""" DESCRIPTION: Given a sequence/regex to find, select those matching amino acids in the protein. USAGE: findseq needle, haystack[, selName[, het[, firstOnly]]] PARAMS: needle (string) the sequence of amino acids to match and select in the haystack. This can be a sequence of amino acids, or a string-style regular expression. See examples. haystack (string or PyMOL selection) name of the PyMOL object/selection in which to find the needle. selName (string; defaults to None) This is the name of the selection to return. If selName is left blank (None), then the selection name will be foundSeqXYZ where XYZ is some random number; if selName is "sele" the usual PyMOL "(sele)" will be used; and, lastly, if selName is anything else, that name will be used verbatim. het (0 or 1; defaults to 0) This boolean flag allows (1) or disallows (0) heteroatoms from being considered. firstOnly (0 or 1; defaults to 0) Subsequences or motifs might be repeated, this controls how we consider multiple matches. If firstOnly is False (0) then we return all found subsequences; if firstOnly is True (1), then we just return the first found sequence. RETURNS: a newly created selection with the atoms you sought. If there are more than two contiguous regions, then a newly created group is returned with each contiguous segment its own selection. EXAMPLE: # find SPVI in 1h12, foundSeqXYZ as return name findseq SPVI, 1h12 # find FATEW and make it (sele). findseq FATEW, 1g01, sele # find the regular expression GMS.*QWY in 1a3h # and put the return value in (sele). fetch 1a3h # this ends up finding the sequence, GMSSHGLQWY findseq GMS.*QWY, 1a3h, sele # find the Potential N-linked glycosylation sites in 5fyj fetch 5fyj findseq N(?=[^P][ST]), 5fyj and chain G+B, 5fyj_pngs NOTES: Assumes we're using the ONE LETTER amino acid abbreviations. AUTHOR: Jason Vertrees, 2009. """ from pymol import cmd import re import types import random def findseq(needle, haystack, selName=None, het=0, firstOnly=0): """USAGE: findseq needle, haystack[, selName[, het[, firstOnly]]] """ # set the name of the selection to return. if selName == None: rSelName = "foundSeq" + str(random.randint(0, 32000)) selName = rSelName elif selName == "sele": rSelName = "sele" else: rSelName = selName # input checking if not checkParams(needle, haystack, selName, het, firstOnly): print("There was an error with a parameter. Please see") print("the above error message for how to fix it.") return None one_letter = { '00C': 'C', '01W': 'X', '0A0': 'D', '0A1': 'Y', '0A2': 'K', '0A8': 'C', '0AA': 'V', '0AB': 'V', '0AC': 'G', '0AD': 'G', '0AF': 'W', '0AG': 'L', '0AH': 'S', '0AK': 'D', '0AM': 'A', '0AP': 'C', '0AU': 'U', '0AV': 'A', '0AZ': 'P', '0BN': 'F', '0C ': 'C', '0CS': 'A', '0DC': 'C', '0DG': 'G', '0DT': 'T', '0G ': 'G', '0NC': 'A', '0SP': 'A', '0U ': 'U', '0YG': 'YG', '10C': 'C', '125': 'U', '126': 'U', '127': 'U', '128': 'N', '12A': 'A', '143': 'C', '175': 'ASG', '193': 'X', '1AP': 'A', '1MA': 'A', '1MG': 'G', '1PA': 'F', '1PI': 'A', '1PR': 'N', '1SC': 'C', '1TQ': 'W', '1TY': 'Y', '200': 'F', '23F': 'F', '23S': 'X', '26B': 'T', '2AD': 'X', '2AG': 'G', '2AO': 'X', '2AR': 'A', '2AS': 'X', '2AT': 'T', '2AU': 'U', '2BD': 'I', '2BT': 'T', '2BU': 'A', '2CO': 'C', '2DA': 'A', '2DF': 'N', '2DM': 'N', '2DO': 'X', '2DT': 'T', '2EG': 'G', '2FE': 'N', '2FI': 'N', '2FM': 'M', '2GT': 'T', '2HF': 'H', '2LU': 'L', 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'T23': 'T', 'T2S': 'T', 'T2T': 'N', 'T31': 'U', 'T32': 'T', 'T36': 'T', 'T37': 'T', 'T38': 'T', 'T39': 'T', 'T3P': 'T', 'T41': 'T', 'T48': 'T', 'T49': 'T', 'T4S': 'T', 'T5O': 'U', 'T5S': 'T', 'T66': 'X', 'T6A': 'A', 'TA3': 'T', 'TA4': 'X', 'TAF': 'T', 'TAL': 'N', 'TAV': 'D', 'TBG': 'V', 'TBM': 'T', 'TC1': 'C', 'TCP': 'T', 'TCQ': 'X', 'TCR': 'W', 'TCY': 'A', 'TDD': 'L', 'TDY': 'T', 'TFE': 'T', 'TFO': 'A', 'TFQ': 'F', 'TFT': 'T', 'TGP': 'G', 'TH6': 'T', 'THC': 'T', 'THO': 'X', 'THR': 'T', 'THX': 'N', 'THZ': 'R', 'TIH': 'A', 'TLB': 'N', 'TLC': 'T', 'TLN': 'U', 'TMB': 'T', 'TMD': 'T', 'TNB': 'C', 'TNR': 'S', 'TOX': 'W', 'TP1': 'T', 'TPC': 'C', 'TPG': 'G', 'TPH': 'X', 'TPL': 'W', 'TPO': 'T', 'TPQ': 'Y', 'TQQ': 'W', 'TRF': 'W', 'TRG': 'K', 'TRN': 'W', 'TRO': 'W', 'TRP': 'W', 'TRQ': 'W', 'TRW': 'W', 'TRX': 'W', 'TS ': 'N', 'TST': 'X', 'TT ': 'N', 'TTD': 'T', 'TTI': 'U', 'TTM': 'T', 'TTQ': 'W', 'TTS': 'Y', 'TY2': 'Y', 'TY3': 'Y', 'TYB': 'Y', 'TYI': 'Y', 'TYN': 'Y', 'TYO': 'Y', 'TYQ': 'Y', 'TYR': 'Y', 'TYS': 'Y', 'TYT': 'Y', 'TYU': 'N', 'TYX': 'X', 'TYY': 'Y', 'TZB': 'X', 'TZO': 'X', 'U ': 'U', 'U25': 'U', 'U2L': 'U', 'U2N': 'U', 'U2P': 'U', 'U31': 'U', 'U33': 'U', 'U34': 'U', 'U36': 'U', 'U37': 'U', 'U8U': 'U', 'UAR': 'U', 'UCL': 'U', 'UD5': 'U', 'UDP': 'N', 'UFP': 'N', 'UFR': 'U', 'UFT': 'U', 'UMA': 'A', 'UMP': 'U', 'UMS': 'U', 'UN1': 'X', 'UN2': 'X', 'UNK': 'X', 'UR3': 'U', 'URD': 'U', 'US1': 'U', 'US2': 'U', 'US3': 'T', 'US5': 'U', 'USM': 'U', 'V1A': 'C', 'VAD': 'V', 'VAF': 'V', 'VAL': 'V', 'VB1': 'K', 'VDL': 'X', 'VLL': 'X', 'VLM': 'X', 'VMS': 'X', 'VOL': 'X', 'X ': 'G', 'X2W': 'E', 'X4A': 'N', 'X9Q': 'AFG', 'XAD': 'A', 'XAE': 'N', 'XAL': 'A', 'XAR': 'N', 'XCL': 'C', 'XCP': 'X', 'XCR': 'C', 'XCS': 'N', 'XCT': 'C', 'XCY': 'C', 'XGA': 'N', 'XGL': 'G', 'XGR': 'G', 'XGU': 'G', 'XTH': 'T', 'XTL': 'T', 'XTR': 'T', 'XTS': 'G', 'XTY': 'N', 'XUA': 'A', 'XUG': 'G', 'XX1': 'K', 'XXY': 'THG', 'XYG': 'DYG', 'Y ': 'A', 'YCM': 'C', 'YG ': 'G', 'YOF': 'Y', 'YRR': 'N', 'YYG': 'G', 'Z ': 'C', 'ZAD': 'A', 'ZAL': 'A', 'ZBC': 'C', 'ZCY': 'C', 'ZDU': 'U', 'ZFB': 'X', 'ZGU': 'G', 'ZHP': 'N', 'ZTH': 'T', 'ZZJ': 'A'} # remove hetero atoms (waters/ligands/etc) from consideration? if het: cmd.select("__h", "br. " + haystack) else: cmd.select("__h", "br. " + haystack + " and not het") # get the AAs in the haystack aaDict = {'aaList': []} cmd.iterate("(name ca) and __h", "aaList.append((resi,resn,chain))", space=aaDict) IDs = [x[0] for x in aaDict['aaList']] AAs = ''.join([one_letter[x[1]] for x in aaDict['aaList']]) chains = [x[2] for x in aaDict['aaList']] reNeedle = re.compile(needle.upper()) it = reNeedle.finditer(AAs) # make an empty selection to which we add residues cmd.select(rSelName, 'None') for i in it: (start, stop) = i.span() # we found some residues, which chains are they from? i_chains = chains[start:stop] # are all residues from one chain? if len(set(i_chains)) != 1: # now they are not, this match is not really a match, skip it continue chain = i_chains[0] # Only apply chains to selection algebra if there are defined chains. if chain: cmd.select(rSelName, rSelName + " or (__h and i. " + '+'.join(IDs[ii] for ii in range(start, stop)) + " and c. " + chain + " )") else: cmd.select(rSelName, rSelName + " or (__h and i. " + '+'.join(IDs[ii] for ii in range(start, stop)) + ")") if int(firstOnly): break cmd.delete("__h") return rSelName cmd.extend("findseq", findseq) cmd.findseq = findseq cmd.auto_arg[1]['findseq'] = [ cmd.object_sc, 'object', ''] cmd.auto_arg[2]['findseq'] = [lambda: cmd.Shortcut(['het=1','firstOnly=1']), 'params', ''] cmd.auto_arg[3]['findseq'] = [lambda: cmd.Shortcut(['het=1','firstOnly=1']), 'params', ''] def checkParams(needle, haystack, selName, het, firstOnly): """ This is just a helper function for checking the user input """ # check Needle if len(needle) == 0 or not cmd.is_string(needle): print("Error: Please provide a string 'needle' to search for.") print("Error: For help type 'help motifFinder'.") return False # check Haystack if len(haystack) == 0 or not cmd.is_string(haystack): print("Error: Please provide valid PyMOL object or selection name") print("Error: in which to search.") print("Error: For help type 'help motifFinder'.") return False # check het try: het = bool(int(het)) except ValueError: print("Error: The 'het' parameter was not 0 or 1.") return False # check first Only try: firstOnly = bool(int(het)) except ValueError: print("Error: The 'firstOnly' parameter was not 0 or 1.") return False # check selName if not cmd.is_string(selName): print("Error: selName was not a string.") return False return True