保護區名稱,名錄物種數
東沙環礁國家公園,1489
丹大野生動物重要棲息環境,2621
玉山國家公園,4969
太魯閣國家公園,6619
雪霸國家公園,4076
中華白海豚野生動物重要棲息環境,1151
關山野生動物重要棲息環境,3053
棲蘭野生動物重要棲息環境,4681
雙鬼湖野生動物重要棲息環境,1784
大武山自然保留區,1446
台江國家公園,2136
澎湖南方四島國家公園,1605
墾丁國家公園,5842
雪霸自然保護區,1075
玉里野生動物保護區,465
玉里野生動物重要棲息環境,465
陽明山國家公園,5000
插天山自然保留區,2284
臺灣櫻花鉤吻鮭野生動物重要棲息環境,1748
出雲山自然保留區,660
金門國家公園,2180
海岸山脈野生動物重要棲息環境,642
大肚溪口野生動物重要棲息環境,793
大肚溪口野生動物保護區,793
瑞岩溪野生動物重要棲息環境,1129
茶茶牙賴山野生動物重要棲息環境,445
雲林湖本八色鳥野生動物重要棲息環境,1548
客雅溪口及香山溼地野生動物重要棲息環境,733
新竹市濱海野生動物保護區,730
翡翠水庫食蛇龜野生動物重要棲息環境,886
翡翠水庫食蛇龜野生動物保護區,340
九九峰自然保留區,329
壽山國家自然公園,1978
浸水營野生動物重要棲息環境,2006
利嘉野生動物重要棲息環境,859
旭海-觀音鼻自然保留區,314
高美野生動物保護區,770
高美野生動物重要棲息環境,770
塔山野生動物重要棲息環境,531
雪山坑溪野生動物重要棲息環境,467
宜蘭縣雙連埤野生動物重要棲息環境,886
嘉義縣鰲鼓野生動物重要棲息環境,557
臺南縣曾文溪口黑面琵鷺野生動物重要棲息環境,351
臺南市四草野生動物重要棲息環境,452
臺南市四草野生動物保護區,468
觀音海岸野生動物重要棲息環境,292
鹿林山野生動物重要棲息環境,416
高雄市那瑪夏區楠梓仙溪野生動物保護區,417
桃園觀新藻礁生態系野生動物重要棲息環境,314
鴛鴦湖自然保留區,672
烏石鼻海岸自然保留區,363
水璉野生動物重要棲息環境,534
臺東縣海端鄉新武呂溪野生動物重要棲息環境,589
臺東縣海端鄉新武呂溪魚類保護區,325
哈盆自然保留區,374
桃園觀新藻礁生態系野生動物保護區,297
臺南市曾文溪口北岸黑面琵鷺保護區,370
台東紅葉村台東蘇鐵自然保留區,103
高雄縣三民鄉楠梓仙溪野生動物重要棲息環境,558
台北市野雁保護區,291
台北市中興橋永福橋野生動物重要棲息環境,291
棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區,665
苗栗三義火炎山自然保留區,440
宜蘭縣蘭陽溪口野生動物重要棲息環境,757
南澳闊葉樹林自然保留區,498
十八羅漢山自然保護區,760
澎湖南海玄武岩自然保留區 (東吉嶼、西吉嶼、頭巾、鐵砧),623
龍崎牛埔惡地自然保留區,41
墾丁高位珊瑚礁自然保留區,268
無尾港水鳥保護區,568
宜蘭縣無尾港野生動物重要棲息環境,591
大武事業區台灣穗花杉自然保留區,214
淡水河紅樹林自然保留區,178
馬祖列島燕鷗保護區,106
馬祖列島野生動物重要棲息環境,106
關山臺灣海棗自然保護區,214
台灣一葉蘭自然保留區,134
海岸山脈臺東蘇鐵自然保護區,107
澎湖縣貓嶼野生動物重要棲息環境,51
澎湖縣貓嶼海鳥保護區,3
坪林台灣油杉自然保留區,787
澎湖玄武岩自然保留區,53
挖子尾自然保留區,290
花瓶嶼野生動物重要棲息環境,0
觀霧寬尾鳳蝶野生動物重要棲息環境,554
澎湖縣望安島綠蠵龜產卵棲地保護區,454
雙連埤野生動物保護區,683
馬祖列島雌光螢野生動物重要棲息環境,16
馬祖列島雌光螢野生動物保護區,16
甲仙四德化石自然保護區,299
大武臺灣油杉自然保護區,116
烏山頂泥火山地景自然保留區,35
桃園高榮野生動物重要棲息環境,0
桃園高榮野生動物保護區,0
北投石自然保留區,218