Chr3 15012161 . C T 46.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0027;MQ=46.00;QD=15.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 15013159 . G A 117.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.44;ClippingRankSum=0.085;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0948;MQ=46.81;MQRankSum=-1.231e+00;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.27;SOR=0.934 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 15027059 . G C 123.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=-1.380e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1112;MQ=60.00;MQRankSum=-7.200e-01;QD=20.63;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 15028116 . T C 615.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=5;FS=5.488;InbreedingCoeff=-0.1219;MQ=54.90;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.26;ReadPosRankSum=-6.000e-01;SOR=0.413 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 Chr3 15028359 . G A 538.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=2.566;InbreedingCoeff=0.0585;MQ=56.29;MQRankSum=0.727;QD=22.44;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.104 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr3 15030715 . A G 49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0906;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15031591 . G A 115.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.610e-01;ClippingRankSum=0.729;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1128;MQ=58.52;MQRankSum=-7.290e-01;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.729;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr3 15031763 . C G 137.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0883;MQ=45.28;MQRankSum=-7.170e-01;QD=12.53;ReadPosRankSum=-1.430e-01;SOR=0.527 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15032993 . G A 283.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2177;MQ=43.64;QD=26.51;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr3 15033316 . A T 83.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0744;MQ=37.00;MQRankSum=0.727;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 15033828 . A G 36.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-8.070e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0245;MQ=53.45;MQRankSum=1.03;QD=1.81;ReadPosRankSum=2.02;SOR=1.162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,128 Chr3 15035699 . C T 49.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0466;MQ=49.62;QD=24.74;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 15037094 . G T 101.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-4.410e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1022;MQ=49.08;MQRankSum=-1.380e+00;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 15040314 . T C 357.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-9.880e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2876;MQ=23.80;MQRankSum=-1.537e+00;QD=29.75;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15044806 . G A 439.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.976;InbreedingCoeff=0.1081;MQ=55.50;MQRankSum=-7.360e-01;QD=31.87;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.008 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/0:4,0:4:12:0|1:15044801_C_T:0,12,180 Chr3 15046686 . G A 612.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.650e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=1.545;InbreedingCoeff=0.3157;MQ=56.82;MQRankSum=0.633;QD=26.64;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.394 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 15053304 . G A 60.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.880e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0609;MQ=52.49;MQRankSum=-1.537e+00;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.991 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 15064599 . A G 8170.39 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3577;MQ=60.00;QD=31.79;SOR=1.059 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 15074342 . G A 34.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0872;MQ=60.00;QD=17.28;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,167 Chr3 15078830 . G T 1103.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.133e+00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5276;MQ=60.00;MQRankSum=-3.650e-01;QD=22.52;ReadPosRankSum=-1.036e+00;SOR=0.829 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 15079733 . C T 73.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.40;ClippingRankSum=-1.516e+00;DP=4;FS=2.331;InbreedingCoeff=-0.1122;MQ=60.00;MQRankSum=-2.122e+00;QD=4.58;ReadPosRankSum=0.424;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 15087179 . G A 285.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1757;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr3 15089774 . T C 555.18 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.358;DP=4;FS=3.796;InbreedingCoeff=0.0988;MQ=46.52;MQRankSum=-1.026e+00;QD=24.14;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.375 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,1:4:33:0|1:15089773_G_T:33,0,123 Chr3 15091483 . C T 1343.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4374;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=0.906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 15097056 . C T 374.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3568;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 15105365 . G A 625.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4877;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=22.33;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.407 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 15110788 . C T 247.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=7;FS=4.419;InbreedingCoeff=0.1551;MQ=53.69;MQRankSum=-7.270e-01;QD=19.05;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.111 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,205 Chr3 15111430 . G A 144.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0249;MQ=60.00;QD=35.73;SOR=2.712 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 15111545 . G T 40.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0453;MQ=60.00;QD=20.11;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 15112700 . A T 327.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1195;MQ=57.38;MQRankSum=0.00;QD=14.26;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.671 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 15113360 . G A 631.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.322;DP=7;FS=2.092;InbreedingCoeff=-0.0343;MQ=57.26;MQRankSum=-7.420e-01;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.940 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,224 Chr3 15113540 . G A 181.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=2.027;InbreedingCoeff=0.1000;MQ=60.00;QD=28.83;SOR=1.190 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15114432 . G A 31.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1820;MQ=58.00;QD=15.83;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 15119243 . G A 259.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1030;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15127570 . G C 179.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1044;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=29.92;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 15127672 . C T 671.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.720;DP=9;FS=5.186;InbreedingCoeff=0.0136;MQ=55.02;MQRankSum=-1.380e+00;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.852 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,221 Chr3 15129032 . G A 278.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=2.447;InbreedingCoeff=0.1551;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=18.58;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.560 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr3 15129683 . T C 141.10 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0355;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15131805 . T G 328.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2304;MQ=60.00;QD=29.46;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 15134205 . G A 508.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2429;MQ=60.00;QD=33.90;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 15138947 . T C 48.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=1.23;DP=4;FS=6.455;InbreedingCoeff=-0.0512;MQ=49.09;MQRankSum=-7.270e-01;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,99 Chr3 15140499 . G A 944.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=2.661;InbreedingCoeff=0.1805;MQ=59.01;MQRankSum=0.825;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 15142116 . C T 1654.51 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=5.155;InbreedingCoeff=0.0844;MQ=53.80;MQRankSum=-7.270e-01;QD=21.49;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.005 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:15142097_C_T:90,6,0 Chr3 15143249 . C T 1678.23 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.720;DP=7;FS=2.597;InbreedingCoeff=-0.0631;MQ=59.26;MQRankSum=0.198;QD=21.80;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:28:28,0,180 Chr3 15143869 . G A 2848.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=6;FS=2.740;InbreedingCoeff=0.1277;MQ=57.01;MQRankSum=-7.310e-01;QD=27.13;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.449 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,178 Chr3 15144193 . C T 334.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=8;FS=3.041;InbreedingCoeff=0.0572;MQ=53.91;MQRankSum=-1.980e-01;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.128 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr3 15155039 . G A 358.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.729;DP=1;FS=3.816;InbreedingCoeff=0.0256;MQ=52.78;MQRankSum=1.23;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.729;SOR=1.739 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 15160126 . C A 67.13 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1078;MQ=59.51;MQRankSum=0.731;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.330 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15168750 . C T 49.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0140;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15171286 . C T 77.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0291;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr3 15173248 . T A 393.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=29.17;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15179508 . C G 122.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0729;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15185771 . C A 322.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=3;FS=3.979;InbreedingCoeff=0.0571;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=32.28;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.198 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 15192099 . T A 2950.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.250e-01;ClippingRankSum=-1.532e+00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6093;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=27.84;ReadPosRankSum=-3.870e-01;SOR=0.733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:3:0,3,45 Chr3 15221873 . C T 328.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0055;MQ=60.00;QD=35.83;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 15231871 . C T 68.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0243;MQ=60.00;QD=34.32;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15243829 . A G 866.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2230;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 15245977 . C T 121.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=0.550;DP=3;FS=3.136;InbreedingCoeff=-0.1098;MQ=49.80;MQRankSum=1.30;QD=17.41;ReadPosRankSum=1.30;SOR=1.492 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 15246567 . C T 47.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0087;MQ=60.00;QD=15.97;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15247715 . C A 405.15 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1015;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=28.94;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 15250814 . T C 829.23 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.610e-01;ClippingRankSum=1.04;DP=1;FS=5.658;InbreedingCoeff=-0.0644;MQ=47.28;MQRankSum=-7.360e-01;QD=17.28;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.406 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 15261404 . G A 578.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.198;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1608;MQ=38.65;MQRankSum=0.662;QD=17.00;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=0.301 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 15266364 . G A 83.47 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0031;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 15266577 . G T 55.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=2.197;InbreedingCoeff=-0.1297;MQ=60.00;MQRankSum=-7.310e-01;QD=3.96;ReadPosRankSum=-7.310e-01;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 15269399 . C T 71.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=1.23;DP=0;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.1011;MQ=48.34;MQRankSum=1.23;QD=14.37;ReadPosRankSum=1.23;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15269461 . C T 160.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.289;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0652;MQ=55.52;MQRankSum=-1.380e+00;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 15281786 . T A 119.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0824;MQ=40.00;QD=29.76;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 15284804 . G A 70.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0602;MQ=60.00;QD=23.42;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15289464 . G A 1895.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=-6.600e-01;DP=0;FS=1.608;InbreedingCoeff=0.0695;MQ=45.17;MQRankSum=0.742;QD=17.39;ReadPosRankSum=-9.350e-01;SOR=0.532 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15289594 . T G 2427.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.113;DP=0;FS=13.822;InbreedingCoeff=-0.1995;MQ=38.56;MQRankSum=-7.000e-02;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.416 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15299884 . G T 163.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2189;MQ=58.38;QD=32.68;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 15302302 . G A 243.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2998;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15303585 . T A 671.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=5.988;InbreedingCoeff=0.1199;MQ=54.04;MQRankSum=0.736;QD=30.31;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.939 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15310177 . G T 292.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2474;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,149 Chr3 15318848 . T A 52.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0321;MQ=32.63;QD=26.20;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 15332321 . T A 76.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1433;MQ=60.00;QD=15.31;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 15346473 . A G 118.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0353;MQ=60.00;QD=29.63;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 15350242 . T G 45.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0316;MQ=24.00;QD=22.57;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 15352918 . G A 89.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0025;MQ=60.00;QD=29.89;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,178 Chr3 15353568 . G A 200.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2617;MQ=60.00;QD=33.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:3:0,3,45 Chr3 15354827 . T G 314.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1933;MQ=60.00;QD=34.90;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,118 Chr3 15359940 . C T 44.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0493;MQ=60.00;QD=15.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 15367054 . C T 197.93 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1855;MQ=60.00;QD=32.99;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15367060 . A T 83.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0535;MQ=60.00;QD=28.22;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15378501 . G A 132.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.978;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0648;MQ=58.79;MQRankSum=1.23;QD=8.28;ReadPosRankSum=-7.150e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:27:0,27,405 Chr3 15379085 . C A 172.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1320;MQ=60.00;QD=21.53;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr3 15379824 . G A 85.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0782;MQ=60.00;QD=28.66;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 15381236 . C T 334.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.11;ClippingRankSum=0.474;DP=12;FS=3.227;InbreedingCoeff=-0.0697;MQ=60.00;MQRankSum=0.067;QD=15.91;ReadPosRankSum=-1.580e-01;SOR=1.197 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:33:0,33,495 Chr3 15383619 . C T 414.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=-7.410e-01;DP=7;FS=5.391;InbreedingCoeff=0.0611;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=13.38;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,244 Chr3 15389601 . C T 604.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2567;MQ=45.83;MQRankSum=1.92;QD=28.77;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 15399288 . C T 1770.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-5.720e-01;DP=3;FS=1.595;InbreedingCoeff=-0.0266;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=24.94;ReadPosRankSum=-3.860e-01;SOR=0.829 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/0:3,0:3:9:0|1:15399288_C_T:0,9,135 Chr3 15402081 . T C 5375.43 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2883;MQ=60.00;QD=32.45;SOR=1.432 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:12:1|1:15402053_C_CCA:180,12,0 Chr3 15410968 . T C 83.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0648;MQ=60.00;QD=20.83;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:0:0,0,186 Chr3 15414379 . G C 67.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.248;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0599;MQ=47.59;MQRankSum=-2.054e+00;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 15423597 . G T 38.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0995;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 15423697 . G A 175.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1107;MQ=53.94;QD=21.96;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,128 Chr3 15432996 . C T 128.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0838;MQ=60.00;QD=32.06;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,81 Chr3 15441537 . C T 672.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-8.760e-01;DP=0;FS=2.512;InbreedingCoeff=-0.2001;MQ=60.00;MQRankSum=1.16;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.939 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15445772 . G A 44.40 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0262;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15452174 . G A 132.29 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3221;MQ=48.17;QD=33.07;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15456834 . G T 278.86 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.373;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0163;MQ=51.62;MQRankSum=-9.220e-01;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.665 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15457305 . G A 247.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2869;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=1.270 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15460105 . G A 382.16 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=2.365;InbreedingCoeff=0.0106;MQ=53.47;MQRankSum=0.731;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.869;SOR=1.030 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr3 15463106 . G C 666.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=4.260;InbreedingCoeff=0.2428;MQ=49.66;MQRankSum=0.804;QD=26.04;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 15463494 . C G 935.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.220e-01;ClippingRankSum=0.322;DP=2;FS=5.465;InbreedingCoeff=0.3325;MQ=56.93;MQRankSum=1.22;QD=28.34;ReadPosRankSum=-3.220e-01;SOR=0.125 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr3 15476940 . G T 46.65 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0416;MQ=46.00;QD=23.32;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15492765 . T C 4233.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6799;MQ=60.00;QD=31.13;SOR=0.816 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15496997 . C T 339.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.747;DP=0;FS=8.195;InbreedingCoeff=0.2027;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=28.30;ReadPosRankSum=0.747;SOR=1.414 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15497658 . G A 512.90 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5904;MQ=60.00;QD=28.49;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15503381 . T C 1292.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=5.878;InbreedingCoeff=-0.1295;MQ=59.01;MQRankSum=-7.270e-01;QD=19.29;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.284 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,147 Chr3 15504463 . A G 108.39 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=60.00;QD=21.68;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15506445 . A G 47.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0542;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 15524503 . A T 1525.33 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6201;MQ=60.00;QD=32.45;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15525210 . A G 815.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6809;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.143 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15533720 . G A 449.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5469;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15553441 . G A 40.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1010;MQ=60.00;QD=20.02;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15569904 . A T 3346.29 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7591;MQ=60.00;QD=29.61;SOR=0.822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:223,18,0 Chr3 15574738 . A G 4882.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.198;DP=4;FS=4.401;InbreedingCoeff=-0.0474;MQ=60.00;MQRankSum=0.135;QD=21.80;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.971 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,87 Chr3 15576557 . T C 1511.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1813;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=25.62;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.796 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15578160 . C A 174.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0093;MQ=60.00;QD=33.63;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15578463 . G A 2412 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.736;DP=9;FS=7.584;InbreedingCoeff=-0.0391;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=27.10;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.252 GT:AD:DP ./.:9,0:9 Chr3 15579000 . A T 320.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=1.07;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0335;MQ=60.00;MQRankSum=1.59;QD=29.13;ReadPosRankSum=-1.589e+00;SOR=1.402 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15581192 . C T 372.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.922;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=57.02;MQRankSum=0.727;QD=23.26;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 15582625 . G T 37.69 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0538;MQ=53.49;MQRankSum=-1.026e+00;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.105 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15584718 . G A 146.97 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1765;MQ=40.75;MQRankSum=0.736;QD=24.50;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.707 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15585436 . A G 1429.03 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4437;MQ=60.00;QD=28.65;SOR=1.002 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15585461 . C T 89.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0092;MQ=57.16;QD=29.94;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15591120 . A G 46.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0175;MQ=60.00;QD=23.12;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:5,0:5 Chr3 15596732 . G T 152.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=0.922;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0795;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=25.46;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 15600347 . T C 687.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-9.560e-01;DP=3;FS=2.410;InbreedingCoeff=-0.1447;MQ=56.71;MQRankSum=-4.060e-01;QD=15.28;ReadPosRankSum=-4.060e-01;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15619557 . C A 120.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0407;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.02;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15622972 . G A 1630.41 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.198;DP=7;FS=0.784;InbreedingCoeff=0.0566;MQ=55.61;MQRankSum=-1.495e+00;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.797 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,5:7:69:0|1:15622957_C_T:184,0,69 Chr3 15626892 . G A 495.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4344;MQ=60.00;QD=30.42;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr3 15638349 . G A 124.02 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1676;MQ=60.00;QD=31.01;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15640897 . C A 136.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0029;MQ=60.00;QD=34.04;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 15645017 . C A 3788.92 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.193;InbreedingCoeff=0.6713;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=29.81;SOR=0.447 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:15645017_C_A:180,12,0 Chr3 15648365 . T C 1663.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.059;DP=12;FS=8.475;InbreedingCoeff=0.3588;MQ=56.23;MQRankSum=-7.270e-01;QD=27.73;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.541 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:12,0:12:0:0,0,217 Chr3 15648658 . A G 89.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1410;MQ=42.91;QD=29.83;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 15650887 . T C 37.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0079;MQ=60.00;QD=28.71;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 15656169 . C G 44.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0738;MQ=60.00;QD=22.30;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15656736 . T A 1471.67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2661;MQ=60.00;QD=31.39;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 15656738 . T G 330.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1103;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 15674309 . C G 42.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0644;MQ=60.00;QD=14.31;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 15675416 . C G 157.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0491;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:13,0:13:36:0,36,540 Chr3 15675721 . T C 1096.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3492;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15675956 . G A 175.39 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0483;MQ=60.00;QD=31.03;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15677635 . C T 964.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4251;MQ=60.00;QD=32.20;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr3 15681727 . C T 207.42 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=-4.010e-01;DP=2;FS=5.812;InbreedingCoeff=0.0320;MQ=58.75;MQRankSum=-7.310e-01;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.482;SOR=1.890 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 15682025 . A T 91.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0248;MQ=60.00;QD=30.45;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 15689123 . A G 85.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1427;MQ=60.00;QD=17.08;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:6,0:6 Chr3 15692533 . G A 2199.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=4.122;InbreedingCoeff=-0.0751;MQ=55.68;MQRankSum=-1.026e+00;QD=19.29;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=0.385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 15695119 . C T 126.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0860;MQ=60.00;QD=21.02;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 15697066 . G A 45.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0298;MQ=60.00;QD=22.69;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,178 Chr3 15715643 . G A 294.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-8.500e-02;DP=6;FS=2.100;InbreedingCoeff=-0.1127;MQ=32.36;MQRankSum=-1.026e+00;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 15715807 . A T 44.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0261;MQ=20.00;QD=22.29;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:0:0,0,80 Chr3 15723707 . T C 621.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2510;MQ=52.92;MQRankSum=-7.470e-01;QD=32.69;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.774 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 15727854 . G T 624.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=-7.270e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2426;MQ=40.08;MQRankSum=0.240;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.713 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 15728683 . A T 44.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1348;MQ=60.00;QD=14.73;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 15729096 . T A 351.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=0;FS=1.983;InbreedingCoeff=-0.1579;MQ=48.52;MQRankSum=-1.495e+00;QD=21.99;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.297 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15734495 . T C 50.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1045;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15734663 . G A 48.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1999;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,190 Chr3 15734689 . G A 390.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4909;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=2.494 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 15742748 . C T 265.85 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.720e-01;ClippingRankSum=1.07;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=56.81;MQRankSum=-1.589e+00;QD=6.82;ReadPosRankSum=-1.067e+00;SOR=1.055 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15745755 . G A 100.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;MQ=60.00;QD=30.27;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 15763526 . T A 51.13 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0261;MQ=49.82;QD=25.57;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15768501 . C A 928.35 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5708;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=0.407 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15782706 . T A 191.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3994;MQ=60.00;QD=31.99;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 15783819 . A T 110.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2025;MQ=60.00;QD=18.36;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 15789002 . G C 38.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0599;MQ=60.00;QD=12.96;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15796261 . C T 2685.79 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.00;DP=5;FS=3.025;InbreedingCoeff=0.5286;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=23.67;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.293 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,5:5:15:1|1:15796243_G_A:225,15,0 Chr3 15798332 . T A 2395.59 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=2.387;InbreedingCoeff=0.6101;MQ=54.88;MQRankSum=-3.580e-01;QD=28.68;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.662 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:15798255_G_A:90,6,0 Chr3 15804060 . T G 310.50 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0577;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 15828089 . C T 232.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;MQ=60.00;QD=31.46;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 15832900 . C A 273.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1923;MQ=60.00;QD=22.95;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 15834836 . T C 112.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0942;MQ=60.00;QD=18.74;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 15836312 . T C 859.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4784;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.426 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 15848371 . G A 3008.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=4;FS=14.271;InbreedingCoeff=-0.0683;MQ=60.00;MQRankSum=-4.060e-01;QD=24.07;ReadPosRankSum=0.358;SOR=0.913 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,49 Chr3 15850212 . A T 40.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0515;MQ=60.00;QD=20.01;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 15855781 . G T 166.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1570;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 15865705 . T C 345.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2553;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr3 15866477 . A G 8904.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7402;MQ=60.00;QD=28.90;SOR=1.028 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 15892192 . T G 135.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1582;MQ=60.00;QD=33.84;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15896277 . G A 438.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2251;MQ=60.00;QD=29.85;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 15903156 . A T 45.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0197;MQ=60.00;QD=22.55;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 15904991 . T C 72.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0140;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr3 15905379 . T C 84.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0765;MQ=60.00;QD=16.85;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 15907347 . T C 116.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1167;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15919802 . G A 82.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1174;MQ=60.00;QD=20.61;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 15920078 . C T 42.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.008e+00;ClippingRankSum=-4.360e-01;DP=3;FS=4.593;InbreedingCoeff=-0.0909;MQ=59.23;MQRankSum=-3.490e-01;QD=2.11;ReadPosRankSum=-4.360e-01;SOR=0.730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 15921360 . A G 372.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0505;MQ=60.00;QD=34.52;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 15921732 . G A 257.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=6;FS=1.952;InbreedingCoeff=0.0686;MQ=53.38;MQRankSum=-1.231e+00;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 15926949 . A G 1159.97 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.406;DP=3;FS=2.534;InbreedingCoeff=0.0230;MQ=48.17;MQRankSum=-7.360e-01;QD=21.48;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.459 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 15956348 . G A 1403.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.572;DP=3;FS=1.299;InbreedingCoeff=0.4480;MQ=60.00;MQRankSum=0.762;QD=28.07;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.377 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 15964616 . G A 419.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2014;MQ=60.00;QD=35.00;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr3 15969221 . T C 86.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1139;MQ=60.00;QD=17.34;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:15:0,15,225 Chr3 15970869 . T A 46.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0451;MQ=52.61;QD=23.18;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 15975982 . C T 55.68 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0117;MQ=60.00;QD=18.56;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,39 Chr3 15979636 . C A 41.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0115;MQ=60.00;QD=13.79;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 15981205 . A G 72.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0494;MQ=60.00;QD=14.50;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr3 15982430 . T A 32.31 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0843;MQ=60.00;QD=16.16;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 15995568 . C G 734.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0968;MQ=60.00;QD=29.36;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,69 Chr3 16002884 . G A 604.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=1.23;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3462;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=31.81;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 16003226 . T C 731.59 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3375;MQ=60.00;QD=31.15;SOR=0.793 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16005091 . T C 445.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2450;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 16005512 . T G 47.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0080;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:6:0,6,90 Chr3 16019261 . G A 244.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1670;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 16044622 . T A 506.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.358;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0139;MQ=58.76;MQRankSum=0.731;QD=17.48;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 16048806 . A C 508.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.700e-02;ClippingRankSum=0.779;DP=6;FS=1.234;InbreedingCoeff=0.0548;MQ=59.75;MQRankSum=-1.026e+00;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.397 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,172 Chr3 16051929 . C T 105.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-5.500e-01;ClippingRankSum=-5.500e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1211;MQ=60.00;MQRankSum=-5.500e-01;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16057729 . T C 128.80 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1663;MQ=60.00;QD=21.47;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16059733 . C T 1508.89 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.03;DP=0;FS=5.640;InbreedingCoeff=0.3755;MQ=54.63;MQRankSum=-1.026e+00;QD=28.47;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.224 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16070738 . A G 2838.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7444;MQ=59.34;QD=28.86;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 16071841 . C T 311.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3209;MQ=50.99;QD=34.59;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 16074782 . C T 565.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2433;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.112 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 16079321 . C T 40.24 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0079;MQ=60.00;QD=20.12;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16088947 . A G 69.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1661;MQ=37.78;MQRankSum=0.736;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.148 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,87 Chr3 16089616 . C T 163.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=-7.310e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0287;MQ=57.15;MQRankSum=0.731;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.307 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16093131 . T A 1361.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.118;DP=4;FS=6.074;InbreedingCoeff=0.1508;MQ=41.30;MQRankSum=0.118;QD=19.74;ReadPosRankSum=0.589;SOR=1.247 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,84 Chr3 16106450 . C A 110.32 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0909;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16122037 . T C 267.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2706;MQ=60.00;QD=32.04;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 16128919 . A T 7933.95 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1970;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 16174838 . G T 4807.06 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3289;MQ=48.42;QD=34.83;SOR=0.812 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16174882 . G T 2462.53 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=2.46;ClippingRankSum=0.441;DP=0;FS=3.433;InbreedingCoeff=0.6157;MQ=56.36;MQRankSum=0.063;QD=30.93;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=1.421 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16175833 . C T 43.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1346;MQ=57.47;MQRankSum=-3.580e-01;QD=8.63;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16178292 . G C 129.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1244;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 16185570 . T G 33.18 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1296;MQ=40.79;MQRankSum=-1.980e-01;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.980e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 16188650 . C T 3600.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=-7.200e-01;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6163;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=29.57;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.786 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,308 Chr3 16191319 . T C 2198.67 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5660;MQ=60.00;QD=29.23;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16195959 . G A 49.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=14;FS=6.892;InbreedingCoeff=-0.1406;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=8.26;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=2.815 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:14,0:14:0:0,0,315 Chr3 16199739 . A T 1072.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.212;DP=3;FS=2.450;InbreedingCoeff=0.1382;MQ=40.00;MQRankSum=1.27;QD=19.86;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=0.770 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:0:0,0,42 Chr3 16201937 . C A 369.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.485e+00;ClippingRankSum=1.34;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1041;MQ=60.00;MQRankSum=-3.540e-01;QD=26.42;ReadPosRankSum=-3.860e-01;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:12:0,12,180 Chr3 16203652 . T C 331.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=1.03;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1015;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.551 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 16211341 . C G 31.60 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1402;MQ=60.00;QD=15.80;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16217442 . C T 357.81 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=1.38;DP=1;FS=2.276;InbreedingCoeff=0.1281;MQ=47.92;MQRankSum=-1.380e+00;QD=29.82;ReadPosRankSum=-7.200e-01;SOR=2.266 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 16219483 . T A 1106.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4514;MQ=50.99;MQRankSum=0.804;QD=33.22;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.870 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 16220004 . T A 71.65 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0720;MQ=56.04;MQRankSum=-1.026e+00;QD=17.91;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,350 Chr3 16220699 . C T 2054.14 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.731;DP=1;FS=3.368;InbreedingCoeff=0.3233;MQ=46.95;MQRankSum=-7.310e-01;QD=33.44;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.239 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 16223999 . A G 129.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2511;MQ=25.00;QD=32.42;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16241676 . T C 619.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5643;MQ=55.00;QD=32.02;SOR=0.223 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr3 16266105 . A C 417.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.480e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=5.846;InbreedingCoeff=0.3002;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.42;SOR=0.499 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 16269024 . A G 50.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1696;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16272028 . G C 9426.33 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6378;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=30.42;ReadPosRankSum=-7.360e-01;SOR=0.490 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,8:8:24:1|1:16272016_G_A:360,24,0 Chr3 16273206 . A G 279.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1667;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 16279328 . G T 51.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1339;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,110 Chr3 16287465 . C T 376.54 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2934;MQ=60.00;QD=28.04;SOR=0.859 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16287910 . G T 38.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0873;MQ=60.00;QD=19.12;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 16290746 . A G 437.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3606;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 16304444 . T G 461.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2158;MQ=60.00;QD=34.15;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 16305893 . G C 83.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0215;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 16307368 . T G 111.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0767;MQ=60.00;QD=18.62;SOR=1.329 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 16309531 . C T 35.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1439;MQ=21.00;QD=17.67;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,199 Chr3 16310963 . C G 717.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4960;MQ=53.79;QD=33.50;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 16318777 . A C 693.12 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4238;MQ=60.00;QD=34.76;SOR=0.836 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16323314 . T C 415.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1186;MQ=60.00;QD=29.10;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr3 16324292 . C A 41.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1284;MQ=49.72;MQRankSum=1.03;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 16328766 . C A 95.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=2.632;InbreedingCoeff=-0.1538;MQ=60.00;MQRankSum=1.59;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.535 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr3 16332678 . C T 130.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=0;FS=3.979;InbreedingCoeff=-0.1399;MQ=56.22;MQRankSum=0.731;QD=26.05;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.447 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16332821 . G A 46.27 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0718;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16335571 . G A 215.49 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3082;MQ=60.00;QD=30.57;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16338281 . G T 91.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=0.358;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1013;MQ=31.59;MQRankSum=-3.570e-01;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 16345205 . G A 151.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1686;MQ=60.00;QD=21.62;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,76 Chr3 16348969 . A T 226.87 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2177;MQ=60.00;QD=28.36;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr3 16355380 . T G 756.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.30;ClippingRankSum=0.921;DP=2;FS=1.239;InbreedingCoeff=-0.0804;MQ=56.11;MQRankSum=-1.798e+00;QD=18.92;ReadPosRankSum=1.75;SOR=0.923 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 16359782 . C T 299.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2920;MQ=60.00;QD=21.42;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 16382379 . T A 598.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2479;MQ=60.00;MQRankSum=-5.720e-01;QD=33.27;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 16383944 . A T 88.70 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1400;MQ=60.00;QD=19.08;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 16418703 . C A 71.57 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16420149 . G A 130 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1133;MQ=41.77;MQRankSum=0.736;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 16424276 . C A 30.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1005;MQ=60.00;QD=15.27;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 16433960 . G T 4252.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.590e-01;ClippingRankSum=-3.700e-01;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5786;MQ=60.00;MQRankSum=-3.700e-01;QD=32.46;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.738 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 16441836 . G A 35.98 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.026e+00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0946;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 16443724 . C T 67 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0819;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 16444728 . G A 665.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2996;MQ=60.00;QD=30.71;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 16448375 . T A 204.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-7.420e-01;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0974;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=29.15;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 16449367 . A C 2697.70 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6247;MQ=60.00;QD=30.17;SOR=0.491 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 16460059 . C G 850.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4745;MQ=60.00;QD=32.21;SOR=0.765 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 16481268 . T G 2105.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6370;MQ=60.00;QD=30.08;SOR=0.721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 16486839 . T A 5562.20 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6454;MQ=53.92;QD=30.38;SOR=0.741 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16488603 . A G 121.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0912;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 16498348 . T C 2824.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=1.893;InbreedingCoeff=-0.0921;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=19.89;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.862 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,49 Chr3 16501498 . C T 1586.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=2.75;ClippingRankSum=0.019;DP=16;FS=8.823;InbreedingCoeff=-0.0477;MQ=30.71;MQRankSum=5.09;QD=20.33;ReadPosRankSum=1.16;SOR=2.019 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:16,0:16:48:0,48,558 Chr3 16506965 . C T 282.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2797;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 16534205 . C G 45.12 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0404;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,70 Chr3 16540475 . T C 48.38 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0304;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16551316 . C A 253.44 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0505;MQ=60.00;QD=30.54;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 16551437 . G T 46.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0016;MQ=60.00;QD=23.17;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,142 Chr3 16556420 . A G 191.34 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1166;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16561330 . G T 214.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1090;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=1.402 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr3 16569587 . C T 371.16 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3292;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=2.448 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 16576536 . G T 715.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3785;MQ=60.00;QD=30.80;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 16581326 . T C 859.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3797;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=32.39;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.425 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16587414 . C G 47.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0806;MQ=60.00;QD=15.96;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 16595995 . G T 222.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0892;MQ=60.00;QD=22.28;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 16604156 . C T 601.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.11;ClippingRankSum=0.193;DP=6;FS=1.515;InbreedingCoeff=0.1610;MQ=60.00;MQRankSum=1.31;QD=18.81;ReadPosRankSum=0.965;SOR=0.412 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 16606289 . T G 1308.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6024;MQ=60.00;QD=28.45;SOR=1.514 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 16608930 . C A 83.66 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1087;MQ=60.00;QD=29.78;SOR=2.833 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16617245 . C T 262.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0165;MQ=60.00;QD=34.35;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 16628516 . A G 123.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0392;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 16631590 . A C 1269.73 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5489;MQ=60.00;QD=28.91;SOR=1.819 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 16631685 . T G 262.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1687;MQ=60.00;QD=29.13;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr3 16645575 . A T 92.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4523;MQ=27.00;QD=23.14;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16649140 . C T 6516.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6843;MQ=58.03;QD=29.01;SOR=0.980 GT:AD:DP ./.:4,0:4 Chr3 16656441 . C G 1330.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.572;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4678;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=26.09;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.773 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:6:0,6,90 Chr3 16656470 . A G 1530.36 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7300;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=0.984 GT:AD:DP ./.:6,0:6 Chr3 16656512 . A G 34.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0718;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 16660078 . C A 426.25 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=-3.580e-01;DP=9;FS=1.984;InbreedingCoeff=0.0674;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=22.43;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,264 Chr3 16660536 . A C 549.76 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5987;MQ=60.00;QD=29.28;SOR=0.818 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16662502 . T G 4393.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=1;FS=7.052;InbreedingCoeff=0.7014;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=31.84;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.598 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 16674408 . A T 130.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0612;MQ=60.00;QD=32.64;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,105 Chr3 16677504 . G A 144.50 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;MQ=60.00;QD=32.96;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16679219 . G A 1217.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.33;ClippingRankSum=-3.480e-01;DP=7;FS=7.597;InbreedingCoeff=0.1151;MQ=59.36;MQRankSum=-1.733e+00;QD=25.91;ReadPosRankSum=1.67;SOR=1.387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:0:0,0,148 Chr3 16688904 . G T 192.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=1.23;DP=1;FS=3.522;InbreedingCoeff=0.0654;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=17.53;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.439 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 16696386 . C T 554.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3485;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=21.34;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:15:0,15,225 Chr3 16701295 . T C 1620.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5365;MQ=60.00;QD=32.02;SOR=0.968 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16704725 . T A 2524.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6002;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.865 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr3 16705282 . G A 1752.62 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=3.522;InbreedingCoeff=0.5979;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=32.46;SOR=0.621 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 16709600 . T G 595.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.736;DP=1;FS=1.412;InbreedingCoeff=0.0011;MQ=49.58;MQRankSum=-7.270e-01;QD=21.28;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 16715921 . T A 35.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0535;MQ=28.04;QD=11.85;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16722407 . C A 95.39 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1498;MQ=60.00;QD=15.90;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:27:0,27,271 Chr3 16746800 . A G 835.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4376;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 16754227 . A C 266.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3488;MQ=60.00;QD=29.59;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,214 Chr3 16761074 . G C 670.11 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.100e-02;ClippingRankSum=-1.391e+00;DP=2;FS=8.458;InbreedingCoeff=-0.0529;MQ=57.95;MQRankSum=-1.897e+00;QD=13.96;ReadPosRankSum=2.17;SOR=0.733 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr3 16761471 . G C 245.79 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1249;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr3 16766325 . G A 116.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0697;MQ=55.50;QD=29.08;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 16769415 . C T 169.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1916;MQ=60.00;QD=21.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 16772195 . G A 1134.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2488;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=29.08;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 16776877 . G A 375.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2985;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr3 16793157 . T A 935.32 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3539;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=34.64;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 16813517 . C G 1923.49 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.736;DP=4;FS=7.171;InbreedingCoeff=-0.0201;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.98;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.978 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,3:4:33:0|1:16813492_G_A:123,0,33 Chr3 16813606 . C T 66.35 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0194;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026e+00;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.086 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:0:0,0,292 Chr3 16819485 . C G 121.13 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1680;MQ=60.00;QD=17.30;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16837112 . G T 155.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0755;MQ=60.00;QD=31.16;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16838541 . C T 1149.45 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5287;MQ=60.00;QD=29.45;SOR=1.071 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16862796 . T G 3832.94 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6664;MQ=60.00;QD=31.45;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:16862775_A_T:267,18,0 Chr3 16869582 . G T 102.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1673;MQ=60.00;QD=31.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 16874384 . T C 167.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.231e+00;ClippingRankSum=1.23;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2782;MQ=60.00;MQRankSum=-3.580e-01;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 16882450 . G C 130.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0037;MQ=55.68;QD=32.66;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 16903271 . T G 252.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1355;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380e+00;QD=31.71;ReadPosRankSum=-1.380e+00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,32 Chr3 16909363 . G A 148.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0475;MQ=60.00;QD=29.75;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr3 16924981 . G A 643.26 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4204;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,127 Chr3 16944657 . T A 280.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0970;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,84 Chr3 16946085 . T A 4799.49 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=-2.960e-01;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7533;MQ=60.00;MQRankSum=-2.960e-01;QD=28.40;ReadPosRankSum=-5.460e-01;SOR=0.514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:123,12,0 Chr3 16958675 . C T 2574.56 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.200e-01;ClippingRankSum=0.406;DP=2;FS=0.666;InbreedingCoeff=-0.0586;MQ=60.00;MQRankSum=-6.960e-01;QD=21.28;ReadPosRankSum=-7.700e-02;SOR=0.779 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr3 16960955 . A C 80.77 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=-1.231e+00;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0887;MQ=60.00;MQRankSum=1.23;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.231e+00;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 16962717 . A G 6207.96 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6617;MQ=57.16;QD=28.96;SOR=1.593 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:16962711_G_A:135,9,0 Chr3 16969485 . C T 390.34 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2194;MQ=60.00;QD=29.43;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 16971913 . A G 204.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0068;MQ=61.53;QD=29.24;SOR=0.941 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 16972044 . A T 928.98 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5053;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=0.968 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:125,9,0 Chr3 16981953 . C T 404.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3520;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,93 Chr3 16984989 . T C 583.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3150;MQ=60.00;QD=34.34;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 16988928 . A T 200.64 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2265;MQ=60.00;QD=30.18;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 16996829 . A G 43.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0367;MQ=60.00;QD=14.58;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr3 17014384 . G C 38.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0415;MQ=60.00;QD=19.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 17023154 . T C 44.49 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0177;MQ=60.00;QD=14.83;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 17027356 . T A 241.66 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2301;MQ=60.00;QD=34.52;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:17027319_G_A:90,6,0 Chr3 17030654 . A G 78.18 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1017;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=26.06;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.368 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 17057217 . C T 118.51 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4186;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17090205 . G T 177.37 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=1.38;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2467;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=25.34;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,125 Chr3 17098430 . G A 200.08 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1281;MQ=60.00;QD=33.35;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,131 Chr3 17099633 . A C 197.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0134;MQ=50.33;MQRankSum=0.804;QD=24.72;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 17100416 . T C 1710.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5054;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 17110945 . C G 47.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-7.360e-01;DP=2;FS=4.771;InbreedingCoeff=-0.1190;MQ=47.33;MQRankSum=-7.360e-01;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.736;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 17118739 . G A 414.14 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1786;MQ=60.00;QD=31.86;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 17121438 . G A 162.69 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1315;MQ=60.00;QD=20.34;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:30:0,30,258 Chr3 17129287 . T G 120.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0665;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,209 Chr3 17129913 . C T 1931.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5855;MQ=60.00;QD=33.10;SOR=0.169 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 17132487 . A C 319.85 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1583;MQ=65.19;QD=34.27;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 17163060 . A C 46.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0312;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,148 Chr3 17164100 . C T 296.54 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2543;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 17187200 . G T 367.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3787;MQ=60.00;QD=21.62;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,171 Chr3 17194980 . T C 206.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0828;MQ=60.00;QD=34.70;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:6:0,6,90 Chr3 17195233 . A T 7168.73 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2993;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=33.19;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.242 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 17197558 . C T 1398.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5155;MQ=60.00;QD=30.14;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17202710 . T C 120.88 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3235;MQ=60.00;QD=32.91;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 17208760 . G A 38.84 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0372;MQ=60.00;QD=19.42;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17209658 . A T 35.07 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=1.03;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0107;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.026e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 17211315 . A T 170.13 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1402;MQ=60.00;QD=34.03;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,135 Chr3 17211440 . G T 1251.69 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.650e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4356;MQ=60.00;MQRankSum=1.04;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:74,6,0 Chr3 17218544 . A C 4394.06 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-9.220e-01;ClippingRankSum=-9.220e-01;DP=5;FS=1.787;InbreedingCoeff=0.7602;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980e-01;QD=29.10;ReadPosRankSum=-1.495e+00;SOR=0.705 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 17219851 . G A 1744.16 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6415;MQ=60.00;QD=29.07;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17227677 . C A 3930.11 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=2.680;InbreedingCoeff=-0.1827;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=25.19;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.852 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17228213 . T A 1091.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6127;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 17247331 . C T 737.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4125;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 17258068 . T C 690.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4003;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=1.460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 17262770 . T C 299.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3107;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 17265137 . T C 1108.87 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=0;FS=3.244;InbreedingCoeff=0.5312;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=27.72;ReadPosRankSum=1.03;SOR=1.501 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17278684 . A T 680.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3044;MQ=60.00;QD=22.23;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 17311422 . C T 254.83 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0902;MQ=60.00;QD=32.51;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17314222 . T A 414.12 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2884;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:132,12,0 Chr3 17315124 . C A 32.95 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0674;MQ=60.00;QD=8.24;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,157 Chr3 17318969 . T C 519.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3381;MQ=60.00;QD=28.87;SOR=0.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,174 Chr3 17323169 . G A 934.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4949;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.121 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr3 17323227 . A G 125.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=15.441;InbreedingCoeff=0.0689;MQ=60.00;QD=31.41;SOR=3.220 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:12:0,12,180 Chr3 17327356 . T A 82.86 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0011;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:17327343_ATT_A:129,9,0 Chr3 17328782 . G A 1768.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6420;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:10,0:10:24:0,24,360 Chr3 17354049 . A G 226.27 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2765;MQ=60.00;QD=20.57;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:12:0,12,180 Chr3 17354244 . C T 1250.25 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3339;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=1.055 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17358751 . A C 4044.18 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6514;MQ=60.00;QD=30.65;SOR=1.132 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:17358751_A_C:45,3,0 Chr3 17370503 . G A 1207.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2245;MQ=60.00;QD=33.55;SOR=2.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 17373450 . C T 127.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0748;MQ=60.00;QD=18.28;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 17378657 . G A 4459.91 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7401;MQ=60.00;QD=28.05;SOR=0.731 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,50 Chr3 17383631 . G T 59.39 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3262;MQ=58.52;QD=14.85;SOR=0.693 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17407662 . G C 99.53 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.00;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1253;MQ=21.34;MQRankSum=0.736;QD=24.88;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr3 17419317 . T C 132.09 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2690;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17425187 . A G 2580.55 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.736;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6471;MQ=60.00;MQRankSum=-7.360e-01;QD=30.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.259 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17425941 . C A 70.83 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0107;MQ=60.00;QD=23.61;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 17429893 . A T 109.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.663e+00;ClippingRankSum=-1.398e+00;DP=2;FS=2.398;InbreedingCoeff=-0.1077;MQ=51.74;MQRankSum=-1.034e+00;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.246e+00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,37 Chr3 17447889 . T C 859.48 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5764;MQ=60.00;QD=29.00;SOR=1.284 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17449008 . A G 166.10 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0677;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,125 Chr3 17450044 . T C 1751.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6839;MQ=60.00;QD=32.14;SOR=1.390 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17450463 . C T 218.37 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4487;MQ=60.00;QD=29.40;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17455411 . A G 88.60 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0096;MQ=60.00;QD=31.68;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,60 Chr3 17469141 . G T 1797.40 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7278;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 17512091 . A G 819.47 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3259;MQ=60.00;QD=31.79;SOR=3.056 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17523371 . C T 1584.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4006;MQ=60.00;QD=30.77;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 17546502 . G A 44.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0520;MQ=60.00;QD=22.44;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,220 Chr3 17546844 . T C 44.63 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0008;MQ=60.00;QD=14.88;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 17548717 . G A 241.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1297;MQ=60.00;QD=34.51;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,27 Chr3 17588350 . C A 87.45 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0416;MQ=60.00;QD=29.15;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 17618173 . A C 1166.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4649;MQ=60.00;QD=34.32;SOR=0.927 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,118 Chr3 17633100 . G A 474.31 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4025;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 17637057 . C T 293.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1017;MQ=60.00;QD=31.93;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 17641317 . C T 158.86 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1811;MQ=60.00;QD=19.86;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 17662298 . A G 252.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;FS=2.276;InbreedingCoeff=-0.0250;MQ=50.99;MQRankSum=-7.360e-01;QD=25.29;ReadPosRankSum=0.736;SOR=1.034 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 17662494 . G T 358.05 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3707;MQ=60.00;QD=21.06;SOR=1.371 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 17664402 . C T 64.41 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0340;MQ=60.00;QD=16.10;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17685491 . G A 67.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0411;MQ=60.00;QD=16.77;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 17711930 . A G 41.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0226;MQ=60.00;QD=13.92;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 17729067 . G A 39.20 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0484;MQ=60.00;QD=13.07;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 17750968 . C T 2879.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6641;MQ=60.00;QD=30.63;SOR=0.714 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 17751231 . T C 4469.09 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.03;ClippingRankSum=-1.026e+00;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6923;MQ=60.00;MQRankSum=1.03;QD=28.47;ReadPosRankSum=1.03;SOR=0.948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 17781191 . G A 1098.32 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.420e-01;ClippingRankSum=0.742;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4973;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=26.15;ReadPosRankSum=-7.420e-01;SOR=0.298 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:101,12,0 Chr3 17806773 . T C 122.98 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0026;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17816044 . T C 341.03 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3158;MQ=60.00;QD=21.31;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 17847982 . G A 183.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1289;MQ=60.00;QD=30.58;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 17855545 . T C 117.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0418;MQ=60.00;QD=29.39;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 17873882 . C T 2502.09 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6770;MQ=60.00;QD=30.75;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:17873818_T_G:90,6,0 Chr3 17885796 . C T 144.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1461;MQ=60.00;QD=18.07;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 17897733 . A T 1145.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4123;MQ=60.00;QD=29.14;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,91 Chr3 17899671 . T C 94.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0883;MQ=63.51;QD=31.61;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17907929 . C T 88.82 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0442;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17913684 . A T 259 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0291;MQ=60.00;QD=33.84;SOR=0.941 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 17916965 . G A 320.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1850;MQ=60.00;QD=21.39;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr3 17946076 . A C 78.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0507;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,68 Chr3 17956539 . A T 155.19 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0543;MQ=60.00;QD=31.04;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:9:0,9,135 Chr3 17960761 . G C 63.51 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0084;MQ=60.00;QD=21.17;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:3:0,3,45 Chr3 17970327 . T A 43.94 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0927;MQ=60.00;QD=14.65;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,19 Chr3 17980670 . G C 1928.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.00;DP=2;FS=3.769;InbreedingCoeff=-0.1288;MQ=60.00;MQRankSum=-7.420e-01;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.775 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/0:2,0:2:9:0|1:17980667_A_G:0,9,115 Chr3 17983925 . G A 129.13 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0669;MQ=53.91;QD=32.28;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 17986265 . T C 5566.08 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4853;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:17986257_A_G:45,3,0 Chr3 18011808 . T C 242.76 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.520e-01;ClippingRankSum=-3.220e-01;DP=8;FS=1.829;InbreedingCoeff=0.1897;MQ=60.00;MQRankSum=-9.670e-01;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.070e-01;SOR=0.668 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,266 Chr3 18011961 . G T 789.17 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4930;MQ=60.00;QD=30.18;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,167 Chr3 18018620 . G A 981.81 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5034;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.387 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,129 Chr3 18035872 . A G 1866.30 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4913;MQ=60.00;MQRankSum=-7.270e-01;QD=30.16;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=0.346 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 18063035 . C T 149.46 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1667;MQ=60.00;QD=16.61;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:2,0:2 Chr3 18074983 . A T 9234.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5411;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=1.019 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:115,9,0 Chr3 18084430 . T G 128.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0745;MQ=60.00;QD=32.23;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 18085662 . G A 398.70 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.270e-01;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1935;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=33.23;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.477 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18090126 . C T 282 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1747;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 18105100 . T G 123.89 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1086;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,74 Chr3 18105319 . A C 38.38 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0708;MQ=60.00;QD=19.19;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 18109899 . A G 437.57 . 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AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6584;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=0.855 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 18193115 . C T 117.29 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0156;MQ=60.00;QD=29.32;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,148 Chr3 18224044 . T A 5639.46 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7566;MQ=60.00;QD=34.55;SOR=0.948 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,123 Chr3 18231074 . T G 589.28 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=-7.470e-01;ClippingRankSum=-7.470e-01;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1897;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=31.32;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.595 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18279602 . G A 1626.62 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5534;MQ=60.00;QD=34.24;SOR=0.892 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 18290012 . C T 297.84 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2889;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:24:0,24,203 Chr3 18298907 . G T 88.72 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0022;MQ=60.00;QD=17.74;SOR=1.022 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 18306556 . T C 459.01 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3317;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:8,0:8:21:0,21,315 Chr3 18335193 . G A 438.75 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2479;MQ=60.00;QD=28.01;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,163 Chr3 18345403 . C A 1055.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4714;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=1.781 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 18347999 . T A 195.68 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1415;MQ=60.00;QD=19.57;SOR=1.085 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18385235 . A G 391.58 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2552;MQ=60.00;QD=32.63;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 18388118 . C G 8491.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=4;FS=3.799;InbreedingCoeff=0.7683;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=31.11;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.878 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:133,12,0 Chr3 18393435 . T G 108.55 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0419;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 18406880 . A C 147.80 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1573;MQ=60.00;QD=29.56;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:0:0,0,59 Chr3 18412561 . G A 47.14 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0906;MQ=34.12;QD=23.57;SOR=2.303 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18460267 . C G 6820.61 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.580e-01;ClippingRankSum=1.23;DP=4;FS=2.964;InbreedingCoeff=0.7705;MQ=60.00;MQRankSum=1.07;QD=27.61;ReadPosRankSum=1.23;SOR=0.321 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:4,0:4:12:0,12,133 Chr3 18478009 . C T 90.94 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0578;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18509674 . C T 6655.66 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2012;MQ=60.00;QD=29.85;SOR=1.148 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr3 18510952 . A G 47.64 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0065;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,175 Chr3 18513951 . A G 379.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2308;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 18517072 . T C 1031.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5582;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:51,6,0 Chr3 18529670 . G T 1877.13 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3787;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=0.758 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18540260 . G A 85.92 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0544;MQ=60.00;QD=17.18;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18544724 . C A 147.74 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.922;DP=2;FS=2.363;InbreedingCoeff=0.1395;MQ=47.53;MQRankSum=0.922;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.330 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 18545677 . C T 159.02 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1009;MQ=60.00;QD=31.80;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:9:0,9,135 Chr3 18557059 . T G 7226.14 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0968;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=32.40;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.265 GT:AD:DP ./.:1,0:1 Chr3 18578207 . A G 2638.74 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6399;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.722 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18578649 . T A 243.92 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0835;MQ=60.00;QD=34.85;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 18578867 . G A 191.90 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0499;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:12:0,12,180 Chr3 18583219 . G A 348.41 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2305;MQ=60.00;QD=29.03;SOR=1.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,85 Chr3 18599746 . T A 8857.60 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.731;DP=8;FS=3.461;InbreedingCoeff=0.7899;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=32.29;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.591 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,8:8:24:1|1:18599721_T_C:357,24,0 Chr3 18623289 . T C 1392.45 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4632;MQ=60.00;QD=28.57;SOR=1.148 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,4:4:12:1|1:18623289_T_C:180,12,0 Chr3 18631110 . C A 93.96 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0835;MQ=60.00;QD=31.32;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,43 Chr3 18654358 . T C 5704.01 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.310e-01;ClippingRankSum=0.731;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6261;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=28.83;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.311 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:77,6,0 Chr3 18692353 . G A 9760.88 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5485;MQ=60.00;QD=31.79;SOR=1.043 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:167,12,0 Chr3 18725218 . T G 182.22 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-5.330e-01;ClippingRankSum=1.09;DP=6;FS=1.664;InbreedingCoeff=-0.0876;MQ=59.36;MQRankSum=1.67;QD=14.02;ReadPosRankSum=-2.710e-01;SOR=0.824 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,213 Chr3 18734482 . A C 30.72 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.720;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1044;MQ=21.84;MQRankSum=0.720;QD=5.12;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,84 Chr3 18746941 . T A 160.21 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=0.741;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1225;MQ=51.54;MQRankSum=-7.360e-01;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,178 Chr3 18777826 . G A 224.33 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.1909;MQ=60.00;QD=38.65;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,141 Chr3 18793096 . T A 1748.99 . AC=0;AF=0.00;AN=0;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.727;DP=0;FS=11.264;InbreedingCoeff=0.2069;MQ=54.69;MQRankSum=-1.231e+00;QD=28.21;ReadPosRankSum=-5.730e-01;SOR=1.981 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 18796649 . C A 38.71 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0146;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:7,0:7:21:0,21,174 Chr3 18803331 . C T 72.48 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.727;DP=9;FS=6.021;InbreedingCoeff=-0.0360;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.12;ReadPosRankSum=-7.270e-01;SOR=2.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:9,0:9:24:0,24,360 Chr3 18822401 . A G 90.66 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=60.00;QD=30.22;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,49 Chr3 18826252 . G A 207.36 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0787;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:6:0,6,80 Chr3 18828400 . G A 65.28 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0227;MQ=60.00;QD=16.32;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:6,0:6:18:0,18,182 Chr3 18835494 . C A 2581.24 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5913;MQ=60.00;QD=33.21;SOR=1.214 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:5,0:5:15:0,15,165 Chr3 18884282 . G A 166.16 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0956;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:224,21,0 Chr3 18885220 . G A 127.50 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0484;MQ=60.00;QD=21.25;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 18936177 . C T 278.04 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.18;ClippingRankSum=0.762;DP=3;FS=1.871;InbreedingCoeff=0.2570;MQ=60.00;MQRankSum=-1.179e+00;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.67;SOR=0.830 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 18983849 . G A 44.99 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0281;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,115 Chr3 18991673 . T A 3470.78 . AC=0;AF=0.00;AN=2;BaseQRankSum=1.23;ClippingRankSum=0.358;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.7022;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231e+00;QD=28.92;ReadPosRankSum=-3.580e-01;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,110 Chr3 18993653 . G A 154.95 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=32;FS=0.000;MQ=60.00;QD=28.61;SOR=1.609 GT:AD:DP ./.:32,0:32 Chr3 19008795 . A C 120.40 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0718;MQ=60.00;QD=30.10;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,42 Chr3 19013656 . G A 396.93 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=1;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.3267;MQ=60.00;QD=28.67;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:1,0:1:3:0,3,38 Chr3 19016702 . A C 164.52 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0784;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,87 Chr3 19024077 . A G 43.79 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0270;MQ=60.00;QD=14.60;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 19058424 . A G 79.57 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0104;MQ=60.00;QD=23.15;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:2,0:2:3:0,3,45 Chr3 19059178 . G A 1028.88 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5724;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=1.209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,111 Chr3 19059200 . A G 1017.59 . AC=0;AF=0.00;AN=2;DP=3;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.5652;MQ=60.00;QD=29.93;SOR=1.418 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:3,0:3:9:0,9,121 Chr3 19068353 . G A 5036.42 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.804;DP=2;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.6842;MQ=60.00;MQRankSum=0.804;QD=31.09;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.754 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0 Chr3 19088539 . T A 734.78 . AC=0;AF=0.00;AN=0;DP=0;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.4287;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.179 GT:AD:DP ./.:0,0:0 Chr3 19114078 . C T 154.58 . 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