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│   ├── set6-database-reindexed.pos_0.dat
│   └── set6-database-reindexed.stats
├── sacCer1
│   └── liftover
│       ├── sacCer1ToSacCer2.over.chain
│       └── sacCer1ToSacCer3.over.chain
├── sacCer2
│   └── liftover
│       └── sacCer2ToSacCer3.over.chain
├── sacCer3
│   ├── bowtie2
│   │   ├── genome.1.bt2
│   │   ├── genome.2.bt2
│   │   ├── genome.3.bt2
│   │   ├── genome.4.bt2
│   │   ├── genome.rev.1.bt2
│   │   └── genome.rev.2.bt2
│   ├── bowtie-index
│   │   ├── sacCer3.1.ebwt
│   │   ├── sacCer3.2.ebwt
│   │   ├── sacCer3.3.ebwt
│   │   ├── sacCer3.4.ebwt
│   │   ├── sacCer3.rev.1.ebwt
│   │   └── sacCer3.rev.2.ebwt
│   ├── bwa_index
│   │   ├── sacCer3.fa
│   │   ├── sacCer3.fa.amb
│   │   ├── sacCer3.fa.ann
│   │   ├── sacCer3.fa.bwt
│   │   ├── sacCer3.fa.pac
│   │   ├── sacCer3.fa.rbwt
│   │   ├── sacCer3.fa.rpac
│   │   ├── sacCer3.fa.rsa
│   │   └── sacCer3.fa.sa
│   ├── genome.fa
│   ├── genome.fa.fai
│   ├── liftover
│   │   └── sacCer3ToSacCer2.over.chain
│   ├── rsem
│   │   ├── SacCer3.1.ebwt
│   │   ├── SacCer3.2.ebwt
│   │   ├── SacCer3.3.ebwt
│   │   ├── SacCer3.4.ebwt
│   │   ├── SacCer3.chrlist
│   │   ├── SacCer3.grp
│   │   ├── SacCer3.idx.fa
│   │   ├── SacCer3.n2g.idx.fa
│   │   ├── SacCer3.rev.1.ebwt
│   │   ├── SacCer3.rev.2.ebwt
│   │   ├── SacCer3.seq
│   │   ├── SacCer3.ti
│   │   └── SacCer3.transcripts.fa
│   ├── sacCer3.2bit
│   ├── sacCer3.gtf
│   └── Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.91.gff3
└── test-content