{
  "meta": {
    "schema": "rosettaq-archive/v1",
    "file_name": "RosettaQ__RUN__EXP-0007-001__20260724T2046Z__ctqw-vs-diffusion--allostery-2hhb.json",
    "file_id": "EXP-0007-001",
    "type": "RUN",
    "is_demo": false,
    "scope_note": "Primer run real del track Cleveland Clinic (identificacion de sitios alostericos). Hemoglobina 2HHB (574 residuos), red de contacto de residuos. Caminata cuantica de tiempo continuo (CTQW) vs difusion clasica; sitios alostericos documentados (bolsillo 2,3-BPG) como arbitro. Primer run de la receta RQ-0007 (molecular/pharma).",
    "seal_correction": {
      "corrected_at": "2026-07-24T22:22:56.307086+00:00",
      "previous_content_hash": "sha256:2a8cff04beca1e6e33a7f9efe0d40d02031d7e1265e3372fce81ed5122656d3e",
      "reason": "El hash original no se reproduce con la convencion canonica del esquema rosettaq-archive/v1 (sha256 sobre json.dumps({meta_sin_content_hash, w6}, sort_keys=True, ensure_ascii=False)). Se probaron todas las variantes de serializacion y subconjuntos de meta: ninguna reproduce el hash almacenado. Conclusion honesta: el sello original fue calculado sobre una serializacion no recuperable (sellado inline, fuera de un harness versionado).",
      "action": "Re-sellado con la convencion canonica ANTES de cualquier notarizacion/anclaje. El hash previo queda registrado aqui y nunca fue publicado ni anclado en OpenTimestamps, por lo que no existe evidencia publica dependiente de el.",
      "verification": "Los 11 runs restantes (EXP-0007-002...012) y PR-CLEV-001 verifican VALID bajo la convencion canonica sin correccion.",
      "policy_change": "A partir de ahora todo sellado pasa por funcion seal() en un harness versionado que se archiva junto al run; prohibido sellar inline."
    },
    "content_hash": "sha256:c1ba6b202f4bf51395f3c84565ce24a78ef28413c4d1e400afe8ad0ef52e5828"
  },
  "w6": {
    "que": {
      "recipe_id": "RQ-0007",
      "recipe_name": "Allosteric site identification via quantum signal propagation",
      "problem_class": "Molecular simulation / allostery",
      "instance": "2HHB_ca_cutoff8.5",
      "quantum_side": {
        "method": "continuous-time quantum walk, U(t)=exp(-iAt), integrated",
        "allosteric_percentile": 69.89,
        "runtime_s": 4.813
      },
      "classical_side": {
        "method": "continuous-time diffusion, p(t)=exp(-Lt), integrated",
        "allosteric_percentile": 74.24,
        "runtime_s": 1.727
      },
      "ground_truth": {
        "active_site": [
          [
            "A",
            87
          ],
          [
            "C",
            87
          ],
          [
            "B",
            92
          ],
          [
            "D",
            92
          ]
        ],
        "allosteric": [
          [
            "B",
            2
          ],
          [
            "B",
            82
          ],
          [
            "B",
            143
          ],
          [
            "D",
            2
          ],
          [
            "D",
            82
          ],
          [
            "D",
            143
          ]
        ],
        "ref": "Arnone 1972; textbook 2,3-BPG allosteric pocket of deoxyhemoglobin",
        "n_active_matched": 4,
        "n_allosteric_matched": 6
      },
      "outcome": "not yet — classical diffusion ranks them as well or better",
      "metric": "percentil medio de residuos alostericos verdaderos en el mapa de propagacion (entre residuos distales, >6A del sitio activo); 100=top",
      "scores": {
        "quantum_percentile": 69.89,
        "classical_percentile": 74.24
      }
    },
    "como": {
      "protocol": "juez-v1: misma red de residuos + mismo par fuente/tiempos; sitios alostericos documentados como arbitro (ninguno los define)",
      "instance_params": {
        "pdb": "2HHB",
        "cutoff_A": 8.5,
        "n_residues": 574,
        "time_window": [
          0.5,
          8.0
        ],
        "n_times": 16
      },
      "lib_versions": {
        "prody": "2.6.1",
        "numpy": "2.4.4",
        "scipy": "1.16.3",
        "python": "3.11.15"
      },
      "compute": "contenedor cloud Cowork (CPU, Linux)",
      "harness": "allo_harness.py",
      "raw_data_url": "pendiente de publicacion en repo"
    },
    "cuando": {
      "started_at": "2026-07-24T20:46:07+00:00",
      "archived_at": "2026-07-24T20:46:07+00:00",
      "timezone_note": "UTC; equipo en America/Punta_Arenas"
    },
    "donde": {
      "quantum_backend": "CTQW por matrix-exponential (simulacion exacta de la dinamica de walk; ruta NISQ = Hamiltonian simulation gate-based)",
      "classical_backend": "difusion por matrix-exponential del Laplaciano",
      "protein_source": "RCSB PDB 2HHB via ProDy",
      "region": "cloud sandbox Anthropic"
    },
    "porque": {
      "hypothesis": "la propagacion por caminata cuantica (correlaciones no-locales/interferencia) podria identificar sitios alostericos distales mejor que la difusion clasica; primer run establece la linea base honesta",
      "question": "En hemoglobina 2HHB, CTQW vs difusion clasica: cual rankea mas alto el bolsillo alosterico documentado?",
      "ledger_goal": "primer run real de RQ-0007 (track Cleveland Clinic); base de la propuesta Fase I molecular"
    },
    "quien": {
      "operator": "Nicholas",
      "agents": [
        "Claude (Cowork cloud)",
        "allo_harness.py"
      ],
      "judge_protocol_version": "juez-v1",
      "org": "Rosetta Quantum",
      "team": "Rosetta Quantum"
    }
  },
  "storage": {
    "policy": "triple-copia identica; verificar con content_hash",
    "locations": [
      {
        "n": 1,
        "kind": "github",
        "role": "primary",
        "url": "https://github.com/RosettaQuantum/evidence/blob/main/runs/2026/07/RosettaQ__RUN__EXP-0007-001__20260724T2046Z__ctqw-vs-diffusion--allostery-2hhb.json",
        "raw_url": "https://raw.githubusercontent.com/RosettaQuantum/evidence/main/runs/2026/07/RosettaQ__RUN__EXP-0007-001__20260724T2046Z__ctqw-vs-diffusion--allostery-2hhb.json"
      },
      {
        "n": 2,
        "kind": "codeberg",
        "role": "mirror",
        "url": "https://codeberg.org/RosettaQuantum/evidence/src/branch/main/runs/2026/07/RosettaQ__RUN__EXP-0007-001__20260724T2046Z__ctqw-vs-diffusion--allostery-2hhb.json",
        "raw_url": "https://codeberg.org/RosettaQuantum/evidence/raw/branch/main/runs/2026/07/RosettaQ__RUN__EXP-0007-001__20260724T2046Z__ctqw-vs-diffusion--allostery-2hhb.json"
      },
      {
        "n": 3,
        "kind": "cloudflare-d1",
        "role": "database",
        "uri": "d1://rosettaq-ledger/run_archives/EXP-0007-001",
        "public_read": "https://ledger.rosettaquantum.com/api/archive/EXP-0007-001"
      }
    ],
    "self_note": "Este archivo es una de las 3 copias listadas. Si el hash difiere, esa copia no es valida."
  }
}