##fileformat=VCFv4.2
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##bcftoolsVersion=1.14+htslib-1.14
##bcftoolsCommand=mpileup --threads 40 --no-BAQ --fasta-ref ../data/cgigas_uk_roslin_v1_genomic-mito.fa ../output/F143_cgigas_sorted.bam
##reference=file://../data/cgigas_uk_roslin_v1_genomic-mito.fa
##contig=<ID=NC_047559.1,length=55785328>
##contig=<ID=NC_047560.1,length=73222313>
##contig=<ID=NC_047561.1,length=58319100>
##contig=<ID=NC_047562.1,length=53127865>
##contig=<ID=NC_047563.1,length=73550375>
##contig=<ID=NC_047564.1,length=60151564>
##contig=<ID=NC_047565.1,length=62107823>
##contig=<ID=NC_047566.1,length=58462999>
##contig=<ID=NC_047567.1,length=37089910>
##contig=<ID=NC_047568.1,length=57541580>
##contig=<ID=NW_022994773.1,length=129571>
##contig=<ID=NW_022994774.1,length=1185781>
##contig=<ID=NW_022994775.1,length=128451>
##contig=<ID=NW_022994776.1,length=124569>
##contig=<ID=NW_022994777.1,length=123505>
##contig=<ID=NW_022994778.1,length=761972>
##contig=<ID=NW_022994779.1,length=111600>
##contig=<ID=NW_022994780.1,length=109880>
##contig=<ID=NW_022994781.1,length=109004>
##contig=<ID=NW_022994782.1,length=105193>
##contig=<ID=NW_022994783.1,length=103107>
##contig=<ID=NW_022994784.1,length=1334230>
##contig=<ID=NW_022994785.1,length=99559>
##contig=<ID=NW_022994786.1,length=93417>
##contig=<ID=NW_022994787.1,length=85616>
##contig=<ID=NW_022994788.1,length=84435>
##contig=<ID=NW_022994789.1,length=725421>
##contig=<ID=NW_022994790.1,length=78344>
##contig=<ID=NW_022994791.1,length=77172>
##contig=<ID=NW_022994792.1,length=66789>
##contig=<ID=NW_022994793.1,length=66084>
##contig=<ID=NW_022994794.1,length=699037>
##contig=<ID=NW_022994795.1,length=63125>
##contig=<ID=NW_022994796.1,length=62774>
##contig=<ID=NW_022994797.1,length=60186>
##contig=<ID=NW_022994798.1,length=59881>
##contig=<ID=NW_022994799.1,length=680695>
##contig=<ID=NW_022994800.1,length=57426>
##contig=<ID=NW_022994801.1,length=56398>
##contig=<ID=NW_022994802.1,length=52255>
##contig=<ID=NW_022994803.1,length=47562>
##contig=<ID=NW_022994804.1,length=45312>
##contig=<ID=NW_022994805.1,length=654836>
##contig=<ID=NW_022994806.1,length=34204>
##contig=<ID=NW_022994807.1,length=33063>
##contig=<ID=NW_022994808.1,length=32339>
##contig=<ID=NW_022994809.1,length=621026>
##contig=<ID=NW_022994810.1,length=30983>
##contig=<ID=NW_022994811.1,length=28060>
##contig=<ID=NW_022994812.1,length=26205>
##contig=<ID=NW_022994813.1,length=609159>
##contig=<ID=NW_022994814.1,length=18830>
##contig=<ID=NW_022994815.1,length=549086>
##contig=<ID=NW_022994816.1,length=985078>
##contig=<ID=NW_022994817.1,length=2254>
##contig=<ID=NW_022994818.1,length=1361>
##contig=<ID=NW_022994819.1,length=734241>
##contig=<ID=NW_022994820.1,length=658371>
##contig=<ID=NW_022994821.1,length=546250>
##contig=<ID=NW_022994822.1,length=614137>
##contig=<ID=NW_022994823.1,length=196267>
##contig=<ID=NW_022994824.1,length=461872>
##contig=<ID=NW_022994825.1,length=345626>
##contig=<ID=NW_022994826.1,length=153136>
##contig=<ID=NW_022994827.1,length=85676>
##contig=<ID=NW_022994828.1,length=316174>
##contig=<ID=NW_022994829.1,length=476514>
##contig=<ID=NW_022994830.1,length=534456>
##contig=<ID=NW_022994831.1,length=527944>
##contig=<ID=NW_022994832.1,length=513312>
##contig=<ID=NW_022994833.1,length=507370>
##contig=<ID=NW_022994834.1,length=496827>
##contig=<ID=NW_022994835.1,length=482992>
##contig=<ID=NW_022994836.1,length=471557>
##contig=<ID=NW_022994837.1,length=686402>
##contig=<ID=NW_022994838.1,length=445523>
##contig=<ID=NW_022994839.1,length=505355>
##contig=<ID=NW_022994840.1,length=408464>
##contig=<ID=NW_022994841.1,length=392916>
##contig=<ID=NW_022994842.1,length=346530>
##contig=<ID=NW_022994843.1,length=346498>
##contig=<ID=NW_022994844.1,length=984115>
##contig=<ID=NW_022994845.1,length=334217>
##contig=<ID=NW_022994846.1,length=330898>
##contig=<ID=NW_022994847.1,length=310459>
##contig=<ID=NW_022994848.1,length=975996>
##contig=<ID=NW_022994849.1,length=299473>
##contig=<ID=NW_022994850.1,length=724080>
##contig=<ID=NW_022994851.1,length=284019>
##contig=<ID=NW_022994852.1,length=380988>
##contig=<ID=NW_022994853.1,length=271986>
##contig=<ID=NW_022994854.1,length=271335>
##contig=<ID=NW_022994855.1,length=270660>
##contig=<ID=NW_022994856.1,length=269814>
##contig=<ID=NW_022994857.1,length=255287>
##contig=<ID=NW_022994858.1,length=250265>
##contig=<ID=NW_022994859.1,length=249553>
##contig=<ID=NW_022994860.1,length=243901>
##contig=<ID=NW_022994861.1,length=243737>
##contig=<ID=NW_022994862.1,length=230837>
##contig=<ID=NW_022994863.1,length=896916>
##contig=<ID=NW_022994864.1,length=230075>
##contig=<ID=NW_022994865.1,length=3851109>
##contig=<ID=NW_022994866.1,length=222500>
##contig=<ID=NW_022994867.1,length=221461>
##contig=<ID=NW_022994868.1,length=214429>
##contig=<ID=NW_022994869.1,length=208222>
##contig=<ID=NW_022994870.1,length=984156>
##contig=<ID=NW_022994871.1,length=303113>
##contig=<ID=NW_022994872.1,length=195767>
##contig=<ID=NW_022994873.1,length=192086>
##contig=<ID=NW_022994874.1,length=189815>
##contig=<ID=NW_022994875.1,length=180076>
##contig=<ID=NW_022994876.1,length=178302>
##contig=<ID=NW_022994877.1,length=371905>
##contig=<ID=NW_022994878.1,length=173440>
##contig=<ID=NW_022994879.1,length=171659>
##contig=<ID=NW_022994880.1,length=169219>
##contig=<ID=NW_022994881.1,length=520634>
##contig=<ID=NW_022994882.1,length=167015>
##contig=<ID=NW_022994883.1,length=166538>
##contig=<ID=NW_022994884.1,length=165345>
##contig=<ID=NW_022994885.1,length=161001>
##contig=<ID=NW_022994886.1,length=803096>
##contig=<ID=NW_022994887.1,length=153941>
##contig=<ID=NW_022994888.1,length=153236>
##contig=<ID=NW_022994889.1,length=151090>
##contig=<ID=NW_022994890.1,length=226113>
##contig=<ID=NW_022994891.1,length=142569>
##contig=<ID=NW_022994892.1,length=139519>
##contig=<ID=NW_022994893.1,length=137056>
##contig=<ID=NW_022994894.1,length=135750>
##contig=<ID=NW_022994895.1,length=800838>
##contig=<ID=NW_022994896.1,length=123475>
##contig=<ID=NW_022994897.1,length=543823>
##contig=<ID=NW_022994898.1,length=63957>
##contig=<ID=NW_022994899.1,length=135656>
##contig=<ID=NW_022994900.1,length=158606>
##contig=<ID=NW_022994901.1,length=138885>
##contig=<ID=NW_022994902.1,length=213710>
##contig=<ID=NW_022994903.1,length=31917>
##contig=<ID=NW_022994904.1,length=192304>
##contig=<ID=NW_022994905.1,length=122499>
##contig=<ID=NW_022994906.1,length=24192>
##contig=<ID=NW_022994907.1,length=80452>
##contig=<ID=NW_022994908.1,length=34710>
##contig=<ID=NW_022994909.1,length=80340>
##contig=<ID=NW_022994910.1,length=59023>
##contig=<ID=NW_022994911.1,length=90223>
##contig=<ID=NW_022994912.1,length=80828>
##contig=<ID=NW_022994913.1,length=18545>
##contig=<ID=NW_022994914.1,length=79317>
##contig=<ID=NW_022994915.1,length=76490>
##contig=<ID=NW_022994916.1,length=77779>
##contig=<ID=NW_022994917.1,length=39112>
##contig=<ID=NW_022994918.1,length=404750>
##contig=<ID=NW_022994919.1,length=196227>
##contig=<ID=NW_022994920.1,length=39174>
##contig=<ID=NW_022994921.1,length=323512>
##contig=<ID=NW_022994922.1,length=83186>
##contig=<ID=NW_022994923.1,length=61906>
##contig=<ID=NW_022994924.1,length=127844>
##contig=<ID=NW_022994925.1,length=61549>
##contig=<ID=NW_022994926.1,length=81940>
##contig=<ID=NW_022994927.1,length=162546>
##contig=<ID=NW_022994928.1,length=69385>
##contig=<ID=NW_022994929.1,length=46878>
##contig=<ID=NW_022994930.1,length=145484>
##contig=<ID=NW_022994931.1,length=118323>
##contig=<ID=NW_022994932.1,length=123881>
##contig=<ID=NW_022994933.1,length=29995>
##contig=<ID=NW_022994934.1,length=161585>
##contig=<ID=NW_022994935.1,length=43805>
##contig=<ID=NW_022994936.1,length=297039>
##contig=<ID=NW_022994937.1,length=490709>
##contig=<ID=NW_022994938.1,length=203969>
##contig=<ID=NW_022994939.1,length=324655>
##contig=<ID=NW_022994940.1,length=218172>
##contig=<ID=NW_022994941.1,length=19044>
##contig=<ID=NW_022994942.1,length=61061>
##contig=<ID=NW_022994943.1,length=289459>
##contig=<ID=NW_022994944.1,length=261312>
##contig=<ID=NW_022994945.1,length=625727>
##contig=<ID=NW_022994946.1,length=333635>
##contig=<ID=NW_022994947.1,length=135775>
##contig=<ID=NW_022994948.1,length=858184>
##contig=<ID=NW_022994949.1,length=121447>
##contig=<ID=NW_022994950.1,length=33519>
##contig=<ID=NW_022994951.1,length=187731>
##contig=<ID=NW_022994952.1,length=219001>
##contig=<ID=NW_022994953.1,length=45830>
##contig=<ID=NW_022994954.1,length=129811>
##contig=<ID=NW_022994955.1,length=365466>
##contig=<ID=NW_022994956.1,length=433943>
##contig=<ID=NW_022994957.1,length=201146>
##contig=<ID=NW_022994958.1,length=172809>
##contig=<ID=NW_022994959.1,length=64928>
##contig=<ID=NW_022994960.1,length=137501>
##contig=<ID=NW_022994961.1,length=155459>
##contig=<ID=NW_022994962.1,length=175997>
##contig=<ID=NW_022994963.1,length=286963>
##contig=<ID=NW_022994964.1,length=245988>
##contig=<ID=NW_022994965.1,length=30682>
##contig=<ID=NW_022994966.1,length=514743>
##contig=<ID=NW_022994967.1,length=56505>
##contig=<ID=NW_022994968.1,length=91994>
##contig=<ID=NW_022994969.1,length=256332>
##contig=<ID=NW_022994970.1,length=36429>
##contig=<ID=NW_022994971.1,length=30384>
##contig=<ID=NW_022994972.1,length=189740>
##contig=<ID=NW_022994973.1,length=66576>
##contig=<ID=NW_022994974.1,length=36592>
##contig=<ID=NW_022994975.1,length=74180>
##contig=<ID=NW_022994976.1,length=30109>
##contig=<ID=NW_022994977.1,length=141708>
##contig=<ID=NW_022994978.1,length=113692>
##contig=<ID=NW_022994979.1,length=83790>
##contig=<ID=NW_022994980.1,length=6557>
##contig=<ID=NW_022994981.1,length=62922>
##contig=<ID=NW_022994982.1,length=153818>
##contig=<ID=NW_022994983.1,length=79855>
##contig=<ID=NW_022994984.1,length=42847>
##contig=<ID=NW_022994985.1,length=190097>
##contig=<ID=NW_022994986.1,length=135148>
##contig=<ID=NW_022994987.1,length=316463>
##contig=<ID=NW_022994988.1,length=28442>
##contig=<ID=NW_022994989.1,length=147472>
##contig=<ID=NW_022994990.1,length=30511>
##contig=<ID=NW_022994991.1,length=237136>
##contig=<ID=NW_022994992.1,length=107548>
##contig=<ID=NW_022994993.1,length=225226>
##contig=<ID=NW_022994994.1,length=24264>
##contig=<ID=NW_022994995.1,length=63071>
##contig=<ID=NW_022994996.1,length=98197>
##contig=<ID=NW_022994997.1,length=297219>
##contig=<ID=NW_022994998.1,length=55042>
##contig=<ID=NC_001276.1,length=18224>
##ALT=<ID=*,Description="Represents allele(s) other than observed.">
##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL.">
##INFO=<ID=IDV,Number=1,Type=Integer,Description="Maximum number of raw reads supporting an indel">
##INFO=<ID=IMF,Number=1,Type=Float,Description="Maximum fraction of raw reads supporting an indel">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Raw read depth">
##INFO=<ID=VDB,Number=1,Type=Float,Description="Variant Distance Bias for filtering splice-site artefacts in RNA-seq data (bigger is better)",Version="3">
##INFO=<ID=RPBZ,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U-z test of Read Position Bias (closer to 0 is better)">
##INFO=<ID=MQBZ,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U-z test of Mapping Quality Bias (closer to 0 is better)">
##INFO=<ID=BQBZ,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U-z test of Base Quality Bias (closer to 0 is better)">
##INFO=<ID=MQSBZ,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U-z test of Mapping Quality vs Strand Bias (closer to 0 is better)">
##INFO=<ID=SCBZ,Number=1,Type=Float,Description="Mann-Whitney U-z test of Soft-Clip Length Bias (closer to 0 is better)">
##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
##INFO=<ID=SGB,Number=1,Type=Float,Description="Segregation based metric.">
##INFO=<ID=MQ0F,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of MQ0 reads (smaller is better)">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="Number of high-quality ref-forward , ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Integer,Description="Average mapping quality">
##bcftools_callVersion=1.14+htslib-1.14
##bcftools_callCommand=call -mv -Oz; Date=Fri May  5 13:07:13 2023
##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele frequency (assuming HWE)">
##INFO=<ID=AF2,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first and second group ALT allele frequency (assuming HWE)">
##INFO=<ID=AC1,Number=1,Type=Float,Description="Max-likelihood estimate of the first ALT allele count (no HWE assumption)">
##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description="Phred probability of all samples being the same">
##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description="P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias">
##INFO=<ID=G3,Number=3,Type=Float,Description="ML estimate of genotype frequencies">
##INFO=<ID=HWE,Number=1,Type=Float,Description="Chi^2 based HWE test P-value based on G3">
##bcftools_callCommand=call -v -c ../output/F143_mpile.vcf.gz; Date=Fri May  5 13:30:56 2023
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	../output/F143_cgigas_sorted.bam