{ "cells": [ { "cell_type": "code", "execution_count": 1, "metadata": {}, "outputs": [ { "data": { "text/html": [ "" ], "text/vnd.plotly.v1+html": [ "" ] }, "metadata": {}, "output_type": "display_data" }, { "data": { "text/html": [ "
" ], "text/plain": [ "| \n", " | GSM2497811 | \n", "GSM2497812 | \n", "GSM2497813 | \n", "GSM2497814 | \n", "GSM2497815 | \n", "GSM2497816 | \n", "GSM2497817 | \n", "GSM2497818 | \n", "GSM2497819 | \n", "GSM2497820 | \n", "GSM2497821 | \n", "GSM2497822 | \n", "GSM2497823 | \n", "GSM2497824 | \n", "GSM2497825 | \n", "
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A1BG | \n", "157 | \n", "137 | \n", "128 | \n", "39 | \n", "36 | \n", "68 | \n", "52 | \n", "47 | \n", "59 | \n", "120 | \n", "78 | \n", "106 | \n", "45 | \n", "76 | \n", "64 | \n", "
| A1CF | \n", "2 | \n", "0 | \n", "3 | \n", "3 | \n", "3 | \n", "0 | \n", "4 | \n", "2 | \n", "2 | \n", "2 | \n", "2 | \n", "1 | \n", "0 | \n", "5 | \n", "4 | \n", "
| A2M | \n", "3 | \n", "4 | \n", "4 | \n", "7 | \n", "5 | \n", "5 | \n", "4 | \n", "7 | \n", "4 | \n", "27 | \n", "14 | \n", "20 | \n", "3 | \n", "6 | \n", "4 | \n", "
| A2ML1 | \n", "2 | \n", "2 | \n", "3 | \n", "0 | \n", "2 | \n", "1 | \n", "3 | \n", "5 | \n", "3 | \n", "2 | \n", "3 | \n", "3 | \n", "1 | \n", "4 | \n", "2 | \n", "
| A2MP1 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "0 | \n", "
| \n", " | Sample Title | \n", "replicate | \n", "treatment | \n", "
|---|---|---|---|
| Sample_geo_accession | \n", "\n", " | \n", " | \n", " |
| GSM2497811 | \n", "untreated M93-047, replicate 1 | \n", "1 | \n", "untreated | \n", "
| GSM2497812 | \n", "untreated M93-047, replicate 2 | \n", "2 | \n", "untreated | \n", "
| GSM2497813 | \n", "untreated M93-047, replicate 3 | \n", "3 | \n", "untreated | \n", "
| GSM2497814 | \n", "DMSO-treated M93-047, replicate 1 | \n", "1 | \n", "DMSO | \n", "
| GSM2497815 | \n", "DMSO-treated M93-047, replicate 2 | \n", "2 | \n", "DMSO | \n", "
| GSM2497816 | \n", "DMSO-treated M93-047, replicate 3 | \n", "3 | \n", "DMSO | \n", "
| GSM2497817 | \n", "JQ1-treated M93-047, replicate 1 | \n", "1 | \n", "JQ-1 (BET inhibitor) | \n", "
| GSM2497818 | \n", "JQ1-treated M93-047, replicate 2 | \n", "2 | \n", "JQ-1 (BET inhibitor) | \n", "
| GSM2497819 | \n", "JQ1-treated M93-047, replicate 3 | \n", "3 | \n", "JQ-1 (BET inhibitor) | \n", "
| GSM2497820 | \n", "PD901-treated M93-047, replicate 1 | \n", "1 | \n", "PD901 (MEK inhibitor) | \n", "
| GSM2497821 | \n", "PD901-treated M93-047, replicate 2 | \n", "2 | \n", "PD901 (MEK inhibitor) | \n", "
| GSM2497822 | \n", "PD901-treated M93-047, replicate 3 | \n", "3 | \n", "PD901 (MEK inhibitor) | \n", "
| GSM2497823 | \n", "JQ1+PD901-combination treated M93-047, replica... | \n", "1 | \n", "JQ-1+PD901 | \n", "
| GSM2497824 | \n", "JQ1+PD901-combination treated M93-047, replica... | \n", "2 | \n", "JQ-1+PD901 | \n", "
| GSM2497825 | \n", "JQ1+PD901-combination treated M93-047, replica... | \n", "3 | \n", "JQ-1+PD901 | \n", "
| \n", " | logFC | \n", "AveExpr | \n", "P-value | \n", "FDR | \n", "
|---|---|---|---|---|
| Gene | \n", "\n", " | \n", " | \n", " | \n", " |
| *HIST2H2AA3 | \n", "5.64 | \n", "3.09 | \n", "8.425750e-09 | \n", "0.000297 | \n", "
| *KERA | \n", "-6.39 | \n", "-0.11 | \n", "2.496924e-08 | \n", "0.000373 | \n", "
| *NUCB2 | \n", "-2.70 | \n", "6.64 | \n", "4.380676e-08 | \n", "0.000373 | \n", "
| *TRIM22 | \n", "-3.21 | \n", "5.51 | \n", "5.274228e-08 | \n", "0.000373 | \n", "
| *FCGR1B | \n", "5.00 | \n", "1.74 | \n", "7.238962e-08 | \n", "0.000373 | \n", "
| *CCND1 | \n", "-2.58 | \n", "6.39 | \n", "7.758067e-08 | \n", "0.000373 | \n", "
| *LUM | \n", "-4.51 | \n", "8.12 | \n", "8.039486e-08 | \n", "0.000373 | \n", "
| *MARCH3 | \n", "3.28 | \n", "2.15 | \n", "8.461339e-08 | \n", "0.000373 | \n", "
| *PEG10 | \n", "3.68 | \n", "7.82 | \n", "1.417337e-07 | \n", "0.000504 | \n", "
| *OR51E1 | \n", "-5.72 | \n", "-0.44 | \n", "1.705893e-07 | \n", "0.000504 | \n", "
| *SEC16B | \n", "-5.88 | \n", "-0.37 | \n", "1.722307e-07 | \n", "0.000504 | \n", "
| *APOBEC3B | \n", "-5.38 | \n", "-0.61 | \n", "1.831702e-07 | \n", "0.000504 | \n", "
| *TLN2 | \n", "2.00 | \n", "6.01 | \n", "1.859022e-07 | \n", "0.000504 | \n", "
| *TENM2 | \n", "-2.38 | \n", "6.92 | \n", "2.543618e-07 | \n", "0.000640 | \n", "
| *EFR3B | \n", "2.84 | \n", "2.95 | \n", "3.870414e-07 | \n", "0.000839 | \n", "
| *HIST1H4H | \n", "2.78 | \n", "4.87 | \n", "4.318178e-07 | \n", "0.000839 | \n", "
| *NES | \n", "-5.95 | \n", "2.32 | \n", "4.366770e-07 | \n", "0.000839 | \n", "
| *ABCA7 | \n", "3.89 | \n", "-1.63 | \n", "4.388091e-07 | \n", "0.000839 | \n", "
| *APELA | \n", "-4.03 | \n", "3.08 | \n", "4.525812e-07 | \n", "0.000839 | \n", "
| *PYCR1 | \n", "-5.40 | \n", "2.03 | \n", "5.299288e-07 | \n", "0.000865 | \n", "
| *TRAC | \n", "-4.11 | \n", "-1.25 | \n", "5.654819e-07 | \n", "0.000865 | \n", "
| *IL32 | \n", "-3.57 | \n", "4.00 | \n", "5.688598e-07 | \n", "0.000865 | \n", "
| *LIMCH1 | \n", "-1.45 | \n", "7.07 | \n", "5.944051e-07 | \n", "0.000865 | \n", "
| *GP1BB | \n", "-3.29 | \n", "2.17 | \n", "6.277940e-07 | \n", "0.000865 | \n", "
| *FAM198B | \n", "-4.63 | \n", "4.50 | \n", "6.349695e-07 | \n", "0.000865 | \n", "
| *UGP2 | \n", "-2.84 | \n", "5.35 | \n", "6.381043e-07 | \n", "0.000865 | \n", "
| *SLC2A11 | \n", "1.76 | \n", "3.89 | \n", "7.414543e-07 | \n", "0.000961 | \n", "
| *NPR3 | \n", "-2.50 | \n", "3.79 | \n", "7.639372e-07 | \n", "0.000961 | \n", "
| *MBD3 | \n", "1.19 | \n", "6.12 | \n", "8.302651e-07 | \n", "0.000997 | \n", "
| *GIPC3 | \n", "-5.06 | \n", "-0.77 | \n", "9.284704e-07 | \n", "0.000997 | \n", "
| *STIM2 | \n", "2.08 | \n", "6.29 | \n", "9.347089e-07 | \n", "0.000997 | \n", "
| *HEXIM1 | \n", "2.26 | \n", "8.50 | \n", "9.352744e-07 | \n", "0.000997 | \n", "
| *ZMYND8 | \n", "-1.90 | \n", "5.95 | \n", "9.400216e-07 | \n", "0.000997 | \n", "
| *NRIP3 | \n", "1.68 | \n", "3.65 | \n", "9.621658e-07 | \n", "0.000997 | \n", "
| *ZNF827 | \n", "-1.19 | \n", "6.40 | \n", "1.221551e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *NTN1 | \n", "-2.79 | \n", "3.22 | \n", "1.224325e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *MAGED2 | \n", "-1.60 | \n", "6.10 | \n", "1.236805e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *STAT1 | \n", "1.16 | \n", "8.26 | \n", "1.245941e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *TNNC1 | \n", "-5.50 | \n", "-0.55 | \n", "1.259733e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *GAREM1 | \n", "1.33 | \n", "4.58 | \n", "1.305596e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *HIST2H2BF | \n", "1.62 | \n", "5.53 | \n", "1.326875e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *GCAT | \n", "2.28 | \n", "3.46 | \n", "1.340245e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *HDAC9 | \n", "-3.02 | \n", "3.72 | \n", "1.420035e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *CEP41 | \n", "-1.68 | \n", "4.58 | \n", "1.522996e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *GPX8 | \n", "-1.64 | \n", "6.19 | \n", "1.541882e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *METTL21B | \n", "-1.78 | \n", "4.72 | \n", "1.561083e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *WISP1 | \n", "-4.85 | \n", "1.38 | \n", "1.568706e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *TPRA1 | \n", "2.36 | \n", "2.46 | \n", "1.599547e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *HHIPL2 | \n", "-4.71 | \n", "-0.94 | \n", "1.604439e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *GFRA1 | \n", "-3.36 | \n", "4.89 | \n", "1.623725e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *RNF182 | \n", "-1.75 | \n", "3.87 | \n", "1.625012e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *COLEC12 | \n", "-1.79 | \n", "6.96 | \n", "1.644184e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *SLC8A1 | \n", "-1.74 | \n", "6.57 | \n", "1.698011e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *NR2F2 | \n", "1.15 | \n", "8.58 | \n", "1.818581e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *AASS | \n", "1.88 | \n", "5.16 | \n", "1.826712e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *HIST2H2BE | \n", "4.19 | \n", "3.22 | \n", "1.853799e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *FAM234A | \n", "3.04 | \n", "3.91 | \n", "1.853802e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *FST | \n", "-2.70 | \n", "5.75 | \n", "1.898041e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *ERG | \n", "-5.11 | \n", "-0.74 | \n", "1.954100e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *PAPD5 | \n", "1.49 | \n", "6.83 | \n", "1.960422e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *EIF4A3 | \n", "1.30 | \n", "6.52 | \n", "1.969017e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *GRK5 | \n", "1.78 | \n", "6.71 | \n", "1.980834e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *IBTK | \n", "-1.28 | \n", "6.45 | \n", "1.987198e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *NANOS1 | \n", "2.43 | \n", "2.70 | \n", "2.000356e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *PLP2 | \n", "-2.11 | \n", "6.04 | \n", "2.072342e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *STC1 | \n", "3.02 | \n", "4.29 | \n", "2.084521e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *ST3GAL5 | \n", "-2.60 | \n", "4.40 | \n", "2.092482e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *HIST1H2AC | \n", "2.20 | \n", "6.78 | \n", "2.107127e-06 | \n", "0.001092 | \n", "
| *DSEL | \n", "1.25 | \n", "7.05 | \n", "2.181002e-06 | \n", "0.001104 | \n", "
| *LBH | \n", "-3.02 | \n", "4.87 | \n", "2.224996e-06 | \n", "0.001104 | \n", "
| *STYK1 | \n", "-4.18 | \n", "-1.21 | \n", "2.225130e-06 | \n", "0.001104 | \n", "
| *UNC5B | \n", "2.88 | \n", "2.80 | \n", "2.310142e-06 | \n", "0.001131 | \n", "
| *OSBPL6 | \n", "2.29 | \n", "4.17 | \n", "2.362871e-06 | \n", "0.001140 | \n", "
| *SAMHD1 | \n", "1.77 | \n", "4.35 | \n", "2.446648e-06 | \n", "0.001140 | \n", "
| *DGCR6L | \n", "2.18 | \n", "2.18 | \n", "2.451456e-06 | \n", "0.001140 | \n", "
| *POSTN | \n", "-5.94 | \n", "1.90 | \n", "2.459048e-06 | \n", "0.001140 | \n", "
| *PITX1 | \n", "1.06 | \n", "4.97 | \n", "2.599421e-06 | \n", "0.001175 | \n", "
| *TPD52L1 | \n", "-5.80 | \n", "3.13 | \n", "2.601346e-06 | \n", "0.001175 | \n", "
| *PSAP | \n", "1.40 | \n", "9.45 | \n", "2.643172e-06 | \n", "0.001179 | \n", "
| *KLF11 | \n", "-2.41 | \n", "0.55 | \n", "2.762914e-06 | \n", "0.001211 | \n", "
| *DGAT1 | \n", "0.98 | \n", "5.55 | \n", "2.783975e-06 | \n", "0.001211 | \n", "
| *MYOCD | \n", "-5.65 | \n", "2.14 | \n", "2.826173e-06 | \n", "0.001214 | \n", "
| *CCR1 | \n", "-4.02 | \n", "-1.29 | \n", "2.921959e-06 | \n", "0.001237 | \n", "
| *TXNDC15 | \n", "-2.26 | \n", "6.07 | \n", "2.980386e-06 | \n", "0.001237 | \n", "
| *TRIB1 | \n", "3.30 | \n", "2.55 | \n", "2.983404e-06 | \n", "0.001237 | \n", "
| *P3H2 | \n", "-1.84 | \n", "7.78 | \n", "3.051664e-06 | \n", "0.001250 | \n", "
| *LMCD1 | \n", "-3.33 | \n", "5.21 | \n", "3.136223e-06 | \n", "0.001270 | \n", "
| *EPSTI1 | \n", "-2.28 | \n", "5.34 | \n", "3.175573e-06 | \n", "0.001272 | \n", "
| *XBP1 | \n", "-2.06 | \n", "4.34 | \n", "3.412961e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *CAMK2N1 | \n", "-2.89 | \n", "5.70 | \n", "3.418028e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *RP11-1099M24.7 | \n", "4.93 | \n", "-1.11 | \n", "3.425049e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *TMEM173 | \n", "-2.17 | \n", "3.93 | \n", "3.471393e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *B3GALT2 | \n", "-5.82 | \n", "0.69 | \n", "3.490479e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *CYHR1 | \n", "1.33 | \n", "4.13 | \n", "3.506476e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *PI15 | \n", "-3.17 | \n", "-1.71 | \n", "3.571539e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *ANGPT2 | \n", "-3.01 | \n", "5.12 | \n", "3.572429e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *ZNF593 | \n", "1.98 | \n", "2.49 | \n", "3.597930e-06 | \n", "0.001307 | \n", "
| *DCN | \n", "-6.54 | \n", "3.36 | \n", "3.683440e-06 | \n", "0.001324 | \n", "
| *PLEKHH1 | \n", "1.31 | \n", "3.49 | \n", "3.871460e-06 | \n", "0.001353 | \n", "
| *PERM1 | \n", "-3.09 | \n", "-1.75 | \n", "3.874192e-06 | \n", "0.001353 | \n", "