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title: "Une histoire de manchots"
lang: fr
date: "2023-06-21"
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    theme: litera
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    lof: true
toc: true
code-annotations: hover
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## Données

Pour cette analyse, nous utiliserons le jeu de données sur les manchots du paquet R `palmerpenguins` (<https://allisonhorst.github.io/palmerpenguins>).

```{r}
#| label: load-packages
#| message: false
library(tidyverse)
library(palmerpenguins)
library(gt)
```

Les données `penguins` contiennent les éléments suivants 

```{r}
glimpse(penguins)
```

## Espèces

Nous avons `r length(unique(penguins$species))` des espèces dans ce jeu de données : `r knitr::combine_words(unique(penguins$species))` qui ne sont pas distribuées de manière égale.

```{r}
#| column: margin
penguins |>
  count(species) %>%
  knitr::kable()
```

```{r}
#| label: fig-culmen
#| echo: false
#| fig-align: center
#| fig-cap: Illustration de la longueur et de la profondeur du bec des manchots
#| fig-alt: Illustration de la longueur et de la profondeur du bec des manchots
#| column: page
knitr::include_graphics("https://allisonhorst.github.io/palmerpenguins/reference/figures/culmen_depth.png")
```

La @fig-species montrent les différences de becs par espèces.

```{r}
#| label: fig-species
#| warning: false
#| fig-with: 5.0
#| fig-cap: Catégorisation des espèces selon la taille leur bec
#| fig-cap-location: margin
ggplot(
  penguins,
  aes(
    x = bill_length_mm, y = bill_depth_mm,
    color = species, shape = species
  )
) +
  geom_point() +
  labs(x = "Longueur du bec (mm)", y = "Profondeur du bec (mm)")
```

## Manchots

Le tableau ci-dessous @tbl-top10 présente les 10 premiers manchots de l'ensemble de données.

```{r}
#| label: tbl-top10
#| tbl-cap: Les 10 premiers éléments du jeu de données
#| tbl-cap-location: top
penguins |>
  slice_head(n = 10) |>
  select(species, island, bill_length_mm, bill_depth_mm) |>
  gt() # <1>
```

1. On utilise **gt** ici, mais tout paquet de tableau peut être utilisé par example **flextable**

::: {.callout-note collapse=true}

## Pour aller plus loin sur ce jeu de donnée

Consulter la vignette du paquet R **palmerpenguins** disponible sur <https://allisonhorst.github.io/palmerpenguins/>
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