testlist <- list(classi1 = c(1107026375L, -1371531856L, 977396196L, 1910956025L, -1197328179L, -1009135592L, 99365986L, -1257390602L, 144686518L, -539859174L, 340328069L, 803045095L, -2135444157L, -1870308458L, 1905326118L, -1649009242L, 1440373812L, -1379709247L, 206390843L, 717562538L, 2094525708L, 1548329677L, -644090762L, 1360075942L, -344335720L, 1009342792L, 1573509467L, 1705397217L, 2100882906L, -2121226406L, 731631996L, -1393745256L, 1727803555L, 629861275L, 711933071L, 361197714L, -1084396479L, -317416680L, -1351838628L, 1521939648L, -1289460776L, -1370524456L, -1095735341L, 936863222L, 902969122L, -422364267L, 1070592409L, -2031789511L, 1573509467L, 210080202L, 905485676L, -805084411L, -711317573L, 1835159725L, 843204280L, 664858929L, 1577249386L, -2005191235L, 1943153219L, -712161110L, 661677461L, -759807484L, -125256673L, 699224455L, -1338248904L, -1238960855L, -115380786L, -1397392940L, 635333112L, -1800668020L, 867806300L, 1727914774L, 953503470L, -79423500L, 1669645072L, 977069151L, 441276335L, -128697557L, 233277555L, -462714340L), classi2 = c(476867584L, -654959336L, -836283157L, 1233480688L, 2029768872L, 1863381552L, -1460934253L, 533564475L, 989346834L, -296146244L, NA, 68336252L, 227157116L, -1693012925L, 26596897L, 1667390621L, 1519955784L, -237435534L, 1487682652L, -1074341428L, -2130884325L, 351624725L, -1959446802L, -1751938062L, 725236253L, 322932588L, -322189141L, -1046382783L, -348855048L, -1229207487L, -251711608L, -1833272643L, -189474297L, -194415648L, 876383221L, -587057284L, -1013698695L, 1341700672L, -135673719L, -1555937641L, -165568790L, -1978479937L, 1314239531L, 1491839003L, 2144834767L, -816967738L, 936857562L, 429289743L, -1223689663L, 566493295L, 448109426L, -1606185696L, 438431722L, 1878962342L, -721387282L, -1762525875L, 16223778L, -1131441706L, 1143752932L, 1876231306L), order = c(1552109004L, 1481791054L, 1170912055L, -289473261L, 1236454853L, NA, 1809871760L, 279902573L, 843463050L, -1735403042L, 1502352711L, 1259494036L, -1003988440L, 623917929L )) result <- do.call(aricode:::countPairs,testlist) str(result)