# DSH Research Kit
[](LICENSE)
[](https://github.com/fsrmqi/dsh-research-kit/actions/workflows/ci.yml)
[](https://github.com/topics/dsh-plugin)
[](https://nodejs.org)
[](https://dsh-plugin.org/plugins/fsrmqi/dsh-promptkit)
[简体中文](README.md) · [English](README.en.md)
> 面向 DeepSeek Harness 的科研工作流目录与启动器：65 条人工审核的工作流、8 个技能指导模块、55 个科学数据源。
把反复执行的科研任务（审稿、写引言、做综述、设计分析计划）变成**参数化、可编辑、发送前可见**的提示词。插件只负责把任务组装好并交还当前会话，执行仍由你自己的 DSH Agent 完成。
---
## 前置：什么是 DSH
本项目是 [DeepSeek Harness](https://github.com/deepseek-ai/deepseek-harness)（命令行缩写 `dsh`）的插件。DSH 是 DeepSeek 开源的本地 Agent 工作系统，核心设计理念是「一切皆插件」（Everything is a Plugin）——模型、工具、界面、存储都由可替换的插件组成。
**没有 DSH，本插件无法运行。** 它不自带模型、不启动独立服务，只是在 DSH 的会话界面里增加科研入口。
| 需要什么 | 去哪拿 |
| --- | --- |
| DSH 本体 | [deepseek-ai/deepseek-harness](https://github.com/deepseek-ai/deepseek-harness) · [官方站点](https://deepseek.com/harness) |
| 插件生态 | [GitHub topic: dsh-plugin](https://github.com/topics/dsh-plugin) |
| Node.js | `>= 22.6` |
> DSH 目前处于 **Developer Preview**，官方明示会快速迭代、可能出现破坏性变更。本插件依赖的 `conversation.view` 槽位与 `inputActions` 契约随 DSH 版本演进——升级 DSH 后请按[手工验收清单](docs/MANUAL-QA.md)复验。
## 它解决什么问题
通用聊天输入适合临时提问，但不适合反复执行有明确步骤、材料要求与质量边界的科研任务。审稿、写引言、做综述、设计分析计划这类任务需要四件事：
1. **明确**的输入材料与输出范围；
2. **可复查**的执行步骤，而不是一句笼统指令；
3. **发送前**让研究者看见、编辑并确认任务说明；
4. 对「不编造文献 / 数据 / 结论」的**硬约束**。
Research Kit 把这四点做成可复用的资产。
## 它怎么工作
```text
科研能力目录（128 项）
→ 选择工作流
→ 填写参数、用 @文件 引用材料
→ 预览并编辑最终 Prompt
→ 写入输入框 或 发送到当前会话
→ 由当前 DSH 会话的 Agent 与其已配置工具执行
```
关键设计取舍：
- **不调模型、不存密钥**。执行完全交给当前会话；
- **不重造文件上传**。材料引用走 DSH 原生 `@文件`；
- **不假装已检索**。数据源条目如实标注接入前提，未接通时明确回退到 Agent/MCP。
## 能力一览
**🧪 65 条人工审核的科研工作流**
覆盖论文与手稿、文献研究、基因组学、临床研究、数据分析、研究设计六类。每条都是参数化、可编辑的 Prompt 模板，内置防编造边界（不得虚构引用、数据、页码、作者意图）与「需人工核验」定位。
**🧩 8 个可组合的技能指导模块**
科学写作、统计审查、引用核验、证据综合、可重复性检查、评审伦理与保密、数据完整性守护、不确定性表达。每个带一段纪律性指导片段与人工检查清单，启动工作流时勾选即可并入提示词。
**🔬 55 个科学数据源，其中 11 个支持插件直查**
文献、临床、遗传、组学、蛋白/化学，以及天文空间、生物多样性、气候环境、地理空间。公开 API 可直查并返回带链接与稳定标识符的候选记录；限流、需授权或需专业参数的来源会明确回退到 DSH Agent/MCP。
**✍️ 发送前完整可见、可编辑**
参数替换实时生成 Prompt 预览；手动编辑后参数变更不会静默改写正文，并提供「恢复自动生成」。必填参数缺失时不发送。
**🧭 一个视图，四个分区**
只有一个 `conversation.view` 标签，内部按科研闭环分区，顶部导航常驻并显示每个分区的定位与职责边界：
| 分区 | 层 | 作用 |
| --- | --- | --- |
| 资源与工作流 | 发现 | 目录检索、参数化组装、公开数据源直查 |
| 方法工坊 | 构造 | 方法卡 + 变量填充 → 可编辑 Prompt；可从当前对话提取草稿 |
| 研究资产库 | 沉淀 | 灵感资产增删改、版本对比、验证状态跟进；**证据库**子模块逐条保存公开来源的元数据与笔记，按项目隔离去重 |
| 研究证据图谱 | 证据 | 把本会话的资源、工作流、查询来源、资产与已保存证据连成可追溯关系 |
更多能力（点击展开）
- **科研模式领域预设** — 一键选择领域：**基因遗传**（附加 6 项技能，纪律段含 ACMG/AMP 解读规则、组学过滤留痕、关联≠因果、跨物种外推限制）、**临床队列**（仅去标识化数据、强制"研究草案——非临床用途"标注、偏倚逐项讨论）、**通用科研**。预设只是"指导组合"，不会自动执行任何工具。
- **输入框快捷入口** — 工具行的「资源 / 工作流程」按钮打开弹层选择器，无需离开当前聊天；选择工作流后经预览弹窗写入草稿，**从不自动发送**。
- **草稿增强器** — 输入框右侧一键增强：轻量档（零 Token 结构化整理）与语义档（复用当前会话模型、流式上屏、五维诊断、可取消），强度三档；增强后可撤销、可对比原稿。
- **收藏与使用历史** — 列表条目一键星标；成功写入/发送/复制自动记入历史（本地仅存 ID、名称、首行摘要与时间，最多 20 条）。
- **研究证据库** — 公开数据源查询结果可逐条「保存到证据库」，条目带稳定标识符（DOI / PMID / NCT / arXiv）与来源链接，默认「未核验」；按项目隔离去重，可导出 / 导入 JSON 与彻底删除。**只保存来源元数据与你写下的笔记，不保存全文与检索词，也不自动入库。**
- **研究证据图谱** — 把本会话的资源、工作流、查询来源、灵感资产与**已保存证据**连成可追溯关系；证据节点只带来源库 / 稳定标识符 / 核验状态，**不展示笔记或检索词**；箭头表示关系方向，逆向关系按两端实际位置取锚点而非固定「左进右出」。
- **多种 Prompt 出口** — 写入输入框、发送到会话之外，还有「复制 Prompt」兜底：宿主动作缺失时也能把提示词带去任意会话。
- **启动前必填校验** — 预览弹窗内字段级错误提示（红框 + 说明）；缺失必填项不会写入草稿。
- **资源选择可管理** — 弹层底部实时显示已选资源 chip，可单个移除或清空。
- **手动编辑保护** — 手动编辑后变更参数/技能会提示不会自动合并；筛选后详情始终属于当前结果集。
- **宿主动作降级** — `setDraft`/`submit` 缺失时按钮禁用、灰化并说明原因，视图不崩溃。
- **深色主题与窄屏** — 跟随系统与 DSH 主题切换；880px 以下单列布局；原生 `aria-*` 与焦点环。
## 安装
要求 Node `>= 22.6`，以及提供 `conversation.view` / `conversation.input.left` / `conversation.input.overlay` 槽位的 DSH Web profile。
**本地目录（当前推荐，尚未发布到 npm）**
```bash
git clone https://github.com/fsrmqi/dsh-research-kit.git
dsh plugin --profile web add ./dsh-research-kit
```
**GitHub（钉 commit，可复现安装）**
```bash
dsh plugin --profile web add github:fsrmqi/dsh-research-kit#
```
**tarball（离线 / 审计）**
```bash
npm pack && dsh plugin --profile web add ./dsh-research-kit-0.1.0.tgz
```
> 构建产物 `ui/client.js` 已提交到仓库——克隆后即可安装，无需本地构建。
安装后刷新浏览器，在会话中打开「科研工作台」，或使用输入框旁的「资源 / 工作流程」入口。卸载或关闭视图不会残留重复注册。
**常见坑**：`dsh plugin` 会调用 PATH 上的 `pnpm`，其 store 布局主版本必须与目标 profile 记录一致，否则会以 `ERR_PNPM_UNEXPECTED_STORE` 失败。对照方式见[手工验收清单 §1](docs/MANUAL-QA.md)。
## 使用
有两条入口，通往同一套目录资产。
**方式一：科研工作台统一视图**
1. 在会话中打开「科研工作台」，默认落在「资源与工作流」，搜索或按类型筛选 128 项资源；
2. 选择工作流，查看目的、所需材料与使用限制；
3. 填写参数；需要材料的工作流请先在 DSH 输入框用 `@文件` 引用文件；
4. 按需勾选「附加技能指导」，预览实时更新；
5. 点「写入输入框」保留再次编辑的机会，或「发送到当前会话」直接执行。
**方式二：输入框快捷入口**
1. 在输入框工具行点击「工作流程」或「资源」，在输入卡片上方的弹层中操作；
2. 「工作流程」面板：按场景筛选并选择流程，在预览弹窗中填写参数、检查 Prompt，点「使用工作流程」写入草稿；
3. 「资源」面板：在全部/数据库/技能之间勾选，勾选的技能作为附加指导、数据库作为研究提示并入之后启动的工作流；
4. 写入后用 DSH 原生回形针或 `@文件` 补充材料，再自行发送——快捷入口**只写草稿，从不自动发送**。
真实发送由 DSH 完成；本插件不创建模型路由、不保存密钥、不读取文件内容。
## 目录内容
| 分类 | 工作流（65 条） |
| --- | --- |
| 论文与手稿（13） | 审阅论文、撰写引言/方法/结果/讨论、撰写摘要、润色手稿、撰写审稿回复、期刊格式化、引文核验与修正、投稿信、稿件翻译、补充材料 |
| 文献研究（12） | 文献综述与研究空白、文献检索、论文结构化导读、论文对比分析、系统综述方案设计、研究版图扫描、引文模式分析、公开数据集检索、研究趋势追踪、预印本快报、方法学对比、研究数据源选择 |
| 基因组学（22） | bulk RNA-seq 差异表达、单细胞全流程、变异检测、GWAS、变异注释与 ACMG 解读、基因集富集、调控网络、比较基因组、宏基因组、系统发育、表达图谱、甲基化、ATAC-seq、ChIP-seq、基因组注释、RNA velocity、空间转录组、细胞类型注释、轨迹拟时序、多组学整合、免疫画像、标志物发现 |
| 临床研究（5） | 患者队列分析、病例对照分析、纵向数据分析、电子病历数据分析、风险预测模型（均标注"研究草案——非临床用途"） |
| 数据分析（11） | 设计统计分析计划、探索性数据分析、数据清洗方案、结果复现核查、统计审查、图表一致性核查、统计分析执行、Meta 分析、生存分析、回归建模、方差分析 |
| 研究设计（2） | 样本量与统计功效估算、研究计划撰写 |
另有 8 项技能与 55 个数据源条目。完整定义见 [`catalog/`](catalog/)，数据契约见[架构文档 §4](docs/ARCHITECTURE.md)。
## 隐私与安全
| 访问 | 用途 | 说明 |
| --- | --- | --- |
| 当前会话输入框 | 仅在点击「写入/发送」时写入或提交最终 Prompt | 不拦截 Enter，不自动发送，不改动其他会话历史 |
| `@文件` 引用 | 只提示你使用 DSH 原生提及 | 不读取、不上传、不解析文件内容 |
| 浏览器本地 | 收藏、使用历史、方法卡与灵感资产（`localStorage`） | 不存参数值、完整 Prompt、文件内容；清除浏览器数据即清空 |
| 浏览器 IndexedDB | 证据库条目：来源元数据与你主动写下的笔记 | **仅在你逐条确认保存后**写入；不保存全文、检索词与原始响应；按项目隔离，可导出 / 导入 / 彻底删除。证据图谱只展示其中的来源库 / 标识符 / 核验状态，不展示笔记 |
| 当前页面内存 | 本会话证据索引（已启动工作流、直查来源摘要） | 仅供工作台各分区实时形成证据图谱；刷新或关闭页面即清空，不保存检索词、原始文件或完整结果 |
| 网络 | 公开数据源直查（仅在你主动触发时） | 出网经 DSH 受控 web 服务；插件不持有任何 API Key |
**零遥测。** 不上传使用统计，不采集数据。所有工作流产出一律标注为**需人工核验的草案**，不替代研究者、审稿人或伦理审批。
安全边界与漏洞上报方式见 [SECURITY.md](SECURITY.md)。
### 数据库查询
数据源详情页可直接查询首批公开来源：PubMed、Crossref、OpenAlex、Semantic Scholar、Europe PMC、ClinicalTrials.gov、openFDA、UniProt、PubChem、GBIF、iNaturalist——这 11 个来源在目录里标记为 `available-in-plugin`，详情页状态显示「插件可直接查询」。候选结果显示来源链接与稳定标识符，可写入输入框，或显式点击「让 Agent 核验并继续查询」——该按钮会调用当前 DSH 会话的 Agent，由它使用自己已拥有的 Web / MCP / 文件工具完成多步检索。
其余 44 个数据源标记为 `requires-mcp` 或 `reference-only`，会清楚提示所需的 MCP、订阅、API Key 或数据使用协议，并提供同一受控 Agent 回退。目录标注与查询实现由 `npm run check` 双向校验（有适配器就必须标出来，标了就必须有适配器），因此界面上的能力状态不会与实现漂移。**插件不会伪造任何检索结果。**
## 兼容性与状态
当前版本 `0.1.0`（尚未发布到 npm）。开发状态与下一步计划见 [ROADMAP.md](ROADMAP.md)。
已通过的验证：目录契约校验（128 项、128 唯一 ID）、122 项回归测试、真实 DSH Web profile 上的两轮启动烟测（快线 F1–F4、发布门槛 R1、观测项 O1–O3 全部通过），以及证据库写入 Prompt（W1–W3：勾选后按钮可用、未选择时不注入、写入不自动发送且条数一致）与证据图谱接入已保存证据（G1–G4：证据节点只带来源库 / 稳定标识符 / 核验状态，与同库资源连成关系，箭头按实际方向选锚点）的现场验收。
> 真实 profile 验收无法被单元测试替代——`test/dsh-slots.test.js` 虽然执行真实构建产物，但 slots 服务是模拟的。因此升级 DSH 后必须重跑[手工验收清单](docs/MANUAL-QA.md)。
## 开发
```bash
npm run build # 生成 ui/client.js（提交产物，勿手改）
npm run check # 目录契约校验 + 语法检查
npm test # 纯逻辑与契约回归测试（122 项）
```
改动 `catalog/`、`src/` 或 `dsh/` 后统一执行 `npm run build && npm run check && npm test`；CI 会校验构建产物与源码同步（构建后有 diff 即失败）。
## 文档
| 文档 | 内容 |
| --- | --- |
| [docs/README.md](docs/README.md) | **文档索引与推荐阅读顺序** |
| [架构与数据契约](docs/ARCHITECTURE.md) | 模块职责、数据流、DSH 宿主边界、目录 schema |
| [开发指南](docs/DEVELOPMENT.md) | 本地启动、实现顺序、测试策略、交付检查单 |
| [手工验收清单](docs/MANUAL-QA.md) | 为什么不能用单测替代、逐项验收步骤、失败定位树 |
| [方法工坊嵌入设计](docs/METHOD-WORKSHOP.md) | vendored 工件治理、命名空间纪律、构建器集成规则 |
| [范围与边界](docs/PRODUCT.md) | 要解决的问题、产品边界、质量与安全原则 |
## 参与贡献
欢迎 Issue 与 PR——见 [CONTRIBUTING.md](CONTRIBUTING.md)。新增工作流只需在 `catalog/workflows.json` 中按现有条目结构添加 JSON 对象并运行 `npm run check && npm test`；契约校验器会强制检查占位符一致性与防编造边界。
## 许可证
[MIT](LICENSE)。
随仓库分发的 vendored 工件的第三方归属与许可证声明见 [NOTICE](NOTICE)。