#!/usr/bin/env bash

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#  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  ⊗  #
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# This design file stores the values of all variables required to
# execute a complete neuroimage processing pipeline. You may
# execute the analysis specified in this design file by calling
# (in any v4 or higher bash terminal):
#
# xcpEngine -d <design> -c <cohort> -o <output> <options>
#
# Variables fall into five general categories:
# * ANALYSIS VARIABLES are used at all stages of this analysis.
# * PIPELINE specifies the modules that comprise the analysis.
# * MODULE VARIABLES are used during one stage of the analysis.
#                  These are typically array variables with array
#                  indices equal to the index of the module that
#                  calls them.
# * OUTPUT VARIABLES may be used at all stages of the analysis.
#                  These are typically array variables with array
#                  indices equal to the value of the primary
#                  subject identifier. They will appear only in
#                  localised design files.
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# ANALYSIS VARIABLES
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analysis=fc_$(whoami)
design=/data/jux/BBL/projects/testACT/script/designfiles/fc-36p.dsn
sequence=anatomical
standard=MNI%2x2x2

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# PIPELINE
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pipeline=prestats,confound2,regress,fcon,reho,alff,roiquant,norm,qcfc

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# 1 PRESTATS
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prestats_rerun[1]=1
prestats_cleanup[1]=1
prestats_process[1]=FMP


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# 2 CONFOUND2
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confound2_rps[2]=1
confound2_rms[2]=0
confound2_wm[2]=1
confound2_csf[2]=1
confound2_gsr[2]=1
confound2_acompcor[2]=0
confound2_tcompcor[2]=0
confound2_aroma[2]=0
confound2_past[2]=0
confound2_dx[2]=1
confound2_sq[2]=2
confound2_custom[2]=
confound2_censor[2]=0
confound2_censor_contig[2]=0
confound2_rerun[2]=0
confound2_cleanup[2]=1

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# 3  REGRESS
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regress_tmpf[3]=butterworth
regress_hipass[3]=0.01
regress_lopass[3]=0.08
regress_tmpf_order[3]=1
regress_tmpf_pass[3]=2
regress_tmpf_ripple[3]=0.5
regress_tmpf_ripple2[3]=20
regress_dmdt[3]=2
regress_1ddt[3]=1
regress_smo[3]=6
regress_sptf[3]=susan
regress_usan[3]=default
regress_usan_space[3]=
regress_rerun[3]=0
regress_cleanup[3]=1
regress_process[3]=DMT-TMP-REG

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# 4 FCON
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fcon_atlas[4]=all
fcon_metric[4]=corrcoef
fcon_rerun[4]=0
fcon_cleanup[4]=1

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# 5 REHO
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reho_nhood[5]=vertices
reho_roikw[5]=0 # does nothing at the moment
reho_sptf[5]=susan
reho_smo[5]=6
reho_rerun[5]=0
reho_cleanup[5]=1

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# 6 ALFF
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alff_hipass[6]=0.01
alff_lopass[6]=0.08
alff_sptf[6]=susan
alff_smo[6]=6
alff_rerun[6]=0
alff_cleanup[6]=1

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# 7 ROIQUANT
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roiquant_atlas[7]=all
roiquant_globals[7]=1
roiquant_vol[7]=0
roiquant_rerun[7]=0
roiquant_cleanup[7]=1

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# 8 NORM
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norm_primary[8]=1
norm_rerun[8]=0
norm_cleanup[8]=1

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# 9 QCFC
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qcfc_atlas[9]=power264
qcfc_sig[9]=fdr
qcfc_rerun[9]=0
qcfc_cleanup[9]=1