#!/usr/bin/env bash

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#  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  #
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# This design file stores the values of all variables required to
# execute a complete task-free functional connectivity pipeline.
# You may execute the analysis specified in this design file by
# calling (in any bash terminal):
#
# xcpEngine -d <design> -c <cohort> -o <output> <options>
#
# Variables fall into five general categories:
# * ANALYSIS VARIABLES are used at all stages of this analysis.
# * PIPELINE specifies the modules that comprise the analysis.
# * GLOBAL VARIABLES are used at all stages of all analyses.
# * MODULE VARIABLES are used during one stage of the analysis.
#                  These are typically array variables with array
#                  indices equal to the index of the analysis
#                  stage during which they are used.
# * OUTPUT VARIABLES may be used at all stages of the analysis.
#                  These are sometimes array variables with array
#                  indices equal to the value of the primary
#                  subject identifier. They will appear only in
#                  localised design files.
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# ANALYSIS VARIABLES
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analysis=struc-ACCELERATOR
design=${XCPEDIR}/designs/anat-antsct.dsn
sequence=anatomical
standard=MNI%1x1x1

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# PIPELINE
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pipeline=struc,gmd,jlf,roiquant,norm,qcanat

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# 1 STRUC
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struc_denoise_anat[1]=0
struc_prior_weight[1]=0.25
struc_posterior_formulation[1]='Socrates[1]'
struc_keepBEImages[1]=0
struc_floating_point[1]=0
struc_random_seed[1]=0
struc_bspline[1]=0
struc_fit[1]=0.3
struc_quick[1]=0
struc_seg_priors[1]=1
struc_rerun[1]=0
struc_cleanup[1]=1
struc_process[1]=ACT

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# 2 GMD
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gmd_rerun[2]=0
gmd_cleanup[2]=1

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# 3 JLF
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jlf_extract[3]=1 
jlf_keep_warps[3]=1
jlf_quick[3]=0
jlf_cohort[3]=Younger24
jlf_ncpu[3]=2
jlf_parallel[3]=1
jlf_rerun[3]=0
jlf_cleanup[3]=1

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# 4 ROIQUANT
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roiquant_atlas[4]=all
roiquant_vol[4]=1
roiquant_rerun[4]=0
roiquant_cleanup[4]=1

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# 5 NORM
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norm_primary[5]=1
norm_rerun[5]=0
norm_cleanup[5]=1

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# 6 qcanat
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qcanat_gm[6]=Y
qcanat_gm_val[6]=2,4
qcanat_wm[6]=Y
qcanat_wm_val[6]=3
qcanat_csf[6]=Y
qcanat_csf_val[6]=1
qcanat_cort[6]=Y
qcanat_cort_val[6]=4
qcanat_rerun[6]=0