{ "meta": { "file_name": "RosettaQ__RUN__EXP-0007-018__20260725T1538Z__cripticidad--dos-regimenes-de-fallo.json", "file_id": "EXP-0007-018", "type": "RUN", "is_demo": false, "scope_note": "Explicacion mecanicista del negativo. El bolsillo de KRAS lo crea el ligando; el de BCR-ABL1 esta preformado y rigido y aun asi es inencontrable.", "schema": "rosettaq-archive/v2", "sealed_at": "2026-07-26T12:57:00.571212+00:00", "sealed_by": { "lib": "rosettaq_seal.py", "lib_version": "2.0.0", "lib_sha256": "sha256:0965542a9532451b6ddea7f5b7bb1724dfd2499a84ecf72ace8031a0cb682008", "harness": "crypticity.py", "harness_version": "1.0.0", "harness_sha256": "sha256:807f8ef59f9101df11308b3b36d0fdcee6f8c63cc84cec0b00376f6c153ad19c", "convention": "v2: sha256(json.dumps({meta sin content_hash/schema, cuerpo sin storage}, sort_keys=True, ensure_ascii=False))" }, "content_hash": "sha256:5dc317c23db08f6810465286193f6ec1bac9634d0e2983ee380208658a6e602b" }, "w6": { "que": { "recipe_id": "RQ-0007", "recipe_name": "Cripticidad del bolsillo — mecanismo de los dos regimenes de fallo", "problem_class": "Diagnostico estructural de por que falla la prediccion alosterica", "instance": "KRAS G12C (4OBE/6OIM) y BCR-ABL1 (1OPL/5MO4)", "quantum_side": { "nota": "no aplica: es un analisis estructural, no un propagador" }, "classical_side": { "nota": "no aplica" }, "ground_truth": "desplazamiento Ca apo-holo y conteo de contactos, medidos directamente", "outcome": "dos modos de fallo distintos, con mecanismo medido y no supuesto", "metric": "desplazamiento Ca (A) del sitio vs el resto, y contactos antes/despues de unir", "regimen_1_bolsillo_criptico": { "diana": "KRAS G12C", "desplazamiento_sitio_A": 1.7, "desplazamiento_resto_A": 0.83, "razon": 2.05, "percentil_del_sitio": 88.7, "contactos_apo": 214, "contactos_holo": 188, "lectura": "el sitio se mueve el doble que el resto y PIERDE contactos al unirse: el bolsillo lo crea el ligando. Ningun propagador sobre la red de contactos de la apo puede encontrar algo que todavia no existe." }, "regimen_2_preformado_rigido": { "diana": "BCR-ABL1", "desplazamiento_sitio_A": 0.43, "desplazamiento_resto_A": 0.73, "razon": 0.59, "percentil_del_sitio": 32.1, "contactos_apo": 221, "contactos_holo": 218, "lectura": "el sitio se mueve MENOS que el promedio y sus contactos no cambian: esta preformado y rigido, y aun asi es inencontrable. Aqui el problema no es que el sitio no exista, es que la topologia de contactos Ca no lo distingue." }, "datos_crudos": { "KRAS_G12C": { "n_comunes": 162, "rmsd_global": 1.37, "desplazamiento_medio_sitio": 1.7, "desplazamiento_mediano_sitio": 0.84, "desplazamiento_medio_resto": 0.83, "desplazamiento_mediano_resto": 0.61, "razon_sitio_vs_resto": 2.05, "percentil_del_sitio_en_desplazamiento": 88.7, "n_residuos_sitio_comunes": 20, "contactos_sitio_apo": 214.0, "contactos_sitio_holo": 188.0 }, "BCR_ABL1": { "n_comunes": 428, "rmsd_global": 0.98, "desplazamiento_medio_sitio": 0.43, "desplazamiento_mediano_sitio": 0.37, "desplazamiento_medio_resto": 0.73, "desplazamiento_mediano_resto": 0.57, "razon_sitio_vs_resto": 0.59, "percentil_del_sitio_en_desplazamiento": 32.1, "n_residuos_sitio_comunes": 20, "contactos_sitio_apo": 221.0, "contactos_sitio_holo": 218.0 } } }, "como": { "protocol": "superposicion apo-holo por residuos comunes, desplazamiento Ca por residuo, y conteo de contactos del sitio en ambas conformaciones", "instance_params": { "cutoff_A": 8.5, "gt_radius_A": 4.5 }, "sweep_note": "analisis explicativo posterior a la rejilla; no altera ningun resultado sellado", "lib_versions": { "prody": "2.6.1", "numpy": "2.4.4", "scipy": "1.16.3", "python": "3.11.15" }, "compute": "contenedor cloud Cowork (CPU, Linux)", "harness": "crypticity.py", "raw_data_url": "https://raw.githubusercontent.com/RosettaQuantum/evidence/main/data/2026/07/crypticity.json", "procedencia": [ { "archivo": "crypticity.json", "sha256": "sha256:e18761ea824129487acb1c72c0c7bbb652024c0ce0726ef9461c8f3407a886c0" } ], "scripts": [ { "archivo": "crypticity.py", "sha256": "sha256:807f8ef59f9101df11308b3b36d0fdcee6f8c63cc84cec0b00376f6c153ad19c" } ] }, "donde": { "quantum_backend": "no aplica", "classical_backend": "ProDy / numpy", "protein_source": "RCSB PDB via ProDy", "region": "cloud sandbox Anthropic" }, "porque": { "hypothesis": "un negativo sin mecanismo es un negativo debil; si el metodo falla, hay que poder decir POR QUE falla y si el fallo es del metodo o del planteamiento", "question": "Por que ningun propagador encuentra estos bolsillos?", "ledger_goal": "convertir el negativo en diagnostico: dos regimenes, dos rutas de solucion distintas para Fase II" }, "cuando": { "started_at": "2026-07-25T15:38:07.468199+00:00", "archived_at": "2026-07-25T15:38:07.468199+00:00", "timezone_note": "UTC; equipo en America/Punta_Arenas" }, "quien": { "operator": "Nicholas", "agents": [ "Claude (Cowork cloud)", "crypticity.py" ], "judge_protocol_version": "juez-v1", "org": "Rosetta Quantum", "team": "Rosetta Quantum" } }, "storage": { "policy": "triple-copia identica; verificar con content_hash", "locations": [ { "n": 1, "kind": "github", "role": "primary", "url": "https://github.com/RosettaQuantum/evidence/blob/main/runs/2026/07/RosettaQ__RUN__EXP-0007-018__20260725T1538Z__cripticidad--dos-regimenes-de-fallo.json", "raw_url": "https://raw.githubusercontent.com/RosettaQuantum/evidence/main/runs/2026/07/RosettaQ__RUN__EXP-0007-018__20260725T1538Z__cripticidad--dos-regimenes-de-fallo.json" }, { "n": 2, "kind": "codeberg", "role": "mirror", "url": "https://codeberg.org/RosettaQuantum/evidence/src/branch/main/runs/2026/07/RosettaQ__RUN__EXP-0007-018__20260725T1538Z__cripticidad--dos-regimenes-de-fallo.json" }, { "n": 3, "kind": "cloudflare-d1", "role": "mirror", "uri": "d1://rosettaq-ledger/run_archives/EXP-0007-018" } ] } }