{
  "probe": "kyma_v2_1_supplementary_rigor",
  "pre_registration": "KYMA_V2_1_SUPPLEMENTARY_RIGOR_PREREGISTRATION_7f6b_2026-07-21.md",
  "started_utc": "2026-07-21T06:57:21",
  "design_config": {
    "g_sync": 0.5,
    "steps": 40,
    "k_bridge": 0.8
  },
  "ablations": {
    "A1_no_gating": {
      "shared_substrate": {
        "mean": 0.33066666666666666,
        "sd": 0.03951933422741048
      },
      "mlp": {
        "mean": 0.36933333333333335,
        "sd": 0.014666666666666661
      },
      "margin_pp": -0.03866666666666668,
      "prediction": "shared <= 0.55 AND margin < 0.10",
      "meets_prediction": true
    },
    "A2_separable_readout": {
      "substrate": {
        "mean": 0.8946666666666666,
        "sd": 0.014391355429948582
      },
      "mlp": {
        "mean": 0.38466666666666666,
        "sd": 0.024729649321321864
      },
      "margin_pp": 0.51,
      "prediction": "margin < 0.10",
      "meets_prediction": false
    }
  },
  "ablations_seconds": 5771.2,
  "stronger_baselines": {
    "substrate": {
      "mean": 0.8006666666666666,
      "sd": 0.03043389922803552
    },
    "over_param_mlp": {
      "accuracy": {
        "mean": 0.38733333333333336,
        "sd": 0.027680719322702253
      },
      "hidden": 26,
      "params": 1330,
      "substrate_minus": 0.4133333333333333,
      "prediction": "over < 0.55 AND substrate-over >= 0.20",
      "meets_prediction": true
    },
    "deep_mlp": {
      "accuracy": {
        "mean": 0.41133333333333333,
        "sd": 0.036246072584181825
      },
      "hidden": 24,
      "params": 1828,
      "substrate_minus": 0.3893333333333333
    },
    "gnn": {
      "accuracy": {
        "mean": 0.5066666666666667,
        "sd": 0.09157874571463985
      },
      "hidden": 8,
      "params": 548,
      "substrate_minus": 0.29399999999999993,
      "prediction": "substrate-gnn >= 0.15",
      "meets_prediction": true
    }
  },
  "stronger_baselines_seconds": 1902.6,
  "mlp_convergence": {
    "loss_trajectory": [
      0.022853150963783264,
      0.007342169526964426,
      0.003930041566491127,
      0.0025188373401761055,
      0.0017421059310436249,
      0.0013095421018078923,
      0.0010252069914713502,
      0.0008254378917627037,
      0.0006772840861231089,
      0.0005310984561219811
    ],
    "checkpoint_epochs": [
      200,
      400,
      600,
      800,
      1000,
      1200,
      1400,
      1600,
      1800,
      2000
    ],
    "final_train_loss": 0.0005310984561219811,
    "train_accuracy": 1.0,
    "plateaued": true,
    "prediction": "plateaued AND train_accuracy >= 0.70",
    "meets_prediction": true
  },
  "mlp_convergence_seconds": 5.3,
  "leave_one_out": {
    "per_split": [
      {
        "held_out": [
          0,
          5
        ],
        "k_bridge": 0.8,
        "non_separability": 0.4033333333333333,
        "substrate": {
          "mean": 0.7866666666666667,
          "sd": 0.02880329199292382
        },
        "mlp": {
          "mean": 0.3611111111111111,
          "sd": 0.0062853936105470775
        },
        "margin_pp": 0.42555555555555563
      },
      {
        "held_out": [
          1,
          4
        ],
        "k_bridge": 0.6,
        "non_separability": 0.4033333333333333,
        "substrate": {
          "mean": 0.8355555555555556,
          "sd": 0.027532248207475293
        },
        "mlp": {
          "mean": 0.38555555555555554,
          "sd": 0.008314794192830984
        },
        "margin_pp": 0.45000000000000007
      },
      {
        "held_out": [
          2,
          3
        ],
        "k_bridge": 2.0,
        "non_separability": 0.4,
        "substrate": {
          "mean": 0.84,
          "sd": 0.01905158688831362
        },
        "mlp": {
          "mean": 0.37555555555555553,
          "sd": 0.01498970840359116
        },
        "margin_pp": 0.46444444444444444
      },
      {
        "held_out": [
          3,
          2
        ],
        "k_bridge": 0.8,
        "non_separability": 0.42333333333333334,
        "substrate": {
          "mean": 0.8033333333333333,
          "sd": 0.004714045207910321
        },
        "mlp": {
          "mean": 0.4077777777777778,
          "sd": 0.030102704853653472
        },
        "margin_pp": 0.39555555555555555
      },
      {
        "held_out": [
          4,
          1
        ],
        "k_bridge": 1.5,
        "non_separability": 0.42,
        "substrate": {
          "mean": 0.8377777777777778,
          "sd": 0.004157397096415497
        },
        "mlp": {
          "mean": 0.37333333333333335,
          "sd": 0.028414915227876505
        },
        "margin_pp": 0.4644444444444445
      },
      {
        "held_out": [
          5,
          0
        ],
        "k_bridge": 0.8,
        "non_separability": 0.4,
        "substrate": {
          "mean": 0.7855555555555556,
          "sd": 0.03130889511912304
        },
        "mlp": {
          "mean": 0.38666666666666666,
          "sd": 0.05436502143433363
        },
        "margin_pp": 0.3988888888888889
      }
    ],
    "seeds_per_split": [
      0,
      1,
      2
    ],
    "substrate_mean": 0.8148148148148149,
    "mlp_mean": 0.38166666666666665,
    "mean_margin_pp": 0.4331481481481482,
    "substrate_wins": "6/6",
    "prediction": "substrate_mean >= 0.70 AND mean_margin >= 0.20 AND wins >= 5/6",
    "meets_prediction": true
  },
  "leave_one_out_seconds": 7264.7
}