{ "cells": [ { "cell_type": "code", "execution_count": 1, "metadata": { "collapsed": true }, "outputs": [], "source": [ "from cameo import webmodels" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 3, "metadata": { "collapsed": false }, "outputs": [], "source": [ "models = webmodels.index_models()" ] }, { "cell_type": "code", "execution_count": 11, "metadata": { "collapsed": false }, "outputs": [ { "data": { "text/html": [ "
\n", " | id | \n", "name | \n", "doi | \n", "author | \n", "year | \n", "formats | \n", "organism | \n", "taxonomy | \n", "
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
0 | \n", "1 | \n", "iJR904 | \n", "10.1186/gb-2003-4-9-r54 | \n", "Reed | \n", "2003 | \n", "[sbml] | \n", "Escherichia coli str. K12 substr. MG1655 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
1 | \n", "2 | \n", "iAF1260 | \n", "10.1038/msb4100155 | \n", "Feist | \n", "2007 | \n", "[sbml] | \n", "Escherichia coli str. K12 substr. MG1655 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
2 | \n", "3 | \n", "iMM904 | \n", "10.1186/1752-0509-3-37 | \n", "Mo | \n", "2007 | \n", "[sbml] | \n", "Saccharomyces cerevisiae | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; Dikarya; Ascom... | \n", "
3 | \n", "4 | \n", "iJP815 | \n", "10.1371/journal.pcbi.1000210 | \n", "Puchalka | \n", "2008 | \n", "[sbml] | \n", "Pseudomonas putida str. KT2440 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
4 | \n", "5 | \n", "iMO1056 | \n", "10.1128/JB.01583-07 | \n", "Oberhardt | \n", "2008 | \n", "[] | \n", "Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
5 | \n", "6 | \n", "iIN800 | \n", "10.1186/1752-0509-2-71 | \n", "Nookaew | \n", "2008 | \n", "[sbml] | \n", "Saccharomyces cerevisiae | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; Dikarya; Ascom... | \n", "
6 | \n", "7 | \n", "iFF708 | \n", "10.1101/gr.234503 | \n", "Förster | \n", "2003 | \n", "[sbml] | \n", "Saccharomyces cerevisiae str. Sc288 | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; Dikarya; Ascom... | \n", "
7 | \n", "8 | \n", "iCA1273 | \n", "10.1186/1471-2164-12-9 | \n", "Archer | \n", "2011 | \n", "[sbml] | \n", "Escherichia coli W | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
8 | \n", "9 | \n", "iJO1366 | \n", "10.1038/msb.2011.65 | \n", "Orth | \n", "2011 | \n", "[sbml] | \n", "Escherichia coli str. K12 substr. MG1655 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
9 | \n", "10 | \n", "Consensus v4 | \n", "10.1038/nbt1492 | \n", "Herrgård | \n", "2008 | \n", "[] | \n", "Yeast | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; | \n", "
10 | \n", "11 | \n", "iJN746 | \n", "10.1186/1752-0509-2-79 | \n", "Nogales | \n", "2008 | \n", "[sbml] | \n", "Pseudomonas putida str. KT2440 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
11 | \n", "12 | \n", "AbyMBEL891 | \n", "10.1039/B916446D | \n", "Kim | \n", "2010 | \n", "[sbml] | \n", "Acinetobacter baumannii AYE | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
12 | \n", "13 | \n", "iJP962 | \n", "10.1371/journal.pcbi.1001116 | \n", "Oberhardt | \n", "2011 | \n", "[sbml] | \n", "Pseudomonas putida str. KT2440 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
13 | \n", "14 | \n", "iYL1228 | \n", "10.1128/JB.01218-10 | \n", "Liao | \n", "2011 | \n", "[sbml] | \n", "Klebsiella pneumoniae str. MGH 78578 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
14 | \n", "15 | \n", "iSR432 | \n", "10.1186/1752-0509-4-31 | \n", "Roberts | \n", "2010 | \n", "[sbml] | \n", "Clostridium thermocellum str. ATCC 27405 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridial... | \n", "
15 | \n", "16 | \n", "iNJ661m | \n", "10.1186/1752-0509-4-160 | \n", "Fang | \n", "2010 | \n", "[sbml] | \n", "Mycobacterium tuberculosis str. H37Rv | \n", "Bacteria; Actinobacteria; Actinobacteria; Acti... | \n", "
16 | \n", "17 | \n", "iCM925 | \n", "10.1186/1752-0509-5-130 | \n", "Milne | \n", "2011 | \n", "[sbml] | \n", "Clostridium beijerinckii str. NCIMB 8052 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiale... | \n", "
17 | \n", "18 | \n", "iBsu1103 | \n", "10.1186/gb-2009-10-6-r69 | \n", "Henry | \n", "2009 | \n", "[sbml] | \n", "Bacillus subtilis 168 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bac... | \n", "
18 | \n", "19 | \n", "iAI549 | \n", "10.1371/journal.pcbi.1000887 | \n", "Islam | \n", "2010 | \n", "[sbml] | \n", "Dehalococcoides ethenogenes str. 2061 | \n", "Bacteria; Chloroflexi; Dehalococcoidetes; Deha... | \n", "
19 | \n", "20 | \n", "iAF692 | \n", "10.1038/msb4100046 | \n", "Feist | \n", "2006 | \n", "[sbml] | \n", "Methanosarcina barkeri | \n", "Archaea; Euryarchaeota; Methanomicrobia; Metha... | \n", "
20 | \n", "21 | \n", "AraGEM | \n", "10.1186/1471-2164-12-S4-S5 | \n", "de Oliveira Dal'Molin | \n", "2010 | \n", "[sbml] | \n", "Arabidopsis thaliana | \n", "Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Strept... | \n", "
21 | \n", "22 | \n", "Ecoli core Model | \n", "10.1128/ecosal.10.2.1 | \n", "Orth | \n", "2010 | \n", "[sbml] | \n", "Escherichia coli str. K12 substr. MG1655 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
22 | \n", "23 | \n", "iIT341 | \n", "10.1128/JB.187.16.5818-5830.2005 | \n", "Thiele | \n", "2005 | \n", "[sbml] | \n", "Helicobacter pylori str. 26695 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; delta/epsilon subdi... | \n", "
23 | \n", "24 | \n", "iMH805/775 | \n", "10.1038/nbt1492 | \n", "Herrgård | \n", "2008 | \n", "[sbml] | \n", "Saccharomyces cerevisiae str. Sc288 | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; Dikarya; Ascom... | \n", "
24 | \n", "25 | \n", "iND750 | \n", "10.1101/gr.2250904 | \n", "Duarte | \n", "2004 | \n", "[sbml] | \n", "Saccharomyces cerevisiae str. Sc288 | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; Dikarya; Ascom... | \n", "
25 | \n", "26 | \n", "iRC1080 | \n", "10.1038/msb.2011.52 | \n", "Chang | \n", "2011 | \n", "[sbml] | \n", "Chlamydomonas reinhardtii | \n", "Eukaryota; Viridiplantae; Chlorophyta; Chlorop... | \n", "
26 | \n", "27 | \n", "iSB619 | \n", "10.1186/1471-2180-5-8 | \n", "Becker | \n", "2005 | \n", "[sbml] | \n", "Staphylococcus aureus | \n", "Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; St... | \n", "
27 | \n", "28 | \n", "iTH366 | \n", "10.1038/msb.2010.60 | \n", "Plata | \n", "2010 | \n", "[sbml] | \n", "Plasmodium falciparum | \n", "Eukaryota; Alveolata; Apicomplexa; Aconoidasid... | \n", "
28 | \n", "29 | \n", "iTZ479 | \n", "10.1126/science.1174671 | \n", "Zhang | \n", "2009 | \n", "[sbml] | \n", "Thermotoga maritima str. MSB8 | \n", "Bacteria; Thermotogae; Thermotogae; Thermotoga... | \n", "
29 | \n", "30 | \n", "recon2 | \n", "10.1038/nbt.2488 | \n", "Thiele | \n", "2013 | \n", "[sbml] | \n", "Homo sapiens | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; B... | \n", "
... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "... | \n", "
114 | \n", "115 | \n", "iAK692 | \n", "10.1186/1752-0509-6-71 | \n", "Klanchui | \n", "2012 | \n", "[sbml] | \n", "Spirulina platensis C1 | \n", "Bacteria; Cyanobacteria; Oscillatoriophycideae... | \n", "
115 | \n", "116 | \n", "iSS352 | \n", "10.1016/j.jbiotec.2013.01.023 | \n", "Schatschneider | \n", "2013 | \n", "[sbml] | \n", "Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
116 | \n", "117 | \n", "iSS352 | \n", "10.1016/j.jbiotec.2013.01.023 | \n", "Schatschneider | \n", "2013 | \n", "[sbml] | \n", "Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
117 | \n", "118 | \n", "iOD907 | \n", "\n", " | Oscar Dias | \n", "2013 | \n", "[sbml] | \n", "Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; Dikarya; Ascom... | \n", "
118 | \n", "119 | \n", "iCAC490 | \n", "10.1186/1752-0509-6-42 | \n", "McAnulty | \n", "2012 | \n", "[sbml] | \n", "Clostridium acetobutylicum ATCC 824 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiale... | \n", "
119 | \n", "120 | \n", "iTZ479_v2 | \n", "10.1016/j.ijhydene.2012.06.032 | \n", "Nogales | \n", "2012 | \n", "[] | \n", "Thermotoga maritima | \n", "Bacteria; Thermotogae; Thermotogae; Thermotoga... | \n", "
120 | \n", "121 | \n", "iAH991 | \n", "10.4161/gmic.22370 | \n", "Heinken | \n", "2012 | \n", "[] | \n", "Bacteroides thetaiotaomicron | \n", "Bacteria; Bacteroidetes/Chlorobi group; Bacter... | \n", "
121 | \n", "122 | \n", "SPNV1.0 | \n", "10.1186/1475-2859-13-41 | \n", "Wang | \n", "2014 | \n", "[excel] | \n", "Saccharopolyspora spinosa NRRL 18395 | \n", "Bacteria; Actinobacteria; Actinobacteria; Acti... | \n", "
122 | \n", "123 | \n", "iCyc792 | \n", "10.1186/1752-0509-7-142 | \n", "Mueller | \n", "2013 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Cyanothece sp. PCC 7424 | \n", "Bacteria; Cyanobacteria; Oscillatoriophycideae... | \n", "
123 | \n", "124 | \n", "iCyn731 | \n", "10.1186/1752-0509-7-142 | \n", "Mueller | \n", "2013 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Cyanothece sp. PCC 7425 | \n", "Bacteria; Cyanobacteria; Oscillatoriophycideae... | \n", "
124 | \n", "125 | \n", "iCyj826 | \n", "10.1186/1752-0509-7-142 | \n", "Mueller | \n", "2013 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Cyanothece sp. PCC 7822 | \n", "Bacteria; Cyanobacteria; Oscillatoriophycideae... | \n", "
125 | \n", "126 | \n", "iCyp752 | \n", "10.1186/1752-0509-7-142 | \n", "Mueller | \n", "2013 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Cyanothece sp. PCC 8801 | \n", "Bacteria; Cyanobacteria; Oscillatoriophycideae... | \n", "
126 | \n", "127 | \n", "iCyh755 | \n", "10.1186/1752-0509-7-142 | \n", "Mueller | \n", "2013 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Cyanothece sp. PCC 8802 | \n", "Bacteria; Cyanobacteria; Oscillatoriophycideae... | \n", "
127 | \n", "128 | \n", "iNF518 | \n", "10.1007/s00253-013-5140-2 | \n", "Flahaut | \n", "2013 | \n", "[sbml] | \n", "Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales... | \n", "
128 | \n", "129 | \n", "iJL1454 | \n", "10.1039/C3MB70090A | \n", "Jie Liu | \n", "2013 | \n", "[excel] | \n", "Aspergillus terreus NIH2624 | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; Dikarya; Ascom... | \n", "
129 | \n", "130 | \n", "iBif452 | \n", "10.1186/1752-0509-8-41 | \n", "El-Semman | \n", "2014 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Bifidobacterium adolescentis L2-32 | \n", "Bacteria; Actinobacteria; Actinobacteria; Acti... | \n", "
130 | \n", "131 | \n", "iFap484 | \n", "10.1186/1752-0509-8-41 | \n", "El-Semman | \n", "2014 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Faecalibacterium prausnitzii A2-165 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiale... | \n", "
131 | \n", "132 | \n", "iAM388 | \n", "10.1186/1471-2164-12-535 | \n", "Aline Metris | \n", "2011 | \n", "[excel] | \n", "Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; delta/epsilon subdiv... | \n", "
132 | \n", "133 | \n", "iTT548 | \n", "10.1186/1475-2859-13-61 | \n", "Na-Rae Lee | \n", "2014 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Thermus thermophilus | \n", "Bacteria; Deinococcus-Thermus; Deinococci; The... | \n", "
133 | \n", "134 | \n", "EctoGEM-1.0 | \n", "10.1111/tpj.12627 | \n", "Prigent | \n", "2014 | \n", "[sbml] | \n", "Ectocarpus siliculosus | \n", "Eukaryota; Stramenopiles; PX clade; Phaeophyce... | \n", "
134 | \n", "135 | \n", "iMF721 | \n", "10.1111/1462-2920.12513 | \n", "Fondi | \n", "2014 | \n", "[sbml] | \n", "Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
135 | \n", "136 | \n", "Arabidopsis core model | \n", "10.1104/pp.114.235358 | \n", "Arnold | \n", "2014 | \n", "[sbml] | \n", "Arabidopsis thaliana | \n", "Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Strept... | \n", "
136 | \n", "137 | \n", "iHN637 | \n", "10.1186/1475-2859-12-118 | \n", "Harish Nagarajan | \n", "2013 | \n", "[] | \n", "Clostridium ljungdahlii | \n", "Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiale... | \n", "
137 | \n", "138 | \n", "iCac802 | \n", "10.1186/s13068-014-0144-4 | \n", "Satyakam Dash | \n", "2014 | \n", "[sbml] | \n", "Clostridium acetobutylicum ATCC 824 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiale... | \n", "
138 | \n", "139 | \n", "iMLTC806cdf | \n", "10.1186/s12918-014-0117-z | \n", "M. Larocque | \n", "2014 | \n", "[sbml, excel] | \n", "Clostridium difficile 630 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiale... | \n", "
139 | \n", "140 | \n", "iCY1106 | \n", "10.1186/s12918-014-0137-8 | \n", "Chao Ye | \n", "2015 | \n", "[sbml] | \n", "Mortierella alpina | \n", "Eukaryota; Opisthokonta; Fungi; Fungi incertae... | \n", "
140 | \n", "141 | \n", "iMM518 | \n", "10.1039/c3mb70421a | \n", "N. Goyal | \n", "2014 | \n", "[excel] | \n", "Methanococcus maripaludis S2 | \n", "Archaea; Euryarchaeota; Methanococci; Methanoc... | \n", "
141 | \n", "142 | \n", "iPC1209 | \n", "10.1016/j.febslet.2014.12.010 | \n", "Cheng Wang | \n", "2015 | \n", "[] | \n", "Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1 | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
142 | \n", "143 | \n", "iNV706 | \n", "10.1128/AEM.03279-14 | \n", "N. Veith | \n", "2014 | \n", "[] | \n", "Enterococcus faecalis V583 | \n", "Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales... | \n", "
143 | \n", "144 | \n", "KoxGSC1457 | \n", "10.1186/1475-2859-12-20 | \n", "J. Park | \n", "2013 | \n", "[] | \n", "Klebsiella oxytoca | \n", "Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria;... | \n", "
144 rows × 8 columns
\n", "