$order
#1=fastqc
2=hisat2
3=samtoolsView
4=samtoolsSort
5=stringtie 1
1000=stringtie 2

$samtoolsview
-b
-h

$samtoolssort

$cleaner
3

#PUT YOUR OWN SGE CONFIGURATION HERE
#$sge
#-q bioinfo.q
#-b Y

$stringtie 1

$stringtie 2
--merge

$hisat2
--dta

#$scp
#/scratch/

#$env
#module load bioinfo/TOGGLE-dev/0.3.7