除了自由軟體與非自由軟體外，自由軟體與自由軟體之間也有類似的整合問題，整合之後的衍生著作有授權條款的選擇及相容性的問題要處理。例如，現有 A 程式與 B 程式，授權條款分別為 A' 與 B'，現將 A 與 B 程式整合成為 C 程式，因為 C 程式同時為 A 與 B 的衍生著作，必須同時受到 A' 與 B' 之拘束，如果 A' 與 B' 不具相容性，則會影響到 A 與 B 是否得以整合。關於相容性之說明，請參考相容性一節。

是以再授權的簡單定義即是，被授權人將自己本身為原授權人允許的權利再行向下授權，但須注意的一點是，再授權模式究非著作權法例中的常態，是以若非授權條款中明示允許再授權，否則在法律解釋上多半推定為不允許。那麼不論是專屬授權或非專屬授權的模式，均有可能再授權，差別僅在於後者必須經過著作財產權人的同意（參照我國著作權法第三十七條第三項），而專屬授權的被授權人在法律上的地位是相當於授權人，如果未約定不得再授權，自可自行決定是否以授權人之地位再授權給第三人利用。在自由軟體授權條款的情形，幾乎所有的條款預設均為非專屬授權，考慮到使用者利用上的便利性，有些授權條款（例如 MIT、MPL、CPL）會明文規定被授權人（使用者）得再授權，讓使用者再授權第三人利用時不需要經過原始著作人的同意。

在自由軟體開放分享的精神下，授權的意義是希望使用者能夠對於原始著作有最大程度的利用，而不希望因為權利金的收取而限制了被授權人再散布其著作的意願，因此幾乎所有的授權條款都會聲明本授權是免費的，雖然有些授權條款容許被授權人得向第三人收取高於散布成本的費用，但是並非是著作人向被授權人收取權利金的觀念。授權金與單純地收取高於散布成本費用的最大分野在於，授權金的收取方式非必要一次性完成，它可以類同賦稅制度般依使用期程、對象及各種條件來訂收費標準，甚至多次收取，授權金的收取方式可彈性調整且一再拘束被授權對象；而單純地收取高於散布成本費用僅是一次性收費，雖都有收費的外觀，但意涵上大有不同。

譯為私有／專屬軟體的語義是指私人擁有且對之加以控制 (Privately Owned and Controlled) 之意，但事實上自由軟體的著作人仍然擁有著作權，只是藉由對不特定使用者發布授權條款的方式放鬆著作權人對於軟體使用方式的控制，因此若是在自由軟體的授權條款中出現此字詞，則多半直接指涉「非自由軟體」的範疇，用來含括所有不符合自由軟體定義的軟體，並藉此和自由軟體做對比區隔。

在開放原始碼的情形，著作財產權人雖有一種向大眾廣發的定型授權格式，約定此種開放原始碼的授權內容。但授權本質仍為授權人與某特定被授權人之間的法律行為，而著作財產權人原本就可以就同一著作採取多種不同方式的授權，因此若有人對於著作的利用有不同的需求，亦得與著作財產權人就該著作之利用約定不同的授權方式。

當程式設計師修改他人程式時，可以選擇將修改之成果與原著作相結合，而成為衍生著作（「衍生著作」），惟此種情形，程式設計師不僅需要取得原著作權人的同意方能修改，同時也必須經過原著作權人的同意才可以加以散布；程式設計師也可以僅僅將修改的內容獨立為不包含原著作程式碼表達之修正更新檔 (patch)，而另成為一個不需經過原程式著作財產權人同意即可加以散布之原著作，因為原則上修正更新檔如不包含原著作程式碼，可以視為非原著作衍生物的獨立著作。

在自由軟體授權條款中，授權人通常允許被授權人可將其程式加以修改及散布，但對於授權人未明訂授權修改或散布的情形時，基於著作權法規定未明示授權者推定為未授權，被授權人只能將修改成果以修正更新檔 (patch) 的形式加以散布，並不能在更新檔其中包含原著作的程式碼。另需特別注意的是，程式設計師在以修正更新檔散布時雖可不須取得原著作權人授權，但使用者在安裝修正更新檔的行為也屬於對原著作加以修改的一種情形，因此使用者仍必須注意是否已取得著作權人同意改作的授權。

在專屬授權的情況下，因為著作財產權人只能授權給一個人，必然造成著作無法被有效充分地利用，可能不利於社會文化與科技的發展，因此在自由軟體的授權條款中，授權人都會明白表示其為非專屬授權，這樣才能同時將權利分別授與不同人利用。故若從字義上來了解「專屬／非專屬」授權的關係時，可以合理的與「獨佔／非獨佔」這兩個字詞做一定程度的連結，專屬授權類屬一種封閉、排外的獨佔關係，針對特定人或是特定背景做出授權行為並排斥其他「非被授權人」使用，但非專屬授權則可向不特定多數人進行授權動作，類似非獨占的概念，故自由軟體的推展須在非專屬授權的基礎下進行。